조세심판원 심판청구 취득세

주식등변동상황명세서를 착오로 작성하였으나 이를 정정하였으므로 처분청이 청구인을 과점주주로 보아 취득세를 부과한 처분이 부당하다는 청구주장의 당부

사건번호 조심 2022지0719 선고일 2023-06-27 조세심판원

[요지] 청구인이 이 건 법인의 주식을 취득한 것이 아니라 본인이 명의신탁한 주식이었다고 주장하나 이를 입증할 수 있는 법원의 확정판결이나 공증된 약정서, 주금납입증명서 등 객관적이고 구체적인 증빙자료를 제출하지 아니한 점 등에 비추어 볼 때 청구인이 이 건 법인의 과점주주로서의 취득세 납세의무가 있는 것으로 보아 취득세 등을 부과한 처분청의 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

  • 가. 처분청은 청구인이 2018.4.6. 주식회사 A(이하 “이 건 법인”이라 한다)의 주식 710주(지분율 71%, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 취득하여 과점주주가 되었음에도 취득세 등을 신고․납부하지 않았다고 보아, 2021.7.9. 청구인에게 이 건 법인의 취득세 과세대상물건의 장부가액에 청구인의 소유주식비율을 곱하여 산정한 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 합계 OOO원(가산세 포함)을 부과ㆍ고지하였다.
  • 나. 청구인은 이에 불복하여 2021.10.7. 이의신청을 거쳐 2022.3.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점주식을 양수한 사실이 없으나, 이 건 법인의 세무회계를 담당하는 세무사사무소에서 임원변경등기 등을 하는 과정에서 착오로 주식등변동상황명세서에 청구인이 쟁점주식을 양수한 것으로 잘못 기재하여 이 건 법인의 관할세무서인 경주세무서에 제출하였다. 경주세무서장은 청구법인의 해명을 인정하였고, 이 건 법인은 오기된 주식등변동상황명세서를 수정신고한 후 이에 따른 법인세를 납부하였으므로 처분청에서 이 건 법인이 착오로 작성한 주식등변동상황명세서에 근거하여 청구인이 과점주주에 해당한다고 보아 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.
  • 나. 처분청 의견 청구인은 2018년 주식등변동상황명세서 및 2018년 상반기 증권거래세 신고서에서 쟁점주식을 양수하여 과점주주가 된 사실이 확인되고, 2018.4.6. 이 건 법인의 등기사항전부증명서 상 대표이사가 청구인으로 등재되어 있어 청구인의 과점주주 간주취득세에 대한 과세요건이 확인되는 반면, 이 건 법인이 수정신고한 주식등변동상황명세서 및 확인서만으로는 법원의 확정판결이나 공증된 명의신탁약정서 등과 같은 객관적인 증빙으로 보기 어렵고, 달리 청구인이 쟁점주식을 사실상 취득하지 아니하였다는 사실을 믿을만한 증빙자료를 찾아 볼 수도 없다. 따라서 처분청이 2018년도 주식등변동상황명세서상의 주식소유변동상황을 근거로 청구인이 2018.4.6. 이 건 법인의 과점주주가 되었다고 보아 취득세 등을 부과한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁점 주식등변동상황명세서를 착오로 작성하였으나 이를 정정하였으므로 처분청이 청구인을 과점주주로 보아 취득세를 부과한 처분이 부당하다는 청구주장의 당부
  • 나. 관련 법령: <별지> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 이 건 법인은 2015.12.15. 경상북도 경주시 OOO를 본점소재지로 하고, 자동차 부품제조업 등을 목적사업으로 하여 설립되었다. (나) 이 건 법인의 등기사항전부증명서에서 청구인은 2018.4.6. 사내이사로 취임하여 2018.5.2. 사임한 것으로 나타난다. (다) 이 건 법인이 2018사업연도 법인세 신고시 제출한 주식등변동상황명세서를 살펴보면, 청구인이 쟁점주식을 aaa, bbb, ccc로부터 취득한 것으로 기재되어 있다. <수정 전 2018사업연도 주식등변동상황명세서>

