청구법인은 개정 전 「지방세특례제한법」제33조 제1항이 시행 중에 있을 때 쟁점주택의 취득을 위한 원인행위를 하였으므로, 개정 후 「지방세특례제한법」 부칙의 일반적 경과조치 규정을 적용하여 취득세 등을 면제하여야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] OOO구청장이 2022.4.26. 청구법인에게 한 취득세 등의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2017.4.6. OOO일원에 공동주택 및 근린생활시설용 건축물 OOO㎡(이하 “이 건 건축물”이라 한다)를 취득(신축)한 후, 같은 날 그 취득가격 OOO원을 과세표준으로 하고지방세법제11조 제1항 제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.
• 나. 청구법인은 2022.2.21. 이 건 건축물 중 전용면적 60㎡이하 분양용 공동주택 207세대(이하 “쟁점주택”이라 한다)가지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것, 이하 “개정 후지방세특례제한법”이라 한다) 부칙 제14조(이하 “일반적 경과조치”라 한다) 및지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것, 이하 “개정 전지방세특례제한법”이라 한다) 제33조 제1항(이하 “종전규정”이라 한다)에 따른 취득세 면제대상이므로, 기 납부한 취득세 중 OOO원이 환급되어야 한다는 취지로 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2022.4.26. 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.7.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 주택공급 확대를 위해 공동주택의 취득세를 면제하는 종전규정의 일몰기한이 계속하여 연장될 것으로 믿고 그 일몰기한이 도래하기 전에 쟁점주택에 대한 건축허가를 받아 착공을 하였으나 일몰기한 도래 후 사용승인을 받아 쟁점주택을 취득하였는바, 종전규정에 따라 취득세가 감면될 것으로 믿고 쟁점주택의 착공행위 등을 한 청구법인의 신뢰를 보호하기 위해 개정 후지방세특례제한법부칙 제14조의 일반적 경과조치에 따라 종전규정을 적용하여 취득세 등이 감면되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 납세의무자에게 세법이 불리하게 개정되었음에도 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 개정전 법령을 적용하기 위하여는 ‘납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하고 그 시행 당시에 납세의무 성립에 관한 구체적 원인행위로 나아가 일정한 법적 지위나 생활관계를 형성하여 국가가 마땅히 이를 보호할 정도에 이르러야 하는 것이고, 이러한 정도에 이르지 아니한 경우에는 설령 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과하므로 경과규정에 의하여 종전 규정이 적용되지 않는 것’인바, 주택건설사업자가 공동주택을 건설함에 있어 착공은 장기간의 건축과정의 시작단계에 불과하여 법령 개정 전에 소규모 공동주택 건축공사의 착공을 한 것만으로는 그 당시 감면규정이 공사 완료시까지 존속할 것이라는 기대를 보호할만한 신뢰라고 인정하기 어렵다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 청구법인은 개정 전지방세특례제한법제33조 제1항이 시행 중에 있을 때 쟁점주택의 취득을 위한 원인행위를 하였으므로, 개정 후지방세특례제한법부칙의 일반적 경과조치 규정을 적용하여 취득세 등을 면제하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법률

(1) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제33조(주택 공급 확대를 위한 감면) ① 대통령령으로 정하는 주택건설사업자가 공동주택(해당 공동주택의 부대시설 및 복리시설을 포함하되, 분양하거나 임대하는 복리시설은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)을 분양할 목적으로 건축한 전용면적 60제곱미터 이하인 5세대 이상의 공동주택(해당 공동주택의 부속토지를 제외한다. 이하 이 항에서 같다)과 그 공동주택을 건축한 후 미분양 등의 사유로 제31조에 따른 임대용으로 전환하는 경우 그 공동주택에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.

