쟁점부동산이 국가 등에 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산으로서 취득세 비과세 대상인지 여부

[주 문] OOO구청장이 2022.2.15. 청구법인에 한 취득세 등의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. AAA 주식회사(이하 “AAA”이라 한다)는 OOO병원 부지 개발사업(이하 “이 건 개발사업”이라 한다)을 위해 2019.8.1. OOO공사와 사업추진협약을 체결하고, 같은 날 OOO공사로부터 OOO 토지 OOO 및 건축물 OOO㎡(이하 “이 건 제1부동산”이라 한다)를 OOO원에 매입하기로 하는 매매계약을 체결하였으며, 부동산의 취득‧개발‧개량 및 처분 등을 목적으로 2020.10.6. 청구법인을 설립하였고, 2021.6.24. 이 건 제1부동산의 매수인지위를 청구법인에게 이전하였다.
• 나. 청구법인은 2021.12.22. 이 건 제1부동산을 취득하고 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고‧납부하였다.
• 다. 청구법인은 2021.11.9. 처분청으로부터 OOO 및 건축물 OOO㎡(이하 “이 건 제2부동산”이라 하고, 이 건 제1부동산과 합하여 이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 OOO원에 매입하기로 하는 매매계약을 체결하고, 2021.12.22. 이에 대한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고‧납부하였다.
• 라. 이후, 청구법인은 2021.12.30. 이 건 부동산 중 일부(이하 “쟁점부동산”이라 하고, 구체적인 내용은 아래 ＜표1＞과 같다)가 지방세법 제9조 제2항에서 규정한 국가 등에 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산으로서 취득세 비과세 대상이라는 이유로 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 환급하여 달라는 취지로 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2022.2.15. 기부채납 목적물의 위치와 면적이 특정되지 않아 취득세 비과세 대상으로 볼 수 없다는 이유로 이를 거부하였다. ＜표1＞ 쟁점부동산의 내역 (단위: ㎡) ◯◯◯
• 마. 청구법인은 이에 불복하여 2022.5.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 기부채납 약정 없이 취득한 것이라서 지방세법제9조 제2항에 따른 ‘기부채납을 조건으로 취득하는 부동산’으로 볼 수 없다는 의견이다. 그러나 청구법인이 쟁점부동산을 취득할 당시에 기부채납에 대한 최종승인이 이루어지지 않았더라도 이미 기부채납 목적물이 쟁점부동산으로 충분히 특정된 상태에서 구체적인 기부채납 협의가 진행 중이었으므로 쟁점부동산은 비과세 대상에 해당한다. OOO시장은 쟁점부동산을 ‘공공시설 부담에 관한 계획’에 기부채납 목적물로 반영하여 OOO 이 건 개발사업 관련 도시관리계획 결정 및 지형도면 고시(이하 “이 건 고시”라 한다)를 하였다. 해당 고시에는 쟁점부동산을 처분청에 기부채납하기로 하면서 쟁점부동산 중 OOO과 도로 부분의 지번 및 면적, 나머지 시설물의 지번과 연면적 및 그 대지지분이 구체적으로 기재되어 있다. 이는 청구법인과 처분청이 도시계획변경 사전협상을 통해 쟁점부동산을 처분청에 증여하는 의사표시를 하고, 처분청이 이를 승낙하는 채납의 의사표시를 한 결과가 반영된 것이다. 또한, 청구법인은 이 건 개발사업에 관하여 관련 법령에 따라 OOO 건축심의위원회(이하 “건축심의회”라 한다) 심의 및 의결을 거쳤는데, 청구법인이 이 과정에서 제출한 건축심의도서에도 이 건 고시와 같은 내용이 구체적으로 포함되어 있다. 이와 같이 건축심의위원회가 관련 자료를 요구하였고 그에 따라 청구법인이 쟁점부동산을 기부채납하겠다는 조치계획을 제출한 것을 보면, 이미 그 이전부터 기부채납의 구체적인 내용을 두고 청구법인과 처분청 사이에 협의가 있었다고 보아야 한다. 그리고 건축심의도서에 신축 건축물에 관한 단면도 및 평면도가 포함되어 있어 이를 통해 쟁점부동산의 위치와 면적을 파악할 수 있고, 쟁점부동산 중 OOO과 그 부속토지의 경우에는 해당 부동산을 일부 개수하여 기부채납하는 것이라서 그 기부채납 대상을 명확히 특정할 수 있고, 도로의 경우에도 그 지번과 면적이 특정되어 있다. 한편, 쟁점부동산의 기부채납은국토의 계획 및 이용에 관한 법률(이하 “국토계획법”이라 한다) 제52조의2 및OOO 도시계획변경 사전협상운영 지침(이하 “도시계획변경 사전협상 지침”이라 한다)에 따라 공공기여 인센티브로 부여되는 용적률과 관련된다는 점과 용적률이 이 건 개발사업의 규모 및 개발 밀도와 관련된다는 점을 고려할 때, 기부채납의 협의사항이 변경될 가능성은 극히 희박하고, 실제로도 건축심의위원회에서 기부채납이나 용적률과 관련한 별다른 지적사항이 없어서 청구법인은 협의된 용적률을 적용하여 2021.12.17. 주택건설사업계획승인 신청을 완료하였다. 