주택재개발조합의 쟁점주택 및 쟁점토지 취득에 대하여 일반적 경과조치 등에 따라 종전 감면규정을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

[참조결정] 조심2020지0565

[주 문] OOO구청장이 2022.5.16. 청구법인에게 한 취득세 등 합계 OOO원의 경정청구 거부처분은 청구법인이 2020.4.29. OOO등 토지에 신축한 공동주택(임대주택) 89세대에 대한 부분은 취소하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 OOO에서 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발정비사업(이하 “쟁점사업”이라 한다)을 시행할 목적으로 설립된 법인으로서 2011.12.16. 관리처분계획 인가를 받고 2013.6.25. 착공신고하여 2020.4.29. 임대주택 89세대(이하 “쟁점주택”이라 한다)의 준공승인을 받았고, 2020.4.29. 쟁점사업의 준공에 따라 OOO외 국공유지 6필지(용도폐지된 정비기반시설로서, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 무상양여로 취득하였다.
• 나. 청구법인은 쟁점주택 및 쟁점토지의 취득에 대하여 취득 당시에 적용되던 2016.12.27. 법률 제14477호로 개정된 지방세특례제한법제74조 제3항 제2호(이하 “개정 감면규정”이라 한다)에 따라 감면율 100분의 75를 적용하여 2020.6.25. 처분청에 취득세 등 합계 OOO원(쟁점주택분 OOO원, 쟁점토지분 OOO원)을 신고ㆍ납부하였다가, 쟁점주택의 착공신고(2013.6.25.) 당시에 시행 중이던 2016.12.27. 법률 제14477호로 개정되기 전 지방세특례제한법제74조 제3항(이하 “종전 감면규정”이라 한다)에 따라 쟁점주택 및 쟁점토지의 취득세를 면제하여야 한다는 이유로 기납부한 취득세 등에 대한 경정청구를 제기하였고, 이에 대하여 처분청은 2022.5.16. 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.6.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점사업의 공동주택 신축공사를 착공한 2013년에 시행 중이던 종전 감면규정에서 주택재개발사업의 시행자가 주택재개발사업의 대지조성을 위하여 취득한 토지(쟁점토지)와 관리관리처분계획에 따라 취득한 주택에 대하여는 취득세를 면제한다고 규정하고 있고, 2016.12.27. 법률 제14477호로 일부개정된 지방세특례제한법부칙 제15조에서 종전의 규정에 의해 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있다. 세법이 개정된 경우 세법 부칙에 일반적 경과조치를 규정하고 있다면 이는 세법이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 구법을 적용하도록 한 특별규정이라 할 것이므로 구법을 적용해야 한다. 또한 조세심판원의 선 결정(조심 2020지565, 2021.9.15.) 등을 보면, 건축물의 착공시기를 취득의 원인행위로 보아 그 착공시기를 기준으로 종전규정의 시행 당시에 납세자가 공동주택의 신축공사를 착공하였다면 종전규정을 적용하는 것이 타당하다는 취지로 결정하고 있고 있다. 주택재개발사업에 대한 취득세 면제규정은 2017년 감면율이 축소될 때까지 약 20년간 계속되었으므로 청구법인은 이 건 취득세 등이 면제될 것을 기대하여 2009.10.29. 쟁점사업의 시행인가, 2011.12.16. 관리처분계획의 인가를 받은 후 2013.6.25. 착공 등을 하였다. 이렇듯 종전 감면규정을 신뢰하고 취득과 밀접하게 관련된 직접적인 원인행위를 하였으므로 청구법인의 신뢰이익은 마땅히 보호받아야 한다. 따라서 쟁점주택 및 쟁점토지의 취득에 대하여 종전 감면규정을 적용하여 이 건 취득세 등은 면제대상에 해당하므로, 처분청의 이 건 거부처분은 잘못이다.