(2) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 제33조(주택 공급 확대를 위한 감면) ① 대통령령으로 정하는 주택건설사업자가 공동주택(해당 공동주택의 부대시설 및 복리시설을 포함하되, 분양하거나 임대하는 복리시설은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)을 분양할 목적으로 건축한 전용면적 60제곱미터 이하인 5세대 이상의 공동주택(해당 공동주택의 부속토지를 제외한다. 이하 이 항에서 같다)과 그 공동주택을 건축한 후 미분양 등의 사유로 제31조에 따른 임대용으로 전환하는 경우 그 공동주택에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다. 부칙 제1조(시행일) 이 법은 2015년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제126조 제2항부터 제4항까지 및 제7항, 제127조 제2항부터 제4항까지, 제128조 제1항 및 제173조의 개정규정은 2015년 7월 1일부터 시행하고, 제67조 제2항의 개정규정은 2016년 1월 1일부터 시행한다. 제3조(일반적 적용례) ① 이 법은 이 법 시행 후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. 제14조(일반적 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 주택신축판매 건설업을 영위하는 법인사업자이다. (나) 청구법인은 2014.9.12. 이 건 건축물에 대한 건축허가를 받고, 2014.12.19. 건축공사를 착공하였다. (다) 청구법인은 2017.4.6. 이 건 건축물에 대하여 사용승인을 받고, 같은 날 아래 ＜표＞와 같이 취득세 등을 신고·납부하였다. ＜표＞ 이 건 건축물 당초 취득세 신고·납부내역 OOO (라) 청구법인은 2014.12.19. 이 건 건축물에 대한 건축공사를 착공하였다는 사실에 대한 증빙으로, 청구법인의 착공신고서, 처분청의 착공신고필증, 건축사무소의 공정확인서, 신축공사 현장사진 등을 제출하였다. (마) 개정 전지방세특례제한법제33조 제1항에서 규정하는 전용면적 60㎡ 이하의 공동주택에 대한 취득세 등의 감면규정은 2014.12.31. 일몰이 도래되어 취득세 등의 감면이 종료되었다. (바) 개정 전 지방세특례제한법제33조 제1항의 입법연혁을 살펴보면, 전용면적 60㎡ 이하의 공동주택을 분양하기 위하여 취득하는 경우에 취득세를 면제한다는 규정은 1995.1.18. 시도세감면조례 제13조 제1항에 처음 신설되어 약 19년간 유지되다가 2011년 지방세특례제한법이 제정·시행되면서 동 규정이 개정 전 지방세특례제한법제33조 제1항으로 이관되었고, 이후 2014.12.31. 쟁점조항의 감면기간이 연장되지 아니하여 감면이 종료되었다. (사) 행정안전부는 2014.9.15. 지방세특례제한법 일부개정법률(안)을 아래와 같이 입법예고하였고, 이 건 관련 조문인 제33조는 정비조문에 구체적으로 그 사유가 명시되어 있지는 아니한다. OOO

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 본다. (가) 개정 전지방세특례제한법제33조 제1항에서 대통령령으로 정하는 주택건설사업자가 공동주택(해당 공동주택의 부대시설 및 복리시설을 포함하되, 분양하거나 임대하는 복리시설은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)을 분양할 목적으로 건축한 전용면적 60제곱미터 이하인 5세대 이상의 공동주택(해당 공동주택의 부속토지를 제외한다. 이하 이 항에서 같다)과 그 공동주택을 건축한 후 미분양 등의 사유로 제31조에 따른 임대용으로 전환하는 경우 그 공동주택에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있고, 개정 후 지방세특례제한법부칙 제14조에서 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있다. 개정 후지방세특례제한법부칙 제14조에서 규정하고 있는 “종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 지방세”에 해당하여 개정 전 법령이 적용되기 위해서는 개정 전 법령의 시행 당시 과세요건이 모두 충족되어 납세의무가 성립하였거나, 비록 과세요건이 모두 충족되지는 않았더라도 납세의무자가 개정 전 법령에 의한 조세 감면 등을 신뢰하여 개정 전 법령의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에는 이에 포함되는 것으로 보는 것이 타당하나, 이러한 정도에 이르지 않은 경우에는 개정 전 법령이 아니라 납세의무 성립 당시의 법령이 적용되어야 할 것이다. (나) 처분청은 쟁점주택의 취득에 대하여 납세의무 성립 당시의 법령을 적용하여야 하므로 취득세 등을 면제할 수 없다는 의견이나, 개정 전지방세특례제한법제33조 제1항에 따른 소규모 공동주택에 대한 취득세 감면규정은 감면조례 등에서 1995년부터 주택건설사업자가 건설하는 전용면적 60㎡ 이하인 소규모 공동주택에 대하여 취득세를 감면하도록 규정하고 있다가,지방세특례제한법이 2010.3.31. 제정되면서 종전과 동일하게 소규모 공동주택에 대하여 취득세를 면제하도록 규정하였고, 2013.1.1.지방세특례제한법이 개정되면서 감면시한을 2014.12.31.로 연장하였으며, 2014.12.31.지방세특례제한법이 개정되면서 당해 감면규정의 감면시한을 별도로 연장하지 아니함에 따라 당해 감면규정은 사실상 폐지된 점, 청구법인은 개정 전지방세특례제한법이 시행 중이던 2014.12.19. 건축공사를 착공하여 쟁점주택의 취득을 위한 원인행위를 한 점, 청구법인은 개정 전지방세특례제한법제33조 제1항에서 정한 취득세 등의 감면요건을 충족한 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 2017년 4월경 쟁점주택을 신축하여 취득하였다 하더라도 2014.12.31. 이전에 쟁점주택의 취득을 위한 원인행위를 한 이상, 개정 후지방세특례제한법부칙 제14조에 따라 개정 전지방세특례제한법제33조 제1항의 적용대상으로 보는 것이 타당하므로, 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이라고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제7항과 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.