조세심판원 심판청구 법인세

청구법인이 쟁점부동산을 취득하고 유예기간(2년)에 건축공사에 착공하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부

사건번호 조심 2022지1234 선고일 2023-05-08 조세심판원

[요지] 청구법인이 유예기간 내에 착공하지 못한 주된 사유가 행정기관의 정책 결정 지연에 따른 것으로 보는 것이 타당한 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점부동산을 취득하고 유예기간 내에 건축공사를 착공하지 못한 데에는 정당한 사유가 있는 것으로 보는 것이 합리적이라 하겠음.

[참조결정] 조심2016지0882

[주 문] OOO구청장이 2022.2.10. 청구법인에게 한 취득세 등 합계 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

  • 가. 청구법인은 2019년 10월 청년임대주택사업을 영위할 목적으로 설립된 법인으로, 2019.10.29. OOO외 1필지 토지 OOO㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 취득(매매)하고,지방세특례제한법제31조 제1항에 따라 임대주택 등에 대한 취득세 감면을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 처분청에 신고․납부하였다.
  • 나. 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 취득하고 정당한 사유 없이 2년 이내에 공동주택(청년임대주택) 건축을 위한 착공을 하지 아니하였다는 이유로 기 감면한 취득세 등을 신고ㆍ납부할 것을 청구법인에게 안내하였고, 청구법인은 2021.12.17. 처분청에 취득세 등 합계 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.
  • 다. 청구법인은 쟁점부동산을 취득하고 2년 이내 공동주택 건축을 위한 착공을 하지 못한 정당한 사유가 있다고 주장하면서, 2021.12.28. 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2022.2.10. 이를 거부하였다.
  • 라. 청구법인은 이에 불복하여 2022.3.4. 이의신청을 거쳐 2022.7.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장 청구법인은 2019.10.29. 쟁점부동산을 취득하고 2021.12.30. 공동주택 건축을 위한 착공을 하여지방세특례제한법제31조 제1항의 단서에서 정한 법정기한(2년)을 2개월가량 지연하였으나, 청구법인이 쟁점부동산을 취득하고 2년 이내에 공동주택을 착공하지 못한 것은 아래와 같은 정당한 사유가 존재한다.

(1) “정당한 사유”란 법령에 의한 금지, 고유목적에 사용할 수 없는 사실상의 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유와 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유를 기준으로 판단하여야 한다. 행정안정부 유권해석(지방세운영과-1331,2010.4.1.)에 의하면, 정당한 사유를 판단함에 있어 ‘조례에 의하여 심의가 있을 수 있다는 사실이 적시되어 있는 경우라 할지라도 회사가 토지취득당시에 심의대상임을 알 수 없었다고 봄이 합리적’이라고 해석하고 있다. 또한, 대법원(95누13104 판결, 1996.1.26.선고) 및 조세심판원(조심 2016지882, 2016.11.11.)에서는 시간을 단축시킬 방법을 선택하지 아니하고 시차를 두어 절차가 진행되었다 하더라도 전체적으로 파악할 때 일련의 필요절차를 진지하고 꾸준하게 밟아나갔다면 부동산을 목적사업에 직접 사용하기 위한 정상적이고 진지한 노력을 다한 것으로 보도록 해석하고 있다. 따라서, 본 건에서도 정당한 사유를 판단함에 있어 OOO역세권 청년주택 운영기준 등에 OOO가 용적률 상향을 제안할 수 있도록 되어있다는 사실만으로는 청구법인 입장에서는 용적률 상향대상여부에 대하여 알 수 없으므로 청구법인이 용적률 상향대상이 될 것을 알았다고는 볼 수 없고, 혹여 청구법인이 용적률 상향을 미리 예측하여 어떠한 노력을 했었다면 시간을 단축시킬 수 있었다는 이유로 청구법인이 정상적이고 진지한 노력을 다하지 않았다고 볼 수는 없다.

