조세심판원 심판청구 법인세

청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 3년 이내에 해당용도로 사용하지 못한 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부

사건번호 조심 2022지1078 선고일 2023-07-11 조세심판원

[요지] 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 쟁점토지에서 착공이 지연되어 유예기간 내에 해당 용도로 직접 사용하지 못한 데에 법령이나 행정관청에 의한 금지ㆍ제한 등과 같은 외부적 사유가 있었다고 보기 어렵고, 청구법인 내부적인 사업목적에 따라 유예기간을 초과하게 된 것으로 봄이 타당하므로, 처분청이 쟁점토지 취득일부터 3년 이내에 해당 용도로 사용하지 아니한 것으로 보아 청구법인에게 취득세 등을 부과한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단됨.

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

  • 가. 청구법인은 사립학교법에 따라 설립된 학교법인으로, 2017.12.29.∼2018.3.30. 기간 동안 아래 <표1>과 같이 OOO 외 29필지 부동산(이하 “쟁점토지”라 한다)을 취득하면서 지방세특례제한법(이하 “지특법”이라 한다) 제41조 제1항에 따라 학교 등이 해당사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 신고하여 취득세 등을 면제 받았다. <표1> 청구법인의 쟁점토지 취득 내역 OOO
  • 나. 청구법인은 쟁점토지 지상에 수기치인관을 신축하기 위하여 쟁점토지를 취득하였으나, 2023.6.27. 현재까지 쟁점토지 지상에 위 건물 착공은 이루어지지 않았다.
  • 다. 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 정당한 사유 없이 취득일로부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 않은 사실을 확인하고, 2021.10.7. 청구법인에게 아래 <표2>와 같이 취득세 등 합계 OOO원을 부과고지하였다. <표2> 취득세 등 부과내역 OOO
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.12.31. 이의신청을 거쳐, 2022.9.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 OOO의 권고사항에 따라 교통환경개선을 위한 추가 토지를 확보하는 과정에서 상당한 시간이 소요되어 유예기간을 경과하게 되었으므로, 3년 이내에 해당 용도로 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 할 것이다. (가) 청구법인은 수기치인관을 신축하기 위하여 쟁점토지를 매입하였으며, 수기치인관 신축 관련 진행 현황은 아래 <표3>과 같다. <표3> 수기치인관 신축 진행 현황 OOO (나) 청구법인은 OOO의 권고사항을 이행하기 위하여 토지를 추가 취득하였으며, 이 과정에서 부득이하게 건축이 지연되었다.

1. 청구법인은 2018.3.15. 이사회에서 주차장 진출입구 확보를 위하여 추가 토지 취득이 반드시 필요하다는 판단 하에 사유지 OOO, OOO 외 국유지에 대한 추가매입을 결의하였는데, 이후 2018.3.29., 2018.3.30. 양일에 거쳐 위 추가매입 대상 토지 중 OOO, OOO 토지(쟁점토지 중 일부임)를 추가로 취득하였다.

2. OOO토지 소유주는 진정서를 넣는 등 선제적으로 청구법인에게 매도의사를 비췄고, 청구법인은 내부검토 후 해당 필지 취득시 건물 확장의 여지가 있다는 등의 이유로 위 토지를 매입하였다.

3. 도시계획위원회 심의결과 OOO는 2018.10.17. 아래 <표4>와 같이 사업부지 정형화 및 교통환경 개선이 필요하다는 의견을 도출하였다. <표4> 도시계획위원회 심의결과 내용 중 발췌

○○○

4. OOO 2018.3.15. 이사회에서 주차장 진출입로 확보 등 열악한 교통환경을 개선하기 위하여 취득하기로 결의한 OOO 토지의 경우, 소유주의 세금체납상태로 매매가 지체되다가, OOO의 권고사항에 따라 2019.2.21. 내부회의를 거쳐 시세보다 2배 이상 높은 가격에 매입을 결정하고, 2019.2.25. 위 토지를 매입하였다. 추가 취득한 위 OOO 토지의 면적인 72.7㎡를 반영한 도시계획시설(학교) 및 세부시설조성계획 변경결정(2차)이 2019.7.11. OOO에 고시되었으며, 고시문에 따르면 조성계획의 변경 취지가 OOO시 도시계획위원회 권고사항인 열악한 교통환경 개선임이 확인된다.

