조세심판원 심판청구 취득세

① 쟁점①부동산의 취득세 등에 대한 심판청구가 적법한지 여부, ② 2010.1.1. 이전에 설립한 프로젝트금융투자회사(PFV)가 2017.1.1. 이후 취득한 부동산에 대하여 「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 부칙 제23조에 따라 취득세를 감면하여야 한다는 청구주장의 당부

사건번호 조심 2022지1092 선고일 2023-08-23 조세심판원

[요지]

① 점①부동산의 취득세 등에 대한 심판청구는 처분이 없는 상태에서 제기되어 부적법하다고 판단됨, ② 2010.1.1. 이전에 설립ㆍ등기한 PFV인 청구법인이 2018.6.22. 취득한 쟁점②부동산은 취득세 감면 대상으로 보기 어려우므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단됨.

[주 문] OOO시장이 2022.3.28. 청구법인에게 한 OOO 토지상 공동주택 OOO세대의 취득세 경정거부 통지에 대한 심판청구는 이를 각하하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

  • 가. 청구법인은 OOO 설립된 프로젝트금융투자회사(이하 “PFV”라 한다)로 2016.6.24. OOO 토지상에 공동주택 OOO세대(이하 “쟁점①부동산”이라 한다)를 신축하여 취득한 후 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 신고‧납부하였고, 2018.6.22. 같은 시 OOO 토지상에 공동주택 OOO세대(이하 “쟁점②부동산”이라 한다)를 신축하여 취득한 후 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 신고‧납부하였다.
  • 나. 이후, 청구법인은 2010.1.1. 이전에 설립‧등기된 PFV로 쟁점①부동산은 2014.12.31. 법률 제12853호로 개정된 조세특례제한법부칙 제79조의 경과조치(이하 “개정후 조특법 부칙”이라 한다)에 따라, 쟁점②부동산은 2014.12.23. 법률 제12955호로 일부 개정된 지방특례제한법 부칙 제23조의 경과조치(이하 “쟁점 지특법 부칙”이라 한다)에 따라 취득세의 50%를 감면해야 한다고 주장하면서 2022.1.27. 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 쟁점①부동산의 취득세 등에 대한 경정청구는 청구기간을 경과하여 제기되어 적법한 경정청구로 볼 수 없고, 쟁점②부동산은 2017.1.1. 이후에 취득한 것이라서 취득세 감면대상이 아니라는 취지로 2022.3.28. 이를 거부하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.6.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 OOO 부동산개발사업을 영위하기 위한 목적으로 설립된 PFV로서, 법인세법(2006.12.30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것) 제51조의2 제1항 제6호 각목에 규정된 요건을 모두 충족하고 있고, 청구법인이 2016.6.24. 쟁점①부동산을 취득하였으므로 개정후 조특법 부칙에서 규정한 2010.1.1. 이전에 설립‧등기한 PFV가 2016.12.31.까지 취득한 부동산에 해당하여 취득세 50% 감면 적용대상에 해당한다.

(2) 2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 지방세특례제한법조세특례제한법 제120조에 규정되어 있던 기업구조조정, 기업재무구조조정, 창업중소기업 등에 대한 취득세 감면규정을 지방특례제한법으로 이관한 반면, PFV에 대한 취득세 감면에 대해서는 별도로 규정하지 않았다. 그런데 쟁점 지특법 부칙은 개정후 조특법 부칙에 따라 PFV가 2010.1.1. 이전에 설립‧등기한 경우에는 해당 회사가 취득하는 부동산에 대한 취득세의 감면에 대해서는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있다. 조세법규의 해석에 있어서는 문언에 따라 엄격하게 해석하여야 하고 법의 흠결을 유추해석으로 메우거나 행정편의적인 확장해석을 해서는 안 된다는 ‘엄격해석의 원칙’이 적용되므로, 쟁점 지특법 부칙의 해석도 그 문언에 따라야 한다. 이와 관련하여 쟁점 지특법 부칙은 부동산 취득시기를 명시적으로 규정하지 않았음에도 불구하고 2016.12.31.까지 취득한 부동산에 대해서만 취득세를 감면한다는 것은 엄격해석의 원칙상 허용될 수 없다. 또한, 2015.2.27. 대통령령 제26125호로 개정된농어촌특별세법 시행령부칙 제4조 제1항은 “법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조에 따라 2010.1.1. 전에 설립‧등기한 PFV가 2016.12.31.까지 취득하는 부동산의 취득세 감면분에 대한 농어촌특별세 비과세에 대해서는 제4조 제6항 제1호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다”라고 규정하고 있는데, 위 부칙 규정은 쟁점 지특법 부칙과 형식이 동일함에도 감면대상 부동산의 범위를 2016.12.31.까지 취득한 것으로 명확히 규정하고 있다. 이와 같이, 다른 법률과의 유기적인 해석을 고려하더라도, 쟁점 지특법 부칙은 부동산 취득시기의 제한을 둔 것으로 볼 수 없다. 행정안전부 역시 “취득기한을 명시하지 아니한 쟁점 지특법 부칙 규정은 개정후 조특법 부칙의 취득기한(2016.12.31.)까지 인용한 것으로 볼 수는 없다”라고 판단하여, 쟁점 지특법 부칙이 취득세 감면 대상인 부동산의 취득시기에 제한을 두고 있지 않다고 보았다. 그런데 청구법인은 2010.1.1. 전에 설립된 PFV로서 2018.6.22. 쟁점②부동산을 취득하였으므로 쟁점 지특법 부칙에 다른 취득세 감면 대상에 해당함에도 처분청은 쟁점 지특법 부칙은 2016.12.31.까지 취득한 부동산에 한정하여 적용받을 수 있는 것으로 판단하였으므로 이 건 경정청구 거부처분은 위법하다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 쟁점①부동산에 대한 취득세 신고기한인 2016.8.8.(소유권보존등기접수일)로부터 5년을 경과한 2022.1.27. 경정청구서를 제출하였는데, 이는 지방세기본법 제51조에 따른 경정청구 기한을 넘어선 것이라서 부적법한 청구에 해당한다.

