청구법인은 개정 전 「지방세특례제한법」제33조 제1항이 시행 중에 있을 때 쟁점주택의 취득을 위한 원인행위를 하였으므로, 개정 후 「지방세특례제한법」 부칙의 일반적 경과조치 규정을 적용하여 취득세 등을 면제하여야 한다는 청구주장의 당부

[참조결정] 조심2019지3533

[주 문] 경기도 수원시장(장안구청장)이 2022.5.10. 청구법인에게 한 취득세 등의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2017.3.2.∼2017.3.23. 경기도 수원시 OOO외 75필지에 공동주택 및 근린생활시설용 건축물 146,927,97㎡(이하 “이 건 건축물”이라 한다)를 취득(신축)한 후, 2017.4.7. 그 취득가격 OOO원을 과세표준으로 하고지방세법제11조 제1항 제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.
• 나. 청구법인은 2022.4.6. 이 건 건축물 중 전용면적 60㎡이하 분양용 공동주택 160세대(이하 “쟁점주택”이라 한다)가지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것, 이하 “개정 후지방세특례제한법”이라 한다) 부칙 제14조(이하 “일반적 경과조치”라 한다) 및지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것, 이하 “개정 전지방세특례제한법”이라 한다) 제33조 제1항(이하 “종전규정”이라 한다)에 따른 취득세 면제대상이므로, 기 납부한 취득세 중 OOO원이 환급되어야 한다는 취지로 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2022.5.10. 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.6.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 이 건 건축물을 신축하는 도중에 종전규정의 감면시한이 종료된 경우라면 일반적 경과조치를 적용하여 취득세 면제는 유지되어야 한다. 왜냐하면 종전규정의 일몰이 적용되기 전인 2013.9.27. 이미 이 건 건축물을 착공하였으므로, 그 신뢰이익의 보호가 필요하기 때문이다. 일반적 경과조치는 종전규정이 시행될 당시에는 납세의무가 성립되지 않았으나, 납세자가 종전규정을 신뢰하여 원인행위를 한 경우라면 이를 보호하고자 하는데 그 취지가 있다. 주택 공급 확대를 위한 취득세 등의 감면규정은 시‧도세 감면조례 및지방세특례제한법에 규정된 이래 2014.12.31.까지 계속하여 일몰기한이 연장되었는바, 청구법인은 종전규정이 계속하여 연장될 것을 예상하고 취득세 면제규정을 신뢰하여 허가와 착공에 이은 점을 고려하면 이 건 건축물의 착공은 종전규정의 과세요건 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 보아야 한다. 즉 납세의무의 성립이 건축물 사용승인에 있다면, 해당 건축물을 착공하는 것은 그 원인행위에 해당하는 것이다. 그렇다면 청구법인이 2015.1.1. 이후 이 건 건축물을 취득하였고, 종전규정이 2015.1.1.부터 효력을 상실하였다 하더라도, 이 건 건축물은 2014.12.31. 이전인 2013.9.27. 이미 착공하였으므로, 납세자의 신뢰이익 보호를 위해 쟁점주택에 대한 취득세 등은 면제대상으로 보아야 한다.