5. OOO 청구법인은 2019년 10월 수기치인관 신축에 따른 교통개선대책을 수립하였다. 청구법인이 수립한 대책에는 건물 신축에 따른 주차장 면적 확보, 반사경 설치, 미끄럼방지 포장과 같은 교통안전계획 등 OOO에서 권고한 OOO 접근 도로에 관한 교통환경개선 계획이 포함되어 있다. 그 과정에서 청구법인은 종교부지인 OOO 토지를 추가로 취득하기로 계획을 수립하였다. 위 OOO 부지의 경우 당초 청구법인의 사업계획에 전혀 없었던 것이었으나 청구법인은 OOO의 권고를 전적으로 수용하기 위하여 위 부지를 매입하려는 계획을 수립하고 시행하게 된 것이다. 하지만 종교부지의 경우 소유주가 종교법인인 관계로 많은 현실적 제약사항이 있어 취득하는 과정에서 시간지체가 불가피하였다. 그러나 위 필지의 경우 사업구역의 토지 정형화를 위해 매우 중요한 요지이기에 청구법인은 매입을 포기할 수 없었고, 끝내 2020.6.2. 시세보다 높은 가격에 협의가 이루어져 취득할 수 있었다. 이러한 사실은 도시계획시설(학교) 및 세부시설조성계획 변경 결정(3차) 고시문을 통해서도 확인할 수 있다.

6. 청구법인은 이 외에도 OOO 토지 소유주에게 2019.12.10. 매입제안서를 보내는 등 상당한 시간을 투입하였으나, 끝내 합의에 이르지 못함에 따라 매입을 포기하기도 하였다. (다) 청구법인은 추가 토지매입이 완료될 때마다 도시계획시설(학교) 실시계획을 수립·변경하고, 처분청의 인가를 받았으며, 아래 <표5>와 같이 일련의 절차를 중단 없이 성실히 수행·완료하였다. <표5> 제반 용역 세부일정 및 완료일자 내 용 완료일 환경영향평가 2020.5.25. 교통영향평가 2019.11.8. 매장문화재시굴조사 2019.12.5. 지하안전평가 2020.2.24. 녹색건축인증 및 에너지효율등급인증 2020.7.13. (라) OOO 국유지의 경우, 사유지 취득에 따라 자연스러운 필지경계 및 개발을 위해 당연 매입이 필요한 골목길 및 도로에 해당하는 것으로 도시계획시설 결정 및 실시계획인가 등 제반 행정절차를 거쳐 수의매매로 취득하였다.

(2) 결론적으로, 청구법인은 쟁점토지 취득 이후 OOO의 요구사항(부지 정형화 및 교통환경개선 노력)을 이행하기 위해 불가피하게 최초 신축 계획을 확대 수정하고, 그에 따른 종교부지에 해당하는 OOO 토지 추가 취득 등을 위하여 노력한 것이며, 토지 추가 취득에 따라 추가로 세부시설조성계획 변경결정 및 도시계획시설 실시계인가 절차를 밟고, 제반 용역을 수행하기 위하여 상당한 시간이 소요되었으므로, 기한 내 사용하지 못한 정당한 사유가 인정된다고 할 것이다.

(3) [추후 착공계획] 청구법인은 1차 건축허가 신청 후, 토지를 추가 취득함으로써 최종 사업부지를 확정하였고, 관련 설계변경 완료 후 도시계획시설(학교) 및 세부시설조성계획 변경 결정(4차) 고시를 2022.4.21. 득하였다. 청구법인은 2차 건축허가를 득하는 즉시 입찰절차 후 착공할 예정이다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 쟁점토지를 3년 이내에 사용하지 못한 이유로, 도시계획위원회의 권고사항을 이행하기 위하여 추가 토지를 매수할 수밖에 없었던 사정을 근거로 들고 있으나, 도시계획위원회의 권고를 법령이나 행정관청에 의한 금지·제한으로 볼 수 없고, 특히 청구법인은 그 주장과 달리 교사면적(건물 연면적) 추가 확보를 위하여 토지를 추가로 매수한 사실이 확인되는바, 이는 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다. (가) 청구법인이 작성한 2017.4.24. 교수회관 후면부지 토지 매입추진안 붙임 부지 현황을 살펴보면, 아래 <그림1>과 같이 나타난다. 그리고 청구법인은 실제 <그림1> 토지를 총 OOO원에 매입하였으며, 청구법인이 2017.11.17. 시행한 내부문서인 “교수회관 후면부지 토지 매입시행” 자료에 의하면 향후 인허가기간을 23개월로 예측하고 있고, 그 이후에 바로 공사에 착공하는 것으로 기재되어 있어, 청구법인의 당초 계획에 따르면 유예기간 내에 충분히 쟁점토지를 직접 사용할 수 있었던 것으로 나타난다. <그림1> 2017.4.24. 매입추진안 붙임 자료 내용 중 발췌

