[요지] 이 건 토지에 제2공장을 신축하고 나머지인 쟁점토지를 나대지 상태로 보유하고 있다 하더라도 실제 쟁점토지 중 체육시설(축구장) 등은 지방세법 시행규칙 제52조 제7호에 따라 공장용 건축물에 포함되고 또한 유예기간 이후이기는 하나 2021.8.5. 유량조정시설을 설치하였고, 2022.8.11. 폐수처리시설을 설치하기 위해 21.5억원 규모의 도급계약을 체결한 사실 등에 비추어 이러한 여유공간이 언제든지 당초 취득 목적인 공장의 용도로 사용할 수 있는 토지에 해당되는 것으로 보이는 점, 청구법인이 이 건 토지 중 쟁점토지에 대하여만 별도로 필지를 분할하였거나 별도 구획을 하여 공장 이외의 다른 용도로 사용한 사실이 없고, 쟁점토지를 제3자에게 임대한 사실도 나타나지 아니하는 점 등에 비추어 처분청이 단일 필지인 이 건 토지 중 쟁점토지를 추징대상으로 본 것은 합리적이지 않다고 하겠음.
[주 문] OOO도 OOO장이 2022.5.9. 청구법인에게 한 취득세 등 합계 OOO원 및 2018년도～2021년도분 재산세 등 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 이 건 토지를 고유업무에 사용하기 위해 정상적이고 진지한 노력을 다하였다. 산업단지 등에 대한 취득세 감면의 입법취지 및 판례를 고려하면, 정당한 사유를 판단함에 있어 토지를 직접 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부가 매우 중요한바, 진지한 노력은 취득부터 준비행위, 착공, 완공에 이르는 일련의 과정을 전체적으로 파악하여 꾸준한 노력이 있을 것을 요구하며, 착공조차 하지 못하였다고 하더라도 상당한 정도의 진지한 노력이 꾸준히 계속되었다면 다른 사정과 결합하여 정당한 사유가 인정되어야 한다. 청구법인은 2018.1.23. 이 건 토지를 취득한 후 2019년 4월 이 건 토지에 ‘OOO 제2공장’을 준공하였다. 제2공장은 청구법인이 OOO원 이상을 투자하여 완공한 선진 GMP 기준에 적합한 최신 바이오 의약품(장티푸스접합백신, 폐륨구균접합백신, 수막구균접합백신 및 백신에 필수적으로 들어가는 면역 증강제 등) 제조시설로서, 이를 통해 이 건 토지의 67% 이상을 고유목적으로 사용하여 이 건 토지의 대부분을 당초 지방세 감면의 취지에 맞게 사용하고 있다. 또한, 이 건 미사용 쟁점토지 부분은 공터 상태로 남아 있으나, 당초 해당 부분에는 이미 완공된 제2공장에 이어 제3공장이 들어설 예정이었다. 즉, 청구법인은 2017.7.6. 이 건 토지 매매계약 체결 후 2017.10.17. 제3공장 신축계획에 관한 설계도를 마련하였고, 청구법인은 제2공장을 준공한 후인 2020년 초에 제3공장(완제의약품 제조 및 공물세표 배양라인 구축)에 대한 개념설계를 시작으로 하여 2020년 하반기에는 제3공장을 착공하려는 계획을 가지고 있었다. 그러나 제2공장 신축 이후 청구법인이 전혀 예상할 수 없었고 스스로 통제할 수도 없는 불가항력적 사정에 해당하는 코로나19 팬데믹으로 인해 제3공장의 신축에 어려움을 겪게 되었고, 청구법인은 2020. 12. 제3공장 시설자금 및 운영자금 모집을 위한 유상증자까지 실시하였으나, 계속된 적자로 인해 공장 신축을 불가피하게 연기할 수밖에 없었다. 이와 같이 청구법인은 이 건 토지 면적의 67% 상당분에 대해서는 고유목적으로 사용하고 있고, 나머지 33% 상당분 역시 고유목적에 사용하기 위해 최선의 노력을 다하였으나 코로나19라는 전국가적 재난상황으로 인해 불가피하게 고유목적에 사용하지 못하고 있는 상황이다.
