[요지] 청구법인이 적법한 경정청구를 통해 2015사업연도의 결손금을 쟁점금액만큼 증액하지 못한 이상, 2015사업연도에서 발생한 쟁점금액이 2016사업연도의 과세표준에서 차감할 수 있는 이월결손금에 해당한다고 보기는 어려운 점 등에 비추어 쟁점부칙규정에 따라 쟁점금액을 2016사업연도 법인지방소득세 과세표준에서 차감해달라는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단됨.
[요지] 청구법인이 적법한 경정청구를 통해 2015사업연도의 결손금을 쟁점금액만큼 증액하지 못한 이상, 2015사업연도에서 발생한 쟁점금액이 2016사업연도의 과세표준에서 차감할 수 있는 이월결손금에 해당한다고 보기는 어려운 점 등에 비추어 쟁점부칙규정에 따라 쟁점금액을 2016사업연도 법인지방소득세 과세표준에서 차감해달라는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단됨.
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점부칙규정의 내용으로 볼 때, 지방자치단체의 경정 등에 의해 외국법인세액으로 조사되지 아니한 금액도 이월하여 그 이후 사업연도 과세표준에서 차감할 수 있다고 보아야 한다. (가) 쟁점부칙규정 제1항에서 ⓐ 2014년 1월 1일부터 2019년 12월 31일 이전까지 개시한 사업연도에 국외원천소득이 있는 내국법인이 ⓑ 외국법인세액을 해당 사업연도의 산출세액에서 공제하는 방법을 선택한 경우에 ⓒ 해당 사업연도의 법인지방소득세 과세표준에 외국법인세액이 포함되어 있다면, ⓓ 외국법인세액이 해당 사업연도의 법인지방소득세 과세표준을 초과하더라도, 그 초과하는 금액은 이월하여 그 이월된 사업연도의 법인지방소득세 과세표준을 계산할 때 차감할 수 있는 것으로 규정하고 있다. (나) 한편, 청구법인은 ⓐ 2015사업연도에 국외원천소득이 있는 내국법인으로서, ⓑ 외국법인세액을 2015사업연도의 산출세액에서 공제하는 방법을 선택함에 따라 ⓒ 외국납부세액을 법인지방소득세 과세표준에 포함하였던바, 2015사업연도가 결손임에 따라 ⓓ 관련 외국법인세액이 해당 사업연도의 과세표준을 초과하였으므로 이를 2016사업연도로 이월하여 2016사업연도의 법인지방소득세 과세표준을 계산할 때 차감할 수 있는 것이다.
(2) 지방자치단체의 경정 등에 의해 외국법인세액으로 조사된 금액만을 이월하여 그 이후 사업연도 과세표준에서 차감할 수 있도록 하는 것은 쟁점부칙규정의 입법취지와도 맞지 않다. (가) 쟁점부칙규정 신설과 관련한 행정안전위원회 검토보고서(2020년 11월)를 보면, 쟁점부칙규정은 외국납부세액을 법인지방소득세 과세표준에서 차감하는 것인지 여부에 대한 대법원 판결의 취지를 반영한 것으로서, OOO 그 판결에서는 법인지방소득세에서 외국법인세액이 세액공제되지 않음에도 불구하고 외국법인세액을 익금에 포함시킨다면 법인세법제57조의 규정 취지에 반하여 내국법인의 조세부담을 가중시키는 결과를 초래할 뿐만 아니라, 세액공제를 전제로 의제되는 익금에 대하여 과세가 이루어지는 것이어서 응능부담의 원칙에도 반한다고 판시한 전심 판결을 받아들인 바 있다. 