(2) 청년임대주택 건축에 대한 인허가 지연사유는 쟁점토지의 취득시점에 예측할 수 없었던 외부적인 사유(행정관청의 귀책)에 기인한 것이다. (가) 청구법인은 쟁점부동산을 취득하기 전에 역세권 청년주택사업 사전검토단의 검토를 완료하였고 이에 근거하여 정상적인 인허가절차에 소요될 기간을 계획하였다. 청구법인이 OOO영업인가를 받고자 제출한 사업계획서에 따르면, 2019년 10월 29일 쟁점부동산을 취득하고 2020년 6월에 인허가를 완료할 것을 계획하였는데, 그 이유는 OOO 자료역세권 청년주택 홍보브로슈어에서 사업계획 수립, 사업추진절차, 촉진지구사업 등 소요시간을 사업접수 후 건축인허가까지 평균 6개월 소요라고 명기되어 있어 이를 고려하여 계획하였고, 청구법인은 이미 쟁점부동산을 취득하기 전부터 사전검토단의 검토를 완료하였기에 사전자문 2개월 + 6개월 = 8개월내 건축인허가완료를 예상한 것이다. 청구법인은 쟁점부동산을 취득하기 이전에 OOO의 정책에 따라 사전에 계획하고 사전검토단의 검토를 완료하여 OOO가 요구할 기본사항에 대하여 충분히 준비하였고, 요구사항들을 보완할 기간을 고려하여 8개월의 기간이 소요될 것으로 예상하였는바, 이는 통상적으로 인허가 절차에 필요한 이행계획서 제출이나 미흡한 부분에 대한 보완을 해결하기 위하여 소요되는 기간이다. (나) OOO의 내부정책기조 변경으로 OOO의 요구에 따라 용적률이 상향변경되면서 전체 개발계획 변경과 성능위주설계 확인·평가(이하 “성능위주설계”라 한다)가 추가되면서 10개월 지연되었는바, 이는 청구법인이 쟁점부동산을 취득할 당시 예측할 수 없는 사유이다. 청구법인이 OOO영업인가를 받고자 제출한 사업계획서에 따르면, 청구법인은 당초 용적률 680%로 사업을 계획하고 있는바, 이는 OOO자료(역세권 청년주택 홍보브로슈어)에서 준주거지역에서 일반상업지역으로 변경할 경우 기본용적률을 680%로 하도록 정하고 있기 때문이다. 청구법인이 공공지원민간임대주택 통합심의위원회 사전자문(이하 “사전자문”이라 한다)에 상정한 2020년 1월 이전 청구법인이 참고한 본 건과 동일한 제2종, 제3종 일반주거지역 및 준주거지역에서 일반상업지역으로 용도변경 받은 사업지(OOO10개구)의 용적률은 청구법인이 680% 용적률을 계획한 것과 비슷하여 합리적으로 예상한 용적률이었다. 청구법인은 쟁점부동산 취득일(2019년 10월 29일) 이전에 OOO와 사전협의를 통해 용적률 680% 기준 사업계획을 작성하고, 2019년 10월 16일 동 내용을 OOO사전검토단의 검토에서 680%로 상정하여 논의하였으며, OOO와 협의하에 사전자문(2020.1.30개최)에도 680%로 상정하게 된 것이다. 그러나, OOO의 공공주택 공급물량 확대라는 OOO주거지원 정책 변화 및 담당부서의 역점 사업으로 중요시되어, 2020년 4월 9일 공공지원민간임대주택 통합심의위원회 소위원회(이하 “소위원회”라 한다)에서 용적률변경을 요청받았고, OOO의 요구에 따라 사업의 용적률이 변경되면서 전체 건축계획을 변경하게 되었다. 청구법인은 소위원회(1차 2020.2.9., 2차 2020.6.23) 결과 OOO로부터 추가 공공기여 또는 청년 관련시설 추가확보, 대상지 여건에 따른 적정 용적률 검토 및 대안제시 등을 요구받았고, OOO의 의견을 수용하는 과정에서 용적률 상향(680%→약 1,200%) 및 설계 변경이 이루어졌으며, 이러한 용적률 상향으로 인해 성능위주설계 대상으로 지정되어 성능위주설계{1차(2020.11.10.), 2차(2021.8.3.)} 심의가 추가되었다. 처분청은 주관부서인 OOO가 조금 더 완화해서라도 임대주택 공급호수를 늘일 수 있다는 것은 충분히 예상된다고 주장하나, 청구법인이 쟁점부동산을 취득하기 전에 OOO와 사전협의 및 사전검토단의 검토를 통하여 미리 용적률에 관하여 논의한 점을 고려할 때 쟁점토지의 취득시점에 용적률 상향대상이 될 것이라는 점을 예상했어야 한다는 처분청의 주장은 합리적이지 못하다. (다) OOO의 공석으로 인해 보고체계가 변경되면서 의견취합이 완료된 통합심의상정이 취소되고 5개월가량 지연되어 상정되었는바, 이 역시 청구법인이 쟁점부동산을 취득할 당시 예측할 수 없는 사유이다. 청구법인은 2020년 11월 26일 예정되었던 통합심의 상정을 위한 심의자료배포 및 심의위원 의견 취합이 완료된 상태였으나, OOO의 공석으로 인해 OOO이 직무대행을 하게 되어 OOO공공지원민간임대주택 관련 보고체계가 주택정책실장 보고에서 부시장 보고로 확대되었고, 통합심의 예정일 이틀 전 열린 부시장 내부보고에서 용적률 및 높이에 대한 이슈가 제기됨에 따라 통합심의 하루 전날 OOO로부터 일방적인 통합심의 상정 취소 통보를 받았다. 이후 가장 빠르게 상정될 수 있는 2021년 1차 통합심의(2021.01.27)에 상정하려 하였으나, 용적률 1,000% 이하 개발을 요구하는 OOO와 기존안을 유지하려는 주택공급과 간의 이견이 존재하는 상황에서 청구법인이 중간에서 할 수 있는 노력이 제한적이었고, 결국 OOO이후, OOO이 부임된 후에 결정하자는 OOO요청에 따라 재보궐선거 직후인 2021년 4월 28일 통합심의에 안건이 상정될 수 있었다. 즉, 사전자문을 통하여 10개월간 당초 청구법인의 계획에 반하여 용적률 상향을 제안했던 OOO가 예상치 못한 OOO유고에 따른 보고체계 및 결정주체의 변화로 인하여 적용 용적률에 대해 기존과 다른 의견을 제시한 특별한 상황으로, 청구법인이 쟁점부동산을 취득할 당시에 OOO의 정책기조 변화를 충분히 예상했었어야 했다는 처분청 주장은 현실적으로 불가능한 요구이다.

