[요지] 청구법인은 유예기간이 경과한 후에 쟁점토지에 신축건물 공사를 시작하였으나, 9개동의 공장건물을 건축하기 위하여 지속적으로 공사를 추진하는 등 산업단지계획 승인 고시 이후 쟁점토지의 매입, 부지조성, 건축설계, 건축공사 및 공장 건물의 사용승인까지 일련의 과정이 연속적으로 이루어진 것으로 보이고, 청구법인이 이를 특별히 지연시키거나 해태한 사유를 찾기 어려운 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점토지를 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였다고 보이므로 청구법인이 쟁점토지를 취득하고 유예기간 내에 정당한 사유없이 고유 업무에 직접 사용하지 않은 것으로 보아 감면한 취득세 등을 추징한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단됨.
[주 문] OOO시장이 2022.1.26. 청구법인에게 한 ＜별지＞ 기재 취득세 등 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 처분청이 쟁점토지에 대한 ‘정당한 사유’의 검토 없이 단순히 유예기간을 경과할 때까지 고유 업무에 사용하지 않았다는 이유로 감면한 세액을 추징한 것은 부당하다. (가) 재산세는 매년 독립적으로 과세기준일 현재의 부동산 현황에 따라 과세 여부를 판단하는 것으로서 과세기준일 현재 납세자가 직접 사용하고 있는지를 판단할 뿐, 사용하지 못하는 정당한 사유가 있는지는 고려대상이 아닌바(대법원 1995.9.26. 선고 95누7857 판결, 행정안전부 지방세특례제도과-2615, 2018.7.27.), 쟁점토지에 대하여 처분청이 지방세특례제한법제14조 제3항에 따라 감면한 2016‧2017년도분 재산세를 추징한 것은 토목공사를 착공했음에도 정당한 사유에 상관없이 과세기준일 현재 고유 업무에 직접 사용하는 공장용 건축물에 대한 착공을 하지 않았기 때문이다. (나) 정당한 사유는 법령상의 장애 및 행정관청의 금지나 제한에의한 외부적인 사유 뿐만 아니라 고유 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함(대법원 2017.8.18. 선고 2017두42293 판결 등)되는데, 처분청은 법령의 금지 또는 행정관청의 제한 등 외부적 사유만을 고려하고, 쟁점토지의 취득 목적, 고유목적에 사용하는데 걸리는 시간의 장단, 고유목적에 사용하기 위한 진지한 노력 등 청구법인이 제시한 내부적인 사유들에 대하여 정당한 사유가 없다는 성급한 결론을 내렸다.
(2) 청구법인은 신공장 건설을 위해 산업단지계획 승인 고시 이후, 쟁점토지 매입‧부지조성(토목공사)‧건축설계‧건축공사 및 사용승인까지 일련의 과정을 중단 없이 수행하며 불필요한 시간을 허비하지 않고 휴지기간 없이 지속해서 신공장 건설을 수행한 결과, 현재 쟁점토지를 고유 업무(낙농 조합원이 생산한 원유를 집유 및 가공하여 유제품을 생산하는 낙농유가공 공장)에 사용하고 있다. (가) 청구법인은 노후화된 OOO공장 및 OOO공장을 대체하기 위해 쟁점토지에 OOO신공장을 건설하였는데, ‘OOO공장 이사회 준공 보고’에 따르면 OOO신공장으로 연 OOO원의 제조경비 절감을 예상하고 있고, 나아가 신공법‧신기술 적용에 따른 고객, 조합원 및 직원의 만족도 향상을 기대하고 있으며, 청구법인이 2017.11.23. 체결한 OOO공장의 매매계약에 따르면, OOO공장을 ㈜OOO에 2020.9.30.