(2) 코로나19 팬데믹으로 인한 제3공장 신축공사 지연은 불가항력적인 사유에 해당하기 때문에 정당한 사유로 인정되어야 한다. 재난 및 안전관리 기본법제3조 제1호 나목은 감염병을 사회재난으로 규정하고 있고, 지방세특례제한법제4조 제4항은 위 재난의 대응 및 복구를 위해 필요한 경우 지방자치단체의 장이 해당 지방의회의 의결을 얻어 지방세를 감면할 수 있도록 하고 있는바, 비록 감면규정은 2020.1.15. 이후 적용되나 코로나19와 같은 사회재난의 발생시 정당한 사유 역시 유연하게 해석될 필요가 있고, 민사법원의 판결에서도 코로나19를 불가항력적인 사유에 해당한다고 본 사례가 있다. 청구법인은 콜레라 백신을 판매하고 있는 법인으로서 코로나19 팬데믹으로 인한 직접적인 피해를 본 법인 중 하나로서, 청구법인의 주력 상품은 경구용 콜레라 백신으로 매출의 90% 이상을 차지하고 있고, 전량을 UNICEF가 구매하고 있다. 그러나 2020년 3월 WHO가 전세계적 팬데믹으로 격상시킨 코로나19로 인해 WHO와 UNICEF는 코로나19 백신을 최우선적으로 확보하기 시작하였고, 청구법인의 경구용 콜레라 백신은 발주대상에서 제외되었다. 이로 인해 청구법인 매출의 90% 이상을 차지하고 있던 경구용 콜레라 백신의 매출이 급속도로 감소하여 엄청난 적자를 실현하게 되었고, 2020년 12월 제3공장 시설자금 및 운영자금 모집을 위한 유상증자까지 실시하였지만, 계속된 적자를 메꾸기에도 어려운 상황이라 불가피하게 공장 신축을 연기할 수밖에 없었다. 이렇듯 청구법인 매출의 90% 이상을 차지하고 있던 국제기관이 코로나19 팬데믹 선언으로 인해 경구용 콜레라 백신의 발주를 감소함에 따라 청구법인의 자금사정이 급격하게 악화되었고, 이는 청구법인이 전혀 예상할 수 없고, 스스로 통제할 수조차 없는 불가항력적 사유에 해당한다.
(3) 산업단지 부지에 대한 세제혜택 및 추징의 취지를 고려할 때 이 사건 처분은 위법ㆍ부당하다. 산업단지에 대한 지방세를 감면한 취지는 기업의 산업단지 입주를 촉진하여 산업 활동을 장려하기 위한 것이고, 이를 다시 추징하는 취지는 지방세를 감면받은 후 단기간에 처분하거나 세제상의 혜택만을 활용할 뿐 산업 활동에 사용하지 않는 행위를 억제하기 위한 것이다. 청구법인이 이 건 토지에 제2공장을 신축하여 현재까지 이 건 토지를 이용하고 있는 현황을 살펴보면, 이 건 토지의 지방세를 감면할 이유는 충분하며, 이미 감면된 지방세를 다시 추징하는 것은 부당하다. 청구법인은 최근 코로나19의 백신에 관한 임상3상을 승인받았고, 제2공장은 모두 4층 건물로 연간 2,500만～1억 도즈 가량을 생산할 수 있는 배양기들과 이를 연결하는 파이프라인들이 공장 내부를 차지하고 있으며, 생산라인을 계속 증설하고 있다. 비록 청구법인이 물리적으로 이 건 토지 전체를 사용하고 있는 것은 아니지만 제2공장은 OOO 일반산업단지의 초입에 위치하여 청구법인의 중요 생산기지로 제기능을 다하고 있다. 기업이 산업단지에 입주하여 실제 산업활동을 하고 있는지는 지방세가 감면된 토지의 전체적인 사용 현황을 고려하여 판단해야 하는 것이지, 실제 공간적으로 사용되고 있는 면적을 기준으로 삼아 ‘직접 사용’ 여부를 판단하고 추징 여부를 결정하는 것은 지나치게 형식적이다. 청구법인은 영위하는 사업의 특성상 공장부지가 필요하고, 이미 계획대로 제2공장은 이 건 토지에 신축되어 정상적으로 가동하고 있으므로, 이 사건 처분의 대상이 된 나머지 토지도 결국은 당초 계획대로 공장부지로 활용될 것이다. 비록 코로나19로 인하여 그 계획에 차질이 발생했을 뿐, 청구법인이 시세차익을 노리고 이를 처분하거나 계속 나대지 상태를 유지할 이유는 전혀 없다. 청구법인은 2021.8.3. 쟁점토지에 유량조정시설(집수조)을 추가 설치하고, 2022.8.11. 신규 폐수처리시설을 설치하기 위해 도급계약을 체결한바, 청구법인이 쟁점토지를 계속 공장부지로 사용할 것임이 충분히 예상되므로 이를 더욱 장려하기 위해서라도 지방세 감면의 기존 세제혜택이 그대로 유지되어야 한다.