비록 청구법인이 주택건설사업계획승인을 받기 전에 쟁점부동산을 취득하였지만, 도시계획변경 사전협상을 거쳐 그 협상 내용대로 이 건 고시가 이루어졌고, 이 건 고시 및 건축심의도서에 쟁점부동산의 위치와 면적이 특정되어 있으며, 쟁점부동산의 기부채납은 용적률 완화와 결부된 것으로 그 내용이 변경될 가능성은 지극히 낮은 점 등에 비추어 보면, 청구법인이 쟁점부동산을 취득할 당시 기부채납의 대상이 되는 목적물의 위치나 면적이 구체적으로 특정된 상태에서 기부채납에 대한 협의가 진행 중인 것으로 볼 수 있는 객관적 사정이 인정되어야 할 것이다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 이 건 고시를 근거로 기부채납 약정이 체결된 것처럼 주장하고 있다. 그러나 기부채납 약정의 당사자는 처분청이므로 기부채납 약정이 체결되려면 청구법인과 처분청 사이에 합의가 있어야 하는 것이지, 기부채납 약정의 당사자가 아닌 OOO시장의 고시만으로 기부채납 약정이 체결되었다고 볼 수 없다. 더욱이 기부채납은 약정의 쌍방 당사자가 그 의사를 표시함으로서 체결되는 증여계약인데, 이 건 고시는 OOO시장의 일방적인 행정행위로서 쌍방 당사자의 합의를 필요로 하는 기부채납 약정이 아니다. 아울러 이 건 고시의 공공기여 내용에 의하면, ‘공공기여 시설별 면적은 향후 건축계획 등에 따라 위치, 면적 변경시 OOO구(인수자)와 협의함, 공공기여 시설 등의 성능 수준, 설비 등은 사전협상에 따른 총 비용액 범위에서 OOO구(인수자)와 협의하여 조정함’이라고 명시되어 있는바, 이 건 고시를 통해서는 기부채납 목적물의 위치, 면적 등 구체적인 내용조차도 확정되지 않은 사실을 알 수 있다. 한편, 대법원은 원고가 도시환경정비구역안에 있는 토지를 취득하여 소유권이전등기를 마친 후 사업시행인가를 받았는데, 그 중 일부가 정비계획에 도로 등 정비기반시설 부지로 예정되어 있었던 사안에서, 원고가 위와 같이 토지를 취득하고 그에 관한 등기를 할 당시 쟁점토지가 정비계획에 의해 정비기반시설 부지로 예정되어 있었고, 정비계획과 인가받은 사업시행계획상의 정비기반시설부지예정지가 실질적으로 동일하다고 하더라도, 원고가 쟁점토지를 취득할 당시 이를 국가 등에 귀속시키는 것이 사실상 확정되었다고 볼 수 없어 취득세 비과세 대상이 아니라고 판결(대법원 2011.7.28. 선고 2010두6977 판결)하였는바, 청구법인도 쟁점토지 취득 당시 기부채납 당사자 사이에 기부채납 목적물의 위치나 면적 등을 특정한 구체적인 약정이 존재하지 아니하므로 취득 당시를 기준으로 국가 등에 기부채납하는 것이 사실상 확정되지 않았다. 따라서 이 건 고시는 청구법인과 처분청 사이의 약정이 아니고, 쟁점토지의 위치와 면적 등이 구체적으로 확정되지도 않았으므로 쟁점토지 취득 당시를 기준으로 비과세 요건을 충족했다고 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점부동산이 국가 등에 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산으로서 취득세 비과세 대상인지 여부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 청구법인이 쟁점부동산을 취득하기까지의 진행 경과는 아래 ＜표2＞와 같다. ＜표2＞ 진행 경과 ◯◯◯ (나) 처분청은 2019.10.1. AAA에게 공문(OOO부지 특별계획구역 세부개발계획 관련부서 협의 및 의견청취 결과 알림, 도시계획과-OOO)을 보냈는데, 해당 공문에는 “귀 사에서 2019.8.30.자로 제출하신 도시관리계획 결정(변경)(안)에 대하여 관련부서 협의의견 및 주민의견 청취 결과를 붙임과 같이 알려드리니 검토 후 조치계획서를 제출하여 주시기 바랍니다”라고 기재되어 있고, 첨부된 ‘관련부서 의견청취 결과’에는 OOO 및 처분청의 관련 부서에서 검토한 내용이 기재되어 있으며, 그 일부 내용은 아래 ＜표3＞과 같다. ＜관련부서 회신 내용＞ ◯◯◯ (다) 청구법인은 2020.10.6. 부동산의 취득‧개발‧개량 및 처분 등을 목적으로 하여 설립되었고, OOO으로부터 부동산투자회사법제9조에 따라 영업인가를 받았으며, 그 주요 내용은 아래와 같다. ＜영업인가 알림＞ ◯◯◯ (라) OOO시장은 OOO 이 건 고시를 하였고, 그 주요 내용은 아래와 같다. ＜이 건 고시의 주요내용＞ ◯◯◯ (마) 청구법인은 쟁점부동산을 기부채납하여 용적률을 상향(120%)하는 내용과 관련 도면이 포함된 심의안(이하 “이 건 건축심의도서”라 한다)을 OOO 건축위원회에 제출하였고, 동 위원회는 2021.11.9. 이 건 개발사업과 관련하여 건축 및 경관 분야에 대한 심의를 진행하여 조건부 의결하였는데, 건축계획 분야의 조건사항에는 일조권 관련 사항, OOO 지붕의 경관적 측면의 고려, 어린이집 통행의 안전성 확보 등의 검토사항만 기재되어 있고, 용적률 상향과 관련한 사항은 포함되어 있지 않다. (바) 처분청이 2021.12.17. 발급한 민원신청 확인서에는 청구법인(대리신청인 OOO)이 같은 날 담당부서를 주택과로 하여 임대주택사업계획승인을 신청한 것으로 나타난다. (사) 도시계획변경 사전협상 지침은 OOO 도시계획변경 사전협상 운영에 관한 조례(이하 “사전협상에 관한 조례”라 한다) 제22조에서 위임한 바에 따라, 사전협상 운영 등에 관하여 필요한 세부사항을 규정하고 있고, 그 주요 내용은 아래와 같다. ＜도시계획변경 사전협상 지침의 주요 내용＞ ◯◯◯