• 나. 처분청 의견 조세의 부과는 납세의무가 성립되는 과세요건 완성 당시에 유효한 법령의 규정에 의하여야 하며 세법의 개정이 있을 경우 특별한 사정이 없는 한 개정 전후의 법령 중에서 납세의무가 성립할 당시의 법령을 적용할 것(대법원 2009.3.12.선고, 2006두11781 판결)인데, 청구법인의 경우 쟁점감면조항의 적용시한이 만료된 이후인 2020.4.29. 준공인가를 받아 쟁점주택과 쟁점토지를 취득한 것으로 확인되므로 이러한 경우 세법 적용에 있어서는 일반적 적용례에 따라 납세의무 성립 당시의 법령이 적용되어야 할 것이고, 종전 감면규정에 따른 취득세 면제대상에 해당하지 아니한다. 또한 조세법령상 납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정되어 있지 않는 한 설사 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다 할 것(대법원 2001.5.29. 선고 98두13713 판결 참조)인바, 청구법인의 경우 건물을 건축하는 일련의 과정에서 착공이후에도 사용승인까지 상당기간이 소요되고 설계변경 등 다양한 변동사항이 발생할 수 있기 때문에 단순히 쟁점주택에 대한 착공사실 만으로 청구법인이 종전 감면규정 개정 전 쟁점주택의 취득에 대한 납세의무성립과 밀접한 관련이 있는 원인행위를 하였다고 볼 수 없는 점, 청구법인이 쟁점주택에 대한 착공을 할 당시 이미 종전 감면규정에 대한 일몰기한이 2015.12.31.로 예정되어 있었으므로 청구법인의 종전 감면규정에 대한 기대 또는 신뢰는 본래부터 영구적인 것이 아니라 신축적·잠정적·일시적인 것이고, 종전 감면규정의 적용시한이 연장될 것이라는 신뢰도 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 것은 아닌 점, 종전 감면규정에서는 2015.12.31.까지 한시적으로 취득세를 면제할 것을 예정하고 있을 뿐 장래 일정한 기간 내 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 취득세를 면제한다는 내용은 명시적으로 규정하고 있지 아니한 점 등에 비추어 종전 감면규정을 적용하여 취득세를 면제하여야 한다는 청구주장은 이유 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 주택재개발조합의 쟁점주택 및 쟁점토지 취득에 대하여 일반적 경과조치 등에 따라 종전 감면규정을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞에 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 심리자료에 의하면 쟁점사업의 경과는 아래와 같다. (가) 관리처분계획인가서 등에 따르면, 청구법인은 2011.12.16. 주택재개발사업의 관리처분계획 인가를 받아 2013.6.25. 착공신고를 하였으나, 2015.3.27. 시공사인 AAA㈜의 법정관리로 공정률 31.5% 상태에서 공사가 중단되었다가 2018.8.6. ㈜BBB 및 ㈜CCC이 공사를 재개한 후 2020.4.29. 사용승인을 얻은 것으로 나타난다. (나) 관리처분계획인가서에는 용도폐지되는 정비기반시설 중 OOO㎡(쟁점토지)를 청구법인이 무상양여받는 것으로 기재되어 있다. (다) 처분청은 2013.6.25. 청구법인에게 착공신고필증(착공예정일란은 공란)을 발급하였고, 이후 청구법인은 2018.8.3. 시공자가 AAA㈜에서 ㈜BBB 및 ㈜CCC으로 변경되었음을 사유로 착공변경신고서를 제출하였으며, 처분청은 2018.8.6. 위 착공변경 신고를 수리하였고, 2020.4.29. 사용승인한 것으로 나타난다. (라) 청구법인은 2020.6.25. 개정 감면규정에 따라 취득세의 100분의 75를 경감하여 아래 ＜표＞와 같이 지방세를 신고․납부하였다. ＜표＞ 지방세 신고 및 납부 내역 (단위: 원) (마) 인터넷 위성사진OOO에 따르면, 2013년에 촬영된 사진으로는 주택이 밀집하였으나, 2015년에는 일부에 공사가 진행된 것으로 나타난다.

