산업단지 내 취득세가 감면된 쟁점토지에 대하여 유예기간 내에 정당한 사유 없이 직접 사용하지 않았다고 보아 취득세를 추징한 처분의 당부

[참조결정] 조심2014지0338

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2014.9.3. OOO토지 OOO㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에 대한 분양계약을 체결하고 2018.4.16. 총분양대금 OOO원을 완납하여 쟁점토지를 취득한 후 지방세특례제한법제78조 제4항 제2호의 산업단지 등에 대한 감면 규정에 따라 취득세의 75%를 감면받았다.
• 나. 처분청은 2022.4.15. 현장 출장 결과, 감면 유예기한 3년 만료일후 1년이 경과한 시점까지 유치권 행사 등으로 건축공사 중단 상태임을 확인하고, 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하여 지방세특례제한법 제78조 제5항 제1호의 추징사유에 해당한다고 보아 2022.5.16. 세무조사결과 통지 후 2022.7.12. 청구법인에게 취득세 등 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.7.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 유예기간 3년 내에 해당 용도로 사용하지 못하였다는 의견이나, 청구법인은 쟁점토지를 사용하기 위해 취득 직후부터 많은 노력, 시간 및 자금을 들였지만 시공업체의 부실시공 등으로 사용하지 못하였고 이는 정당한 사유에 해당한다. 쟁점토지의 취득 당시 고유목적을 위한 공사에 방해될 만한 요인(토지 소유권 분쟁 등)이 전혀 없었고 청구법인은 취득 이후 지체 없이 설계에 착수하여 공사업체를 선정하였다. 처분청은 청구법인이 유예기간 만료일인(2021.4.16.)까지 7개월도 남지 않은 시점인 2020.9.25. 착공하였고 이를 부당한 사유로 참작하여 이 건 처분을 한 것으로 보이나, 청구법인이 2018.4.16. 취득 직후 지체 없이 설계에 들어간 사실은 감리표준 계약서(2018.12.13.) 등으로 확인된다. 해당 규모의 공사는 설계변경 등의 과정을 통해 일반적으로 공사기간이 1～2년 늦어질 수 있다는 사실을 참작하지 못한 판단이다. 또한 처분청은 세무조사 시 현장 출장하여 유치권 행사 중인 사실을 확인하고 청구법인에게 귀책사유가 있다고 보아 이 건 처분을 하였으나, 유치권 여부는 현재 소송 중인데, 시공업체가 공사대금을 받았음에도 공사진행을 않은 채 현장을 무단 방치함에 따라 청구법인이 건설계약을 해지하려고 하자 시공업체가 유치권을 주장하고 있는 것으로서, 건설을 맡은 건설회사의 문제는 내용증명 등을 통해 입증되고 청구법인에게 귀책이 없으므로 이는 유예기간 내 고유목적으로 사용되지 못할 정당한 사유이다. 한편 이러한 내용을 조사과정에서 질의를 받은 바 없다. 처분청은 조사과정에서 쟁점토지에서의 건축이 중단된 사실에 이르기까지 정당한 사유가 있었는지에 대하여 구두로 질의를 하거나 자료를 요구한 적이 없었고 소명의 기회를 주지 않았던바, 청구법인은 과세전적부심에 직접 출석하여 의견진술을 하였으나 제대로 심리를 받지 못하였다. 이상과 같이 청구법인은 쟁점토지 취득 후 사용하기 위해 노력, 시간, 돈을 들였음에도 공사문제로 누구보다 가장 큰 피해를 받고 있다. 처분청이 사실관계를 조금만 살폈으면 청구법인에게 취득세를 부당하게 감면받으려는 목적이 없었음을 알 수 있었을 것이다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 취득이후 지체 없이 설계 및 공사업체를 선정하여 착공하였고, 건설을 맡긴 건설회사의 문제는 내용증명을 통해 입증되며 이는 취득 이후 유예기간 내 고유목적으로 사용되지 못할 정당한 사유라고 주장하나, 취득 후 설계에 착수하였다는 것은 준비과정에 불과하여 직접 사용과 관계가 없고, 또한 설계변경 등으로 공사기간이 1∼2년 늦어질 수 있다거나 공사문제로 시공사와 소송 중인 것이 유예기간내 감면목적에 사용하지 못한 정당한 사유가 될 수 없다. 청구법인의 착공 시기는 감면 유예기한 만료일(2021.4.16.)까지 7개월도 채 남지 않은 시점(2020.9.25.)이었다. 그나마도 공사는 유예기한을 초과하여, 급기야 2021.11.23.에는 청구법인이 도급계약 해제를 통보하였고 결과적으로 시공사의 유치권 행사를 초래하였다(유치권 소송 결과와 관계없이 청구법인의 공사중단 고지로 시공사가 유치권을 행사한 것으로서 공사중단 상태임은 청구법인도 인정하고 있다). “정당한 사유”란 그 취득 토지를 고유 업무에 사용하지 못한 사유가 행정관청의 사용금지·제한 등 외부적인 사유로 인한 것이거나 또는 내부적으로 토지를 고유 업무에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 고유 업무에 사용할 수 없는 경우에 해당(대법원 2002.9.4. 선고 2001두229 판결)하여야 하는데, 청구법인이 취득 시 제출한 공장설립사업계획서의 공장건설계획 착공예정일(2018년 12월)보다 1년 9월 지연하여 착공[2020년 9월, 취득일(2018.4.16.) 부터 감면유예기한(3년, 2021.4.16.)까지 7개월 정도 남아있는 시점]했는데 착공까지는 공사에 방해가 될 만한 요인이 없었다고 하였으며, 청구법인이 제출한 자료 어느 곳에서도 고유 업무에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하였다거나 그럼에도 시간적인 여유가 없었다고 볼 만한 근거가 없고, 청구법인이 제출한 내용증명 등은 청구법인과 시공사 간 분쟁에 대한 내부적인 사정일 뿐, 행정관청의 사용금지·제한 등의 정당한 사유로 인정할 만한 사안은 전혀 없었다. 한편 청구법인은 조사과정에서 질의를 받은 바 없다고 주장하나, 청구법인은 사전통지를 받은 후 정당한 사유 문의에 대한 안내에 따라 소명서를 제출하였다. 따라서 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하여 추징한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 산업단지 내 취득세가 감면된 쟁점토지에 대하여 유예기간 내에 정당한 사유 없이 직접 사용하지 않았다고 보아 취득세를 추징한 처분의 당부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞에 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2014.9.3. OOO토지 OOO㎡에 대해 OOO와 분양계약을 체결하고 2018.4.16. OOO원에 취득하였으며, 2018.4.17. 처분청에 산업단지 등에 대한 감면으로 신청하여 취득세의 75%인 OOO원을 감면받았다.