(3) 청구법인은 공동주택 착공을 위한 정상적이고 진지한 노력을 다하였다. 부동산개발사업은 일반적으로 대규모 차입금을 재원으로 하여 부동산을 취득하고 개발하여 수익을 얻는 사업으로 대규모 차입금에 대한 금융비용부담을 경감 등 수익성을 위해서 사업인허가 기간을 포함한 개발기간 동안에 빠른 진행이 필수적으로, 토지취득으로 인하여 자금을 집행하게 되면 그 이후로는 차입금에 대한 금융비용이 발생되므로 실제로 자금이 집행되는 토지 취득 이전에 개발사업 동안의 발생가능한 사건을 미리 준비하고 최대한 빠르게 개발이 진행될 수 있도록 최선의 노력을 다할 수밖에 없는 사업이다. 실제로 인허가 지연으로 인하여 지연기간동안 이자비용, 자산운용보수 등이 지출되면서 예상보다 금액이 증가하였고, 총 3회의 대출에 따른 취급수수료 및 등기비용도 OOO가량 발생하였으며, 당초 청구법인의 예상대로 2020년 6월에 인허가가 완료되었다면 약 OOO가량의 금융비용은 발생되지 않았을 것인 바, 이러한 상황에서 청구법인이 인허가과정에서 지연될 요인을 제공할 이유가 없음은 당연한 사항이다. 처분청은 약 5개월 동안 한달에 두번 정도 열리는 통합심의위원회에 다시 안건을 상정하기 위해 용적률 하향, 추가시설 설치 검토 등 인허가 관련부서인 도시재생과와 협의를 위한 적극적인 노력이 부족했던 것으로 보고 있으나, 5개월간의 기간은 OOO의 주택공급과와 도시재생과 간의 의견차이로 지연된 시간일 뿐 청구법인이 이를 단축시킬 수 있는 상황이 아니었다. 또한, 혹여라도 단축시킬 여지가 있었다고 하더라도 대법원 및 조세심판원에서 시간을 단축시킬 방법을 선택하지 아니하고 시차를 두어 절차가 진행되었다 하더라도 정상적이고 진지한 노력을 다한 것이라고 판시하고 있음을 고려할 때 이러한 이유로 인하여 정당한 사유에 해당한다.

