[요지] 종전 본점의 임대차계약을 그대로 유지하면서 매월 같은 금액의 임대료를 지출하고 있는 사실이 확인되는 점, 청구법인이 제출한 조직도 등에 의하여 회장, 대표이사 등 6개의 팀이 있는 사실이 나타나는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.
[요지] 종전 본점의 임대차계약을 그대로 유지하면서 매월 같은 금액의 임대료를 지출하고 있는 사실이 확인되는 점, 청구법인이 제출한 조직도 등에 의하여 회장, 대표이사 등 6개의 팀이 있는 사실이 나타나는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 대도시내(OOO)의 종전 본점에서 과밀억제권역 외의 지역(OOO산업단지)인 이 건 부동산으로 이전하였다. (가) 청구법인은 화장품, 건강기능식품 제조업을 주업으로 영위하고 있고, 아래 ＜표1＞과 같이 청구법인의 전체 매출 중 약 99%가 청구법인의 주업종인 화장품 및 건강기능식품의 제조 부문에서 발생하고 있으므로 주력 사업은 화장품, 건강기능식품 제조업이고, 그 핵심부서는 화장품, 건강기능식품을 제조하는 개발 및 생산부서이다. ＜표1＞ 청구법인의 매출액 규모(청구법인 정리) (단위: 원) ◯◯◯ (나) 청구법인은 2017년 4월경 본점 및 공장을 종전 본점 소재지에서 이 건 부동산으로 이전하였고, 이 과정에서 화장품, 건강기능식품의 개발을 담당하는 연구소 소속 근로자 전원과 생산을 담당하는 근로자 전원을 신규 본점인 이 건 부동산으로 배치하였으며, 주요 거래처인 해외 거래처의 영업관리 및 무역관리 업무를 담당하는 근로자 전원을 신규 본점으로 배치하였다. 또한, 청구법인의 업무를 총괄하고 있는 전무(OOO) 역시 1주일 중 2일을 제외한 나머지 기간을 신규 본점인 이 건 부동산에 상주하며 개발, 생산, 재무 및 영업 등의 총괄 업무를 수행하고 있으므로 청구법인의 본점은 인적ㆍ물적 측면에서 종전 본점에서 이 건 부동산으로 이전되었다고 보아야 한다. ＜표2＞ 청구법인 직원 배치(이동) 인원 현황(청구법인 정리) (단위: 명) ◯◯◯
(2) 청구법인의 종전 본점은 실질적으로 폐쇄되었다. 청구법인의 연도별 조직도에 따르면, 종전 본점에서 업무를 수행하고 있는 3인(OOO) 외에 회장(OOO), 대표이사(OOO), 전무(OOO)도 종전 본점 소재지에 소속되어 있는 것으로 나타나지만, 실질적인 경영 총괄은 OOO전무가 1주일 중 2일을 제외한 나머지 기간을 신규 본점인 이 건 부동산에 상주하며 담당하고 있으며, 회장과 대표이사는 각각 OOO년과 OOO년생으로서 고령의 나이로 인해 경영을 실질적으로 주도하고 있지 아니하고 있는바, 결론적으로, 본점이 이전된 후에도 청구법인의 근로자 3인이 종전 본점 소재지에 잔존하며 영업관리, 재고관리 및 회계재무 업무를 일부 수행하고 있다 하더라도 이러한 사정만으로 기존 본점이 폐쇄되지 않았다고 보는 것은 잘못이다.
