청구법인이 법인설립등기일부터 90일 이내에 농업경영정보를 등록하지 아니하여 「지방세특례제한법」제11조 제1항에서 정하는 농업법인에 해당하지 아니하는 것으로 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 기업적 영농 등을 영위하는 법인으로서 2021.3.24. OOO필지 OOO 토지상에 OOO 건축물 OOO㎡(이하 “이 건 건축물”이라 한다)를 신축하여 취득한 후, 2021.3.26. 처분청에 이 건 건축물의 취득가액인 OOO원을 과세표준으로 하고, 지방세법제11조 제1항 제3호에 따른 세율(2.8%)을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세”라 한다)을 신고ㆍ납부하였다.
• 나. 청구법인은 이 건 건축물은 지방세특례제한법제11조 제1항에 따른 농업법인이 농지조성을 위하여 취득하는 농업용 시설로서 감면대상인 것으로 보아, 2021.3.29. 처분청에 이 건 취득세 중 과다 신고․납부한 일부 취득세 등을 환급하여 달라는 이유로 경정청구를 하였으나, 같은 날 처분청은 이를 거부하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2022.3.31. 이의신청을 거쳐, 2022.7.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 OOO토지상에서 OOO을 영위하는 농업회사법인으로서 OOO건축물 신축에 대한 취득세 등을 신고·납부한 후 국립농산물품질관리원에 농업경영체로 등록하였고, 청구법인이 사육하는 OOO는 농림축산식품부고시에 의한 가축에 해당하므로 청구법인이 신축한 이 건 건축물은 농업용으로 직접 사용하기 위하여 취득한 농업용 시설임이 분명함에도 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견

(1) 2020년 이전까지는 지방세특례제한법제11조에서농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따라 설립된 농업회사법인의 경우 농업경영정보를 등록하지 않더라도 취득세 감면대상에 해당되었으나, 2020년 이후부터는 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률제4조 제1항에 따른 농업경영정보를 등록한 법인만 감면이 되도록 개정되었는바, 이는 농업경영정보 등록을 필수요건으로 하여 감면목적에 부합하게 농지를 사용토록 감면요건을 강화하여 개정된 것으로, 적법하게 설립된 농업회사법인이라 하더라도, 해당 부동산을 취득할 당시에 농업경영정보를 등록하지 않은 경우에는 그 취득세 등의 감면을 적용할 수 없다.

