[요지] 청구법인은 물류단지에서 쟁점부동산을 취득만 하고 임대만 한 것으로 보이고 청구법인은 쟁점부동산 내 공장신설 승인을 받으면서 업종을 곡물 제분업ㆍ곡물강품 제조업 등의 용도로 설립승인을 받은 것으로 보아 물류사업법령에 따른 화주의 수요에 따라 유상으로 물류활동을 영위하는 것을 업으로 하는 물류사업자의 지위에 있어 보이지 않는 점 등에 비추어, 청구법인은 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 쟁점부동산을 임차법인에게 임대하여 지방세특례제한법제178조 제1항 제2호에 따라 적법하게 취득세 등의 추징사유가 발생한 것으로 보는 것이 타당하다 할 것임.
[참조결정] 조심2019지3808 / 조심2008지0493
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점부동산(이 건 양곡유통센터와 부속토지)은 물류시설로서 이 건과 동일한 쟁점인 청구법인의 “OOO물류센터”를 그 자회사에 임대한 것에 대하여 OOO법원은 농업협동조합법령에 따라 쟁점부동산의 사용․수익권자가 분리될 수 밖에 없는 상황에서 청구법인의 자회사인 임차법인에게 쟁점부동산을 임대하는 것은 타당한 것이며, 처음부터 쟁점부동산을 임차법인이 취득하지 않고 청구법인이 취득한 것에 청구법인에게 귀책사유가 없으므로 농업협동조합법령에 따라 강제된 의무를 이행하는 과정에서 임차법인에게 불가피하게 쟁점부동산을 임대한 것은 정당하므로 과세관청이 취득세를 추징한 것은 위법하다는 판결OOO을 하였다. 따라서, 청구법인 소유의 쟁점부동산을 임차법인에게 임대를 하였다 하더라도 임차법인이 이를 곡물도정과 사무실 등의 용도로 사용하였으므로 이는물류시설법및산업단지절차간소화법령등의 제반 규정에 근거한 “집배송시설”, “미곡의 건조·보관·가공시설”, “미곡의 건조·보관·가공을 위한 공장” 및 이에 부수되는 물류시설 용도로 사용한 것으로 쟁점부동산은 임대여부와 상관없이 지방세특례제한법제74조에 따른 감면대상에 해당함에도 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
(2) OOO물류단지 실시(변경)계획에 의하면, 물류시설용지에 관하여 관련법령에 따라 허용되는 용도를 물류시설 개발 및 운영에 관한 법률제2조 제7호 차목에 의한 마곡의 건조․보관․가공용 공장이라고 기재되어 있고, 임대차계약서상 기재내용에서도 임대용도를 “적재․포장기․집진기․소포장기․진공포장기” 등으로 기재되어 있는바, 쟁점부동산내 상품시설 등은 미곡의 포장 등을 주로하는 시설일 뿐 “곡물도정공정”이 아님에도 처분청은 쟁점부동산 내 각종 물류시설에 대해 제조업 공장인 것으로 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
(3) 추징처분의 법적성격에 관하여, 추징처분은 일단 면제요건에 해당하면 그 세액을 면제하고 그 후에 당초의 취지에 합당한 사용을 하는지에 따라 사후관리측면에서 본래의 부과처분과는 그 요건을 달리하는 별개의 처분인바, 추징처분이 해당 법에서 규정한 추징요건을 갖추지 못하였다면 그 처분은 위법한 처분인 것이고, 면제요건을 갖추지 못하였다면 본래의 부과처분을 할 사유가 있는 것이나 그 와 같은 사정이 위법한 추징처분을 적법한 것으로 할 사유에는 해당하지 않는다(대법원 2001.3.9. 선고 99두11677 판결, 같은 뜻임). 청구법인은 2017.7.6. 처분청으로부터 쟁점부동산에 대하여 취득세 감면을 받았고 이후 청구법인이 임차법인에게 임대한 사실은 사후적관리측면에 해당하는바, 쟁점부동산이 물류용 부동산에 해당하는지의 여부는 당초 쟁점부동산의 면제결정 여부를 심사하는 단계에서 고려되어야 하는 것으로 위 법리에 비추어 임대를 원인으로 하는 처분청의 이 건 취득세 추징처분은 위법한 처분임에도 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 것은 부당하다.
