[요지] 2010.1.1. 이전인 2009.10.21. 설립·등기한 PFV인 청구법인이 2019.11.29. 취득한 이 건 건축물은 납세의무 성립 당시 감면규정이 없는 등 감면근거가 없어 취득세 경감대상으로 보기 어려우므로 처분청이 이 건 취득세 등에 대한 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단됨.
[요지] 2010.1.1. 이전인 2009.10.21. 설립·등기한 PFV인 청구법인이 2019.11.29. 취득한 이 건 건축물은 납세의무 성립 당시 감면규정이 없는 등 감면근거가 없어 취득세 경감대상으로 보기 어려우므로 처분청이 이 건 취득세 등에 대한 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단됨.
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) PFV가 취득하는 부동산에 대한 취득세 등은 종전감면규정에서 취득기한에 관계없이 취득세의 50%에 상당하는 세액을 감면하는 것으로 규정하였다가 2010.1.1. 법률 제9921호로 개정된 조세특례제한법(이하, “개정후 조특법”이라 한다) 제120조 제4항 제3호에서 취득기한을 도입하여 PFV가 2012.12.31.까지 취득하는 부동산에 한하여 취득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하는 것으로 규정하는 한편, 그 부칙 제76조에서 2010.1.1. 이전에 설립한 PFV에 대해서는 종전감면규정을 적용하여 취득기한에 관계없이 취득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하는 것으로 정하였고, 구 조세특례제한법(2014.12.23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것) 제120조에 규정되어 있던 감면규정을 개정후 지특법으로 이관하면서 그 부칙 제23조에서 “법률 제9921호 조세특례제한법 일부 개정법률 부칙 제76조에 따라 법인세법 제51조의2 제1항 제9호에 해당하는 회사가 2010년 1월 1일 이전에 설립・등기한 경우, 해당 회사가 취득하는 부동산에 대한 취득세의 감면에 대해서는 종전의 규정에 따른다.”라고 규정하였다. 청구법인은 2009.10.21. 설립된 구 법인세법(2020.12.22. 법률 제17652호로 개정되기 전의 것) 제51조의2 제1항 제9호에 따른 요건을 모두 갖춘 PFV에 해당로서, 2017.3.8. 취득한 이 건 건축물에 대하여 개정후 지특법 부칙 제23조에 따라 취득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면받을 수 있다고 보는 것이 타당하므로 이 건 취득세 등에 대한 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
(2) 조세법규의 부칙이 서로 상충되는 내용을 담고 있을 때 특별법적 지위에 있거나 상대적으로 신법인 법규, 납세자 신뢰를 보호하는 법규의 부칙을 우선 적용하는 것이 타당하므로 이러한 관점에서 개정후 지특법 부칙(제23조)과 개정후 조특법 부칙(제76조)의 선후 관계를 살펴보면, 비록 두 규정의 시행일은 동일하나 제ㆍ개정일 측면에서 개정후 지특법 부칙(제23조)은 법률 제12955호로 제정되었고, 개정후 조특법 부칙(제76조)은 법률 제9921호에 규정된 후 제12853호로 개정되었으므로 개정후 지특법 부칙이 신법에 해당하므로 개정후 조특법 부칙에 우선 적용되어야 할 것이고, 청구법인은 개정후 지특법 부칙(제23조)에 따라 취득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면받을 수 있다고 보는 것이 타당하므로 이 건 취득세 등에 대한 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
3. 심리 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 청구법인은 ‘서울 용산구 OOO일대의 주상복합건물 신축 및 분양사업’(이하 “이 건 사업”이라 한다)을 수행하기 위하여 2009.10.21. 설립한 프로젝트금융투자회사로서, 법인등기부등본에서 2021.3.30. 청구법인의 상호를 주식회사 A에서 주식회사 B로 변경한 것으로 나타난다. (나) 청구법인의 정관을 살펴보면, 청구법인은 ㉠ 이 건 사업의 수행에 필요한 자산 매입, 운용, ㉡ 회사가 보유하는 자산의 관리, 운용 및 처분, ㉢ 이 건 사업의 수행에 필요한 자금의 차입, 계약의 체결, 변경 및 수정, ㉣ 그에 부수하는 업무, ㉤ 사업을 영위하고 그 수익을 주주에게 배분함을 그 사업 목적으로 하고 있는 것으로 나타난다. (다) 청구법인이 법인세법(2008.12.26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것) 제51조의2 제1항 제6호에 따른 PFV로 설립되었다는 것에 대하여는 청구법인과 처분청 간에 이견이 없다. (라) 청구법인은 2014.7.23. 처분청으로부터 건축허가를 받고, 2014.10.2. 건축공사에 착공하여 2017.3.8. 이 건 건축물을 신축하여 취득하였다. ＜표1＞ 이 건 건축물에 대한 취득세 등 신고ㆍ납부 내역 (단위: 원) OOO
1. 청구법인은 2017.3.10. 이 건 건축물 신축에 대하여 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.
