[요지] 임대를 통한 사용은 해당 임차인이 용도에 맞게 사용한다고 하더라도 직접 사용으로 보기는 어려운 점, 쟁점주차장의 임대차계약서를 보면 이를 단순한 부설 주차장 운영을 위한 위·수탁계약으로 보기는 어려운 점, 청구법인이 쟁점주차장의 유지·관리만을 위탁하는 방식으로 쟁점주차장을 운영하고 있다고 보기는 어려운 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점주차장을 학교 또는 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하였다고 보기는 어렵다고 판단됨.
[요지] 임대를 통한 사용은 해당 임차인이 용도에 맞게 사용한다고 하더라도 직접 사용으로 보기는 어려운 점, 쟁점주차장의 임대차계약서를 보면 이를 단순한 부설 주차장 운영을 위한 위·수탁계약으로 보기는 어려운 점, 청구법인이 쟁점주차장의 유지·관리만을 위탁하는 방식으로 쟁점주차장을 운영하고 있다고 보기는 어려운 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점주차장을 학교 또는 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하였다고 보기는 어렵다고 판단됨.
[주 문] 서울특별시 강서구청장이 2022.3.21. 청구법인에게 한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 서울특별시 강서구 마곡동 OOO소재 주차장(66,382.31㎡)의 취득가격을 OOO원으로 산정하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(3) 쟁점주차장은 이 건 의과대학 및 이 건 부속병원의 부대시설 또는 종속시설인 ‘부설주차장’으로 주된 건축물의 편의에 제공하기 위해 의무적으로 설치되는 종물에 해당하며, 주물과 종물의 관계에 있어 종물(쟁점주차장)은 주물(의과대학 및 부속병원)과 구분하여 독립된 용도와 기능을 갖는 것이 아니므로 쟁점주차장은 주물의 용도에 따라 본래적 용도인 의료업 또는 교육업에 제공된 것 이외에 다른 독립된 목적에 사용될 수 없다. 따라서, 건축물에 반드시 설치되어야 하는 부설주차장은 건축물의 ‘공용부분’으로 이러한 공용부분은 전용부분에 따라 그 용도가 결정되는데, 지방세 과세(중과 포함) 및 감면에 있어서 공용부분은 전용 부분에 따라 그 과세 및 감면이 결정되는 것이므로 하나의 건축물이 지방세 부과와 감면 대상으로 구분되는 경우 공용부분을 전용 부분과 분리하여 판단할 것은 아니라 할 것이다.
(4) 만일 청구법인이 쟁점주차장을 A에게 맡기지 않고 직영하는 경우 주차안내원 등을 추가로 고용하여야 할 뿐만 아니라 주차설비에 대한 특허사용료를 별도로 지급하여야 하는바, 주차장 운영을 통해 얻는 수익보다 더 큰 지출을 하여야 하므로 청구법인이 쟁점주차장을 A에게 임대하고 있다는 사유만으로 이와 같은 사용을 직접 사용이 아니라고 단정할 수는 없다.
(5) 끝으로 청구법인은 쟁점건축물을 교육 및 의료사업의 용도에 맞게 운영될 수 있도록 A을 실질적으로 지휘 통제하고 있으므로 이 건 의과대학에 대하여는지방세특례제한법제41조 제1항을 적용하여 그 취득세를 면제하고, 이 건 부속병원에 대하여는 같은 조 제7항을 적용하여 취득세의 100분의 50을 감면하는 것이 학교용 부동산 등에 대한 취득세 감면 규정의 입법취지에 부합한다고 할 것이다.
(1) 교육사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 것이란 취득한 부동산을 학교법인의 교육용 기본재산으로 편입하여야 함은 물론, 실제 사용 용도도 학교법인이 설치 경영하는 사립학교의 교지·교사·체육장·실습 또는 연구시설, 그리고 기타 교육에 직접 사용되는 시설·설비 및 교재·교구 등과 같이 당해 부동산의 사용 용도가 학교법인의 교육사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻한다고 할 것이다(대법원 1994.10.28. 선고,94누224 판결).