(2) 쟁점 지특법 부칙에 따른 “종전의 규정”은 당초 프로젝트금융투자회사에 대한 부동산 취득세 감면 근거를 둔 조세특례제한법의 감면규정과 연계하여 해석해야 할 것이다. 더욱이, 개정 조세특례제한법에 대한 국회 논의 과정을 살펴보면, 2010년 1월 1일 전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사의 경우 “2016년 12월 31일까지 취득한 부동산”에 대해서만 취득세를 감면하도록 한 것은 2010년 1월 1일 전에 설립ㆍ등기하였다는 이유로 부동산 취득기한의 제한 없이 부동산 취득세를 계속 감면할 경우 2010년 1월 1일 이후에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사와의 형평성 문제 등이 발생할 수 있다는 점을 고려하여 개정후 조특법 부칙에서 감면 시한을 둔 것인데, 만약 같은 법의 개정 취지 및 부칙의 경과조치를 고려하지 않고 개정 부칙규정에 따라 2010년 1월 1일 전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사에 대해 부동산 취득기한의 제한 없이 계속 취득세를 감면할 수 있다고 본다면, 결국 2010년 1월 1일 전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사는 부동산을 취득하는 경우 영구적으로 취득세 감면 혜택을 받게 되는바, 이는 위와 같은 개정 취지 및 개정 조세특례제한법 부칙에서 경과조치를 둔 것과 배치되는 결과를 초래하므로 타당하지 않다. 쟁점 지특법 부칙에서는 “법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조에 따라”라고 규정하고 있으므로, 개정후 조특법 부칙 내용 중 “이 법 시행 전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산”이라는 문언과 부동산 취득기한에 관한 규정인 “2016년 12월 31일까지 취득하는 부동산”이라는 문언은 모두 적용되어야 한다는 점도 이 사안을 해석할 때 고려해야 하는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁점

① 쟁점①부동산의 취득세 등에 대한 심판청구가 적법한지 여부

② 2010.1.1. 이전에 설립한 프로젝트금융투자회사(PFV)가 2017.1.1. 이후 취득한 부동산에 대하여 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 부칙 제23조에 따라 취득세를 감면하여야 한다는 청구주장의 당부

  • 나. 관련 법령: <별지> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) AAA 주식회사 외 4개법인은 2006.4.10. 체결한 출자자협약서에 따르면, 출자자들이 법인세법 제51조의2에 의한 PFV인 청구법인을 공동으로 투자‧설립하기로 합의한 것으로 나타난다. (나) 법인등기부에 따르면, 청구법인은 OOO 도시개발사업의 건설과 운영 등을 영위하기 위한 목적으로 2006.4.20.에 설립된 것으로 나타난다. (다) 쟁점①부동산의 등기사항전부증명서에 따르면, 청구법인은 쟁점①부동산에 대하여 2016.8.8. 소유권보존등기를 하였고, 건축물대장 총괄표제부(갑)에 따르면, 쟁점②부동산은 2018.6.22. 사용승인을 받은 것으로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다. 청구법인은 2016.8.8. 쟁점①부동산에 대한 소유권보존등기를 접수함으로써 그 취득세 신고‧납부기한이 만료되었고, 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 경정청구를 제기하여야 함에도 그 기한을 넘겨 2022.1.27. 쟁점①부동산의 취득세 등에 대한 경정청구서를 제출하였으므로 이는 부적법한 경정청구이고, 이에 대한 통지는 단순한 민원회신에 불과하여 불복의 대상이 되는 처분으로 볼 수 없다. 따라서 쟁점①부동산의 취득세 등에 대한 심판청구는 처분이 없는 상태에서 제기되어 부적법하다고 판단된다.