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다. 처분청은 청구법인과 처분청 사이에 쟁점부동산을 기부채납 목적물로 하는 합의가 없는 상태에서 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 것이므로 쟁점부동산을 지방세법 제9조 제2항에 따른 취득세 비과세 대상으로 볼 수 없다는 의견이다. 그러나 국토계획법 제52조의2 제1항은 도시군계획시설 결정이 변경되어 행위제한이 완화되는 경우에는 해당 지구단위계획구역에서 건축물을 건축하려는 자가 공공시설을 제공하도록 규정하고 있고, 사전협상에 관한 조례는 도시계획변경 전에 공공기여에 관한 사전협상의 방법과 함께 도시계획에 반영하는 절차 등을 규정하고 있으며, 도시계획변경 사전협상 지침은 공공기여 결정 절차 및 관련 세부 기준 등을 정하고 있는바, 이러한 규정에 따라 공공기여에 대한 사전협상을 진행하여 도시관리계획에 반영된 이상, 기부채납에 대한 협의가 구체적으로 진행되었다고 볼 수 있는 점, 이 건 고시에는 사전협상 내용에 따라 지구단위계획을 변경하는 것이라고 기재되어 있고, 쟁점부동산의 위치와 면적도 구체적으로 기재되어 있으며, 건축위원회에 제출된 이 건 건축심의도서에도 쟁점부동산의 위치 등이 구체적으로 나타나는 점, 도시계획변경 사전협상 지침은 협상 과정에 관계 기관을 포함하거나 공공기여시설에 대한 관계기관의 의견을 수렴하도록 하고 있어서, 사전협상을 OOO 관계자들이 주도하였다 하더라도 공공기여와 같이 처분청과 직접적으로 연관된 사안에 대해서는 처분청과 내부적인 협의를 거쳤다고 보는 것이 합리적이고, 실제로도 처분청이 이 건 고시 전인 2019.10.1. AAA에게 도시계획결정(안)에 대한 협의의견을 송부하면서 OOO과 어린이집의 기부채납과 관련한 의견을 구체적으로 제시했던 점 등에 비추어 청구법인은 OOO시장 및 처분청과 기부채납에 대한 협의를 진행하고 쟁점부동산을 기부채납 목적물로 특정하여 이 건 고시에 반영한 것으로 보인다. 따라서 청구법인은 2021.12.22. 쟁점부동산을 취득하기 전에 쟁점부동산을 처분청에 기부채납하기로 하는 협의를 진행하여 쟁점부동산은 국가 등에 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산으로서 취득세 비과세 대상으로 보는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제96조 제7항, 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법 제9조(비과세) ② 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 항에서 “국가등”이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(사회기반시설에 대한 민간투자법 제4조 제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다. 이하 이 항에서 “귀속등”이라 한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및 사회기반시설에 대한 민간투자법 제2조 제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 취득세를 부과한다.