(2) 헌법재판소 역시지방세특례제한법상 ‘직접 사용’에 ‘소유 주체로서 사용한다는 의미가 포함되지 아니하면, 하나의 부동산에 대해 복수의 사용 주체를 인정함으로써 다수가 하나의 부동산을 ‘직접’사용하게 되는 부당한 결과에 이르게 되고, 2014.1.1. 신설된지방세특례제한법제2조 제1항 제8호에서 위와 같은 해석을 더욱 명확히 한 것으로 보인다고 판시하였다(헌법재판소 2018.1.25. 선고 2015헌바277).
(3) 청구법인은 이 건 건축물을 주차장으로 운영하기 위하여 A과 이 건 건축물의 임대차계약서를 작성한 후 보증금 및 임대료를 받고 있고, A은 주차장 시설에 대한 관리책임과 주차장 내 사고에 대한 민·형사상의 책임을 부담하고 있음을 볼 때, 청구법인이 이 건 건축물을 해당 용도에 직접 사용하고 있다고 보기 어려우므로 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
(1) 지방세특례제한법(2017.12.26. 법률 제15295호로 개정된 것) 제2조[정의] ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다. 제41조[학교 및 외국교육기관에 대한 면제] ①초ㆍ중등교육법 및 고등교육법에 따른 학교,경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립ㆍ운영에 관한 특별법또는기업도시개발 특별법에 따른 외국교육기관을 경영하는 자(이하 이 조에서 “학교등”이라 한다)가 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(대통령령으로 정하는 기숙사는 제외한다)에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.
1. 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우
2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우
⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에도 불구하고고등교육법제4조에 따라 설립된 의과대학(한의과대학, 치과대학 및 수의과대학을 포함한다)의 부속병원에 대해서는 다음 각 호에 따라 취득세 및 재산세를 각각 경감한다.
1. 다음 각 목의 기간에 따라 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대한 취득세
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 기독교 정신에 입각한 초등·중등·고등교육을 실시하기 위해 설립되어 현재 OOO대학교 외 6개 학교를 설치 운영하고 있는 학교법인이다. (나) 청구법인은 2018.8.24. 서울특별시 강서구 OOO외 1필지 토지에 이 건 의과대학용 건축물 42,663.87㎡(주차장 13,272.25㎡ 포함)를 OOO원에 신축하고, 이를 학교법인이 학교용도에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 취득세 등을 면제받았다. 또한, 청구법인은 2018.12.28. 서울특별시 강서구 OOO토지에 이 건 부속병원 등(장례식장, 직장어린이집 포함) 220,179.85㎡(주차장 77,693.44㎡, 이하 같다)를 OOO원(부속병원 OOO원, 장례식장 등 OOO원)에 신축한 후 이 건 부속병원 193,016.11㎡에 대하여는 의과대학 부속병원이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 취득세의 100분의 50을 감면받았고, 장례식장 등 27,163.74㎡에 대하여는 임대(직장어린이집)하거나 의료업(장례식장)에 직접 사용하기 위해 취득하는 부동산이 아니라고 보아 산출한 취득세 전액을 납부하였다. (다) 청구법인은 2018.12.19. A과 아래와 같이 쟁점주차장 임대 운영계약을 체결하였다. OOO (라) 이 건 부속병원 등 건축물의 건축물대장을 보면, 그 연면적은 220,179.85㎡이고, 이 중 77,693.44㎡(35.28%)가 주차장인 것으로 확인되나, 처분청이 제출한 이 건 취득세 등의 과세자료를 보면, 처분청은 이 건 부속병원 내 의료시설의 주차장을 66,382.31㎡(이 건 부속병원 연면적의 34.39%)로 산출한 것으로 나타난다(처분개요의 ＜표＞ 참조). (2)지방세특례제한법제2조 제1항 제8호에서 “직접 사용”이란 부동산 등의 소유자가 해당 부동산 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있고, 같은 법 제41조 제1항에서 학교가 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제하되, 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우 또는 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다. 