• 나. 처분청 의견 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 법령의 부칙에서 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 조세에 대하여는 종전의 예에 의한다”는 취지의 규정을 두고 있다면, 이는 납세의무자의 기득권이나 신뢰를 보호하기 위한 것이다. 여기서 ‘종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 조세’에 해당하여 개정 전 법령이 적용되기 위하여는 개정 전 법령의 시행 당시 과세요건이 모두 충족되어 납세의무가 성립하였거나, 비록 과세요건이 모두 충족되지는 않았더라도 납세의무자가 개정 전 법령에 의한 조세 감면 등을 신뢰하여 개정 전 법령의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우여야 하고, 이러한 정도에 이르지 않은 경우에는 개정 전 법령이 아니라 납세의무 성립 당시의 법령이 적용된다고 할 것이다(대법원 2015.12.23. 선고 2015두36645판결 등). 또한 종전의 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는다면, 법률불소급의 원칙상 납세의무가 성립한 당시의 법령에 따라 지방세 감면이 적용되어야 할 것이다(대법원 2010.11.11. 선고 2008두5773 판결). 과세요건 명확주의 등 법리적인 해석상 취득세 ‘과세요건의 충족’ 여부는 개별적 과세요건들이 모두 특정되는 경우를 의미하는 것이므로, 각 과세요건 자체가 실재하지 않은 경우까지 ‘과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위인지 여부’를 판단하는 것은 타당하지 않는바,지방세특례제한법제33조 제1항에서 “건축한 공동주택”이란 건축이 완료된 공동주택만을 의미한다고 보는 것이 타당하다 할 것이다(법제처 12-0700. 12.12.31.). 따라서 일몰이 도래하기 이전에는 공동주택의 실체가 존재하지도 않은 상태이므로 취득의 원인행위로 ‘착공’하는 행위 자체만으로 과세요건의 충족과 밀접하게 관련되어 ‘일정한 법적 지위를 취득’하거나 ‘법률관계를 형성’하였다고 볼 수는 없다 할 것이다. 서민 주거형 공동주택 공급확대를 위한 지방세 감면 지원이 종료됨에 따라 일몰된 종전규정을 명시적 조항 없이 일반적 경과조치를 적용할 수는 없는 점, 일반적 경과조치는 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있으나, 종전규정은 개정 법률에서 개정된 조항이 아니므로 일반적 경과조치의 적용 대상이 아니라고 판단되는 점 등을 종합하여 볼 때, 처분청에서 청구법인의 경정청구를 거부한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 청구법인은 개정 전지방세특례제한법제33조 제1항이 시행 중에 있을 때 쟁점주택의 취득을 위한 원인행위를 하였으므로, 개정 후지방세특례제한법부칙의 일반적 경과조치 규정을 적용하여 취득세 등을 면제하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법률

