[요지] 지방세특례제한법제11조 제2항에서 농업법인이 영농‧유통‧가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감하도록 규정하면서, 같은 조 제3항 제2호에서 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각‧증여하는 경우에는 기 감면한 취득세를 추징하도록 규정하고 있을 뿐, 그 매각‧증여의 ‘정당한 사유’를 별도로 규정하고 있지는 않으므로, 법령상 청구주장과 같은 감면과정의 특별한 사유가 감안되어 기 감면세액을 추징할 수 없다고 해석하기는 어렵다고 판단됨.
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 2019.2.15. 쟁점토지가 사업부지로 적정하다는 처분청 농업정책과의 안내에 따라 농림축산식품부 공모사업인 ‘2019년도 OOO 지원사업’(이하 “쟁점사업”이라 한다)에 지원하였고, 그에 따라 청구법인은 2019.4.2. 쟁점토지를 취득한 후 2019.6.24. 세부사업계획서를 충청남도에 제출하였다.
(2) 이후 청구법인은 컨설팅업체를 선정하여 설계 등을 진행하던 중 2019.10.2. 처분청 농업정책과로부터 쟁점토지가 농지전용이 되지 않으니 다른 토지를 찾아보라는 안내를 받았으나 마땅한 토지를 찾지 못하였고, 결국 2019년 12월말 처분청 농업정책과로부터 쟁점사업의 계획이 취소되었다는 통보를 받게 되었다. 비영리단체인 청구법인은 힘든 상황 속에서도 농업인들로 구성된 회원들의 사업을 추진하기 위하여 처분청의 안내만 믿고 빚을 내어 쟁점토지를 매입하였다가 사업이 추진되지 못하면서 갑작스럽게 빚더미에 앉게 된 것이며, 그 원금과 이자를 상환하는 것이 현실적으로 어려워 결국 불가피하게 쟁점토지를 매각한 것이다.
(3) 따라서, 이 모든 것은 전적으로 처분청의 안이한 대처로 인하여 발생한 손해라서 처분청이 책임을 지는 것이 타당함에도, 사업 취소로 쟁점사업을 추진해보지도 못한 청구법인에게 쟁점토지에 대한 감면분 세금을 내라고 하는 것은 부당하다 할 것이다.
3. 심리 및 판단
(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 청구법인이 제시한 공문을 보면, 쟁점사업에 대한 청구법인의 사업 공모 신청에 대하여 처분청은 OOO도지사에게 사업신청서 및 사업계획서 등을 첨부하여 신청한 것으로 나타난다. (나) 청구법인이 제시한 금융거래내역 등을 보면, 청구법인은 2019.4.2. 쟁점토지에 대한 매매대금 OOO원의 지급을 완료하면서 쟁점토지를 취득한 것으로 나타난다. (다) 청구법인은 2019.6.24. 세부사업계획서를 처분청 농정과에 제출하였고, 처분청 농정과는 이를 OOO도지사에게 제출한 것으로 나타나는 한편, 처분청 농정과는 2019.10.2. 청구법인에게 ‘쟁점사업의 추진과 관련하여 적정부지확보(변경) 및 인‧허가 검토과정이 지연되어 연내 교부결정, 사업승인, 사업추진 여부가 불투명한 상황’이라는 내용의 공문을 보낸 것으로 나타난다. (라) 농림축산식품부는 2019.12.18. 처분청 등에 ‘쟁점사업과 관련된 국고보조금은 보조사업자의 부지 및 지방비 확보가 되지 않은 상황에서 교부되어 관련 법령의 위반에 따라 보조금 교부결정을 취소한다’는 내용의 공문을 보낸 것으로 나타나는 한편, 처분청 농정과는 2019.12.30. ‘사업기간이 부족하여 쟁점사업의 2020년 이월 추진이 불가피하므로 사업에 선정된 사업자의 불이익이 없도록 쟁점사업의 이월 추진을 승인해달라’는 내용의 공문을 농림축산식품부 등에 보낸 것으로 나타나나, 이에 대한 농림축산식품부 등의 회신문은 확인되지 않는다. (마) 청구법인이 제출한 내부공문을 보면, 이 건 취득세 등의 추징과 관련하여 처분청 농업정책과는 처분청 재무회계실장에게 다음과 같은 내용의 공문을 보낸 것으로 나타난다. [처분청 농업정책과의 공문 내용] OOO
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 청구법인은 처분청의 쟁점사업에 지원하라는 안내에 따라 쟁점토지를 타의로 취득하게 된 것일 뿐이고, 쟁점사업이 취소된 것은 그에 대한 타당성 검토 등을 제대로 하지 못한 처분청의 잘못이므로, 더 이상 불필요해진 쟁점토지를 청구법인이 3년 이내에 매각했다 하더라도 그에 대한 감면세액을 추징하는 것은 부당하다고 주장한다. 그러나, 지방세특례제한법제11조 제2항에서 농업법인이 영농‧유통‧가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감하도록 규정하면서, 같은 조 제3항 제2호에서 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각‧증여하는 경우에는 기 감면한 취득세를 추징하도록 규정하고 있을 뿐, 그 매각‧증여의 ‘정당한 사유’를 별도로 규정하고 있지는 않으므로, 법령상 청구주장과 같은 감면과정의 특별한 사유가 감안되어 기 감면세액을 추징할 수 없다고 해석하기는 어려운 점, 청구법인은 2019.4.2. 쟁점토지를 취득하고 그로부터 3년 이내인 2021.1.13. 이를 매각하면서 상기 규정에 따른 감면 추징사유가 발생하였고, 청구법인은 그 추징사유 발생일부터 60일 이내에 기 감면세액에 대한 취득세 신고‧납부를 이행했어야 하나 그러하지 아니하였으며, 그 과정에서 청구법인 스스로 적법한 신고‧납부 의무의 이행을 기대하기 어려운 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 보기도 어려운 점 등에 비추어 청구법인의 쟁점토지 매각으로 인하여 그에 대한 감면추징사유가 발생했다고 보아 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제6항, 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령