(3) 지방세특례제한법제79조 제1항과 같은 법 시행규칙 제7조 제1항은 상호 보완적으로 해석ㆍ적용되는 법규명령이다. (가) 대법원(2012.2.9. 선고 2011두24101 판결)은 행정규칙의 효력과 관련하여, 법령의 규정이 특정 행정기관에 그 법령 내용의 구체적 사항을 정할 수 있는 권한을 부여하면서 그 권한 행사의 절차나 방법을 특정하고 있지 아니하여 수임행정기관이 행정규칙의 형식으로 그 법령의 내용이 될 사항을 구체적으로 정하고 있는 경우에는 그 행정규칙은 그 것이 당해 법령의 위임한계를 벗어나지 아니하는 한 당해 법령과 결합하여 대외적으로 구속력이 있는 법규명령으로서 효력을 가진다고 판시하고 있는바, 지방세특례제한법 시행규칙제7조 제1항은 대외적으로 구속력 있는 법규명령으로서 지방세특례제한법 제79조 제1항의 내용을 구체화하는 기능을 수행하고 있고, 지방세특례제한법 제79조 제1항과 상호 보완적으로 해석되어야 할 것이다. (나) 이러한 관점에서, 과밀억제권역 외의 지역으로 본점 또는 주사무소를 이전하기 위하여 취득하는 부동산이 지방세특례제한법 시행규칙 제7조 제1항에서 구체적으로 정하고 있는 각호의 요건을 충족하다면, 해당 부동산은 지방세특례제한법 제79조 제1항의 ‘해당 본점 또는 주사무소를 매각하거나 임차를 종료하고 과밀억제권역 외의 지역으로 본점 또는 주사무소를 이전하는 경우에 해당 사업을 직접 하기 위하여 취득하는 부동산’으로서 취득세 감면의 대상이 된다고 해석할 수 있을 것인바, 지방세특례제한법 시행규칙 제7조 제1항을 지방세특례제한법 제79조 제1항의 요건을 충족하는 경우에만 보충적으로 적용되는 것으로 해석하려는 처분청의 주장은 지방세특례제한법 시행규칙이 행정규칙의 ‘형식’을 지니고 있다는 점만 고려하여 그 법규명령적 효력을 간과한 것일 뿐더러, 법문과 판례의 태도에 배치되는 것으로서 이유가 없다고 할 것이다.
(4) 조세법규의 해석은 실질에 의하여 판단하여야 한다. (가) 조세특례규정의 해석 기준과 관련하여 대법원(1997.5.7. 선고 96누2330 판결)은 조세감면규제법상 조세특례규정들은 조세정책적 차원에서 제정된 것이므로 해당요건의 구비 여부는 그 형식보다는 실질에 의하여 판단되어야 한다고 판시하고 있는바, 이 건에서 쟁점이 되고 있는 지방세특례제한법 제79조 제1항 및 같은 법 시행규칙 제7조 제1항 역시 그 적용 전제가 되는 요건으로서 대도시 내 위치한 기존 본점의 폐쇄 여부는 형식이 아닌 실질에 의하여 판단되어야 한다. (나) 따라서, 청구법인은 2017.4.19. 본점 이전의 등기를 마침에 따라 종전 본점 소재지에서 이 건 부동산으로 본점을 이전하였고 기존 본점을 실질적으로 폐쇄되어 지방세특례제한법 제79조 제1항의 취득세 감면 요건을 충족하였으므로 오로지 형식적인 기준만을 내세워 청구법인의 종전 본점이 폐쇄되지 않았다는 이유로 청구법인의 경정청구를 거부한 처분청의 이 건 처분은 위법ㆍ부당하다.
(1) 청구법인이 취득한 이 건 부동산이 지방세특례제한법제79조 제1항에 따른 감면 대상에 해당하기 위해서는 ① ‘과밀억제권역에 본점 또는 주사무소를 설치하여 사업을 직접 하는 법인’이, ② ‘해당 본점 또는 주사무소를 매각하거나 임차를 종료’하고, ③ ‘대도시 외의 지역으로 본점 또는 주사무소를 이전하는 경우’에, ④ ‘해당 사업을 직접 하기 위하여 취득하는 부동산’에 해당하여야 한다는 4가지 조건을 모두를 충족하여야 할 것이나, 청구법인의 경우, 2011.6.1. 종전 본점을 임대하여 2021년 12월 현재까지 계속하여 사용하고 있어 위 ②의 해당 본점 또는 주사무소를 매각하거나 임차를 종료하여야 한다는 조건을 충족하지 못하였다 할 것이므로 청구법인의 이 건 부동산의 취득은 지방세특례제한법제79조 제1항에 따른 감면 대상으로 보기 어렵다.