(3) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 2018.6.22. 취득한 쟁점②부동산에 대하여 PFV가 취득하는 부동산으로서 취득세의 50% 감면 대상이라고 주장하나, 취득세 등이 감면대상이 되는지 여부는 원칙적으로 납세의무성립 당시의 법률을 적용하여 판단하여야 하고, PFV에 대한 취득세 감면규정은 2014.12.31. 삭제되어 청구법인이 쟁점②부동산을 취득할 당시에는 해당 감면규정이 존재하지 않았던 점, 2014.12.23. 법률 제12853호로 개정된 개정후 조특법 부칙(제76조)에서 2010.1.1. 이전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사의 경우 2016.12.31.까지 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 감면하도록 규정한 취지는 2010.1.1. 이전에 설립ㆍ등기하였다는 이유로 그 취득시기에 관계없이 취득세 등을 계속하여 감면할 경우 2010.1.1. 이후에 설립된 프로젝트금융투자회사와의 과세 형평 등을 고려하여 그 감면의 시한을 둔 것으로 보이는 점, 쟁점지특법 부칙(제23조)에서 말하는 법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조는 2014.12.23. 법률 제12853호로 개정된 개정후 조특법 부칙(제76조)을 말한다고 보는 것이 합리적인 해석으로 보이는 점, 청구법인의 쟁점②부동산에 취득에 대하여 종전의 규정을 적용한다 하더라도 종전의 규정 등에서 프로젝트금융투자회사가 2016.12.31.까지 취득하는 부동산에 대하여만 취득세를 감면하도록 규정하고 있어 쟁점②부동산의 취득은 취득세 감면 요건을 충족한다고 보기 어려운 점 등에 비추어 2010.1.1. 이전에 설립ㆍ등기한 PFV인 청구법인이 2018.6.22. 취득한 쟁점②부동산은 취득세 감면 대상으로 보기 어려우므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구이거나 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제7항, 국세기본법제80조의2, 제65조 제1항 제1호 및 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 지방세기본법 제34조(납세의무의 성립시기) ① 지방세를 납부할 의무는 다음 각 호의 구분에 따른 시기에 성립한다.

1. 취득세: 과세물건을 취득하는 때 제50조(경정 등의 청구) ① 이 법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제51조제1항에 따른 납기 후의 과세표준 신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내[지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정이 있음을 안 날(결정 또는 경정의 통지를 받았을 때에는 통지받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)를 말한다]에 최초신고와 수정신고를 한 지방세의 과세표준 및 세액(지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액 등을 말한다)의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준 신고서 또는 납기 후의 과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액(지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 지방세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준 신고서 또는 납기 후의 과세표준 신고서에 기재된 환급세액(지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 환급세액을 말한다)이 지방세법에 따라 신고하여야 할 환급세액보다 적을 때

(2) 지방세법(2015.12.29. 법률 제13636호로 개정된 것) 제20조(신고 및 납부) ① 취득세 과세물건을 취득한 자는 그 취득한 날(국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제117조제1항에 따른 토지거래계약에 관한 허가구역에 있는 토지를 취득하는 경우로서 같은 법 제118조에 따른 토지거래계약에 관한 허가를 받기 전에 거래대금을 완납한 경우에는 그 허가일이나 허가구역의 지정 해제일 또는 축소일을 말한다)부터 60일[상속으로 인한 경우는 상속개시일이 속하는 달의 말일부터, 실종으로 인한 경우는 실종선고일이 속하는 달의 말일부터 각각 6개월(납세자가 외국에 주소를 둔 경우에는 각각 9개월)] 이내에 그 과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 신고ㆍ납부기한 이내에 재산권과 그 밖의 권리의 취득ㆍ이전에 관한 사항을 공부(公簿)에 등기하거나 등록[등재(登載)를 포함한다. 이하 같다]하려는 경우에는 등기 또는 등록을 하기 전까지 취득세를 신고ㆍ납부하여야 한다.

(3) 조세특례제한법(2004.12.31. 법률 제7322호로 개정된 것) 제120조(취득세의 면제 등) ④ 다음 각호의 1에 해당하는 부동산에 대하여는 취득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

3. 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산

(4) 조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정된 것) 제120조(취득세의 면제 등) ④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 30(제3호의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 세액을 감면한다.