(2) 심리자료에 의하면 청구법인의 쟁점토지 사용과 관련하여 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2018.4.17. 감면신청 당시 업종은 제조 및 도소매, 생산품명은 자동차부품, 유무선 전자기계, STS금속가공제품, 상하수도공법 기자재이고, 사업장 규모는 공장 2동 연면적 OOO㎡로, 착공예정일을 2018년 12월, 준공예정일 및 사업시작일을 2019년 6월로 작성한 공장설립계획서를 제출하였다. (나) 청구법인은 2018.12.13. 건축사 AAA과 ‘건축물의 공사감리 표준계약서’를 작성하였고, 2019.9.26. 쟁점토지에 지상 2층, 연면적 OOO㎡의 공장용 건축물 신축을 위한 건축허가를 받았다. (다) 청구법인은 아래 ＜표＞와 같이 2020.5.13. 수급인 ㈜BBB과 공사도급계약을 체결하였다가 2020.9.11. 수급인을 CCC㈜(이하 “CCC”이라 한다)로 변경하였고, 2020.9.25. 착공신고서를 교부받았다. ＜표＞ 공사도급 계약 내용 (라) 청구법인과 CCC은 공사중지, 임의 공사진행, 건축자재, 준공지연, 공사대금 등의 문제로 2020.11.23.부터 2021.11.25.까지 수차례 공문을 교환하였다.

1. 청구법인은 2021.11.9. CCC에 ‘임의로 공사현장을 무단 방치하여 공사가 지연되고 있으므로 2021.11.22.까지 무단공사 중지가 계속될 경우 계약해지 통보를 한다’는 내용증명과, 2021.11.23. ‘CCC의 이견이 없으면 계약해지 통보 및 손해배상절차(예상 금액 OOO원)를 진행한다’는 내용증명을 보냈다.

2. CCC은 2021.11.29. 청구법인을 피고로 ‘청구법인이 기성고에 따른 공사대금 미지급, 공사방해, 일방적인 계약해제를 하였으므로 CCC에게 기성고에 따른 공사대금 상당액 OOO원을 지급할 의무가 있다’는 내용으로 공사대금 청구의 소를 제기하였다.