3. 심리 및 판단
(1) 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2010.3.3. OOO을 본점소재지로 하고 생물학적 제제 등의 연구 및 개발업, 의약품 등의 연구 및 개발업 등의 목적으로 설립된 법인이다. (나) 청구법인은 이 건 토지(등기부상 1필지)를 2018.1.5. 취득한 후 처분청에 취득신고서 및 지방세 감면신청서를 제출하였고 지방세특례제한법제78조 제4항 및OOO 도세 감면 조례제8조 산업단지 등에 해당하는 부동산으로 하여 취득세를 경감받았다. (다) 청구법인이 취득세 감면 신청 당시 제출한 사업계획서에 따르면 이 건 토지에 대하여 연구개발 및 제조를 위한 공장 등의 설치 계획 내용이 확인된다. (라) 이 건 토지 상 건축물대장에 따르면 건축면적은 OOO㎡, 용도는 공장, 위험물 저장 및 처리시설, 사용승인일은 2019.3.29.로 나타난다.
(2) 처분청 담당공무원이 작성한 출장복명서(2022.2.22.)의 내용은 다음과 같다. 출장일시 2022.2.21.
□ 복명사항
○ 취득현황: 청구법인이 산업단지 내 산업용건축물 신축 목적 토지 취득(이 건 토지 분양, 2018.1.5. 취득)
○ 현장확인:
• 해당 토지 중 일부(전체면적의 60프로 가량)에는 산업용 건축물을 신축하고 주차장 등 공장부지를 조성하여 사용 중임을 확인
• 그 외 나머지 부분(전체면적의 40프로 가량)은 일부 면적에 축구장, 직원휴게실(건축물)을 조성하고, 4개의 컨테이너를 놓아둔 것을 제외하고 전부 공터 상태임을 확인
○ 조치계획
• 취득일부터 유예기간 3년이 지난 현재 산업단지 감면 취득한 토지의 미사용 부분에 대해 면적 안분 후, 기감면한 취득세 및 재산세 추징 예정
(3) 청구법인의 주장 및 제출 자료는 다음과 같다. (가) 이 건 토지 중 쟁점토지는 공터 상태로 남아 있으나, 당초 해당 부분에는 이미 완공된 제2공장에 이어 제3공장이 들어설 예정이었던바, 2017.7.6. 이 건 토지 매매계약 체결 후 2017.10.17. 아래와 같이 제3공장 신축계획에 관한 설계도를 마련하였다. (나) 청구법인이 개발한 경구용 콜레라 백신은 OOO의 투자를 받아 개발을 완료하여 2015년 12월 국내 최초로 국제보건기구(WHO)로부터 PQ(Pre-qualification) 인증을 받는 등 청구법인은 전세계적으로 기술력을 인정받고 있는데, 아래 ＜표＞의 손익계산서와 같이 2018년과 2019년은 매출액과 영업이익이 증가하고 있었으나 코로나가 본격화된 2020년에는 매출액이 급감하고, 영업손실까지 발생하여 쟁점토지상의 제3공장 건축을 실행할 수 없었다. ＜표＞ 손익계산서 등 (단위: 원) OOO (다) 제반 사정으로 인해 아직 제3공장 신축은 다소 시간이 필요할 것으로 보이나, 청구법인은 2021.8.3. 공장을 운영하는 과정에서 필연적으로 발생하는 폐수처리를 위해 유량조정시설(집수조)을 추가 설치하였고, 또한 2022.8.11. 신규 폐수처리시설(MBR 공법)을 설치하기 위해 OOO 주식회사와 OOO원(부가가치세 별도) 규모의 도급계약을 체결하였다.
