[요지] 청구법인은 피합병법인의 취득세 과세대상 부동산 등에 대하여 쟁점①취득을 한 후 과점주주 간주취득세 대한 이 건 제①취득세 등을 처분청들에게 신고·납부하고, 쟁점②취득을 한 후 동일한 부동산 등에 대하여 이 건 제②취득세 등을 처분청들에게 신고·납부하였으므로, 청구법인이 이 건 제①취득세 등이 아닌 이 건 제②취득세 등에 대한 환급을 청구한 점 등에 비추어 볼 때 청구법인의 이 건 제②취득세 등은 이중과세에 따른 이중납부에 해당한다고 볼 수 있다(조심 2010지691, 2011.9.29. 결정, 같은 뜻임) 하겠음.
[참조결정] 조심2022지1033 / 조심2022지1071 / 조심2022지1073 / 조심2022지1145 / 조심2010지0691 / 조심2020지0259
[주 문] 처분청들이 ＜별지1＞과 같이 2020.4.20. 등에 청구법인에게 한 경정청구 거부처분(＜별지1＞기재)은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분 개요
2. 청구법인 주장 및 처분청들 의견
3. 심리 및 판단
(1) 청구법인 및 처분청들이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. (가) 피합병법인의 법인등기를 보면 2017.1.11. 석유제품 판매업 및 운송업, 석유제품 수입 및 판매업 등을 목적사업으로 하고, OOO를 본점사업장 소재지로 하여 설립되었다가 2017.10.17. BBB 주식회사와 합병하고 해산한 것으로 확인된다. (나) 청구법인의 법인등기를 보면 1979.12.28. 석유화학제품 원료 및 생산품의 수출입업, 의약품 원료 및 식품첨가물 제조판매업 등을 목적사업으로 하고, OOO을 본점사업장 소재지로 하여 설립되었으며, 2017.10.17. 피합병법인을 흡수합병하였다고 기재되어 있다. (다) 청구법인은 2017.4.28. OOO 주식회사와 피합병법인의 쟁점주식을 OOO원에 취득하기 위한 매매계약서를 체결한 후 2017.6.26. 쟁점주식을 인수한 것으로 확인된다. (라) 청구법인은 2017.6.26. 피합병법인의 쟁점주식을 취득하여 지방세기본법제46조 제2호에 따른 피합병법인의 과점주주가 된 후 2017.8.2. 등에 지방세법제7조 제5항 및 제10조 제4항에 따라 피합병법인의 취득세 과세대상 부동산 등에 대한 쟁점①취득을 한 것으로 보아 그 부동산 등의 총가액을 그 법인의 주식의 총수로 나눈 가액에 그 과점주주가 취득한 주식의 수를 곱한 금액을 과세표준으로 하고, 지방세법제15조 제2항 제3호의 세율을 적용하여 산출한 이 건 제①취득세 등을 처분청들에게 각 신고·납부하였다. (마) 청구법인은 2017.7.31. 피합병법인과 아래와 같이 합병계약서를 체결하였다. OOO (바) 청구법인은 2010.10.17. OOO에게 피합병법인을 흡수합병한 것에 대한 합병종료보고서를 제출하였고, 그 보고서를 보면 청구법인과 피청구법인의 위(마) 합병계약서에 기재된 것과 같이 2017.8.29. 각 법인의 이사회에서 2017.10.1.을 합병기일로 하여 합병을 승인하였고, 2017.10.17. 피합병법인의 등기부를 소멸한 것으로 확인된다. (사) 청구법인은 2017.11.10. 등에 피합병법인의 취득세 과세대상 부동산 등을 취득(쟁점②취득)한 것으로 보아 그 부동산 등의 장부가액을 과세표준으로 하고, 지방세법제15조 제1항 제3호의 세율을 적용하여 산출한 세액에지방세특례제한법제57조의2 제1항에 따른 취득세 면제 및 같은 법 제177조의2 제1항에 따른 최소납부세제를 적용하여 산출한 이 건 제②취득세 등을 처분청들에게 각 신고하고, 2017.11.16. 이를 각 납부하였다. (아) 청구법인은 제①취득세 등 과세대상과 제②취득세 등 과세대상은 동일하다고 주장하고 있고, 처분청들도 이에 대하여 별도의 이견을 제출한 바가 없다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 지방세법제7조 제5항에서 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 지방세기본법제46조 제2호에 따른 과점주주(이하 ”과점주주“라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등(법인이 신탁법에 따라 신탁한 재산으로서 수탁자 명의로 등기·등록이 되어 있는 부동산등을 포함한다)을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다고 규정하고 있고, 같은 법 제15조 제1항에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 취득에 대한 취득세는 제11조 및 제12조에 따른 세율에서 중과기준세율을 뺀 세율로 산출한 금액을 그 세액으로 하되, 제11조 제1항 제8호에 따른 주택의 취득에 대한 취득세는 해당 세율에 100분의 50을 곱한 세율을 적용하여 산출한 금액을 그 세액으로 한다고 하면서 그 제3호에서 법인세법제44조 제2항 또는 제3항에 해당하는 법인의 합병으로 인한 취득이라고 규정하고 있으며, 같은 조 제2항에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 취득에 대한 취득세는 중과기준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다고 하면서 그 제3호에서 제7조 제5항에 따른 과점주주의 취득이라고 규정하고 있다. 