(3) 처분청의 조사과정은 다음과 같이 나타난다. (가) 처분청은 2022.3.28. 청구법인에게 ‘지방세 세무조사 사전통지’(세원관리과-2791)를 송부하였고, 청구법인은 3년 이내 직접 사용하지 못한 소명자료로 2022.4.12. 처분청에 ‘지방세 세무조사관련 자료제출[KR-220412-01(2022.4.12.)]’을 송부하였으며, 그 붙임문서로 CCC과의 공사계약서, 현장사진 및 CCC이 제기한 소장(2021.11.29.)을 첨부하였다. (나) 처분청은 2021.4.15. 쟁점토지에 대한 현지확인을 하였고 출장결과보고서에는 시공사와 법적분쟁으로 인해 유치권 행사 중으로 2021.11.23.부터 공사가 중단된 상태임을 확인한다고 기재되었다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지상 공장건축 시공사의 부실공사로 인한 공사중단은 추징 배제의 정당한 사유에 해당한다고 주장하나, ‘정당한 사유’라 함은 법령에 의한 금지ㆍ제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 입법 취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령ㆍ사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(조심 2014지338, 2014.10.24. 같은 뜻임)인바, 청구법인이 드는 공장건물 시공사의 부실시공 등으로 인한 사정은 시공사와의 계약상의 분쟁으로 인하여 유예기간 내에 목적사업에 직접 사용하지 못한 것으로서 법령에 의한 금지·제한 등 청구법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유로 볼 수 없는 점, 청구법인은 쟁점토지 취득 시 공장설립사업계획서상 착공예정일을 2018년 12월, 준공예정일 및 사업시작일을 2019년 6월로 각각 기재하였으나, 당초 착공예정일인 2018년 12월보다 1년 9월 가량 지연하여 2019.9.26. 건축허가를 얻어 착공한바, 실제 공사가 상당 기간 지연되어 시작한 것에 대하여 특별한 사유가 제시되지 아니하였고 달리 청구법인이 고유 업무에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하였다거나 그럼에도 시간적인 여유가 없었다고 볼 만한 근거는 없는 점, 청구법인은 조사과정에서 정당한 사유에 대한 소명 기회를 얻지 못하였다고 주장하나, 처분청이 2022.3.28. 청구법인에게 송부한 ‘지방세 세무조사 사전통지’에 대하여 2022.4.12. 처분청에 ‘지방세 세무조사관련 자료제출’을 송부하였고 이에 CCC과의 공사계약서, 현장사진 및 CCC이 제기한 소장(2021.11.29.)을 첨부하였던 것으로 나타나는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어려우므로 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 데에는 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제7항, 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법 제2조【정의】① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “고유업무”란 법령에서 개별적으로 규정한 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다.

8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다. 제78조【산업단지 등에 대한 감면】① 산업입지 및 개발에 관한 법률 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 산업기술단지 지원에 관한 특례법 제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대해서는 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 60)를 각각 2019년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세 및 재산세를 추징한다.

② 제1항에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 개발ㆍ조성한 후 대통령령으로 정하는 산업용 건축물등(이하 이 조에서 “산업용 건축물등”이라 한다)의 용도로 분양 또는 임대할 목적으로 취득ㆍ보유하는 부동산에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 제1항에 따른 사업시행자가 신축 또는 증축으로 2019년 12월 31일까지 취득하는 산업용 건축물등에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 그 산업용 건축물등에 대한 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지에 대해서는 100분의 60)를 각각 경감한다. 다만, 그 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 해당 용도로 분양 또는 임대하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 지방세를 추징한다.

2. 제1항에 따른 사업시행자가 2019년 12월 31일까지 취득하여 보유하는 조성공사가 끝난 토지(사용승인을 받거나 사실상 사용하는 경우를 포함한다)에 대해서는 재산세 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 60)를 경감한다. 다만, 조성공사가 끝난 날부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 해당 용도로 분양 또는 임대하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 재산세를 추징한다.

④ 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역(이하 “산업단지등”이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 대상 지역

• 가. 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 산업단지
• 나. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 따른 유치지역
• 다. 산업기술단지 지원에 관한 특례법에 따라 조성된 산업기술단지

2. 경감 내용

• 가. 산업용 건축물등을 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산(신축 또는 증축한 부분에 해당하는 부속토지를 포함한다)에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2019년 12월 31일까지 경감한다. 이 경우 공장용 건축물(건축법 제2조제1항제2호에 따른 건축물을 말한다)을 신축 또는 증축하여 중소기업자에게 임대하는 경우를 포함한다.

⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

⑦ 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 공장의 업종 및 그 규모, 감면 등의 적용기준은 행정안전부령으로 정한다.

⑧ 제4항에 따라 취득세를 경감하는 경우 지방자치단체의 장은 해당 지역의 재정여건 등을 고려하여 100분의 25(같은 항 제2호나목에 따라 취득세를 경감하는 경우에는 100분의 15)의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있다. 이 경우 제4조제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제6항 및 제7항을 적용하지 아니한다.

(2) 세종특별자치시 시세 감면 조례 제8조의3【산업단지 등에 대한 추가감면】법 제78조제8항에 따른 취득세의 추가 경감률은 100분의 25(법 제78조제4항제2호나목에 따라 취득세를 경감하는 경우에는 100분의 15)로 하며, 2019년 12월 31일까지 해당 추가 경감률을 적용한다.

(3) 지방세법 제20조【신고 및 납부】③ 이 법 또는 다른 법령에 따라 취득세를 비과세, 과세면제 또는 경감받은 후에 해당 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징 대상이 되었을 때에는 제1항에도 불구하고 그 사유 발생일부터 30일 이내에 해당 과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세는 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다. 제21조【부족세액의 추징 및 가산세】① 취득세 납세의무자가 제20조에 따른 신고 또는 납부의무를 다하지 아니하면 제10조부터 제15조까지의 규정에 따라 산출한 세액(이하 이 장에서 “산출세액”이라 한다) 또는 그 부족세액에 지방세기본법 제53조부터 제55조까지의 규정에 따라 산출한 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법으로 징수한다.