  • 나. 처분청 의견 청구법인은 2019.10.29. 쟁점부동산을 취득하고 2021.12.30. 공동주택 건축을 위한 착공을 하여지방세특례제한법제31조 제1항의 단서에서 정한 법정기한(2년)을 2개월가량 경과하였고, 청구법인이 쟁점부동산을 취득하고 2년 이내에 공동주택을 착공하지 못한 것에 정당한 사유가 존재하지 않는다. (1)지방세특례제한법제31조는 공공주택 특별법에 따른 공공주택사업자 및 민간임대주택에 관한 특별법에 따른 임대사업자가 임대할 목적으로 공동주택을 건축하여 전용면적 OOO이하인 공동주택 또는 오피스텔을 취득하는 경우에는 2021년 12월 31일까지 취득세를 면제한다고 규정하면서, 다만 토지를 취득한 날로부터 정당한 사유 없이 2년 이내에 공동주택을 착공하지 아니한 경우에는 제외한다고 규정하고 있다. 정당한 사유는 법령에 의한 금지, 제한 등 납세자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유를 뜻하는 것이 원칙이고, 납세자의 내부적인 사유의 경우에는 고유 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력과 추진을 다하고도 시간적인 여유가 없어 납세자의 과실 없이 그 기간을 넘긴 경우를 의미한다. 즉, 취득 토지를 감면 목적에 사용하지 못한 사유가 행정관청의 사용금지ㆍ제한 등 외부적인 사유로 인한 것이거나 내부적으로 토지를 고유 업무에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없거나 객관적인 사유로 인하여 부득이 고유 업무에 사용하지 못한 경우를 의미한다(대법원 2004.4.28. 선고 2002두11752 판결).