처분청들은 “쟁점①취득”에 대한 과점주주 간주취득세와 피합병법인을 흡수합병하고 실제로 그 자산을 양수한 “쟁점②취득”에 대한 법인합병 취득세가 이중과세에 해당하지 않는다는 의견이나, 법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 된 자에 대한 간주취득세는 실제 법인의 자산을 취득하지는 아니하였지만 임의처분하거나 관리운용할 수 있는 지위를 취득한 것으로 보고 그 자산 자체를 취득한 것으로 의제하여 취득세를 부과하는 것이므로, 이후 동일한 과점주주가 그 법인의 자산 전부를 실제 취득하고 취득세를 납부하였다면, 그 중 과점주주가 이미 납부한 간주취득세 상당액 부분은 동일한 취득세 과세대상 물건의 취득에 대한 이중과세에 해당(조심 2020지259, 2021.4.14. 결정, 같은 뜻임)하는 것으로 청구법인은 피합병법인의 취득세 과세대상 부동산 등에 대하여 쟁점①취득을 한 후 과점주주 간주취득세 대한 이 건 제①취득세 등을 처분청들에게 신고·납부하고, 쟁점②취득을 한 후 동일한 부동산 등에 대하여 이 건 제②취득세 등을 처분청들에게 신고·납부하였으므로, 청구법인이 이 건 제①취득세 등이 아닌 이 건 제②취득세 등에 대한 환급을 청구한 점 등에 비추어 볼 때 청구법인의 이 건 제②취득세 등은 이중과세에 따른 이중납부에 해당한다고 볼 수 있다(조심 2010지691, 2011.9.29. 결정, 같은 뜻임) 하겠다. 따라서 처분청들이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제96조 제7항, 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지1＞ 청구현황 등 OOO ＜별지2＞ 관련 법령
(1) 지방세기본법 제46조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(주식을자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에 상장한 법인은 제외한다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일(이에 관한 규정이 없는 세목의 경우에는 납기개시일) 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 소유주식수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.
1. 무한책임사원
2. 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 툭수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들(이하 ”과점주주“라 한다)
(2) 지방세법 제7조(납세의무자 등) ⑤ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 지방세기본법제46조 제2호에 따른 과점주주(이하 ”과점주주“라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등(법인이 신탁법에 따라 신탁한 재산으로서 수탁자 명의로 등기·등록이 되어 있는 부동산등을 포함한다)을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다. 이 경우 과점주주의 연대납세의무에 관하여는 지방세기본법제44조를 준용한다. 제15조(세율의 특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 취득에 대한 취득세는 제11조 및 제12조에 따른 세율에서 중과기준세율을 뺀 세율로 산출한 금액을 그 세액으로 하되, 제11조 제1항 제8호에 따른 주택의 취득에 대한 취득세는 해당 세율에 100분의 50을 곱한 세율을 적용하여 산출한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 취득물건이 제13조 제2항에 해당하는 경우에는 이 항 각 호 외의 부분 본문의 계산방법으로 산출한 세율의 100분이 300을 적용한다.
3. 법인세법제44조 제2항 또는 제3항에 해당하는 법인의 합병으로 인한 취득. 다만, 법인의 합병으로 인하여 취득한 과세물건이 합병 후에 제16조에 따른 과세물건에 해당하게 되는 경우 또는 합병등기일부터 3년 이내에 법인세법제44조의3 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 그러하지 아니하다.
② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 취득에 대한 취득세는 중과기준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 취득물건이 제13조 제1항에 해당하는 경우에는 중과기준세율의 100분의 300을, 같은 조 제5항에 해당하는 경우에는 중과기준세율의 100분의 500을 각각 적용한다.
3. 제7조 제5항에 따른 과점주주의 취득. 이 경우 과세표준은 제10조 제4항에 따른다.
(3) 지방세법 시행령 제11조(과점주주의 취득 등) ① 법인의 과점주주(지방세기본법제46조 제2호에 따른 과점주주를 말한다. 이하 같다)가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분(이하 ”주식등“이라 한다)을 취득하거나 증자 등으로 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 해당 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식등을 모두 취득한 것으로 보아 법 제7조 제5항에 따라 취득세를 부과한다.
(4) 지방세특례제한법 제57조의2(기업합병·분할 등에 대한 감면) ① 법인세법제44조 제2항 또는 제3항에 해당하는 합병으로서 대통령령으로 정하는 합병에 따라 양수(讓受)하는 재산을 2018년 12월 31까지 취득하는 경우에는 지방세법제15조 제1항에 따라 산출한 취득세를 면제하되, 해당 재산이 지방세법제15조 제1항 제3호 단서에 해당하는 경우에는 다음 각 호에서 정하는 금액을 빼고 산출한 취득세를 면제한다. 다만, 합병등기일부터 3년 이내에 법인세법제44조의3 제3항 각 호의 어느 하나에 해당한느 사유가 발생하는 경우(같은 항 가 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 경감된 취득세를 추징한다. 제177조의2(지방세 감면 특례의 제한) ① 이 법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제(지방세 특례 중에서 세액 감면율이 100분의 100인 경우와 세율경감률이 지방세법에 따른 해당 과세대상에 대한 세율 전부를 감면하는 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다)되는 경우에는 이 법에 따른 취득세 또는 재산세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율(지방세법제13조 제1항부터 제4항까지의 세율은 적용하지 아니한 감면율을 말한다)을 적용한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 지방세법에 따라 산출한 취득세 및 재산세의 세액이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우
2. 제7조부터 제9조까지, 제11조 제1항, 제13조 제3항, 제14조 제3항, 제16조, 제17조, 제17조의2, 제20조 제1호, 제29조, 제30조 제3항, 제33조 제2항, 제35조의2, 제36조, 제41조 제1항부터 제6항까지, 제50조. 제55조, 제57조의2 제2항, 제57조의3 제1항, 제62조, 제63조 제2항·제4항, 제66조, 제73조, 제76조 제2항, 제77조 제2항, 제82조, 제84조 제1항, 제85조의2 제1항 제4호, 제87조 및 제92조에 따른 감면
(5) 지방세특례제한법 시행령 제28조의2(법인 합병의 범위 등) ① 법 제57조의2 제1항 각 호 외의 부분 본문에서 ”대통령령으로 정하는 합병“이란 합병일 현재 조세특례제한법 시행령제29조 제3항에 따른 소비성서비스업(소비성서비스업과 다른 사업을 경영하고 있는 경우로서 합병일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 소비성서비스업의 사업별 수입금액이 가장 큰 경우를 포함하며, 이하 이 항에서 ”소비성서비스업“이라 한다)을 제외한 사업을 1년 이상 계속하여 영위한 법인(이하 이 항에서 ”합병법인“이라 한다) 간의 합병을 말한다. 이 경우 소비성서비스업을 1년 이상 영위한 법인이 합병으로 인하여 소멸하고 합병법인이 소비성서비스업을 영위하지 아니하는 경우에는 해당 합병을 포함한다.
(6) 법인세법 제44조(합병 시 피합병법인에 대한 과세) ② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병의 경우에는 제1항 제1호의 가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호 또는 제3호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.
1. 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병일 것. 다만, 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 제외한다.
2. 피합병법인의 주주등이 합병으로 인하여 받은 합병대가의 총합계액 중 합병법인의 주식등의 가액이 100분의 80 이상이거나 합병법인의 모회사의 주식등의 가액이 100분의 80 이상인 경우로서 그 주식등이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것
3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것
③ 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.
1. 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 다른 법인을 합병하거나 그 다른 법인에 합병되는 경우
2. 동일한 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 서로 다른 법인 간에 합병하는 경우