[요지] 소유권보존등기는 미등기된 부동산을 그 소유자의 신청에 의하여 처음으로 소유권을 공시하는 행위를 말하므로 그 등기원인이 소유권보존인 이 건 등기는 구지방세법제131조 제1항 제4호의 소유권의 보존 세율(1천분의 8)을 적용하는 것이 타당함.
[요지] 소유권보존등기는 미등기된 부동산을 그 소유자의 신청에 의하여 처음으로 소유권을 공시하는 행위를 말하므로 그 등기원인이 소유권보존인 이 건 등기는 구지방세법제131조 제1항 제4호의 소유권의 보존 세율(1천분의 8)을 적용하는 것이 타당함.
[주 문] OOO시장이 2022.4.27. 청구법인에게 한 등록면허세 등 OOO원에 대한 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점토지에 대한 등기목적은 미등기 상태인 쟁점토지의 소유권보존이므로 구지방세법제131조 제1항 제4호에서 규정한 소유권보존의 세율인 1천분의 8을 적용하여야 한다. 쟁점토지는 당초부터 미등기된 임야로서 비록 부동산소유권이전등기법에 따라 매매형식으로 확인서를 받았으나, 부득이 매매형식을 취한 것뿐이고 그 실질은 명의신탁된 종중재산을 종중명의로 환원한 것에 불과하다. 등록세는 재산권 기타 권리의 취득 등에 관한 사항을 공부에 등기하는 경우에 등기라는 단순한 사실의 존재를 과세대상으로 하여 그 등기를 받는 자가 납부하는 세목으로서, 구 등록세의 세율체계만 보더라도 소유권의 취득과 소유권의 보존으로 구분하고 있고, 등기시 등기신청서상에도 소유권의 취득의 경우는 그 취득의 원인이 되는 사실인 매매, 증여 등의 등기원인을 기재하도록 하고 있으나, 소유권보존의 경우 보존등기의 성질상 이를 기재할 필요가 없음을 볼 때, 등기목적이 소유권보존인 경우에는 구 지방세법 제131조 제1항 제4호(소유권의 보존)의 세율을 적용하여야 하는 것이 타당하다(대법원 1982.1.12. 선고 81누59 판결, 같은 뜻임).
(2) 2011.1.1. 지방세법개정으로 구 취득세와 구 등록세가 통합되면서, 종전의 소유권의 보존으로 인한 취득과 등기의 경우 지방세법제11조 제1항 제3호에서 정하는 ‘원시취득’으로 통합되어 1천분의 28을 적용하도록 개정된 것이며, 수용재결에 의한 사업시행자의 부동산 취득이 지방세법상 원시취득에 해당하는지 여부에 대한 다툼에서 법원이 이를 법률규정에 의한 원시취득에 해당한다고 판시하였기 때문에 행정안전부가 2016.12.27. 원시취득의 범위를 “수용 등 과세대상이 존재하는 상태에서 취득하는 경우를 제외”하는 것으로 명문화한 것이다. 이 건의 경우 2011.1.1. 세목통합 이전에 취득이 성립하여 지방세법부칙(2010.3.31. 법률 제10221호로 전부개정된 것) 제6조에 따라 구 지방세법적용대상이고, 구 지방세법제131조 제1항 제4호는 소유권의 보존에 관한 세율을 규정하고 있을 뿐 그 원인이 처분청의 주장처럼 원시취득만을 의미하는지, 실질적인 승계취득이나 미등기된 부동산에 대한 등기도 포함하는지 여부에 대하여는 따로 명문의 규정이 없으므로 원시취득을 원인으로 한 경우만 소유권의 보존에 관한 세율을 적용하는 것은 부당하다.
(3) 또한, 처분청은 쟁점토지의 등기가 중간생략등기이고 구 취득세 과세를 회피한 상황에서 등기형식에 근거하여 낮은 등록세율을 적용하는 것은 일반적인 취득세 등 납세자와의 과세형평에 반한다는 의견이나, 청구법인은 정부수립이전에 쟁점토지를 취득하였으므로 정부수립 이후 제정된 지방세법에 따른 취득세 납세의무를 적용할 수 없는 것이고 정부수립 이후 최초 등기의무자는 청구법인이므로 중간생략등기에 해당하지 않는다. 따라서, 처분청은 소유권보존 목적의 쟁점토지의 등기에 대하여 2011.1.1. 전부 개정된지방세법 부칙 제6조 및 개정 전 구지방세법제131조 제1항 제4호에서 규정한 소유권의 보존 세율인 1천분의 8을 적용하여 이 건 등록세를 경정하여야 한다.