2. 청구법인은 2018.4.20. 지방세특례제한법 제47조의2 제1항에 따라 이 건 건축물이 녹색건축 인증 건축물에 해당하여 지방세특례제한법 제47조의2 제1항에 따라 취득세 등의 감면대상에 해당한다는 취지로 경정청구를 하였고, 처분청은 2018.6.28. 이 건 건축물에 대한 취득세 등을 OOO원으로 경정하였다.
3. 청구법인은 2019.7.23. 이 건 건축물 중 전용면적 60㎡ 이하인 공동주택은 지방세특례제한법 제33조 제1항에 따라 취득세 등의 감면대상에 해당한다는 취지로 경정청구를 하였으나 처분청은 이를 거부하였고, 청구법인은 이에 불복하여 2020.12.6. 심판청구를 제기하여 조세심판원장은 이를 인용 결정하였으며, 처분청은 2021.2.5. 이 건 건축물에 대한 취득세 등을 OOO원으로 경정하였다.
4. 청구법인은 2021.11.11. 종전감면규정 및 개정후 지특법 부칙(제23조)에 따라 이 건 건축물이 2010.1.1. 이전에 설립·등기한 PFV가 취득하는 부동산에 해당하여 취득세 등의 감면대상에 해당한다는 취지로 경정청구를 하였으나 처분청은 2021.12.16. 이를 거부하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 2013.1.1. 법률 제11614호로 개정된 조세특례제한법제120조 제4항에서는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(지방세법 제13조 제5항 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산은 제외한다)을 2014년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 취득세의 100분의 30(제3호의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하면서 그 제3호에서 PFV가 취득하는 부동산을 규정하고 있다. 그 후, 2014.12.23. 법률 제12853호로 조세특례제한법을 개정하면서 2014.12.31. 일몰이 종료되는 PFV가 취득하는 부동산에 대한 감면 규정을 삭제한 후, 개정후 조특법 부칙(제76조)을 개정하여 2010.1.1. 이전에 설립ㆍ등기한 PFV가 2016.12.31.까지 취득하는 부동산에 대하여는 종전의 규정에 따라 취득세 등을 감면하도록 하였다. 또한 기존의 조세특례제한법에서 규정하고 있던 지방세 감면 등 특례에 관한 규정을 지방세특례제한법으로 일원화하는 과정에서 개정후 지특법에서는 PFV가 취득하는 부동산에 대한 별도의 감면규정을 두지 아니하고, 그 부칙 제23조에서 “법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조에 따라 법인세법 제51조의2 제1항 제9호에 해당하는 회사가 2010년 1월 1일 이전에 설립ㆍ등기한 경우, 해당 회사가 취득하는 부동산에 대한 취득세의 감면에 대해서는 종전의 규정에 따른다”고 규정하였다. (나) 청구법인은 2017.3.8. 취득한 이 건 건축물에 대하여 PFV가 취득하는 부동산으로서 취득세의 50% 감면 대상이라고 주장하나, 취득세 등이 감면대상이 되는지 여부는 원칙적으로 납세의무성립 당시의 법률을 적용하여 판단하여야 하고, PFV에 대한 취득세 감면규정은 2014.12.31. 삭제되어 청구법인이 2017.3.8. 이 건 건축물을 취득할 당시에는 PFV가 취득하는 부동산에 대한 취득세 등의 감면규정이 존재하지 않았던 점, 개정후 조특법 부칙 제76조에서 2010.1.1. 이전에 설립ㆍ등기한 PFV의 경우 2016.12.31.까지 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 감면하도록 규정한 취지는 2010.1.1. 이전에 설립ㆍ등기하였다는 이유로 그 취득시기에 관계없이 취득세 등을 계속하여 감면할 경우 2010.1.1. 이후에 설립된 PFV와의 과세 형평 등을 고려하여 그 감면의 시한을 둔 것으로 보이는 점, 조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정된 것을 말한다) 부칙 제76조는 2014.12.23. 개정되어 2010.1.1. 이전에 설립ㆍ등기한 PFV가 2016.12.31.까지 취득하는 부동산에 대하여는 종전의 규정에 따라 취득세 등을 감면하도록 감면시한을 두었고, 그 후, 개정후 지특법 부칙 제23조에서 PFV에 관한 경과조치로 ‘법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조에 따라 법인세법 제51조의2 제1항 제9호에 해당하는 회사가 2010년 1월 1일 이전에 설립ㆍ등기한 경우, 해당 회사가 취득하는 부동산에 대한 취득세의 감면에 대해서는 종전의 규정에 따른다.’는 규정을 두었는바, 개정후 지특법 부칙 제23조에서 말하는 ‘법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조’는 2014.12.23. 법률 제12853호로 개정된 조세특례제한법 부칙 제76조를 말한다고 보는 것이 합리적인 해석으로 보이는 점, 청구법인의 이 건 건축물의 취득에 대하여 종전의 규정을 적용한다 하더라도 종전의 규정 등에서 PFV가 2016.12.31.까지 취득하는 부동산에 대하여만 취득세를 감면하도록 규정하고 있어 청구법인의 이 건 건축물의 취득은 취득세 감면 요건을 충족한다고 보기 어려운 점 등에 비추어 2010.1.1. 이전인 2009.10.21. 설립ㆍ등기한 PFV인 청구법인이 2017.3.8. 취득한 이 건 건축물은 납세의무 성립 당시 감면규정이 없는 등 감면근거가 없어 취득세 경감대상으로 보기 어려우므로 처분청이 이 건 취득세 등에 대한 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제7항, 국세기본법제80조의2, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령
(1) 지방세기본법 제34조(납세의무의 성립시기) ① 지방세를 납부할 의무는 다음 각 호의 구분에 따른 시기에 성립한다.