이는 쟁점부칙규정에서 해당 사업연도 법인지방소득세 과세표준에 포함되었거나 해당 사업연도로 이월된 외국법인세액을 차감할 수 있도록 한 취지가, 동일한 소득에 대하여 법인지방소득세 부담이 국가 간의 중복과세에 의하여 가중되는 등 납세자의 담세력을 초과함에 따라 이를 경감시키기 위함으로 보인다. (나) 한편, 지방세기본법제50조에서 과세표준이나 세액이 지방세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하거나 이미 신고한 환급세액이 지방세법에 따라 신고하여야 할 환급세액보다 적은 경우에는 경정을 청구할 수 있는 것으로 규정하고 있으나, 이미 신고한 결손금액이 지방세법에 따라 신고하여야 할 결손금액보다 적은 경우에 대하여는 별도로 규정하고 있지 않는바, 내국법인은 신고한 법인지방소득세액이 없는 결손인 사업연도에 대하여 지방자치단체의 장에게 지방세기본법제50조에 따른 경정을 청구할 수 없는 것이다. 쟁점부칙규정도 법인지방소득세 과세표준이 외국법인세액을 상회하여 결손이 발생할 여지가 없는 경우에는 외국법인세액을 해당 사업연도 법인지방소득세 과세표준에서 차감하도록 규정하는 한편(쟁점부칙규정 제1항 전단), 법인지방소득세 과세표준이 외국법인세액에 미달하는 경우에는 지방세기본법제50조와 같이 해당 사업연도 법인지방소득세 과세표준에서 이를 차감하여 결손금을 증액하는 경정을 청구하는 것이 아닌, 이를 이월하여 그 이월된 사업연도의 법인지방소득세 과세표준에서 차감하는 경정을 청구하도록 규정하고 있다(쟁점부칙규정 제1항 후단). 따라서, 특정 사업연도가 결손인 내국법인은 해당 사업연도의 경정을 지방세기본법제50조 및 쟁점부칙규정에 따라 청구할 수 없는 것이라서, 결손인 사업연도의 외국법인세액 또한 해당 사업연도에 대한 경정에 의하여 조사될 수 없는 것인바, 결손사업연도인 2015사업연도에 추가로 발생한 쟁점금액을 그 이후 사업연도인 2016사업연도의 법인세 과세표준에서 차감할 수 있다고 보아야 한다.
(1) 청구법인은 2015사업연도의 외국납부세액인 쟁점금액을 이월하여 그 이월된 사업연도의 과세표준에서 차감하여야 한다고 주장하나, 2020.12.29. 지방세법 제103조의19가 외국납부세액이 있는 경우에는 법인세의 과세표준에서 그 금액을 제외하여 법인지방소득세의 과세표준을 산정하도록 개정하였던바, 그 부칙 제13조는 개정안의 개정 취지를 고려하여 이미 외국납부세액에 대하여 법인지방소득세를 납부한 경우 이를 환급하는 근거 규정을 특례로 마련한 것이며, 개정된 지방세법제103조의19를 적용받을 수 없었던 2014.1.1.부터 2019.12.31.까지 개시한 사업연도에 외국납부세액을 법인지방소득세의 과세표준에 포함하여 신고한 법인의 경우라면, 해당 사업연도의 법인지방소득세 과세표준에서 외국납부세액을 차감하여 그 차액을 환급받을 수 있다는 것이 주된 내용이다. 따라서, 환급이 가능한 사업연도의 범위는 2014.1.1. 이후 개시한 사업연도 중 환급결정일을 기준으로 부과제척기간 및 경정청구기간이 경과하지 않은 사업연도의 외국납부세액에 대해서만 환급이 가능한 것이며, 경정청구기간 및 부과제척기간이 도과한 사업연도는 경정결정 및 환급이 불가한 것이다.
(2) 청구법인과 같이 2015사업연도 법인지방소득세에 포함된 외국납부세액에 대하여 환급을 받기 위해서는 경정청구기한인 2021.5.3.까지 관할 지방자치단체의 장에게 경정청구를 했어야 하는데, 청구법인은 경정청구기한을 도과한 2022.4.19.에서야 이 건 경정청구를 하였으므로 경정 및 환급이 불가하다고 판단된다.