또한,지방세특례제한법제41조 제7항에서 의과대학의 부속병원이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 2017.1.1.부터 2018.12.31.까지 취득세의 100분의 50을 경감한다고 규정하면서 같은 법 제178조에서 취득세를 감면받은 부동산을 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하거나 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다. (3)지방세특례제한법에서 정한 ‘직접 사용’의 문구는 특별한 사정이 없는 한 ‘직접 사용’의 의미에 관한 정의규정인지방세특례제한법제2조 제1항 제8호에 따라 해석하여야 하고, ‘직접 사용’의 의미를 이와 달리 해석하기 위해서는 원칙적으로 그에 관한 별도의 규정이 필요하다(대법원 2021.9.9. 선고 2021두34558 판결, 같은 뜻임). 위 규정은 2014. 1. 1. 법률 제12175호로 지방세특례제한법이 개정되면서 신설되었는데, 이는 ‘직접 사용’의 주체는 사용자가 아닌 소유자임을 분명히 하기 위한 취지이고, 다만 사용용도 등을 고려하여 부동산 소유자가 아닌 제3자가 해당 용도대로 사용하는 것에 관해 개별규정에서 예외적으로 감면을 규정한 것으로 보인다(대법원 2019.4.5. 선고 2018두65996 판결, 같은 뜻임).
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대,지방세특례제한법제2조 제8호에서 “직접사용”이란 부동산 등의 소유자가 해당 부동산 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있는바, 임대를 통한 사용은 해당 임차인이 용도에 맞게 사용한다고 하더라도 직접 사용으로 보기는 어려운 점, 쟁점주차장의 임대차계약서를 보면, 이 건 부속병원 개원 초기 2년을 제외하면 월간 임대료가 OOO원을 초과하는 것으로 보아 이를 단순한 부설 주차장 운영을 위한 위·수탁계약으로 보기는 어려운 점 A은 쟁점주차장의 시설에 대한 관리책임과 주차장 내 사고에 대한 민·형사상의 책임을 부담하고 있고, 쟁점주차장의 수익과 지출에 대하여 독립적인 회계처리를 하고 있는 것으로 보이는 바, 청구법인이 A에게 쟁점주차장의 유지·관리만을 위탁하는 방식으로 쟁점주차장을 운영하고 있다고 보기는 어려운 점, 청구법인이 의과대학과 부속병원을 운영하면서 그에 딸린 쟁점주차장을 효율적으로 유지·관리하기 위하여 이를 A에게 임대한 것이라 하더라도 청구법인이 임대하고 있는 쟁점주차장에 대하여 취득세를 면제하는 것은 다른 비영리사업자와의 조세형평 등을 고려할 때 지나친 혜택으로 조세형평의 원칙에 부합하지 않는다고 보이는 점, 아울러, A은 이 건 부속병원의 임직원(교직원 포함) 또는 당일 입원하는 환자 등에 대해 주차료의 일부를 감면하고 있기는 하나 그 운영 방법은 A이 운영하고 있는 다른 유료주차장과 동일한 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점주차장을 학교 또는 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하였다고 보기는 어렵다고 판단된다.
(5) 다만, 처분청은 이 건 부속병원 내 의료시설의 주차장의 면적을 이 건 부속병원 건축물(193,016.11㎡)의 34.39%인 66,382.31㎡로 산정하였으므로 그 취득가격은 이 건 부속병원 취득가격 OOO원의 34.39%인 OOO원이라 할 것이나, 처분청은 그 취득가격을 OOO원으로 하여 취득세 등을 부과하였는바 이는 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로지방세기본법제96조 제7항,국세기본법제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.