(1) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제33조(주택 공급 확대를 위한 감면) ① 대통령령으로 정하는 주택건설사업자가 공동주택(해당 공동주택의 부대시설 및 복리시설을 포함하되, 분양하거나 임대하는 복리시설은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)을 분양할 목적으로 건축한 전용면적 60제곱미터 이하인 5세대 이상의 공동주택(해당 공동주택의 부속토지를 제외한다. 이하 이 항에서 같다)과 그 공동주택을 건축한 후 미분양 등의 사유로 제31조에 따른 임대용으로 전환하는 경우 그 공동주택에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.

(2) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 제33조(주택 공급 확대를 위한 감면) ① 대통령령으로 정하는 주택건설사업자가 공동주택(해당 공동주택의 부대시설 및 복리시설을 포함하되, 분양하거나 임대하는 복리시설은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)을 분양할 목적으로 건축한 전용면적 60제곱미터 이하인 5세대 이상의 공동주택(해당 공동주택의 부속토지를 제외한다. 이하 이 항에서 같다)과 그 공동주택을 건축한 후 미분양 등의 사유로 제31조에 따른 임대용으로 전환하는 경우 그 공동주택에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다. 부칙 제1조(시행일) 이 법은 2015년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제126조 제2항부터 제4항까지 및 제7항, 제127조 제2항부터 제4항까지, 제128조 제1항 및 제173조의 개정규정은 2015년 7월 1일부터 시행하고, 제67조 제2항의 개정규정은 2016년 1월 1일부터 시행한다. 제3조(일반적 적용례) ① 이 법은 이 법 시행 후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. 제14조(일반적 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 주택신축판매 건설업을 영위하는 법인사업자이다. (나) 청구법인은 2012.12.11. 이 건 건축물 신축 및 분양에 대한 주택건설사업의 승인을 받은 ㈜A와 분양형 토지신탁계약을 체결하고, 2013.2.12. 청구법인으로 사업주체를 변경한 후, 2013.9.27. 이 건 건축물에 대한 건축공사를 착공하였다. (다) 청구법인은 2017.3.2.∼2017.3.23. 이 건 건축물에 대하여 순차적으로 임시사용승인을 받았고 2017.4.7. 아래 ＜표1＞과 같이 취득세 등을 신고·납부하였다. ＜표1＞ 이 건 건축물 당초 취득세 신고·납부내역 OOO (라) 청구법인이 취득(신축)한 이 건 건축물의 건축현황은 아래 ＜표2＞와 같다. ＜표2＞ 이 건 건축물 현황 OOO (마) 청구법인은 2013.9.27. 이 건 건축물에 대한 건축공사를 착공하였다는 사실에 대한 증빙으로, 청구법인의 착공신고서(2013.9.12.), 처분청의 착공신고필증(2013.9.16.), 건축사무소의 공정확인서 등을 제출하였다. (바) 개정 전지방세특례제한법제33조 제1항에서 규정하는 전용면적 60㎡ 이하의 공동주택에 대한 취득세 등의 감면규정은 2014.12.31. 일몰이 도래되어 취득세 등의 감면이 종료되었다. (사) 개정 전 지방세특례제한법제33조 제1항의 입법연혁을 살펴보면, 전용면적 60㎡ 이하의 공동주택을 분양하기 위하여 취득하는 경우에 취득세를 면제한다는 규정은 1995.1.18. 경기도세조례제13조 제1항에 처음 신설되어 약 19년간 유지되다가 2011년 지방세특례제한법이 제정·시행되면서 동 규정이 개정 전 지방세특례제한법제33조 제1항으로 이관되었고, 이후 2014.12.31. 쟁점조항의 감면기간이 연장되지 아니하여 감면이 종료되었다. (아) 행정안전부는 2014.9.15. 지방세특례제한법 일부개정법률(안)을 아래와 같이 입법예고하였고, 이 건 관련 조문인 제33조는 정비조문에 구체적으로 그 사유가 명시되어 있지 않다. 지방세특례제한법 일부개정법률(안) 입법예고

1. 개정이유 2014년 12월 31일자로 일몰이 도래하는 지방세 감면사항들이 일괄 종료됨에 따라, 지방세 감면 지원이 계속 필요한 분야에 대하여 감면을 재설계하기 위한 것임. 취약계층 등 저소득층 및 민생경제 와 관련된 분야는 가급적 기존 수준으로 감면을 재설계하고, 그 외의 경우에는 노인·장애인 등 새로운 복지수요에 대응해야 하는 등 지방재정 여건과 지방세 감면의 비정상적 문제들(100% 면제규정 과다, 관행적 감면 연장 등)을 정상화하는 방향으로 새롭게 재설계함으로써 지방세 감면제도의 효율성을 제고하며, 지방세특례에 대한 기본계획을 국무회의 심의를 거치는 등 지방세 특례의 사전ㆍ사후 관리를 강화하고자 함. 아울러, 지방세특례제한법제정취지 이행 및 체계적인 지방세 관리를 위하여 현재 조세특례제한법에 규정되어 있는 기업 구조조정, 창업중소기업 등 적용기한이 올해로 종료하는 감면규정을 지방세특례제한법으로 이관하고 그 밖에 현행 감면제도의 운영상 나타 난 일부 미비점도 개선·보완하려는 것임.