(1) 지방세특례제한법 제11조(농업법인에 대한 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농업법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2019년 12월 31일까지 면제한다.
1. 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제16조에 따른 영농조합법인
2. 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제19조에 따른 농업회사법인
② 농업법인이 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 각각 2020년 12월 31일까지 경감한다.
③ 제1항 및 제2항에 대한 감면을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우
3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 5년 미만인 상태에서 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제20조의3에 따라 해산명령을 받은 경우
(2) 지방세기본법 제52조(가산세의 부과) ① 지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세관계법에 따른 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 지방세관계법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다.
② 가산세는 해당 의무가 규정된 지방세관계법의 해당 지방세의 세목으로 한다.
③ 제2항에도 불구하고 지방세를 감면하는 경우에 가산세는 감면대상에 포함시키지 아니한다. 제53조(무신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 과세표준 신고를 하지 아니한 경우에는 그 신고로 납부하여야 할 세액(이 법과 지방세관계법에 따른 가산세와 가산하여 납부하여야 할 이자상당액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “무신고납부세액”이라 한다)의 100분의 20에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다. 제55조(납부지연가산세) ① 납세의무자가 지방세관계법에 따른 납부기한까지 지방세를 납부하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 “과소납부”라 한다)한 경우 또는 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 “초과환급”이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 계산식에 따라 산출한 금액을 합한 금액을 가산세로 부과한다. (단서 생략)
1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(지방세관계법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액을 더한다) × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 부과결정일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율 제57조(가산세의 감면 등) ① 지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세관계법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제26조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 해당 의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있을 때에는 가산세를 부과하지 아니한다.
(3) 지방세법 제20조(신고 및 납부) ③ 이 법 또는 다른 법령에 따라 취득세를 비과세, 과세면제 또는 경감받은 후에 해당 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징 대상이 되었을 때에는 제1항에도 불구하고 그 사유 발생일부터 60일 이내에 해당 과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세는 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다.