○○○ (나) 그런데 청구법인은 그 이후 내부 검토과정에서 “교사면적 추가 확보 및 진출입로 확장을 위하여 주변 토지 일부의 추가매입이 필요하다고 판단”하여 2018.3.15. 이사회에서 OOO 토지 외 4필지OOO 토지를 추가매입하기로 결정하였다. 그리고 이러한 청구법인의 결정은 OOO 도시계획위원회의 심의 “이전”에 결정된 것으로 순수하게 청구법인의 내부 사유에 불과하다. 즉 청구법인이 토지를 추가로 취득한 것은 OOO 도시계획위원회 심의 내용과는 무관하다. <표6> 2018.3.15.자 이사회 결의 내용

2. 매입대상지 내 건물 신축 검토과정에서 교사면적(건물 연면적) 추가 확보 및 진출입로 확장을 위하여 주변 토지 일부의 추가매입이 필요하다고 판단된 바 다음과 같이 매입을 진행하고자 합니다. <그림2> 추가매입 대상지 도면

○○○ (다) OOO이 수차례 토지 정형화 및 교통환경개선을 권고한 것은 사실이나, 다음과 같은 사정에 비추어보면 청구법인의 착공 지연과 권고사항과는 인과관계가 인정될 수 없다.

1. OOO 청구법인은 OOO토지의 경우 당초 “전혀” 계획이 없었음에도 오로지 도시계획위원회 권고에 따라 종교단체 소유 부지임에도 불구하고 매입을 강행한 것이고, 인접 토지인 OOO 토지의 경우에도 권고사항 이행을 위해 상당한 시간을 투입하였으나 끝내 매입하지 못하였다고 주장한다. 도시계획위원회에서 “편입된 부지와 OOO 사이 부지에 대한 정형화 및 교통환경개선”을 요구한 것은 사실이나, 청구법인은 추가 매입에 따른 건축면적 확대를 기대하고 전략적으로 매입을 결정한 것이고, 아울러 청구법인이 주장하는 모든 토지를 다 매입해야 했던 것으로 보이지도 않는다.

2. 2020.6.25. 청구법인 내부 이사회 회의자료에 의하면, 아래 <표7>과 같이 구역별 매입전략이 기재되어 있고, 아울러 OOO 토지를 모두 매입했을 시 224평 매입으로 인해 건축물 연면적이 1000평 이상 증가하고, 국제컨퍼런스룸, 강의실/세미나실, 주차장 등이 각 100평, 700평, 15대 증가하는 것으로 적혀 있다. <표7> 2020.6.25. 청구법인 이사회 회의자료 내용 중 발췌

○○○

3. 즉 청구법인은 매입으로 인해 얻을 수 있는 이익을 비교 분석하여 높은 효율성이 있다고 판단하여 장기간에 걸쳐 위 토지들을 매입하고자 노력한 것이다. 인허가를 받기 위해 위 토지들을 모두 매입하는 것이 필수적인 것도 아니었다. 실제로 청구법인을 대리하여 OOO 토지 매입을 시도한 청구법인 매매대리인의 문자 내역에 의하면, “땅모양이 문제이지 일이 안되는 것은 아니니 인허가 등에 있어서 더 기다리기는 어렵다”는 것으로, 청구법인은 실제로 위 OOO토지의 경우 결국 매입을 포기하고도 인허가를 받았다.

(2) 이상과 같이 청구법인은 OOO의 권고 이전에(권고와 무관하게) 건축면적 확장을 위하여 토지를 매입할 계획을 세웠거나, 그 이후로도 추가로 토지를 매입하였고, 이에 따른 설계변경 및 제반 인허가를 거치는 과정에서 시간이 지연되었으며, OOO은 청구법인의 토지 추가 매입과 무관하게 인허가등을 내어주었는바, 이러한 사정만으로는 법령상 장애나 금지·제한으로 인하여 지연되었다고 볼 수 없다. 특히 청구법인의 경우 도시계획시설 및 세부시설 조성계획 변경결정 고시가 1차부터 3차까지 계속 이루어졌고, 2020.6.19. 건축허가까지 받았던 점을 고려하면, 이는 행정관청의 사용 금지·제한 등 외부적인 사유가 있었다고 볼 수 없으므로, 청구법인의 시간 지연에는 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁점 청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 3년 이내에 해당용도로 사용하지 못한 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부
  • 나. 관련 법률

(1) 지방세특례제한법(2018.12.24. 법률 제16041호로 개정되기 전의 것) 제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제) ① 초·중등교육법고등교육법에 따른 학교, 경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립·운영에 관한 특별법 또는 기업도시개발 특별법에 따른 외국교육기관을 경영하는 자(이하 이 조에서 "학교등"이라 한다)가 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(대통령령으로 정하는 기숙사는 제외한다)에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2017.4.24. 쟁점토지를 취득하기 위한 매입추진(안)을 검토하였는바, 해당 문서의 주요 내용은 아래 <표8>과 같다. <표8> 청구법인 2017.4.24. 내부문서 내용 중 발췌 제목: OOO교수회관 후면부지 토지 매입추진(안) 다 음