(2) 청구법인은 대도시에서 과밀억제권역 외 지역으로 본점을 이전하였고 종전 본점은 실질적으로 폐쇄되었으므로 지방세특례제한법 제79조 제1항의 취득세 감면요건을 충족하였다고 주장하나, 청구법인은 심판청구일 현재까지도 종전 본점의 임차를 종료하지 아니하였을 뿐만 아니라, 2021년도 세무조사 당시 청구법인이 제출한 조직도에 종전 본점 소재지를 OOO사무소로 하여 OOO개의 부서가 있는 사실이 확인되고 있는 점, 2017년부터 2021년까지의 발행한 세금계산서에서도 종전 본점에 대한 임대료를 계속하여 지급하고 있는 점, 세무조사 당시 청구법인의 담당자의 명함에 종전 본점 소재지가 본점으로 기재되어 있는 점, 지방세특례제한법 시행규칙제7조 제1항 제3호에서는 대도시 외의 지역에서 그 사업을 시작한 날부터 6개월 이내에 과밀억제권역 내에 있는 종전의 본점을 폐쇄하여야 한다고 규정하고 있으나, 청구법인은 이 조건 또한 충족하지 못한 것으로 보이는 점 등에 비추어 종전 본점을 실질적으로 폐쇄하였다는 청구법인의 주장은 이유가 없다 할 것이므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 적법하다.
3. 심리 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 ‘화장품 제조판매업’, ‘수출입업(화장품류)’, ‘미용업’ 및 ‘의료기기판매업’ 등을 목적으로 OOO 설립되었으며, OOO에 본점을 두었다가, 2017.4.19. 이 건 부동산(OOO)로 본점을 이전하였다. ＜표3＞ 청구법인 현황 ◯◯◯ (나) 청구법인은 2011.6.1. 임대인 OOO와 종전 본점인 OOO 부동산 OOO층 전체(OOO평)를 보증금 OOO원, 월 임대료 OOO원을 납부하는 조건으로 임대차계약을 체결하여 이를 본점으로 사용하였으며, 2021년 12월 현재까지도 매월 동일한 임대료(매월 OOO원)를 납부하고 있는 사실이 청구법인이 제출한 세금계산서 발행내역 등에 의하여 확인된다. (다) 청구법인은 2017.4.5. OOO산업단지에 소재하고 있는 이 건 부동산을 매매를 원인으로 취득하였으며, 수도권정비계획법 시행령제9조 및 [별표1]에 의하면, OOO산업단지는 과밀억제권역에서 제외되는 것으로 나타난다. (라) 청구법인이 2021년도 지방세 서면 조사 당시 처분청에 제출한 청구법인의 조직도(2017년∼2020년)에 의하면, 종전 본점(OOO사무소)에는 OOO을 두고 있는 것으로 나타난다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 지방세특례제한법제79조 제1항에서는 과밀억제권역에 본점 또는 주사무소를 설치하여 사업을 직접 하는 법인이 해당 본점 또는 주사무소를 매각하거나 임차를 종료하고 대통령령으로 정하는 대도시 외의 지역으로 본점 또는 주사무소를 이전하는 경우에 해당 사업을 직접 하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2018년 12월 31일까지 면제한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제39조에서는 법 제79조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 대도시”란 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률을 적용받는 산업단지는 제외한다)을 말한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행규칙 제7조 제1항에서는 법 제79조 제1항 본문에 따라 대도시 외의 지역으로 본점 또는 주사무소를 이전(移轉)하여 해당 사업을 직접 하기 위하여 취득하는 부동산의 범위는 법인의 본점 또는 주사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로 한다고 규정하면서, 그 제3호에서 “대도시 외의 지역에서 그 사업을 시작한 날부터 6개월 이내에 과밀억제권역 내에 있는 종전의 본점 또는 주사무소를 폐쇄할 것”을 규정하고 있다. (나) 살피건대, 법인의 본점이라 함은 대표이사 등 임직원이 상주하면서 기획, 재무, 총무 등 법인의 전반적인 사업을 수행하고 있는 곳인 영리법인의 주된 사무소를 의미하며 주된 사무소는 본점 등기가 아니라 법인의 중추적인 의사결정 등 주된 기능을 수행하는 장소를 의미한다 할 것(대법원 1993.1.15.선고 92누473 판결 외 다수, 같은 뜻임)인바, 청구법인은 2017.4.5. 대도시 외(OOO산업단지)의 지역에 소재한 이 건 부동산을 취득한 후, 6개월 이내인 2017.4.19. 