3. 심리 및 판단
(1) 청구법인 및 처분청들이 제시한 심리자료에 따르면 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 청구법인은 2015사업연도 법인지방소득세 신고시 세액공제를 전제로 쟁점금액을 과세표준에 포함시켰으나 이에 대한 세액공제는 받지 아니하였다. (나) 종전에는 법인지방소득세 산정시 외국법인세액을 법인지방소득세 과세표준에서 제외할 수 없는 것으로 해석하여 오다가, 이에 대해 대법원은 세액공제를 전제로 하여 외국법인세액을 법인지방소득세 과세표준에 포함시키는 것이므로 세액공제가 전제되지 않는다면 그 외국법인세액을 과세표준에서 차감하는 것이 타당하다는 취지로 판결하였다. (다) 이에 행정안전부는 2020.8.11. 각 지방자치단체에 법인지방소득세 외국납부세액 관련 환급지침을 통보하였고, 그 주요내용은 다음과 같다. [행정안전부 시달 법인지방소득세 외국납부세액 관련 환급지침] [환급금액] ㅇ‘법인이 기 납부한 법인지방소득세액’과 ‘법인지방소득세 과세표준에서 외국납부세액을 차감하여 재계산한 법인지방소득세액’의 차액을 환급 [환급 대상 사업연도] ㅇ경정청구기간 및 부과의 제척기간이 지나지 않은 사업연도의 외국납부세액에 대해서만 이 지침에 의해 환급이 가능하며, -경정청구기간 및 부과의 제척기간이 도과한 사업연도는 현행 지방세관계법 및 이 지침에 근거해서는 경정결정 및 환급 불가 ㅇ2019.12.31. 지방세법 개정에 따라, 2019.12.31.이 속하는 사업연도의 법인지방소득세 과세표준은 법인세 과세표준과 동일한 금액이므로, -2019.12.31.이 속하는 사업연도의 외국납부세액은 현행 지방세법 및 이 지침에 근거해서는 환급 곤란 ㅇ다만, 행정안전부는 경정청구기간 및 부과의 제척기간이 도과한 사업연도와 2019.12.31.이 속하는 사업연도에 대해서도 경정청구 및 감액경정이 가능하도록 지방세법 개정 추진 중이므로, 개정법률 시행 후(2021.1.1. 예상) 환급 추진 (라) 이후 2021.1.1. 시행된 개정지방세법 제103조의19 제2항이 신설되어 법인세 과세표준에 국외원천소득이 포함되어 있는 경우로서 외국납부세액공제 방식을 채택하는 경우에는 같은 조 제1항에 따른 외국법인세액을 법인지방소득세의 과세표준에서 차감한 금액을 법인지방소득세 과세표준으로 하도록 개정되었고, 쟁점부칙규정 제1항에서 2014.1.1.～2019.12.31. 개시한 사업연도의 외국법인세액에 대하여 소급 적용할 수 있도록 하였으며, 쟁점부칙규정 제2항에서 2021.1.1. 전에 경정청구 기한이 경과한 경우라 하더라도 2021.6.30.까지 경정청구를 할 수 있도록 규정하였다. (마) 청구법인은 쟁점부칙규정을 근거로 쟁점금액을 2015사업연도 법인세 과세표준에서 차감할 경우, 2016사업연도의 각 사업연도소득금액에서 차감하여야 할 이월결손금이 쟁점금액만큼 증가하여 ＜별지1＞ 기재와 같이 2016사업연도 법인지방소득세 합계 OOO원이 환급되어야 한다는 취지로 2022.4.19. 각 처분청들에 경정청구를 제기하였다. (바) 청구법인의 2015사업연도 법인지방소득세 신고기한은 2016.5.2.(2016.4.30. 토요일 및 2016.5.1. 일요일)이므로 경정청구 기한은 2021.5.3.(2021.5.2. 일요일)까지이다. (사) 당초 법인세법제13조 제1호에서 공제가능한 ‘이월결손금’을 규정하면서 10년 이내에 발생한 결손금 중 공제되지 아니한 금액으로 규정하고 있다가, 2009.12.31. 법률 제9898호로 이를 개정하면서 후단 규정을 신설하여 ‘신고하거나 결정‧경정되거나, 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금’으로 이를 한정하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 청구법인은 2015사업연도가 결손사업연도이기 때문에 쟁점부칙규정 제1항 전단을 적용하여 2015사업연도 법인지방소득세를 곧바로 환급받을 수는 없는 것인바, 2015사업연도 법인지방소득세 과세표준에서 차감하여야 할 쟁점금액은 쟁점부칙규정 제1항 후단에 따라 그 이후 사업연도인 2016사업연도의 법인지방소득세 과세표준에서 차감하는 것이 타당하다고 주장한다. 