(1) 청구법인은 쟁점부동산을 취득한 후 2017.7.18. 쟁점부동산을 임차법인에게 임대차계약을 체결하여 임대한 사실이 확인되는 이상 지방세특례제한법제178조 제2호에서 정한 추징사유가 있는 점, 임차법인이 청구법인의 자회사라 하더라도 청구법인과 임차법인은 법인격을 달리하는 별도의 권리의무의 주체로서 엄연히 구분되는 것(조심 2008지493, 2008.11.17., 같은 뜻임)으로 달리 볼 것이 아니며, 위 추징규정에서 정당한 사유에 대하여 별다른 규정을 두고 있지 아니한 이상 정당한 사유의 존부를 다투는 것이 허용되지 않는다 할 것(조심 2019지3808, 2020.4.24., 같은 뜻임)이므로 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 후 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 임차법인에게 임대하였으므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 정당하다. (2)지방세특례제한법제71조 제2항에서 물류단지에서 물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 물류사업용 부동산에 대하여는 취득세의 100분의 50을 경감한다 하고, 물류정책기본법제2조 제1항 제2호에서 “물류산업”이란 화주(貨主)의 수요에 따라 유상(有償)으로 물류활동을 영위하는 것을 업(業)으로 하는 것으로 규정하고 있으므로, 지방세특례제한법령에 따른 취득세 감면대상에 해당하기 위해서는 물류사업을 직접 하려는 자가 취득하여야 하는 것이며, 그 해당 부동산이 물류사업에 직접 사용되어야 하는 것(행정안전부 지방세특례제도과-2385호, 2015.9.4., 같은 뜻임)인바, 청구법인의 경우, 물류사업을 직접 하려는 자에 해당하지 않을 뿐더러 쟁점부동산이 물류사업에 직접 사용되는 부동산에도 해당하지 않으므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료를 보면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) OOO 고시OOO에 의하면, OOO는 2014.5.28. 이 건 토지 일대를 물류단지OOO로 지정공고를 하였고, 이후 2015.12.15., 2017.12.15. 그 실시계획을 다음과 같이 고시(주요내용 발췌)하였다. OOO (나) 주식교환ㆍ이전결정서(공시일자 2015.5.4.)에 의하면, 임차법인(AAA)은 청구법인과의 완전자회사로 편입할 목적으로 임차법인이 발행한 보통주OOO를 청구법인과 OOO 비율로 교환ㆍ이전하면서 청구법인의 완전한 자회사가 된 것으로 나타난다. (다) OOO는 2015.12.17. OOO로부터 이 건 토지 일대를 “OOO물류단지”로 지구지정 및 실시계획승인 받은 후, 2017.12.13. 청구법인으로 사업시행자의 지위가 변경되었으며, 청구법인은 2018.6.8. 위 물류단지 조성사업 준공인가를 받았다. (라) 임시사용승인서에 의하면, 청구법인은 2017.5.10. 이 건 토지상에 이 건 건축물 임시사용승인을 받은 것으로 나타난다. (마) 임대차계약서에 의하면, 청구법인은 2017.7.18. 임차법인과 쟁점부동산에 대하여 임대차 계약기간을 2017.8.1.부터 2018.7.31.까지로 하고 연간 임대료를 OOO원으로 하는 임대차계약을 체결한 것으로 나타나며, 임대차계약서 별지에 주요 상품화(잡곡)시설 목록에 다음과 같이 기재되어 있다. ◯◯◯ (바) 등기사항전부증명서 및 국세청 사업장 연계자료에 의하면, 임차법인은 쟁점부동산 소재지에 2017.7.3.부터 2021.6.30.까지 업태를 제조업으로, 종목을 소분소포장을 하는 사업을 영위하는 지점을 설치한 것으로 나타난다. (사) 처분청 공문OOO에 의하면, 청구법인은 2017.12.22. 처분청으로부터 쟁점부동산에 대하여 공장신설변경승인[업종: 곡물 제분업(10612), 기타 곡물가공품 제조업(10619)]을 받고, 2018.9.6. 공장설립등의 완료신고 처리통보를 받았으며, 2021.9.29. 공장등록 취소처리 통보를 받은 것으로 나타난다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 청구법인은 농업협동조합법령에 의하여 ① 자회사인 임차법인에게 쟁점부동산을 임대하는 것은 불가피한 것이었고 법원도 이에 대해 정당한 사유가 있다는 판결OOO을 하였는바, 쟁점부동산은 지방세특례제한법령에 따른 물류시설용 부동산에 해당하며, ② 이러한 임대사유를 이유로 한 처분청의 추징처분은 위법하다고 주장한다. (나) 지방세특례제한법제71조 제2항에서 제1항에 따른 물류단지에서 물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 대통령령으로 정하는 물류사업용 부동산에 대해서는 2019년 12월 31일까지 취득세의 100분의 50을 경감한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령(2017.12.26. 