3. 프로젝트금융투자회사가 2012년 12월 31일까지 취득하는 부동산 부칙 제76조(등록세 및 취득세의 면제 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융회사가 취득하는 부동산에 대한 등록세와 취득세의 감면에 대해서는 제119조 제6항 제3호 및 제120조 제4항 제3호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

(5) 조세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11614호로 개정된 것) 제120조(취득세의 면제 등) ④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(지방세법 제13조 제5항 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산은 제외한다)을 2014년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 취득세의 100분의 30(제3호의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 세액을 감면한다. 이 경우 지방세법 제13조 제2항 본문 및 제3항의 세율을 적용하지 아니한다

3. 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산 부칙 제45조(지방세 개정 관련 일반적 경과조치) 2013년 1월 1일 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.

(6) 조세특례제한법(2014.12.23. 법률 제12853호로 개정된 것) 제120조 삭제 부칙 제72조(프로젝트금융투자회사에 대한 취득세의 면제 등에 관한 경과조치) 2014년 12월 31일 이전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사가 2015년 12월 31일까지 취득하는 부동산에 대하여는 제120조 제4항 제3호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. 2010.1.1. 법률 제9921호로 개정된 것의 부칙 제76조(등록세 및 취득세의 면제 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융회사가 2016년 12월 31일까지 취득하는 부동산에 대한 등록세와 취득세의 감면에 대해서는 제119조 제6항 제3호 및 제120조 제4항 제3호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

(7) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 부칙 제23조(프로젝트금융회사에 관한 경과조치) 법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조에 따라 법인세법 제51조의2 제1항 제9호에 해당하는 회사가 2010년 1월 1일 이전에 설립ㆍ등기한 경우, 해당 회사가 취득하는 부동산에 대한 취득세의 감면에 대해서는 종전의 규정에 따른다.

(8) 농어촌특별세법(2015.2.27. 대통령령 제26125호로 개정된 것) 제4조(비과세)다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다.

12. 기술 및 인력개발, 저소득자의 재산형성, 공익사업 등 국가경쟁력의 확보 또는 국민경제의 효율적 운영을 위하여 농어촌특별세를 비과세할 필요가 있다고 인정되는 경우로서 대통령령으로 정하는 것

(9) 농어촌특별세법 시행령(2015.2.27. 대통령령 제26125호로 개정된 것) 부칙 제4조(프로젝트금융투자회사에 대한 취득세 감면분에 대한 농어촌특별세 비과세에 관한 경과조치) ① 법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조에 따라 2010년 1월 1일 전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사가 2016년 12월 31일까지 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면분에 대한 농어촌특별세 비과세에 대해서는 제4조 제6항 제1호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

② 법률 제12853호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제72조에 따라 2014년 12월 31일 이전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사가 2015년 12월 31일까지 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면분에 대한 농어촌특별세 비과세에 대해서는 제4조 제6항 제1호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

(10) 법인세법(2004.1.29. 법률 제7117호로 개정된 것) 제51조의2(유동화전문회사등에 대한 소득공제) ① 다음 각호의 1에 해당하는 내국법인이 대통령령이 정하는 배당가능이익의 100분의 90 이상을 배당한 경우 그 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 공제한다.

6. 제1호 내지 제5호와 유사한 투자회사로서 다음 각목의 요건을 갖춘 법인일 것

  • 가. 회사의 자산을 설비투자, 사회간접자본시설투자, 자원개발 그 밖에 상당한 기간과 자금이 소요되는 특정사업에 운용하고 그 수익을 주주에게 배분하는 회사일 것
  • 나. 본점외의 영업소를 설치하지 아니하고 직원과 상근인 임원을 두지 아니할 것
  • 다. 한시적으로 설립된 회사로서 존립기간이 2년 이상일 것
  • 라. 상법 그 밖의 법률의 규정에 의한 주식회사로서 발기설립의 방법으로 설립할 것
  • 마. 발기인이 기업구조조정투자회사법 제4조제2항 각호의 1에 해당하지 아니하고 대통령령이 정하는 요건을 충족할 것
  • 바. 이사가 기업구조조정투자회사법 제12조 각호의 1에 해당하지 아니할 것
  • 사. 감사는 기업구조조정투자회사법 제17조의 규정에 적합할 것. 이 경우 동조중 "기업구조조정투자회사"는 "회사"로 본다.
  • 아. 자본금 규모, 자산관리업무와 자금관리업무의 위탁 및 설립신고 등에 관하여 대통령령이 정하는 요건을 충족
원본 출처 (국세법령정보시스템)