그러나, 2020.12.29. 지방세법제103조의19 제2항 및 쟁점부칙규정의 신설취지 등을 감안하면, 쟁점부칙규정 제1항은 개정지방세법이 시행되기 전에 사업연도가 이미 종료되어 납세의무가 성립한 것에 대해서도 일반적인 경정청구의 방법에 따라 개정내용을 소급적용해주기 위한 ‘적용범위’의 특례규정으로 보이고, 쟁점부칙규정 제2항은 개정지방세법이 시행되기 전에 경정청구 기한이 이미 경과한 경우에 대하여 2021.6.30.까지 그 경정청구 기한을 늘려주기 위한 ‘기한’의 특례규정으로 보이는 점, 개정지방세법이 시행된 2021.1.1. 현재를 기준으로 보면, 청구법인의 2015사업연도 법인지방소득세에 대한 일반적인 경정청구는 기한(2021.5.3.)이 남아 있는 상태였으므로 그 2015사업연도가 쟁점부칙규정 제2항의 적용대상이라고 보기 어려운 한편, 청구법인이 그 당시 2015사업연도에 대한 일반적인 경정청구를 제기하지 않아 처분청으로서는 쟁점부칙규정 제1항에 따라 법인지방소득세 과세표준에서 쟁점금액을 차감하여 2015사업연도의 결손금을 증액하는 경정을 할 수도 없었던 점, 한편, 지방세법제103조의19 제1항에서 법인지방소득세의 과세표준은 법인세법제13조에 따라 계산한 법인세의 과세표준과 동일한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 법인세법제13조 및 그 제1호 후단에서 각 사업연도의 소득금액에서 공제가능한 결손금은 ‘신고하거나 결정‧경정되거나 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금’에 한정한다고 규정하고 있는바, 청구법인이 적법한 경정청구를 통해 2015사업연도의 결손금을 쟁점금액만큼 증액하지 못한 이상, 2015사업연도에서 발생한 쟁점금액이 2016사업연도의 과세표준에서 차감할 수 있는 이월결손금에 해당한다고 보기는 어려운 점 등에 비추어 쟁점부칙규정에 따라 쟁점금액을 2016사업연도 법인지방소득세 과세표준에서 차감해달라는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지1＞ 병합사건 내역 OOO ＜별지2＞ 관련 법령 등
(1) 지방세법(2020.12.29. 법률 제17769호로 일부 개정된 것) 제103조의19(과세표준) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 법인세법 제13조에 따라 계산한 법인세의 과세표준(조세특례제한법 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정과 관련된 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 법인세의 과세표준)과 동일한 금액으로 한다.
② 제1항에도 불구하고 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세 과세표준에 국외원천소득이 포함되어 있는 경우로서 법인세법 제57조에 따라 외국 납부 세액공제를 하는 경우에는 같은 조 제1항에 따른 외국법인세액(이하 “외국법인세액”이라 한다)을 이 조 제1항에 따른 금액에서 차감한 금액을 법인지방소득세 과세표준으로 한다. 이 경우 해당 사업연도의 과세표준에 법인세법 제57조 제2항 단서에 따라 손금에 산입한 외국법인세액이 있는 경우에는 그 금액을 이 조 제1항에 따른 금액에 가산한 이후에 전단의 규정을 적용한다.＜신설 2020.12.29.＞
③ 제2항 전단에 따라 차감하는 외국법인세액이 해당 사업연도의 제1항에 따른 금액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액은 해당 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 15년 이내에 끝나는 각 사업연도로 이월하여 그 이월된 사업연도의 법인지방소득세 과세표준을 계산할 때 차감할 수 있다.