까지 인도하여야 하는데, OOO신공장이 건설되기 전까지 OOO공장을 운영하여야 하는 청구법인으로서는 OOO공장의 인도가 지연되는 경우 매매대금OOO의 연 7%를 임차료로 지급하여야 하므로, 청구법인이 쟁점토지에 신공장 건설 공사기간을 단축하기 위해 부단히 노력할 것임을 짐작할 수 있고, 부주의 또는 의도적으로 쟁점토지의 고유 업무 사용을 지연할 동기가 없다. (나) 분쟁토지는 신공장 주진입로에 위치하여 청구법인이 반드시 매수하여야 할 토지인데, 이전 소유자가 손실보상협의에 응하지 않아 수용OOO및 명도 소송제기 등 명도절차가 진행OOO되면서 부득이하게 시간이 소요되었다. (다) 쟁점토지는 임야로 경사면을 절토하여 대규모 토목공사가 필요하였고, 부지면적 OOO평, 개발면적 OOO평에 달하는 토공사, 흙쌓기공사, 구조물공사(기초공사, 벽체설치, 발파공사, 블록설치), 가시설공(천공, 토사 등)의 다양한 공사가 복합적으로 진행되었으며, 공사 과정에서 추정량보다 많은 암반이 발생하여 계획보다 토목공사의 공사기간을 연장할 수밖에 없었고, OOO. 고시된 OOO상 개발기간이 OOO로 나타나는바, 이는 쟁점토지의 토목공사가 1년 이상 소요될 것을 처분청도 이미 알고 있었으며, 특히 2015.4.9. OOO, 처분청, 청구법인 간의 OOO을 보면 처분청은 2020년 신공장 가동을 알고 있었고, 청구법인이 신공장 건설과정에서 처분청과 긴밀히 협의‧협력하였음을 알 수 있다. (라) 공공기관 산업단지 조성 공사기간 예측에 주로 참고하는 LH표준공사기간산정지침에 따르면, 아래 ＜표1＞과 같이 청구법인 신공장 부지조성의 공사기간은 OOO일로 산출되는데, 청구법인은 대규모 토목공사를 최선을 다해 수행하여 위 공사기간 산정지침보다 OOO일 짧은 OOO일이 소요되었다. (마) 또한 청구법인은 쟁점토지(분쟁토지 제외)의 부동산 등기완료일OOO 이전에 쟁점토지의 토목공사를 위한 입찰공고OOO를 하였고, 쟁점토지의 토목공사 완료일OOO 이전에 건축설계 계약OOO 및 건축설계 완료OOO를 하였으며, 처분청에 건축허가 신청서를 접수OOO하고 처분청으로부터 건축허가를 승인OOO받았다. (바) 청구법인은 불필요한 시간을 허비하지 않고 휴지기간 없이 지속적으로 신공장 건설공사를 수행하였으며, 건축공사 시공사인 AAA이 촬영한 공사사진첩을 보면 청구법인의 신공장 건설이 중단 없이 계속되었음을 확인할 수 있다. (사) OOO신공장은 부지면적 OOO평, 건축면적 OOO평, 건축연면적 OOO평OOO에 OOO개동의 지하1층에서 지상 5층의 건축물로 구성되며 부지금액 OOO원, 부지조성비 OOO원, 건축비 OOO원, 기계장치 등 총 OOO원이 소요되는 대형공사인데, 쟁점토지의 매입에 OOO개월, 부지조성 공사에 OOO개월, 설계에 OOO개월, 건설공사에 OOO개월이 소요되어 중복기간을 제외할 경우 ‘산업단지 승인고시’ 이후 ‘건축공사 사용승인’까지 일련의 과정에 진지한 노력을 다하여 아래 ＜표2＞와 같이 총 OOO개월이 소요되었다.
(1) 청구법인이 낙농업 경영, 축산물 판매 등의 고유목적 사업으로 사용하기 위하여 쟁점토지를 유예기간이 경과할 때까지 해당 용도로 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 없다. (가) 청구법인은 일반산업단지의 사업시행자로서 임야인 쟁점토지를 산업단지로 조성하기 위하여 대규모의 토목공사를 진행하였는데, 이는 청구법인의 고유목적 사업으로 볼 수 없다. (나) 또한 쟁점토지에 신공장을 신축하는데 법령의 금지 또는 행정관청의 제한 등 외부적 사유가 없었고, 쟁점토지를 취득할 시점에 이미 신공장 건축에 상당한 기간이 소요될 것이라는 사실을 충분히 알 수 있었다.
(2) 청구법인이 감면을 적용하여 달라는 지방세특례제한법제14조 제3항의 유예기간은 ‘1년’이고, 처분청이 감면을 적용한 같은 법 제78조 제1항의 유예기간은 ‘3년’으로, 쟁점토지를 취득한 후 1년(유예기간) 내에 고유 목적으로 사용하기에는 당초부터 불가능하였고, 유예기간 내에 직접 사용이 어려울 것을 충분히 예상할 수 있는 상황에서 청구법인이 지방세특례제한법제14조 제3항이 감면을 신청한 정당한 사유를 인정하기 어렵다.
3. 심리 및 판단
1. “고유업무”란 법령에서 개별적으로 규정한 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다.