(2) 청구법인이 쟁점부동산을 취득하고 유예기간에 착공하지 못한 정당한 사유가 존재하지 않는다. 청구법인은 쟁점토지에서 역세권 청년주택사업을 추진하고 있는데 이러한 공공지원민간임대주택사업의 경우 건폐율 및 용적률 상한, 층수 제한에 있어서 법령상 완화된 기준이 적용된다(민간임대주택에 관한 특별법 제21조, 제35조). 또한, 쟁점부동산은 민간임대주택에 관한 특별법에 따라 시도지사가 공공지원민간임대주택을 원활하게 공급하기 위한 목적으로 지정한 공공지원민간임대주택 공급촉진지구에 해당하는바, 촉진지구의 경우 ‘시의회 의견청취, 도시계획위원회 심의, 도시건축공동위원회 심의’에 갈음하는 통합심위원회 심의를 거쳐 사업계획승인 고시를 받을 수 있다. 역세권 청년주택 사업 설명자료에 의하면, 상업지역의 주거비율은 전체의 90%까지 완화되어 용적률 680% 이상 적용될 수 있다고 고지하고 있고, OOO역세권 청년주택 건립 및 운영기준에 의하면, 상한용적률은 민간임대주택에 관한 특별법 제21조 및 제35조 또는 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령 제46조에 따라 용적률 상한까지 완화할 수 있다고 규정하고 있다. OOO지구단위계획 결정 및 지형도면 고시에 의하면, OOO일대는 특별계획구역에 해당되어 용적률의 상한은 법적용적률의 2배 이하로 되어 있어, 통합심의위원회 사전검토단은 2019.10.16. 회의에서 위 OOO지구단위계획을 검토하였고, 2020.1.30. 필요시 추가 공공기여 등 청년 관련 시설을 추가확보하는 방안을 검토하라는 의견을 제시하였다. 이러한 사정을 종합해보면 청구법인은 민간임대주택에 관한 특별법에 따른 공공지원민간임대주택을 공급하는 역세권 청년주택 사업의 특성상 용적률이 680% 이상으로 상향될 수 있다는 점을 충분히 알 수 있거나 조금만 주의를 기울였더라도 쉽게 알 수 있었던 상황으로 보이므로 통합심의위원회에서의 용적률 변경을 요청하였다 하더라도 이는 정당한 사유가 인정될만한 외부적 사유라고 보기 어렵다. 청구법인이 제출한 사업계획서에 의하면 공동주택의 층수는 29층으로 설계되어 있었는바, 용적률 변경으로 1층만 높아져도 특정소방대상물로서 성능위주설계대상이 되므로 대규모 사업을 시행하는 청구법인의 입장에서는 법령상 요구되는 평가 절차에 관하여 사전 준비 및 검토 작업을 착수했어야 하므로 용적률 상향으로 인해 성능위주설계대상이 되었다는 점이 정당한 사유로 보기 어렵다. 통합심의위원회 구성은 국토교통부, 국방부 농림축산식품부, 환경부, 행정안전부, 산림청 등 사전협의를 거치는 행정기관 및 지정권자 소속의 관계 부서의 장으로서 5급 이상의 공무원으로 구성되어 있고, 공무원인 위원이 참석하지 못할 경우에는 해당 행정기관의 소속공무원을 대리참석하게 할 수 있으므로 OOO공석으로 인한 보고체계가 변경되었다는 사유가 통합심의위원회 일정 지연과 직접적으로 연관된다고 보기 어렵다. 2021.4.28.자 통합심의위원회의 심의결과를 보면, 높이기준 완화에 따른 추가 공공기여 또는 높이계획 하향 조정 검토, 안심상가 등 자치구 요구사항은 해당 자치구 및 주관부서와 협의하여 결정할 것을 이유로 심의를 보류하고 있는바, 적절한 용적률에 대한 논의가 계속 진행 중이었던 것으로 보이며, 2021.5.14.자 통합심의위원회에서 용적률은 1157.56%로 최종 결정되었으므로 OOO공석으로 인한 보고체계 변경으로 통합심의위원회 일정이 지연되었다는 청구주장은 정당한 사유로 보기 어렵다. 따라서, 청구법인이 주장하는 용적률 변경, 성능위주설계 대상 지정, OOO공석으로 인한 보고체계 변경으로 인한 통합심의위원회 일정 지연 등은 청구법인이 예측할 수 없었던 외부적 장애사유라고 보기 어렵다.