(4) 청구법인이 이 건 토지 중 쟁점토지에 대하여만 별도로 필지를 분할하였거나 별도 구획을 하여 공장 이외의 다른 용도로 사용한 사실이 없고, 쟁점토지를 제3자에게 임대한 사실은 제시되지 아니하였다.
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 이 건 토지 중 제2공장을 제외한 쟁점토지가 나대지 상태로서 유예기간 내에 직접 사용하지 아니하였고 코로나19로 인한 매출감소는 청구법인의 내부사정일 뿐 법령상의 제한 등에 해당하지 아니하므로 감면된 취득세 및 재산세 등의 추징사유에 해당한다는 의견이나, 산업단지 등에서 산업용 건축물 등을 건축하기 위한 부동산 취득에 대해서 취득세를 감면하는 취지는 산업단지 내 기업 입주를 촉진하여 공장 운영 등의 산업 활동을 장려하기 위한 것으로서, 취득세를 감면받은 후 단기간 내에 부동산을 처분하거나 다른 용도로 사용하여 산업 활동에 제공하지 않는 경우에는 감면된 취득세를 추징함으로써 부동산의 시세차익을 노리는 행위나 세제상의 혜택만 활용하고 산업 활동에 사용하지 않는 행위를 억제할 필요가 있는바(헌법재판소 2020.3.26. 선고 2017헌바527 결정), 기업이 산업단지 중 1필지의 단일 필지를 분양‧취득한 경우 유예기간 내에 산업활동에 직접 사용하는 것으로 볼 것인지는 지방세가 감면된 토지의 전체적인 사용 현황과 사용 계획 등을 종합적으로 판단하는 것이 타당하다고 할 것으로서, 청구법인은 콜레라 백신을 주력으로 백신과 면역증강제 등을 생산하고 있고 최근 코로나19의 백신에 관한 임상3상을 승인받았으며, 제2공장은 모두 4층 건물로 연간 2,500만～1억 도즈 가량을 생산할 수 있는 시설로서 생산라인을 계속 증설하고 있다고 주장하는 점, 청구법인은 1필지의 공장용지인 이 건 토지를 취득하여 67% 해당 부분은 제2공장의 신축부지로 직접 사용하는 등 유예기간 이내에 상당 부분의 토지를 공장용지로 사용하고 있는 점, 청구법인은 2017.7.6. 이 건 토지 매매계약 체결 이후 2017.10.17. 쟁점토지상에 제3공장 신축계획에 관한 설계도를 마련하여 쟁점토지를 직접 사용하려는 계획을 추진하고 있었던 것으로 보이이고, 청구법인은 경구용 콜레라 백신을 주된 품목으로 하여 생물학적 제제의 생산을 주된 업종으로 하는바, 코로나19 사태로 인하여 매출이 급감하고 영업손실이 발생한 것으로 나타나고 있어 당초 계획한 제3공장의 신축을 정상적으로 진행하기 어려웠던 것으로 보이는 점, 이 건 토지에 제2공장을 신축하고 나머지인 쟁점토지를 나대지 상태로 보유하고 있다 하더라도 2021.8.5. 유량조정시설을 설치하였고, 2022.8.11. 폐수처리시설을 설치하기 위해 21.5억원 규모의 도급계약을 체결한 사실 등에 비추어 이러한 여유공간이 언제든지 당초 취득 목적인 공장의 용도로 사용할 수 있는 토지에 해당되는 것으로 보이는 점, 청구법인이 이 건 토지 중 쟁점토지에 대하여만 별도로 필지를 분할하였거나 별도 구획을 하여 공장 이외의 다른 용도로 사용한 사실이 없고, 쟁점토지를 제3자에게 임대한 사실도 나타나지 아니하는 점 등에 비추어 처분청이 단일 필지인 이 건 토지 중 쟁점토지를 추징대상으로 본 것은 합리적이지 않다고 하겠다. 따라서 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 및 재산세 등을 부과한 데에는 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제96조 제7항, 국세기본법제80조의2 및 제65조 제3항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령
(1) 지방세특례제한법(2018.1.1. 법률 제15295호로 개정된 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역(이하 “산업단지등”이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.