8. “직접 사용”이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다. 제14조(농업협동조합 등의 농어업 관련 사업 등에 대한 감면) ③ 농업협동조합법에 따라 설립된 조합(조합공동사업법인을 포함한다), 수산업협동조합법에 따라 설립된 조합(어촌계를 포함한다), 산림조합법에 따라 설립된 산림조합(산림계 및 조합공동사업법인을 포함한다) 및 엽연초생산협동조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 각각 2017년 12월 31일까지 면제한다. 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ① 산업입지 및 개발에 관한 법률제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 산업기술단지 지원에 관한 특례법 제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대해서는 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 60)를 각각 2016년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세 및 재산세를 추징한다. 제178조(감면된 취득세의 추징) 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인의 법인 등기사항전부증명서 및 정관에 따르면, 청구법인은 OOO 조합원이 생산하는 물자의 제조, 가공, 판매, 수출 등의 사업을 목적으로 OOO을 주사무소 소재지로 하여 설립되었다. (나) 처분청이 OOO 고시한 ‘OOO 일반산업단지계획 승인 및 지형도면 고시OOO’에 따르면, 청구법인은 쟁점토지 일원OOO에 식료품 제조업OOO을 유치하는 일반산업단지의 시행자로 그 개발 기간은 OOO로 나타난다. (다) 청구법인은 쟁점토지 일원의 산업단지 승인 고시 이후인 OOO 기간 동안 쟁점토지를 취득하였는데, 분쟁토지는 보상금 이의신청 및 명도소송 등으로 인하여 OOO 취득하였다면서, OOO 지방토지수용위원회의 수용재결서OOO 및 명도반환청구 소송의 판결문OOO 등을 제출하였고, 분쟁토지에 대한 현황을 아래 ＜표3＞과 같이 제출하였다. ＜표3＞ 분쟁토지 현황 ◯◯◯ (라) 청구법인은 OOO 일반산업단지 부지개발의 입찰참여 적격업체OOO를 대상으로 토목공사 현장설명을 실시하였고, OOO 입찰참여자 중 BBB㈜와 토목공사 최초 계약OOO을 하였으며, 위 토목공사계약은 2차에 걸쳐 연장계약을 하였는데 그 내용은 아래 ＜표4＞와 같다. ＜표4＞ 토목공사 계약내용 ◯◯◯ (마) 청구법인은 2017.1.31. 일반산업단지 내 ‘신공장 건설 건축설계용역’의 현장 설명을 실시하였고, OOO ㈜OOO건축사사무소와 OOO 기간 동안 신공장 건설 건축설계용역 계약을 체결하였다. (바) 청구법인은 OOO. 처분청에 건축인허가 신청서를 접수하였고, 처분청은 OOO 쟁점토지 중 OOO 지상에 ‘OOO 신공장’ 신축을 허가OOO하였다. (사) 청구법인은 OOO ‘OOO 신공장 건축공사’ 현장 설명을 실시하였고, OOO. ㈜AAA과 OOO. 기간 동안 ‘OOO 신공장 건축공사계약’OOO을 체결하였다. (아) 처분청은 OOO OOO일반산업단지 조성사업과 관련하여 준공인가 전 사용승인(용지 또는 기반시설에 대한 사용승인, OOO호)을 하였고, 2020.6.23. 청구법인이 신청한 ‘쟁점토지 중 OOO필지 지상에 신축한 공장OOO’의 사용승인을 허가OOO하였다. (자) OOO세무서장이 OOO 발급한 사업자등록증에 따르면, OOO 소재지에서 제조업을 영위하는 청구법인의 지점이 OOO을 개업연월일로 하여 사업자로 등록되었다. (차) 청구법인은 쟁점토지의 부지개발(토목공사)과 지상의 신공장을 중단없이 건설하였다고 주장하면서 아래 ＜표5＞와 같이 신공장의 항공사진을, 아래 ＜표6＞과 같이 상세 경과 내역을 제출하였고, 토목공사 및 건축공사의 시공사(BBB 및 AAA)가 촬영한 공사사진첩 등을 제출하였다. ＜표5＞ 신공장의 항공사진 ◯◯◯ ＜표6＞ 신공장 건설사업 상세 경과 내역 ◯◯◯
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 처분청은 1년 이내에 쟁점토지에 공장을 신축하지 못할 것을 충분히 예상할 수 있는 상황에서 청구법인이 취득한 쟁점토지를 정당한 사유 없이 유예기간 내에 해당 용도에 직접 사용하지 않았다는 의견이다. 그러나 청구법인은 쟁점토지에 제조 공장을 신축하기 위하여 그 일원의 산업단지 시행자로 지정받았고, 쟁점토지를 매입하는 과정에서 발생한 분쟁토지의 취득을 위해 명도소송을 제기하는 등 분쟁토지의 매수기간을 단축하고자 한 점, 쟁점토지는 그 부지면적이 OOO㎡에 달하는 대규모의 토목공사로 임야의 경사면을 절토하고 흙쌓기 등의 다양한 공사를 복합적으로 진행하면서 분쟁토지 취득OOO한 후 OOO 부지개발을 완료한 점, 청구법인은 유예기간이 경과한 후에 쟁점토지에 신축건물 공사를 시작하였으나, OOO개동의 공장건물을 건축하기 위하여 지속적으로 공사를 추진하는 등 산업단지계획 승인 고시 이후 쟁점토지의 매입, 부지조성, 건축설계, 건축공사 및 공장 건물의 사용승인까지 일련의 과정이 연속적으로 이루어진 것으로 보이고, 청구법인이 이를 특별히 지연시키거나 해태한 사유를 찾기 어려운 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점토지를 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였다고 보인다. 따라서 청구법인이 쟁점토지를 취득하고 유예기간 내에 정당한 사유없이 고유 업무에 직접 사용하지 않은 것으로 보아 감면한 취득세 등을 추징한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제96조 제7항과 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.