본점 등기를 대도시(OOO)에서 대도시 외(OOO산업단지)의 지역인 이 건 부동산으로 이전․등기하였다 하더라도 2021년도 12월말 현재까지 종전 본점의 임대차계약을 그대로 유지하면서 매월 같은 금액의 임대료(매월 OOO원)를 지출하고 있는 사실이 임대차계약서 및 세금계산서 발행내역 등에 의하여 확인되는 점, 종전 본점(OOO사무소)에는 회장(OOO), 대표이사(OOO), 총괄이사 등을 기준으로 OOO 등이 있는 사실이 청구법인이 제출한 조직도(2018년도부터 2021년도말 현재) 등에 의하여 나타나는 점 등에 비추어 청구법인은 대도시 외(OOO산업단지)의 지역에서 그 사업을 시작한 날부터 6개월 이내에 대도시 내에 있는 종전 본점을 폐쇄하지 아니하고 계속하여 사용하고 있는 사실이 확인되고 있는 이상 지방세특례제한법제79조 제1항 및 같은 법 시행규칙 제7조 제1항의 감면 요건을 갖춘 것으로 보기는 어려우므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제7항과 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령
(1) 지방세특례제한법 (2017.1.1. 법률 제14477호로 개정된 것) 제79조(법인의 지방 이전에 대한 감면) ① 과밀억제권역에 본점 또는 주사무소를 설치하여 사업을 직접 하는 법인이 해당 본점 또는 주사무소를 매각하거나 임차를 종료하고 대통령령으로 정하는 대도시(이하 이 절에서 “대도시”라 한다) 외의 지역으로 본점 또는 주사무소를 이전하는 경우에 해당 사업을 직접 하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2018년 12월 31일까지 면제하고, 재산세의 경우 그 부동산에 대한 재산세의 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 면제하며 그 다음 3년간 재산세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 감면한 취득세 및 재산세를 추징한다.
1. 법인을 이전하여 5년 이내에 법인이 해산된 경우(합병ㆍ분할 또는 분할합병으로 인한 경우는 제외한다)와 법인을 이전하여 과세감면을 받고 있는 기간에 과밀억제권역에서 이전 전에 생산하던 제품을 생산하는 법인을 다시 설치한 경우
2. 해당 사업에 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우
② 대도시에 등기되어 있는 법인이 대도시 외의 지역으로 본점 또는 주사무소를 이전하는 경우에 그 이전에 따른 법인등기 및 부동산등기에 대해서는 2018년 12월 31일까지 등록면허세를 면제한다.
③ 제1항 및 제2항에 따른 대도시 외의 지역으로 이전하는 본점 또는 주사무소의 범위와 감면 등의 적용기준은 행정자치부령으로 정한다.
(2) 지방세특례제한법 시행령 제39조(대도시의 범위) 법 제79조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 대도시”란 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률을 적용받는 산업단지는 제외한다)을 말한다.
(3) 지방세특례제한법 시행규칙 (2017.1.1. 행정자치부령 제101호로 개정된 것) 제7조(대도시 외의 지역으로 이전하는 본점 또는 주사무소에 대한 감면 등의 적용기준) ① 법 제79조 제1항 본문에 따라 대도시(영 제39조에 따른 대도시를 말한다. 이하 같다) 외의 지역으로 본점 또는 주사무소를 이전(移轉)하여 해당 사업을 직접 하기 위하여 취득하는 부동산의 범위는 법인의 본점 또는 주사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로 한다.
1. 대도시 외의 지역으로 이전하기 위하여 취득한 본점 또는 주사무소용 부동산으로서 사업을 시작하기 이전에 취득한 것일 것
2. 과밀억제권역 내의 본점 또는 주사무소를 대도시 외의 지역으로 이전하기 위하여 사업을 중단한 날까지 6개월(임차한 경우에는 2년을 말한다) 이상 사업을 한 실적이 있을 것
3. 대도시 외의 지역에서 그 사업을 시작한 날부터 6개월 이내에 과밀억제권역 내에 있는 종전의 본점 또는 주사무소를 폐쇄할 것
4. 대도시 외의 지역에서 본점 또는 주사무소용 부동산을 취득한 날부터 6개월 이내에 건축공사를 시작하거나 직접 그 용도에 사용할 것. 다만, 정당한 사유가 있는 경우에는 6개월 이내에 건축공사를 시작하지 아니하거나 직접 그 용도에 사용하지 아니할 수 있다.