1. 국가등에 귀속등의 조건을 이행하지 아니하고 타인에게 매각ㆍ증여하거나 귀속등을 이행하지 아니하는 것으로 조건이 변경된 경우

2. 국가등에 귀속등의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우

(2) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제52조의2(공공시설등의 설치비용 등) ① 제51조 제1항 제8호의2 또는 제8호의3에 해당하는 지역의 전부 또는 일부를 지구단위계획구역으로 지정함에 따라 지구단위계획으로 제36조 제1항 제1호 각 목 간의 용도지역이 변경되어 용적률이 높아지거나 건축제한이 완화되는 경우 또는 제52조 제1항에 따른 지구단위계획으로 제43조에 따른 도시ㆍ군계획시설 결정이 변경되어 행위제한이 완화되는 경우에는 해당 지구단위계획구역에서 건축물을 건축하려는 자(제26조 제1항 제2호에 따라 도시ㆍ군관리계획이 입안되는 경우 입안 제안자를 포함한다)가 용도지역의 변경 또는 도시ㆍ군계획시설 결정의 변경 등으로 인한 토지가치 상승분(감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가법인등이 용도지역의 변경 또는 도시ㆍ군계획시설 결정의 변경 전ㆍ후에 대하여 각각 감정평가한 토지가액의 차이를 말한다)의 범위에서 지구단위계획으로 정하는 바에 따라 해당 지구단위계획구역 안에 다음 각 호의 시설(이하 이 조에서 “공공시설등”이라 한다)의 부지를 제공하거나 공공시설등을 설치하여 제공하도록 하여야 한다.

1. 공공시설

2. 기반시설

3. 공공주택 특별법 제2조 제1호 가목에 따른 공공임대주택 또는 건축법 및 같은 법 시행령 별표 1 제2호 라목에 따른 기숙사 등 공공필요성이 인정되어 해당 시ㆍ도 또는 대도시의 조례로 정하는 시설

(3) OOO 도시계획변경 사전협상 운영에 관한 조례 제1조(목적) 이 조례는 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제51조 제1항 제8호의2, 제8호의3에 해당하는 대규모 유휴부지 등의 개발을 위한 도시계획변경 사전협상 운영에 관한 사항을 규정함으로써 지역 전략거점 육성 및 균형발전과 지역활성화 등을 도모하는 것을 목적으로 한다. 제2조(정의) ① 이 조례에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각 호와 같다.