(3) 청구법인은 공동주택 착공을 위한 정상적이고 진지한 노력을 다하지 않았다. 청구법인은 쟁점부동산을 취득하기 전에 통합심의위원회 사전검토단 회의를 하였을 뿐, 용적률 상향 및 성능위주설계평가 절차를 위한 준비를 미리 착수한 사실이 없다. 청구법인은 2020.11.10. 개최된 성능위주설계평가 회의(1차)에서 세대별 하향식 피난구 적용 등 107건의 보완요구를 받았고, 그로부터 9개월 후인 2021.8.3. 개최된 2차 성능위주설계평가 회의(2차)에서 재심의 통보를 받았으며, 2021.9.14. 개최된 성능위주설계평가 재심의 회의에서 적합 통보를 받았는바, 성능위주설계평가에 10개월 정도의 시간이 소요되었다. 청구법인이 조금만 주의를 기울였다면 쟁점부동산을 취득하기 이전에 유예기간 내에 공동주택을 착공할 수 있도록 사전에 장애사유를 해소할 수 있었던 상황에서 청구법인은 용적률 상향 및 성능위주설계평가에 대한 사전 준비를 하지 않는 등 사업계획승인고시를 받기 위한 사전준비 절차를 충분히 진행하지 않았으므로 청구법인이 쟁점부동산을 유예기간 내에 착공하기 위하여 정상적이고 진지한 노력을 다하였다고 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁점 청구법인이 쟁점부동산을 취득하고 유예기간(2년)에 건축공사에 착공하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부
  • 나. 관련 법률 지방세특례제한법 제31조(임대주택 등에 대한 감면) ①공공주택 특별법에 따른 공공주택사업자 및 민간임대주택에 관한 특별법에 따른 임대사업자[임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물{2020년 7월 11일 이후민간임대주택에 관한 특별법(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제5조에 따른 임대사업자등록 신청(임대할 주택을 추가하기 위하여 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)을 한 같은 법 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 “장기일반민간임대주택”이라 한다) 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이거나 같은 조 제6호에 따른 단기민간임대주택(이하 이 조에서 “단기민간임대주택”이라 한다)인 경우 또는 같은 법 제5조에 따라 등록한 단기민간임대주택을 같은 조 제3항에 따라 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제2조 제4호에 따른 공공지원민간임대주택이나 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다}로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 말하되, 토지에 대해서는 주택법 제15조에 따른 사업계획승인을 받은 날 또는건축법 제11조에 따른 건축허가를 받은 날부터 60일 이내로서 토지 취득일부터 1년 6개월 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 “임대사업자”라 한다]가 임대할 목적으로 공동주택(해당 공동주택의 부대시설 및 임대수익금 전액을 임대주택관리비로 충당하는 임대용 복리시설을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 건축하는 경우 그 공동주택에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2024년 12월 31일까지 감면한다. 다만, 토지를 취득한 날부터 정당한 사유 없이 2년 이내에 공동주택을 착공하지 아니한 경우는 제외한다.

1. 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택을 취득하는 경우에는 취득세를 면제한다. 2.민간임대주택에 관한 특별법또는공공주택 특별법에 따라 10년 이상의 장기임대 목적으로 전용면적 60제곱미터 초과 85제곱미터 이하인 임대주택(이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다)을 20호(戶) 이상 취득하거나, 20호 이상의 장기임대주택을 보유한 임대사업자가 추가로 장기임대주택을 취득하는 경우(추가로 취득한 결과로 20호 이상을 보유하게 되었을 때에는 그 20호부터 초과분까지를 포함한다)에는 취득세의 100분의 50을 경감한다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2019년 10월 청년임대주택사업을 영위할 목적으로 설립된 위탁관리부동산투자회사로서, 부동산의 취득ㆍ관리ㆍ개량 및 처분, 부동산의 임대차, 부동산의 개발 등의 방법으로 투자ㆍ운용하여 얻은 수익을 주주에게 배당하는 것을 목적으로 하고 있다. (나) 청구법인은 쟁점부동산을 매수하여 청년임대주택을 개발하고 8년간 임대한 후 청산할 목적으로 민간임대주택에 관한 특별법에 따라 등록을 완료하였고, 임대주택은 민간임대주택에 관한 특별법에 따라 지정된 공공지원민간임대주택 공급촉진지구에 건설하는 민간임대주택으로서, 청구법인이 8년간 임대할 목적으로 취득하여 임대료 및 임차인의 자격 제한 등을 받아 임대하는 민간임대주택인 공공지원민간임대주택에 해당한다. (다) 청구법인은 2019.10.16. 쟁점부동산에 역세권 청년주택(공공지원민간임대주택) 사업계획을 OOO에 제출하였고, 2019.10.29. 쟁점부동산을 취득하였으며, 2021.10.21. OOO으로부터 주택건설사업계획 승인을 받아, 2021.12.30. 쟁점부동산에 임대주택 건축을 위한 착공을 하였다. (라) OOO역세권 청년주택 건립 및 운영기준에 의하면, 상한용적률은민간임대주택에 관한 특별법제21조 및 제35조 또는국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령제46조에 따라 용적률 상한까지 완화할 수 있다고 규정하고 있다. (마) OOO역세권 청년주택 사업 홍보 소책자 및 사업설명서에는, 준주거지역을 일반상업지역으로 용도변경 하는 경우 기본용적률을 680%로 정하고 있고, 사업접수 후 건축인허가까지 평균 6개월이 소요되는 것으로 나타난다. (바) 청구법인이 통합심의위원회 사전검토단 자문에 상정한 2020년 1월 이전에 청구법인이 참고한 본 건과 동일한 제2종, 제3종 일반주거지역 및 준주거지역에서 일반상업지역으로 용도변경 받은 사업지의 용적률은 아래와 같고, 청구법인은 680% 용적률을 계획하였다. <사업지 용적률 현황> (사) 청구법인이 쟁점부동산에 건축할 역세권 청년임대주택에 대한 사업진행사항에 대하여 제출한 자료는 아래와 같다. <역세권 청년임대주택 사업진행 내용> (아) 청구법인은 역세권 청년주택에 대한 인허가 지연으로 인하여 약 OOO 가량의 금융비용이 발생되었다고 주장하며, 아래와 같은 자료를 제출하였다. <금융비용 발생 내용> (단위: 원)