② 제1항에 따른 감면대상이 되는 본점 또는 주사무소용 부동산 가액의 합계액이 이전하기 전의 본점 또는 주사무소용 부동산 가액의 합계액을 초과하는 경우 그 초과액에 대해서는 취득세를 과세한다. 이 경우 그 초과액의 산정방법과 적용기준은 다음 각 호와 같다.
1. 이전한 본점 또는 주사무소용 부동산의 가액과 이전하기 전의 본점 또는 주사무소용 부동산의 가액이 각각 지방세법 제10조제5항에 따른 사실상의 취득가격 및 연부금액으로 증명되는 경우에는 그 차액
2. 제1호 외의 경우에는 이전한 본점 또는 주사무소용 부동산의 시가표준액(지방세법 제4조에 따른 시가표준액을 말한다. 이하 같다)과 이전하기 전의 본점 또는 주사무소용 부동산의 시가표준액의 차액
(4) 수도권정비계획법 시행령 제9조(권역의 범위) 법 제6조에 따른 과밀억제권역, 성장관리권역 및 자연보전권역의 범위는 별표 1과 같다. [별표 1] ＜개정 2011.3.9＞ 과밀억제권역, 성장관리권역 및 자연보전권역의 범위(제9조 관련) 과밀억제권역 성장관리권역 자연보전권역 ●서울특별시 ●인천광역시(강화군, 옹진군, 서구 대곡동·불로동·마전동·금곡동·오류동·왕길동·당하동·원당동, 인천경제자유구역 및 남동 국가산업단지는 제외한다) ●의정부시 ●구리시 ●남양주시(호평동, 평내동, 금곡동, 일패동, 이패동, 삼패동, 가운동, 수석동, 지금동 및 도농동만 해당한다) ●하남시 ●고양시 ●수원시 ●성남시 ●안양시 ●부천시 ●광명시 ●과천시 ●의왕시 ●군포시 ●시흥시[반월특수지역(반월특수지역에서 해제된 지역을 포함한다)은 제외한다] ●동두천시 ●안산시 ●오산시 ●평택시 ●파주시 ●남양주시(와부읍, 진접읍, 별내면, 퇴계원면, 진건읍 및 오남읍만 해당한다) ●용인시(신갈동, 하갈동, 영덕동, 구갈동, 상갈동, 보라동, 지곡동, 공세동, 고매동, 농서동, 서천동, 언남동, 청덕동, 마북동, 동백동, 중동, 상하동, 보정동, 풍덕천동, 신봉동, 죽전동, 동천동, 고기동, 상현동, 성복동, 남사면, 이동면 및 원삼면 목신리·죽릉리·학일리·독성리·고당리·문촌리만 해당한다) ●연천군 ●포천시 ●양주시 ●김포시 ●화성시 ●안성시(가사동, 가현동, 명륜동, 숭인동, 봉남동, 구포동, 동본동, 영동, 봉산동, 성남동, 창전동, 낙원동, 옥천동, 현수동, 발화동, 옥산동, 석정동, 서인동, 인지동, 아양동, 신흥동, 도기동, 계동, 중리동, 사곡동, 금석동, 당왕동, 신모산동, 신소현동, 신건지동, 금산동, 연지동, 대천동, 대덕면, 미양면, 공도읍, 원곡면, 보개면, 금광면, 서운면, 양성면, 고삼면, 죽산면 두교리·당목리·칠장리 및 삼죽면 마전리·미장리·진촌리·기솔리·내강리만 해당한다) ●인천광역시 중 강화군, 옹진군, 서구 대곡동·불로동·마전동·금곡동·오류동·왕길동·당하동·원당동, 인천경제자유구역, 남동 국가산업단지 ●시흥시 중 반월특수지역(반월특수지역에서 해제된 지역을 포함한다) ●이천시 ●남양주시(화도읍, 수동면 및 조안면만 해당한다) ●용인시(김량장동, 남동, 역북동, 삼가동, 유방동, 고림동, 마평동, 운학동, 호동, 해곡동, 포곡읍, 모현면, 백암면, 양지면 및 원삼면 가재월리·사암리·미평리·좌항리·맹리·두창리만 해당한다) ●가평군 ●양평군 ●여주군 ●광주시 ●안성시(일죽면, 죽산면 죽산리·용설리·장계리·매산리·장릉리·장원리·두현리 및 삼죽면 용월리·덕산리·율곡리·내장리·배태리만 해당한다)