(2) 도시개발사업의 취득세 감면과 관련한 법령의 개정 연혁에 따르면, 해당 감면 규정은 1995년 서울특별시 시세감면조례로 최초로 시행되어 2010.3.31. 지방세특례제한법 제74조 제3항에 신설된 후 계속하여 일몰이 연장되어 오다가 2016.12.27. 법률 개정시 감면율이 75%로, 2020.1.15. 법률 개정시 감면율이 50%로 각각 하향조정된 것으로 나타나고, 그 세부내용은 아래 ＜표＞와 같다. ＜표＞ 도시개발사업 관련 법령 개정연혁

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점주택의 취득에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인의 쟁점주택 취득은 개정 감면규정의 적용대상이므로 취득세의 면제가 이루어질 수 없다는 의견이나, 2016.12.27. 법률 제14477호로 일부 개정된지방세특례제한법부칙 제15조의 일반적 경과 조치에 관한 규정은 종전 감면규정이 시행될 당시에는 납세의무가 성립되지는 아니하였으나 납세자가 종전 감면규정을 신뢰하고 원인 행위를 한 경우 이를 보호하고자 하는 데 그 취지가 있다고 보이는 점, 납세의무의 성립이 건축물의 사용승인에 있는 경우에는 건축물을 착공하는 것이 그 원인 행위에 해당한다고 보이는 점, 재개발사업시행자가 관리처분계획에 따라 취득하는 주택에 대하여는 1995.1.1.부터 2016.12.31.까지 20년 이상 취득세를 면제하였으므로 청구법인이 쟁점주택의 사용승인일까지 종전 감면규정이 유지될 것이라고 기대한 것은 무리가 아니라고 보이는 점 등에 비추어 쟁점주택의 취득에 대하여는 착공 당시의 종전 감면규정이 적용되어야 할 것이고, 따라서 처분청이 쟁점주택의 취득에 대하여 개정 감면규정을 적용하여 취득세 면제대상이 아니라고 본 데에는 잘못이 있다고 판단된다.

(4) 다음으로 쟁점토지에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지의 취득에 대하여 일반적 경과조치 등에 따라 종전 감면규정을 적용하여야 한다고 주장하나, 지방세기본법제34조 제1항 제1호에서 취득세 납세의무 성립일을 과세물건을 취득하는 때로 규정하고 있으므로 취득세를 부과하거나 감면하는 경우 과세물건을 취득하는 때에 시행 중인 지방세법령에 따라야 할 것인바, 쟁점토지는 재개발사업 시행자가 재개발사업의 대지조성을 위하여 취득하는 부동산으로서 그 취득일은 2020.4.29.이므로 여기에 2016.12.27. 개정 이전의 종전 감면규정을 적용할 수는 없는 점, 쟁점주택의 신축과 청구법인의 쟁점토지 취득은 별도의 행위로서 사실상 관련이 없으므로 쟁점주택의 착공행위를 쟁점토지의 취득을 위한 원인행위로 볼 수도 없는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어려우므로 처분청의 경정청구 거부처분 중 쟁점토지에 대한 부분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 지방세기본법제96조 제6항, 국세기본법제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법 (가) 2015.12.29. 법률 제13637호로 일부개정되기 전의 것 제74조(도시개발사업 등에 대한 감면) ③ 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업과 주거환경개선사업을 시행하여 취득하는 대통령령으로 정하는 부동산에 대하여는 2015년 12월 31일까지 취득세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 5년 이내에 지방세법 제13조제5항에 따른 과세대상이 되거나 관계 법령을 위반하여 건축한 경우에는 면제된 취득세를 추징한다. (나) 2015.12.29. 법률 제13637호로 개정된 것(종전 감면규정) 제74조(도시개발사업 등에 대한 감면) ③ 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업과 주거환경개선사업의 시행에 따라 취득하는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산에 대해서는 취득세를 2016년 12월 31일(제4호 및 제5호의 경우에는 각각 2018년 12월 31일)까지 각각 면제한다. 다만, 그 취득일부터 5년 이내에 지방세법 제13조제5항에 따른 과세대상이 되거나 관계 법령을 위반하여 건축한 경우에는 면제된 취득세를 추징한다.