1. 취득세: 과세물건을 취득하는 때
(2) 조세특례제한법(2004.12.31. 법률 제7322호로 개정된 것) 제120조(취득세의 면제 등) ④ 다음 각호의 1에 해당하는 부동산에 대하여는 취득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.
3. 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산
(3) 조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정된 것) 제120조(취득세의 면제 등) ④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 30(제3호의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 세액을 감면한다.
3. 프로젝트금융투자회사가 2012년 12월 31일까지 취득하는 부동산 부칙 ＜제9921호, 2010.1.1.＞ 제76조(등록세 및 취득세의 면제 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융회사가 취득하는 부동산에 대한 등록세와 취득세의 감면에 대해서는 제119조 제6항 제3호 및 제120조 제4항 제3호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
(4) 조세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11614호로 개정된 것) 제120조(취득세의 면제 등) ④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(지방세법 제13조 제5항 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산은 제외한다)을 2014년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 취득세의 100분의 30(제3호의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 세액을 감면한다. 이 경우 지방세법 제13조 제2항 본문 및 제3항의 세율을 적용하지 아니한다
3. 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산 부칙 ＜제11614호, 2013.1.1.＞ 제45조(지방세 개정 관련 일반적 경과조치) 2013년 1월 1일 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.
(5) 조세특례제한법(2014.12.23. 법률 제12853호로 개정된 것) 제120조 삭제 부칙 ＜제12853호, 2014.12.23.＞ 제72조(프로젝트금융투자회사에 대한 취득세의 면제 등에 관한 경과조치) 2014년 12월 31일 이전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사가 2015년 12월 31일까지 취득하는 부동산에 대하여는 제120조 제4항 제3호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. 부칙 ＜제9921호, 2010.1.1.＞ 제76조(등록세 및 취득세의 면제 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융회사가 2016년 12월 31일까지 취득하는 부동산에 대한 등록세와 취득세의 감면에 대해서는 제119조 제6항 제3호 및 제120조 제4항 제3호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. (개정 2014.12.23.)
(6) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 부칙 ＜제12955호, 2014.12.31.＞ 제23조(프로젝트금융회사에 관한 경과조치) 법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조에 따라 법인세법 제51조의2 제1항 제9호에 해당하는 회사가 2010년 1월 1일 이전에 설립ㆍ등기한 경우, 해당 회사가 취득하는 부동산에 대한 취득세의 감면에 대해서는 종전의 규정에 따른다.
(7) 농어촌특별세법(2015.2.27. 대통령령 제26125호로 개정된 것) 제4조(비과세)다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다.
12. 기술 및 인력개발, 저소득자의 재산형성, 공익사업 등 국가경쟁력의 확보 또는 국민경제의 효율적 운영을 위하여 농어촌특별세를 비과세할 필요가 있다고 인정되는 경우로서 대통령령으로 정하는 것
(8) 농어촌특별세법 시행령(2015.2.27. 대통령령 제26125호로 개정된 것) 부칙 ＜대통령령 제26125호, 2015.2.27.＞ 제4조(프로젝트금융투자회사에 대한 취득세 감면분에 대한 농어촌특별세 비과세에 관한 경과조치) ① 법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조에 따라 2010년 1월 1일 전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사가 2016년 12월 31일까지 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면분에 대한 농어촌특별세 비과세에 대해서는 제4조 제6항 제1호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
② 법률 제12853호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제72조에 따라 2014년 12월 31일 이전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사가 2015년 12월 31일까지 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면분에 대한 농어촌특별세 비과세에 대해서는 제4조 제6항 제1호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
(9) 법인세법(2004.1.29. 법률 제7117호로 개정된 것) 제51조의2(유동화전문회사등에 대한 소득공제) ① 다음 각호의 1에 해당하는 내국법인이 대통령령이 정하는 배당가능이익의 100분의 90 이상을 배당한 경우 그 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 공제한다.
6. 제1호 내지 제5호와 유사한 투자회사로서 다음 각목의 요건을 갖춘 법인일 것