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가)지방세특례제한법제31조 제1항에서민간임대주택에 관한 특별법에 따른 임대사업자가 임대할 목적으로 공동주택을 건축하는 경우 그 공동주택에 대해서는 취득세를 감면하되, 토지 취득일부터 2년 이내에 정당한 사유 없이 공동주택을 착공하지 아니한 경우 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다. 위 조항에 규정한 ‘정당한 사유’라 함은 법령에 의한 금지ㆍ제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론, 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 당해 사업에 대한 취득세 등을 감면하는 입법취지를 충분히 고려하면서 그 목적사업에 직접 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 직접 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다. (나) 처분청은 청구법인이 쟁점부동산의 취득일부터 2년 이내에 공동주택을 착공하지 아니한 것에 정당한 사유가 없다는 의견이다. 그러나, 청구법인은 2019.10.29. 쟁점부동산을 취득하기 전인 2019.10.16. OOO의 역세권 청년주택사업 사전검토단에 건축허가와 관련한 용적률(684.76%)을 검토․의뢰하여 검토를 완료 받은 후, 쟁점부동산에 청년임대주택을 건축하고자 건축허가신청을 하면서 OOO에서 건축허가를 한 다른 청년임대주택의 용적률을 참고하여 그 수준에 적합(680%)하게 건축허가를 신청하였으나, 허가권자인 OOO이 청구법인이 제시한 용적률을 변경하도록 요구하여 전체적인 개발계획이 변경되었고, 용적률 변경으로 인하여 추가적으로 성능위주설계를 변경하게 되어 착공기간이 약 10개월 지연된 것으로 보이는 점, OOO의 역세권 청년주택 운영기준 등에서 OOO가 용적률 상향을 제안할 수 있도록 규정하고 있으나, 용적률 상향 여부에 대한 결정은 청구법인이 아닌 허가권자인 OOO의 고유권한으로서 청구법인 입장에서는 사실상 용적률 상향대상이 되는지 여부를 알 수 없을 뿐만 아니라 이를 예측하기도 어려운 점, 청구법인은 쟁점부동산 취득 후 여러 차례 OOO통합심의위원회 심의와 도시재생과․주택공급과 간의 내부협의를 거쳐 2021.10.21. 청년임대주택 사업계획승인 고시가 있은 후, 2021.12.24. 처분청의 건설감리자 선정이 확정되고 6일 후인 2021.12.30. 건축착공을 하였는바, 청구법인은 상당한 금융비용을 감수하면서 건축공사의 착공을 지연할 이유가 없을 뿐만 아니라 유예기간을 약 2개월 경과한 후에 건축공사에 착공하여 현재 청년임대주택을 건축중인 사실을 종합해 볼 때 청구법인이 유예기간 내에 착공하지 못한 주된 사유가 행정기관의 정책 결정 지연에 따른 것으로 보는 것이 타당한 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점부동산을 취득하고 유예기간내에 건축공사를 착공하지 못한 데에는 정당한 사유가 있는 것으로 보는 것이 합리적이라 하겠다. 따라서, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로지방세기본법제96조 제6항과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)