(1) 쟁점토지에 대한 등기목적이 미등기 상태인 쟁점토지의 소유권보존이라 하더라도 그 실질이 매매에 의한 취득이므로 구 지방세법제131조 제1항 제3호에서 규정하는 그 이외의 원인으로 인한 취득에 따른 등록세율인 1천분의 20을 적용하여야 한다. 청구법인이 부동산소유권이전등기법 제11조에 따라 처분청에 제출한 쟁점토지에 대한 소유사실 확인서에 의하면, 청구법인은 쟁점토지를 1945.1.10. AAA외 5인으로부터 매수한 것으로 기재되어 있는바, 매매로 취득한 쟁점토지의 등기에 대하여 등기기재 사실만을 근거로 소유권보존등기의 세율을 적용할 수는 없다.
(2) 2011.1.1. 구지방세법의 전부개정으로 구 취득세와 구 등록세가 현행 취득세로 통합되면서, 통합으로 인한 세부담의 변화가 없도록 취득원인별로 세율을 달리 정하였고, 소유권의 보존등기에 따른 구 등록세는 통합 후 현행 취득세의 원시취득에 상응하는 것으로서, ‘원시취득’은 존재하지 않던 과세대상이 새롭게 생성되어 취득하는 것을 의미하나, 청구법인이 취득한 쟁점토지는 매매를 원인으로 하여 취득한 것이므로 원시취득과는 무관하며 소유권의 보존에 대한 등록세율 적용하는 것은 세목통합의 취지 및 현행 과세체계에도 부합하지 않는다.
(3) 또한, 부과제척기간의 경과로 구 취득세 과세를 회피한 상황에서 구 등록세까지 단순히 등기형식에 근거하여 소유권의 보존에 관한 등록세율로 과세하는 것은 일반적인 취득세 납세의무자와 비교할 때 과세형평에 반한다 할 것이다. 따라서, 미등기 토지를 매매로 원인으로 취득하였으나 취득신고 없이 등기시점에 이르러 비로소 소유권을 최초로 등기하는 경우에는 소유권보존등기의 형식을 취하더라도 그 실질인 매매를 원인으로 취득한 것으로 보아 그 이외의 원인에 의한 취득에 대한 등록세율인 1천분의 20을 적용하는 것이 타당하다.
3. 심리 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제시한 자료에 따르면 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 쟁점토지의 임야대장에 의하면, 쟁점토지는 1919.6.17. 청구 외 AAA 외 5인이 사정(査定)에 의해 최초의 소유자로 등재되었다가, 2021.1.27. 청구법인이 부동산소유권 이전등기 등에 관한 특별조치법(2020.2.4. 법률 제16913호로 제정)에 의해 소유자로 변경기재된 것으로 나타난다. (나) 쟁점토지의 등기사항전부증명서에 의하면, 쟁점토지는 미등기 상태였다가 청구법인이 부동산소유권이전등기 등에 관한 특별조치법에 따라 소유자임을 확인받고 2022.2.4. 소유권보존등기를 경료함으로써 등기사항전부증명서가 생성된 것으로 나타난다. (다) 쟁점토지의 소유권보존등기에 대한 경위는 다음과 같다.
1. 부동산소유권이전등기법 제11조에서는 미등기부동산을 사실상 양수한 사람과 이미 등기되어 있는 부동산을 그 부동산의 등기명의인 또는 상속인으로부터 사실상 양수한 사람, 부동산의 상속을 받은 사람 및 소유자미복구부동산의 사실상의 소유자는 이 법에 따른 등기를 신청하기 위하여 대장소관청으로부터 확인서를 발급받아야 한다고 규정하고 있다.
2. 청구법인은 쟁점토지에 대한 부동산소유권이전등기법에 의한 등기신청을 위하여 쟁점토지대장의 소관청인 처분청에 부동산소유권이전등기법 시행령 제10조에서 정하는 확인서 발급신청서를 제출하였다. 그 신청내용에 의하면 청구법인은 미등기된 쟁점토지를 1945.1.10.부터 매수하여 현재 사실상 소유하고 있음을 확인하여 줄 것을 요청하였고, 처분청은 2022.1.26. 위 사실을 확인(발급번호 제1290호)하여 준 것으로 나타난다. (라) 청구인은 2022.2.4. 쟁점토지에 대한 등록세 신고시 처분청의 안내에 따라 ‘그 이외의 원인으로 인한 취득’에 대한 등록세율인 1천분의 20을 적용하여 등록세 등 합계 OOO원을 납부한 후, 2022.2.25. 처분청에 소유권보존에 따른 등록세율 1천분의 8을 적용하여야 한다는 취지의 경정청구를 제기하였으나 처분청은 2022.4.27. 아래와 같은 사유로 거부하였다. (마) 2011.1.1. 시행한 지방세법부칙 제6조에 의하면, “이 법 시행 전에 이 법에 규정된 취득세 과세물건을 취득한 자로서 이 법 시행 후에 그 물건을 등기하거나 등록하는 자는 종전의 규정에 따른 등록세 및 지방교육세의 납세의무를 진다”고 규정하고 있다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 처분청은 쟁점토지에 대한 등기목적이 미등기 상태인 쟁점토지의 소유권보존이라 하더라도 그 실질이 매매에 의한 취득이므로 구 지방세법제131조 제1항 제3호에서 규정하는 ‘그 이외의 원인으로 인한 취득’에 따른 등록세율인 1천분의 20을 적용하여야 한다는 의견이다. 그러나, 구 등록세는 재산권 및 기타 권리의 취득 등에 관한 사항을 공부에 등기하는 경우에 등기라는 단순한 사실의 존재를 과세대상으로 하여 납부하는 세목(대법원 2002.6.28. 