(2) 청구법인은 2021.3.24. 이 건 건축물에 대한 사용승인(취득)을 받은 후, 11개월이 지나서야 2022.2.11. 농업경영정보를 등록한 사실이 확인되므로, 취득 당시 농업경영정보를 등록한 농업회사법인에 한하여 감면을 적용하는 규정인 지방세특례제한법 제11조 규정을 적용할 수 없으며, 추후에 감면요건을 충족하였다고 하더라도 취득당시에 감면요건을 충족하지 아니한 상태에서 이미 납부한 취득세를 소급 감면할 수 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인이 법인설립등기일부터 90일 이내에 농업경영정보를 등록하지 아니하여 지방세특례제한법제11조 제1항에서 정하는 농업법인에 해당하지 아니하는 것으로 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분의 당부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료를 보면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 등기사항전부증명서에 의하면, 청구법인은 OOO를 본점소재지로 하고, 농산물의 생산·유통·가공·판매업 등의 목적사업을 영위하기 위하여 2019.11.7. 설립된 것으로 나타난다. (나) 건축물대장에 의하면, 청구법인은 2020.3.16. 처분청으로부터 이 건 건축물의 건축허가를 받고, 2020.4.24. 착공하여 2021.3.24. 사용승인 받은 것으로 나타난다. (다) 농업경영체 등록 확인서에 의하면, 청구법인은 법인설립일(2019.11.7.)부터 90일을 경과한 2022.2.11. 최초로 농업경영정보를 등록한 것으로 나타난다. (라) 지방세특례제한법(법률 제16865호, 2020.1.15. 일부개정된 것) 제11조 및 같은 법 시행령 제5조의2 규정이 취득세 감면 적용 대상인 농업법인의 범위를 축소(농업경영정보 등록을 필수요건)하는 것으로 다음과 같이 개정되었다. ＜지방세특례제한법 신구조문 대비표＞ 개정 전 개정 후 제11조(농업법인에 대한 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농업법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2019년 12월 31일까지 면제한다. 제11조(농업법인에 대한 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농업법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다) 중 경영상황을 고려하여 대통령령으로 정하는 법인이 대통령령으로 정하는 기준에 따라 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내(대통령령으로 정하는 청년농업법인의 경우에는 4년 이내)에 취득하는 농지, 관계 법령에 따라 농지를 조성하기 위하여 취득하는 임야 및 제6조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설에 대해서는 취득세의 100분의 75를 2020년 12월 31일까지 경감한다. ＜지방세특례제한법 시행령 신구조문 대비표＞ 개정 전 개정 후 ＜신 설 ＞ 제5조의2(농업법인의 기준 등) ① 법 제11조제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 법인”이란 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제4조제1항에 따라 농업경영정보를 등록(이하 이 조에서 “농업경영정보 등록”이라 한다)한 농업법인(설립등기일부터 90일 이내에 농업경영정보 등록을 한 농업법인을 포함한다)을 말한다. (마) 2020년도지방세특례제한법개정 적용요령에 의하면, 농업법인이 설립 2년 내 영농목적으로 취득하는 부동산에 대한 감면적용 대상자를 모든 농업법인에서 농업경영정보를 등록한 농업법인으로 한정하여 감면 범위를 축소한 것으로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 청구법인이 사육하는 OOO는 농림축산식품부고시에 의한 가축에 해당하며, 청구법인이 신축한 이 건 건축물은 농업용으로 직접 사용하기 위하여 취득한 농업용 시설임에도 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 부당하다고 주장한다. (나) 지방세특례제한법제11조 제1항에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농업법인 중 경영상황을 고려하여 대통령령으로 정하는 법인이 대통령령으로 정하는 기준에 따라 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 농지, 관계 법령에 따라 농지를 조성하기 위하여 취득하는 임야 및 제6조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설에 대해서는 취득세의 100분의 75를 2023년 12월 31일까지 경감한다고 규정하면서 그 제2호에서 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률제19조에 따른 농업회사법인을 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제5조의2 제1항에서 법 제11조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 법인”이란 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률제4조 제1항에 따라 농업경영정보를 등록한 농업법인(설립등기일부터 90일 이내에 농업경영정보 등록을 한 농업법인을 포함한다)을 말한다고 규정하고 있다. (다) 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 아니하며 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것이다. (라) 2020.1.1.부터는지방세특례제한법제11조 제1항 및 같은 법 시행령 제5조의2 제1항에서 농업법인이 영농목적으로 취득하는 부동산에 대하여는 그 설립일부터 90일까지 “농업경영정보” 등록을 마친 경우에 한하여 그 취득세 등을 감면하도록 규정하고 있는 점, “농업경영체등록확인서”에 의하면, 청구법인은 법인설립일인 2019.11.7.부터 90일을 경과한 2022.2.11. “농업경영정보” 등록을 마친 것으로 나타나는 점 등에 비추어, 청구법인은 지방세특례제한법제11조 제1항 및 같은 법 시행령 제5조의2 제1항에 따른 “농업경영정보” 등록을 필요로 하는 감면요건을 충족하지 못하였다. (마) 따라서, 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제7항과 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2021.12.29. 법률 제17771호로 개정된 것) 제11조(농업법인에 대한 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농업법인 중 경영상황을 고려하여 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)이 대통령령으로 정하는 기준에 따라 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내(대통령령으로 정하는 청년농업법인의 경우에는 4년 이내)에 취득하는 농지, 관계 법령에 따라 농지를 조성하기 위하여 취득하는 임야 및 제6조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설에 대해서는 취득세의 100분의 75를 2023년 12월 31일까지 경감한다.

1. 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률제16조에 따른 영농조합법인

2. 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률제19조에 따른 농업회사법인

(2) 지방세특례제한법 시행령(2020.12.31. 대통령령 제31344호로 개정된 것) 제5조의2(농업법인의 기준 등) ① 법 제11조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 법인”이란농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률제4조 제1항에 따라 농업경영정보를 등록(이하 이 조에서 “농업경영정보 등록”이라 한다)한 농업법인(설립등기일부터 90일 이내에 농업경영정보 등록을 한 농업법인을 포함한다)을 말한다.