대통령령 제28525호로 개정되기 이 전의 것) 제33조에서 법 제71조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 물류사업용 부동산”이란 물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률제2조 6호의4에 따른 물류단지시설을 설치하기 위하여 물류단지 안에서 최초로 취득하는 토지와 그 토지취득일부터 5년 이내에 취득하는 사업용 토지 및 건축물(토지 취득일 전에 그 사용승인을 받아 신축한 건축물을 포함하며, 기존 건축물을 취득한 경우는 제외한다)을 말한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제2조 제1항 제8호에서 “직접 사용”이란 부동산 등의 소유자가 해당 부동산 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있고, 같은 법 제178조에서 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호(1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우)의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다. (다) 위 규정의 감면을 적용함에 있어 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석 하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다 할 것(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결, 같은 뜻임)이다. (라) 이 건의 경우 지방세특례제한법제178조 제1항 제2호에서 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 같은 법 제1항 제1호와 달리 정당한 사유여부에 대한 별도의 규정이 없어 청구법인이 주장하는 대로 자회사에게 임대하는 것이 정당한 사유에 해당한다고 해석할 수 없는 점, 임차법인은 청구법인의 완전자회사라 하더라도 청구법인과 임차법인은 서로 법인격을 달리하는 별개의 법인이며 청구법인은 이러한 임차법인에게 쟁점부동산을 임대한 사실이 확인되는 점, 청구법인은 물류단지에서 쟁점부동산을 취득만 하고 임대만 한 것으로 보이고 청구법인은 쟁점부동산 내 공장신설 승인을 받으면서 업종을 곡물 제분업ㆍ곡물강품 제조업 등의 용도로 설립승인을 받은 것으로 보아 물류사업법령에 따른 화주의 수요에 따라 유상으로 물류활동을 영위하는 것을 업으로 하는 물류사업자의 지위에 있어 보이지 않는 점 등에 비추어, 청구법인은 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 쟁점부동산을 임차법인에게 임대하여 지방세특례제한법제178조 제1항 제2호에 따라 적법하게 취득세 등의 추징사유가 발생한 것으로 보는 것이 타당하다 할 것이다. (마) 따라서, 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제7항과 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령
(1) 지방세특례제한법(2017.12.26. 법률 제15295호로 개정되기 이 전의 것) 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
8. “직접 사용”이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다. 제14조의2(BBB 등의 구매ㆍ판매 사업 등에 대한 감면) 농업협동조합법제161조의2에 따라 설립된 BBB와 법률 제10522호 농업협동조합법 일부개정법률 부칙 제6조에 따라 설립된 자회사가 구매ㆍ판매 사업 등에 직접 사용하기 위하여 취득하는 다음 각 호의 부동산(농수산물 유통 및 가격안정에 관한 법률 제70조제1항에 따른 유통자회사에 농수산물 유통시설로 사용하게 하는 부동산을 포함한다. 이하 이 항에서 같다)에 대해서는 취득세의 100분의 25를, 과세기준일 현재 그 사업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 25를 각각 2017년 12월 31일까지 경감한다.
1. 구매ㆍ판매ㆍ보관ㆍ가공ㆍ무역 사업용 토지와 건축물 제71조(물류단지 등에 대한 감면) ② 제1항에 따른 물류단지에서 물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 대통령령으로 정하는 물류사업용 부동산에 대해서는 2019년 12월 31일까지 취득세의 100분의 50을 경감하고, 2019년 12월 31일까지 취득하여 과세기준일 현재 물류사업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 그 부동산을 취득한 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감한다. 제178조(감면된 취득세의 추징) 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우
(2) 지방세특례제한법 시행령(2017.12.29. 대통령령 제28525호로 개정되기 이 전의 것) 제33조(물류사업용 부동산의 범위) 법 제71조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 물류사업용 부동산”이란 물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률제2조 제6호의4에 따른 물류단지시설을 설치하기 위하여 물류단지 안에서 최초로 취득하는 토지와 그 토지취득일부터 5년 이내에 취득하는 사업용 토지 및 건축물(토지 취득일 전에 그 사용승인을 받아 신축한 건축물을 포함하며, 기존 건축물을 취득한 경우는 제외한다)을 말한다.