법인세를 근거로 한 지방소득세(법인세분) 부과처분의 당부

[참조결정] 조심2021서3247 / 조심2021지2805

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2015.7.29. 주식회사 AAA(이하 “AAA”이라 한다)과 페암 치료제 개발 관련 기술이전과 동시에 이에 대한 기술료를 지급받은 계약을 체결하였고, AAA은 2020.8.25. 및 2021.4.23. 위 라이선스 계약을 통하여 발생한 사용료(이하 “쟁점사용료”)를 청구법인에게 지급한 후, 쟁점사용료에 대한 지방소득세(법인세분) 합계 OOO원(이하 “쟁점특별징수세액”이라 한다)을 신고·납부하였다.
• 나. 청구법인은 2022.3.3. 쟁점사용료는 청구법인의 국내원천소득에 해당하지 아니한다는 사유로 쟁점특별징수세액의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2022.3.8. 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.5.26. 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 국내에서 등록되지 아니한 특허권에 대한 사용대가는 대한민국과 OOO 간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약(이하 “OOO조세조약”이라 한다) 에 따라 국내에서 과세될 수 없다. 쟁점사용료는 미국에 출원·등록된 특허의 사용대가로서 청구법인의 국내원천소득에 해당하지 아니하고,법인세법(2019.12.31. 법률 제16833호로 개정되기 전의 것)상 ‘사용’의 개념에 비추어볼 때 국내원천소득으로 볼 수 없다. 따라서 쟁점사용료를 청구법인의 국내원천소득으로 보는 전제에서 이 건 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 지방소득세(법인세분)는 법인세액을 과세표준으로 하여 부과·징수하는 지방세이므로, 해당 법인세액이 권한 있는 기관에 의하여 취소 또는 경정 결정이 있기 전까지는 그 지방소득세도 유효한 것으로 보아야 한다. 심리일 현재 이 건 법인세 부과처분이 적법하게 유지되는 이상 쟁점특별징수세액의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 것은 잘못이 없다고 할 것이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 법인세를 근거로 한 지방소득세(법인세분) 부과처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세기본법 제34조(납세의무의 성립시기) ① 지방세를 납부할 의무는 다음 각 호의 시기에 성립한다.

7. 지방소득세: 그 과세표준이 되는 소득세·법인세의 납세의무가 성립하는 때

(2) 지방세법 제85조(정의) ① 지방소득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. “법인지방소득”이란 법인세법 제4조에 따른 내국법인 또는 외국법인의 소득을 말한다. 제86조(납세의무자 등) ① 소득세법에 따른 소득세 또는 법인세법에 따른 법인세의 납세의무가 있는 자는 지방소득세를 납부할 의무가 있다.

② 제1항에 따른 지방소득세 납부의무의 범위는 소득세법과 법인세법에서 정하는 바에 따른다. 제103조의47(과세표준) ① 국내사업장을 가진 외국법인과 법인세법제93조 제3호에 따른 소득이 있는 외국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 법인세법 제91조제1항에 따라 계산한 법인세의 과세표준(조세특례제한법 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정과 관련된 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 법인세의 과세표준)과 동일한 금액으로 한다.

② 제1항에 해당하지 아니하는 외국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 법인세법 제91조 제2항에 따라 계산한 법인세의 과세표준(조세특례제한법 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정과 관련된 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 법인세의 과세표준)과 동일한 금액으로 한다.

③ 제1항에 해당하는 외국법인의 원천소득으로서 법인세법 제98조제1항, 제98조의3, 제98조의 5 또는 제98조의6에 따라 원천징수되는 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 법인세법 제91조제3항에 따라 계산한 법인세의 과세표준(조세특례제한법 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정과 관련된 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 법인세의 과세표준)과 동일한 금액으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 청구법인은 항암제 등 신약연구개발사업을 영위하고 있는 OOO법인으로, 2014년에 주식회사 BBB과 함께 OOO의 OOO 억제제OOO 개발에 성공하였고, OOO에서 “OOO”라는 명칭으로 OOO 억제제에 관한 예비특허를 출원하였으며, 2015.7.29. AAA에게 OOO 억제제 관련 기술 전부를 이전하면서 AAA으로부터 이에 대한 기술료를 지급받는 계약을 체결하였다. (나) AAA은 OOO 기술이전계약에 따라 OOO 억제제와 관련하여 청구법인에게 쟁점사용료를 지급하면서 쟁점특별징수세액을 포함한 법인세(원천징수분)를 OOO세무서장에 신고·납부하였다. ＜표＞ 쟁점사용료 및 쟁점특별징수세액 내역 (단위: 표) OOO (다) 심리일 현재 쟁점사용료와 관련된 청구법인의 법인세 신고·납부가 경정청구에 의해 취소된 사실은 없는 것으로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인의 쟁점사용료를 청구법인의 국내원천소득으로 보는 전제에서 한 이 건 경정청구 거부처분은 부당하다고 주장하나, 우리 원은 국내에 미등록된 특허권 사용에 대한 대가도 특허권이 국내에서 제조·판매 등에 사용되었다면 국내원천소득에 해당한다는 점 등을 이유로 쟁점사용료를 청구법인의 국내원천소득으로 결정하였던 점[조심 2021서3247·2021지2805(병합), 2021.12.15.], 지방소득세(법인세분)는 법인세액을 과세표준으로 하여 부과·징수하는 지방세인데, 심리일 현재 쟁점사용료와 관련된 청구법인의 법인세 신고·납부가 별개의 경정청구에 의해 취소된 사실은 없는 것으로 확인되는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점특별징수세액의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로지방세기본법제96조 제6항과국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.