1. 도시 및 주거환경정비법 제8조에 따른 주택재개발사업의 시행자가 같은 법 제2조 제2호 나목에 따른 주택재개발사업의 대지 조성을 위하여 취득하는 부동산

2. 도시 및 주거환경정비법 제8조에 따른 주택재개발사업의 시행자가 같은 법 제48조에 따른 해당 사업의 관리처분계획에 따라 취득하는 주택 제177조의2(지방세 감면 특례의 제한) 이 법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제(지방세 특례 중에서 세액감면율이 100분의 100인 경우와 세율경감률이 지방세법에 따른 해당 과세대상에 대한 세율 전부를 감면하는 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다)되는 경우에는 이 법에 따른 취득세 또는 재산세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율(괄호 생략)을 적용한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. ＜개정 2015.12.29.＞

2. 제7조부터 제9조까지, 제11조 제1항, 제13조 제3항, 제14조 제3항, 제16조, 제17조, 제17조의2, 제20조 제1호, 제29조, 제30조 제3항, 제33조 제2항, 제35조의2, 제36조, 제41조 제1항부터 제6항까지, 제50조, 제55조, 제57조의2 제2항, 제57조의3 제1항, 제62조, 제63조 제1항 단서, 같은 조 제3항, 제66조, 제73조, 제76조 제2항, 제77조 제2항, 제82조, 제84조 제1항, 제85조의2 제1항 제4호, 제87조 및 제92조에 따른 감면 부칙＜제13637호, 2015.12.29.＞ 제1조(시행일) 이 법은 2016년 1월 1일부터 시행한다.(단서 생략) 제2조(일반적 적용례) ① 이 법은 이 법 시행 후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. 제5조(지방세 면제 특례의 제한에 관한 적용례) 제177조의2의 개정규정은 다음 각 호의 구분에 따른 시기부터 적용한다.

1. 제30조 제2항, 제37조, 제38조 제3항, 제40조의3 제1호, 제57조의2 제9항, 제64조의2, 제65조, 제68조 제2항 및 제88조 제1항: 2017년 1월 1일

2. 제22조의2, 제43조, 제54조 제6항, 제57조의2 제3항 제5호ㆍ제7호, 같은 조 제4항ㆍ제5항, 제60조 제3항 제1호의2, 제73조의2, 제74조 제3항 제4호ㆍ제5호, 제79조 및 제80조: 2019년 1월 1일

3. 제74조 제1항ㆍ제2항: 2020년 1월 1일

4. 제1호부터 제3호까지에서 규정한 면제 외의 면제: 2016년 1월 1일 (다) 2016.12.27. 법률 제14477호로 일부개정된 것(개정 감면규정) 제74조(도시개발사업 등에 대한 감면) ③ 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업과 주거환경개선사업의 시행에 따라 취득하는 제1호부터 제3호까지의 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 2019년 12월 31일까지 경감하고, 제4호 및 제5호의 부동산에 대해서는 취득세를 2018년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 그 취득일부터 5년 이내에 지방세법 제13조제5항에 따른 과세대상이 되거나 관계 법령을 위반하여 건축한 경우에는 감면된 취득세를 추징한다. 부 칙＜법률 제14477호, 2016.12.27.＞ 제1조(시행일) 이 법은 2017년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 법률 제12955호 지방세특례제한법 일부개정법률 부칙 제2조의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다. 제15조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 지방세를 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.

(2) 지방세특례제한법 시행령(2015.12.31. 대통령령 제26837호로 개정되기 전의 것) 제35조 ③ 법 제74조 제3항 본문에서 “대통령령으로 정하는 부동산”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 도시 및 주거환경정비법 제8조에 따른 주택재개발사업의 시행자가 같은 법 제2조제2호나목에 따른 주택재개발사업의 대지 조성을 위하여 취득하는 부동산

2. 제1호에 따른 주택재개발사업의 시행자가 해당 사업의 관리처분계획에 따라 취득하는 주거용 부동산

3. 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업의 정비구역지정 고시일 현재 부동산을 소유한 자가 제1호에 따른 주택재개발사업의 시행자로부터 취득하는 전용면적 85제곱미터 이하의 주택(도시 및 주거환경정비법에 따라 청산금을 부담하는 경우에는 그 청산금에 상당하는 부동산을 포함한다)