선고 2000두7896 판결)으로서, 구 지방세법제131조 제1항에서는 부동산 등기에 대한 세율을 정하면서 제1호에서는 상속으로 인한 소유권의 취득에 대한 등기, 제2호에서는 제1호 이외의 무상으로 인한 소유권의 취득에 대한 등기, 제3호에서는 제1호 및 제2호 외의 원인으로 인한 소유권의 취득에 대한 등기, 제4호에서는 소유권의 보존에 대한 등기의 세율로 구분하고 있는바, 제1호 내지 제3호의 소유권의 취득에 대한 등기는 소유권이전등기의 경우만을 의미한다고 보아야 하고, 소유권보존등기는 제4호의 경우에 해당한다고 해석함이 상당하다 할 것(대법원 1982.1.12. 선고 81누59 판결, 같은 뜻임)이고, 소유권보존등기는 미등기된 부동산을 그 소유자의 신청에 의하여 처음으로 소유권을 공시하는 행위를 말하므로 그 등기원인이 소유권보존인 이 건 등기는 구지방세법제131조 제1항 제4호의 소유권의 보존 세율(1천분의 8)을 적용하는 것이 타당하다. 따라서, 이 건 등기는 등기사항전부증명서가 존재하지 아니하는 쟁점토지에 대한 소유권 등의 기재를 목적으로 소유권의 보존을 위한 등기로서 구지방세법제131조 제1항 제4호의 소유권의 보존 세율(1천분의 8)을 적용대상에 해당하므로 처분청이 청구인의 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로지방세기본법제96조 제7항, 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령
(1) 지방세법(법률 제10221호로 2010.3.31. 전부개정된 것) 제6조(정의) 취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.
1. “취득”이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수(改修), 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상ㆍ무상의 모든 취득을 말한다. 제11조(부동산 취득의 세율) ① 부동산에 대한 취득세는 제10조의2부터 제10조의6까지의 규정에 따른 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.
1. 상속으로 인한 취득
2. 제1호 외의 무상취득: 1천분의 35. 다만, 대통령령으로 정하는 비영리사업자의 취득은 1천분의 28로 한다.
3. 원시취득: 1천분의 28
5. 공유물의 분할 또는 부동산 실권리자명의 등기에 관한 법률 제2조 제1호 나목에서 규정하고 있는 부동산의 공유권 해소를 위한 지분이전으로 인한 취득(등기부등본상 본인 지분을 초과하는 부분의 경우에는 제외한다): 1천분의 23
6. 합유물 및 총유물의 분할로 인한 취득: 1천분의 23
7. 그 밖의 원인으로 인한 취득
(2) 지방세법(법률 제10221호로 2010.3.31. 전부 개정되기 전의 것) 제104조(정의) 취득세에서 사용하는 용어의 의의는 다음 각 호와 같다.
8. 취득: 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수, 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성등과 기타 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상무상을 부문한 일체의 취득을 말한다. 제112조(세율) ① 취득세의 표준세율은 취득물건의 가액 또는 연부금액의 1,000분의 20으로 한다. 제124조(납세의무자) 등록세는 재산권 기타 권리의 취득·이전·변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록(등재를 포함한다. 이하 같다)하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과한다. 제131조(부동산등기의 세율) ① 부동산에 관한 등기를 받을 때에는 다음 각 호의 표준세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다.
1. 상속으로 인한 소유권의 취득
(1) 농지 부동산가액의 1,000분의 3
(2) 기타 부동산가액의 1,000분의 8
2. 제1호 이외의 무상으로 인한 소유권의 취득: 부동산가액의 1,000분의 15. 다만, 제127조 제1항 제1호의 규정에 의한 비영리사업자가 소유권을 취득한 때에는 그 가액의 1,000분의 8로 한다.
3. 제1호 및 제2호 이외의 원인으로 인한 소유권의 취득
(1) 농지 부동산가액의 1,000분의 10
(2) 기타 부동산가액의 1,000분의 20
4. 소유권의 보존 부동산가액의 1,000분의 8
(3) 부동산등기법 제65조(소유권보존등기의 신청인) 미등기의 토지 또는 건물에 관한 소유권보존등기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자가 신청할 수 있다.
1. 토지대장, 임야대장 또는 건축물대장에 최초의 소유자로 등록되어 있는 자 또는 그 상속인, 그 밖의 포괄승계인