2. 경감 내용
- 가. 산업용 건축물등을 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산(신축 또는 증축한 부분에 해당하는 부속토지를 포함한다)에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2019년 12월 31일까지 경감한다. 이 경우 공장용 건축물(건축법 제2조제1항제2호에 따른 건축물을 말한다)을 신축 또는 증축하여 중소기업자에게 임대하는 경우를 포함한다.
- 나. 산업단지등에서 산업용 건축물등을 대수선(건축법 제2조제1항제9호에 해당하는 경우로 한정한다)하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 25를 2019년 12월 31일까지 경감한다.
- 다. 가목의 부동산에 대해서는 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 75를 경감)한다.
⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우
⑧ 제4항에 따라 취득세를 경감하는 경우 지방자치단체의 장은 해당 지역의 재정여건 등을 고려하여 100분의 25(같은 항 제2호나목에 따라 취득세를 경감하는 경우에는 100분의 15)의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있다. 이 경우 제4조제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제6항 및 제7항을 적용하지 아니한다.
(2) 강원도 도세 감면 조례(2017.7.7. 조례 제4165호) 제8조(산업단지 등에 대한 감면) 법 제78조제8항에 따라 추가로 경감하는 율은 다음 각 호의 구분에 따른다.
1. 법 제78조제4항제2호가목의 경감률에 추가하는 경감률: 100분의 25
2. 법 제78조제4항제2호나목의 경감률에 추가하는 경감률: 100분의 15 제19조(감면된 취득세의 추징) 이 조례에 따른 감면을 적용할 때 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 부칙 ＜법률 제13637호, 2015.12.29.＞ 제6조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.
(3) 지방세법 시행규칙 제52조(공장용 건축물의 범위) 영 제103조제2항에 따른 공장용 건축물은 영업을 목적으로 물품의 제조ㆍ가공ㆍ수선이나 인쇄 등의 목적에 사용할 수 있도록 생산설비를 갖춘 제조시설용 건축물, 그 제조시설을 지원하기 위하여 공장 경계구역 안에 설치되는 다음 각 호의 부대시설용 건축물 및 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제33조에 따른 산업단지관리기본계획에 따라 공장경계구역 밖에 설치된 종업원의 주거용 건축물을 말한다.
1. 사무실, 창고, 경비실, 전망대, 주차장, 화장실 및 자전거 보관시설
2. 수조, 저유조, 저장창고, 저장조 등 저장용 옥외구축물
3. 송유관, 옥외 주유시설, 급수ㆍ배수시설 및 변전실
4. 폐기물 처리시설 및 환경오염 방지시설
5. 시험연구시설 및 에너지이용 효율 증대를 위한 시설
6. 공동산업안전시설 및 보건관리시설
7. 식당, 휴게실, 목욕실, 세탁장, 의료실, 옥외 체육시설 및 기숙사 등 종업원의 복지후생 증진에 필요한 시설