4. 도시 및 주거환경정비법 제7조에 따른 주거환경개선사업의 시행자가 같은 법 제2조제2호가목에 따른 주거환경개선사업의 시행을 위하여 취득하는 주거용 부동산

5. 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비구역지정 고시일 현재 부동산을 소유하는 자가 같은 법 제6조제1항제1호에 따라 스스로 개량하는 방법으로 취득하는 주택과 제4호에 따른 주거환경개선사업의 시행자로부터 취득하는 전용면적 85제곱미터 이하의 주거용 부동산

(3) 도시 및 주거환경정비법(2020.6.9. 법률 제17453호 타법개정 전의 것) 제97조(정비기반시설 및 토지 등의 귀속) ① 시장ㆍ군수등 또는 토지주택공사등이 정비사업의 시행으로 새로 정비기반시설을 설치하거나 기존의 정비기반시설을 대체하는 정비기반시설을 설치한 경우에는 국유재산법 및 공유재산 및 물품 관리법에도 불구하고 종래의 정비기반시설은 사업시행자에게 무상으로 귀속되고, 새로 설치된 정비기반시설은 그 시설을 관리할 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 귀속된다.

② 시장ㆍ군수등 또는 토지주택공사등이 아닌 사업시행자가 정비사업의 시행으로 새로 설치한 정비기반시설은 그 시설을 관리할 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 귀속되고, 정비사업의 시행으로 용도가 폐지되는 국가 또는 지방자치단체 소유의 정비기반시설은 사업시행자가 새로 설치한 정비기반시설의 설치비용에 상당하는 범위에서 그에게 무상으로 양도된다.

③ 제1항 및 제2항의 정비기반시설에 해당하는 도로는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 도로를 말한다.

1. 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제30조에 따라 도시ㆍ군관리계획으로 결정되어 설치된 도로

2. 도로법 제23조에 따라 도로관리청이 관리하는 도로

3. 도시개발법 등 다른 법률에 따라 설치된 국가 또는 지방자치단체 소유의 도로

4. 그 밖에 공유재산 및 물품 관리법에 따른 공유재산 중 일반인의 교통을 위하여 제공되고 있는 부지. 이 경우 부지의 사용 형태, 규모, 기능 등 구체적인 기준은 시ㆍ도조례로 정할 수 있다.

④ 시장ㆍ군수등은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 정비기반시설의 귀속 및 양도에 관한 사항이 포함된 정비사업을 시행하거나 그 시행을 인가하려는 경우에는 미리 그 관리청의 의견을 들어야 한다. 인가받은 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다.

⑤ 사업시행자는 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 관리청에 귀속될 정비기반시설과 사업시행자에게 귀속 또는 양도될 재산의 종류와 세목을 정비사업의 준공 전에 관리청에 통지하여야 하며, 해당 정비기반시설은 그 정비사업이 준공인가되어 관리청에 준공인가통지를 한 때에 국가 또는 지방자치단체에 귀속되거나 사업시행자에게 귀속 또는 양도된 것으로 본다.

⑤ 사업시행자는 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 관리청에 귀속될 정비기반시설과 사업시행자에게 귀속 또는 양도될 재산의 종류와 세목을 정비사업의 준공 전에 관리청에 통지하여야 하며, 해당 정비기반시설은 그 정비사업이 준공인가되어 관리청에 준공인가통지를 한 때에 국가 또는 지방자치단체에 귀속되거나 사업시행자에게 귀속 또는 양도된 것으로 본다.

⑥ 제5항에 따른 정비기반시설의 등기에 있어서 정비사업의 시행인가서와 준공인가서(시장·군수등이 직접 정비사업을 시행하는 경우에는 제50조제7항에 따른 사업시행계획인가의 고시와 제83조제4항에 따른 공사완료의 고시를 말한다)는 부동산등기법에 따른 등기원인을 증명하는 서류를 갈음한다.

⑦ 제1항 및 제2항에 따라 정비사업의 시행으로 용도가 폐지되는 국가 또는 지방자치단체 소유의 정비기반시설의 경우 정비사업의 시행 기간 동안 해당 시설의 대부료는 면제된다.