2. 주요내용

• 가. 농어업을 위한 지원
• 나. 사회복지를 위한 지원
• 다. 교육, 과학기술 및 관광 등에 대한 지원
• 라. 중소기업 지원 등을 위한 감면
• 마. 수송 및 교통 지원에 대한 감면
• 바. 국토 및 지역개발에 대한 지원
• 사. 공공행정 등 분양에 대한 감면
• 아. 지역자원시설세 및 주민세에 대한 감면 정비
• 자. 일몰 미설정된 감면에 대한 일몰기한 적용
• 차. 지방세특례 기본계획의 국무회의 심의 등 사전사후관리 강화
• 타. 지방소득세 관련 감면
• 파. 양도소득분 개인지방세득세액 감면세액 계산식 정부
• 거. 기업 구조 및 재무조정 등 조세특례제한법 개정안에 규정된 지방세 감면규정을 지방세특례제한법으로 이관
• 너. 기타 운영상 미비점 보완

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 본다. (가) 개정 전지방세특례제한법제33조 제1항에서 대통령령으로 정하는 주택건설사업자가 공동주택(해당 공동주택의 부대시설 및 복리시설을 포함하되, 분양하거나 임대하는 복리시설은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)을 분양할 목적으로 건축한 전용면적 60제곱미터 이하인 5세대 이상의 공동주택(해당 공동주택의 부속토지를 제외한다. 이하 이 항에서 같다)과 그 공동주택을 건축한 후 미분양 등의 사유로 제31조에 따른 임대용으로 전환하는 경우 그 공동주택에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있고, 개정 후 지방세특례제한법부칙 제14조에서 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있다. 개정 후지방세특례제한법부칙 제14조에서 규정하고 있는 “종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 지방세”에 해당하여 개정 전 법령이 적용되기 위해서는 개정 전 법령의 시행 당시 과세요건이 모두 충족되어 납세의무가 성립하였거나, 비록 과세요건이 모두 충족되지는 않았더라도 납세의무자가 개정 전 법령에 의한 조세 감면 등을 신뢰하여 개정 전 법령의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에는 이에 포함되는 것으로 보는 것이 타당하나, 이러한 정도에 이르지 않은 경우에는 개정 전 법령이 아니라 납세의무 성립 당시의 법령이 적용되어야 할 것이다(대법원 2015.9.24. 선고 2015두42152 판결, 같은 뜻임). (나) 처분청은 쟁점주택의 취득에 대하여 납세의무 성립 당시의 법령을 적용하여야 하므로 취득세 등을 면제할 수 없다는 의견이나, 개정 전지방세특례제한법제33조 제1항에 따른 소규모 공동주택에 대한 취득세 감면규정은 감면조례 등에서 1995년부터 주택건설사업자가 건설하는 전용면적 60㎡ 이하인 소규모 공동주택에 대하여 취득세를 감면하도록 규정하고 있다가,지방세특례제한법이 2010.3.31. 제정되면서 종전과 동일하게 소규모 공동주택에 대하여 취득세를 면제하도록 규정하였고, 2013.1.1.지방세특례제한법이 개정되면서 감면시한을 2014.12.31.로 연장하였으며, 2014.12.31.지방세특례제한법이 개정되면서 당해 감면규정의 감면시한을 별도로 연장하지 아니함에 따라 당해 감면규정은 사실상 폐지된 점, 청구법인은 개정 전지방세특례제한법이 시행 중이던 2012.12.11. 쟁점주택의 주택건설사업계획의 승인을 받은 ㈜A와 분양형 토지신탁계약을 체결하고, 2013.2.12. 청구법인으로 사업주체를 변경한 후, 2013.9.27. 건축공사를 착공하여 쟁점주택의 취득을 위한 원인행위를 한 점, 청구법인은 개정 전지방세특례제한법제33조 제1항에서 정한 취득세 등의 감면요건을 충족한 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 2017년 3월경 쟁점주택을 신축하여 취득하였다 하더라도 2014.12.31. 이전에 쟁점주택의 취득을 위한 원인행위를 한 이상, 개정 후지방세특례제한법부칙 제14조에 따라 개정 전지방세특례제한법제33조 제1항의 적용대상으로 보는 것이 타당하므로, 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이라고 판단된다(조심 2019지3533, 2019. 12.13. 등 다수, 같은 뜻임).

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제7항과 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.