1. "도시계획변경 사전협상(이하 "사전협상"라 한다)"이란 제2호의 협상대상지에 대하여 복합적인 토지이용 증진 및 효율적인 토지 개발 또는 시설 이전ㆍ재배치를 통한 토지이용 합리화 등을 위해 개발계획 등을 협의하여 수립하는 것을 말한다.

2. "협상대상지"란 국토의 계획 및 이용에 관한 법률(이하 ‘법’이라 한다) 제51조제1항제8호의2, 제8호의3 및 OOO 도시계획 조례(이하 ‘도시계획 조례’라고 한다) 제16조 제4항에 해당하는 부지로서 제9조에 따라 선정된 부지를 말한다.

3. "민간"이란 제2호의 협상대상지에 대한 토지소유자 등으로 부지의 개발을 위해 지구단위계획 수립이나 변경의 입안 등을 제안한 주민을 말한다.

4. "공공기여"란 사전협상에 따른 구체적 개발계획 및 공공기여계획에 따라 법 제52조의2 제1항 및 제2항에서 정하는 시설 또는 비용 등을 제공하는 것을 말한다. 제8조(개발계획안 검토신청서 제출) 민간이 사전협상을 통해 유휴부지 등을 개발하고자 할 경우에는 개발계획안 검토신청서(이하 "신청서"라 한다)를 시장에게 제출하여야 한다. 10조(사업제안서 제출) ① 민간은 제9조에 따라 협상대상지로 선정된 부지에 대해 다음 각 호의 사항을 포함하는 사업제안서를 시장에게 제출하여야 한다.

1. 개발계획(안) 협상제안서 및 요약서

2. 사업계획서

3. 공공기여계획서(공공기여 총량, 제공방법 및 제공시기 등에 한함)

4. 건축계획서

5. 각종 영향성 검토서

6. 그 밖에 시장이 필요하다고 정하는 사항

② 시장은 제1항에 따라 민간이 제출한 사업제안서의 내용이 상위계획 또는 관련 계획에 부합하지 않거나 도시관리계획상 부적합하다고 판단한 경우에는 사업제안서의 내용에 대한 수정 및 보완을 요구하거나 반려할 수 있다.

③ 시장은 사업제안서가 제출되면 협상조정협의회를 구성하여야 한다. 제11조(협상의제 선정) ① 시장은 단계별 협상절차를 미리 정하고 예측 가능한 협상 진행을 위해 노력하여야 한다.

② 협상의제는 도시관리의 목표와 정책방향 등에 부합하여야 하며, 이를 위하여 시장은 다음 각 호의 범위 내에서 협상의제를 사전에 정할 수 있다.

1. 입지여건 등에 따른 개발규모의 적정성

2. 개발계획(개발방향, 주용도, 기능, 건축계획, 교통계획 등)의 적정성

3. 공공기여(공공기여 제공시기, 제공방법 등)의 적정성

4. 그 밖에 사전협상 진행을 위해 시장이 필요하다고 인정한 사항 제16조(지구단위계획 도서 제출) 민간은 협상결과를 반영한 다음 각 호의 서류를 첨부하여 지구단위계획 도서를 제출하여야 한다.

1. 지구단위계획 수립 및 변경 등에 관한 사항

2. 사전협상에 따른 공공기여계획 도서(공공기여 이행 및 담보방안 포함)

3. 그 밖에 시장이 정하는 사항 제17조(도시관리계획 결정) 시장은 민간이 사업계획승인 신청서류를 제출한 때(건축허가의 신청 또는 다른 법률에 따라 건축허가 등을 의제하는 인ㆍ허가의 신청을 한 때를 말한다) 도시관리계획 결정 고시를 할 수 있다. 제20조(공공기여 산정기준) ① 법 제36조 제1항 제1호 각 목 간의 용도지역 변경에 따른 공공기여량은 증가되는 용적률의 10분의 6에 상당하는 토지가치의 범위 내에서 산정하는 것을 원칙으로 한다.

② 제1항 이외에 도시계획시설의 변경 및 폐지 등에 따른 공공기여량은 시장이 정한다.

③ 제1항 및 제2항에 따라 산정한 공공기여의 총량은 영 제46조의2제2항에 따른 감정평가한 토지가액 차이의 범위 내로 한다.

④ 공공기여 산정과 관련된 세부 기준 및 운영방법 등은 시장이 정한다.