1. 검토배경

  • 가. 교수회관 후면부지 활용을 위해 인근 토지 매입추진
  • 나. 토지 매입 후 정형화된 부지에 건물 신축 검토 (이하 생략)

(2) 이후 청구법인이 쟁점토지 등(1, 2차 취득분이 쟁점토지이고, 3차 이후 취득분은 쟁점토지 외의 토지임)을 취득한 내역은 아래 <그림3>과 같다. <그림3> 쟁점토지 등 취득 내역

○○○

(3) 청구법인의 2018.3.15.자 내부결재 내용은 아래 <표9>와 같다. <표9> 2018.3.15.자 내부결재 내용 중 발췌 OOO

(4) 수기치인관 신축 진행 현황은 위 <표3>과 같고, OOO의 2018.10.17.자 도시계획위원회 심의결과는 위 <표4>와 같다.

(5) 수기치인관 신축 관련 최종 사업부지는 아래 <표10>과 같다. <표10> 최종 사업부지 현황 OOO

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 청구법인은 OOO 도시계획위원회의 권고사항을 이행하기 위하여 쟁점토지 외에 추가로 필요한 토지들을 취득하는 등의 과정에서 상당한 시간이 소요됨에 따라 유예기간을 경과하였으므로, 청구법인은 쟁점토지를 3년 이내에 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 주장한다. 그런데, 지방세법등이 규정하고 있는 정당한 사유의 판단 기준은 법령에 의한 금지·제한 등 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적 사유도 포함된다 할 것이고, 나아가 그 정당 사유의 유무를 판단함에 있어서는 그 중과의 입법취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 영리법인인지 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령·사실상의 장애사유와 장애 정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다(대법원 2004.7.8. 선고 2002두66689 판결 등 다수). 이러한 법리에 비추어 이 사건을 살펴보면, 청구법인은 OOO시 도시계획위원회의 권고사항이 사실상 강제력이 있어 토지를 추가로 취득할 수밖에 없었다고 주장하고 있을 뿐, 2018.10.17.자 도시계획위원회의 심의결과(위 <표4> 참조) 외에는 실제 위 권고사항이 청구법인에 대한 법령이나 행정관청에 의한 금지ㆍ제한 등과 같은 외부적 사유에 해당한다는 사실을 확인할 수 있는 공문 등 각종 증빙을 제시하지 못하고 있는 점, 오히려 OOO은 유예기간 내에 청구법인의 세부시설조성계획(대학) 변경결정 신청, 도시계획시설 실시계획인가 신청, 건축허가 신청 등에 대하여 반려하거나 거부하지 아니하고 청구법인의 신청을 그대로 인가·허가하였던 점, 뿐만 아니라, 처분청이 제시한 청구법인의 2018.3.15.자 내부 회의록(위 <표9> 참조) 내용에 따르면 청구법인은 2018.10.17. 도시계획위원회 심의가 열리기 전부터 건물 연면적을 확장하는 등의 목적으로 쟁점토지 외에 토지들을 추가로 취득하기로 의결한 것으로 나타나고, 청구법인은 위 회의록 내용에 따라 도시계획위원회의 심의가 있기 전부터 실제 토지들을 추가로 취득하였으며, 그 결과 청구법인은 이사회 회의에서 수기치인관 연면적이 확장될 것으로 예상(위 <표7> 참조)하는 등, 청구법인이 토지들을 추가로 취득한 것은 청구법인 내부적인 사정에 의한 것으로 보이는 점, 결국 청구법인이 이러한 경위를 통하여 토지들을 추가로 취득한 결과 세부시설조성계획(대학) 변경결정(4차)까지 이루어지는 과정에서 쟁점토지 취득 후 5년이 경과한 현재까지도 착공조차 이루어지지 아니한 점 등에 비추어 보면, 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 쟁점토지에서 착공이 지연되어 유예기간 내에 해당 용도로 직접 사용하지 못한 데에 법령이나 행정관청에 의한 금지ㆍ제한 등과 같은 외부적 사유가 있었다고 보기 어렵고, 청구법인 내부적인 사업목적에 따라 유예기간을 초과하게 된 것으로 봄이 타당하므로, 처분청이 쟁점토지 취득일부터 3년 이내에 해당 용도로 사용하지 아니한 것으로 보아 청구법인에게 취득세 등을 부과한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제7항과 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)