④ 제2항 및 제3항을 적용할 때 차감액의 계산 방법, 이월 방법 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제103조의23(과세표준 및 세액의 확정신고와 납부) ① 법인세법 제60조에 따른 신고의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 4개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 지방자치단체의 장에게 신고하여야 한다. 부 칙 ＜법률 제17769호, 2020.12.29.＞ 제1조(시행일) 이 법은 2021년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제93조제12항, 제111조의2, 제112조, 제113조 및 제123조의 개정규정은 공포한 날부터, 제71조제1항의 개정규정은 공포 후 1년이 경과한 날부터, 제93조제17항의 개정규정은 2023년 1월 1일부터, 제103조의46제1항의 개정규정은 2024년 1월 1일부터 시행한다. 제13조(종전에 납부한 외국납부세액의 환급에 관한 특례) ① 2014년 1월 1일부터 2019년 12월 31일 이전까지 개시한 사업연도에 국외원천소득이 있는 내국법인이 종전의 법인세법(법률 제17652호 법인세법 일부개정법률에 따라 개정되기 전의 것을 말한다) 제57조 제1항 제1호에 따라 외국법인세액을 해당 사업연도의 산출세액에서 공제하는 방법을 선택한 경우로서 해당 사업연도의 법인지방소득세 과세표준에 외국법인세액이 포함된 경우에는 이미 납부한 해당 사업연도의 법인지방소득세액과 해당 사업연도의 법인지방소득세 과세표준에서 외국법인세액을 차감하여 계산한 해당 사업연도의 법인지방소득세액과의 차액을 지방세기본법 제60조에 따라 환급받을 수 있다. 이 경우 외국법인세액이 해당 사업연도의 법인지방소득세 과세표준을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액은 해당 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 10년 이내에 끝나는 각 사업연도로 이월하여 그 이월된 사업연도의 법인지방소득세 과세표준을 계산할 때 차감할 수 있다.
② 제1항에 따라 환급을 받으려는 내국법인은 이 법 시행 전에 지방세기본법 제50조 제1항의 경정청구 기한이 경과한 경우라 하더라도 2021년 6월 30일까지 납세지 관할 지방자치단체의 장에게 경정을 청구할 수 있다. 이 경우 경정을 청구받은 지방자치단체의 장은 지방세기본법 제50조 제3항에 따른 처분을 하여야 한다.
(2) 지방세기본법 제20조(해석의 기준 등) ① 이 법 또는 지방세관계법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 목적에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다. 제50조(경정 등의 청구) ① 이 법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제51조 제1항에 따른 납기 후의 과세표준 신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내[지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정이 있음을 안 날(결정 또는 경정의 통지를 받았을 때에는 통지받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)를 말한다]에 최초신고와 수정신고를 한 지방세의 과세표준 및 세액(지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액 등을 말한다)의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다. 1.과세표준 신고서 또는 납기 후의 과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액(지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 지방세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때 제60조(지방세환급금의 충당과 환급) ① 지방자치단체의 장은 납세자가 납부한 지방자치단체의 징수금 중 과오납한 금액이 있거나 지방세법에 따라 환급하여야 할 환급세액(지방세관계법에 따라 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있을 때에는 공제한 후 남은 금액을 말한다)이 있을 때에는 즉시 그 오납액, 초과납부액 또는 환급세액을 지방세환급금으로 결정하여야 한다. 이 경우 착오납부, 이중납부로 인한 환급청구는 대통령령으로 정하는 바에 따른다.
② 지방자치단체의 장은 지방세환급금으로 결정한 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 다음 각 호의 지방자치단체의 징수금에 충당하여야 한다. 다만, 제1호(지방세징수법 제22조제1항 각 호에 따른 납기 전 징수 사유에 해당하는 경우는 제외한다) 및 제3호의 지방세에 충당하는 경우에는 납세자의 동의가 있어야 한다.
1. 납세고지에 따라 납부하는 지방세
2. 체납액
3. 이 법 또는 지방세관계법에 따라 신고납부하는 지방세
(3) 법인세법(2009.12.31. 법률 제9898호로 일부 개정된 것) 제13조(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위안에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다.
1. 각 사업연도의 개시일전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액. 이 경우 결손금은 제14조제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정·경정되거나, 국세기본법 제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금에 한정한다.
(4) 법인세법(2009.12.31. 법률 제9898호로 일부 개정되기 전의 것) 제13조(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위안에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다.
1. 각 사업연도의 개시일전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액
2. 이 법 및 다른 법률에 의한 비과세소득
3. 이 법 및 다른 법률에 의한 소득공제액