○○○ (라) aaa, bbb과 ccc는 2018.4.6. 청구인에게 각각 330주, 50주, 330주를 양도한 것으로 하여 2018.4.9. 증권거래세를 신고‧납부한 것으로 나타난다. (마) 처분청은 이 건 법인에게 과점주주 간주취득세 일제조사에 따른 자료를 2020.7.10.까지 제출할 것을 요청하였다. (바) 경주세무서장이 2021.5.11. 처분청에 보낸 공문을 살펴보면, ddd은 2015.12.15. 이 건 법인의 발행주식 1,000주(지분율100%)를 취득한 후 aaa, ccc, bbb에게 명의신탁하여 본인이 실질적인 주주로서의 권한을 모두 행사하였다고 주장하는 내용의 자필확인서를 제출하였고, 이 건 법인은 2016∼2019년 주식등변동상황명세서를 수정신고한 것으로 나타난다. <수정 후 2018사업연도 주식등변동상황명세서>

○○○ (사) 납부내역증명서에서 이 건 법인은 2021.3.22. 주식등변동상황명세서 수정신고에 따른 법인세 합계 OOO원을 납부한 것으로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 과점주주의 간주취득세 납세의무와 관련하여 과점주주에 해당하는지 여부를 판단함에 있어 주식의 소유사실은 과세관청이 주주명부나 주식이동상황명세서, 법인등기부등본 등 자료에 의하여 이를 입증하면 되는 것이고, 주주명의의 도용이나 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 있는 경우에는 주주가 아님을 주장하는 명의자가 그 사정을 입증하여야 할 것인바, 이 건 법인은 처분청이 과점주주 간주취득세 일제조사에 따른 자료제출을 요청(2020.7.10.)한 이후 주식등변동상황명세서를 수정신고한 것으로 보이는 점, 청구인은 2018.4.6. 쟁점주식을 취득하여 이 건 법인의 지분 71%를 보유하게 되어 과점주주가 되었음이 이 건 법인의 수정 전 2018사업연도 주식등변동상황명세서에 의해 확인되고, aaa, bbb, ccc는 쟁점주식을 2018.4.6. 청구인에게 양도한 것으로 하여 2018.4.9. 쟁점주식의 양도에 따른 증권거래세 등을 신고‧납부한 것으로 확인되는 점, ddd은 청구인이 이 건 법인의 주식을 취득한 것이 아니라 본인이 aaa, bbb, ccc에게 명의신탁한 주식이었다고 주장하나 이를 입증할 수 있는 법원의 확정판결이나 공증된 약정서, 주금납입증명서 등 객관적이고 구체적인 증빙자료를 제출하지 아니한 점 등에 비추어 볼 때 청구인이 이 건 법인의 과점주주로서의 취득세 납세의무가 있는 것으로 보아 취득세 등을 부과한 처분청의 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제7항, 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 지방세기본법(2017.12.26. 법률 제15291호로 일부개정된 것) 제46조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(주식을 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에 상장한 법인은 제외한다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일(이에 관한 규정이 없는 세목의 경우에는 납기개시일) 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 소유주식수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

1. 무한책임사원

2. 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들(이하 “과점주주”라 한다)

(2) 지방세법(2017.12.30. 법률 제15335호로 일부개정된 것) 제7조(납세의무자 등) ⑤ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 지방세기본법 제46조제2호에 따른 과점주주(이하 “과점주주”라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등(법인이 신탁법에 따라 신탁한 재산으로서 수탁자 명의로 등기ㆍ등록이 되어 있는 부동산등을 포함한다)을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다. 이 경우 과점주주의 연대납세의무에 관하여는 지방세기본법 제44조를 준용한다. 제10조(과세표준) ④ 제7조제5항 본문에 따라 과점주주가 취득한 것으로 보는 해당 법인의 부동산등에 대한 과세표준은 그 부동산등의 총가액을 그 법인의 주식 또는 출자의 총수로 나눈 가액에 과점주주가 취득한 주식 또는 출자의 수를 곱한 금액으로 한다. 이 경우 과점주주는 조례로 정하는 바에 따라 과세표준 및 그 밖에 필요한 사항을 신고하여야 하되, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 과세표준보다 적을 때에는 지방자치단체의 장이 해당 법인의 결산서 및 그 밖의 장부 등에 따른 취득세 과세대상 자산총액을 기초로 전단의 계산방법으로 산출한 금액을 과세표준으로 한다. 제20조(신고 및 납부) ① 취득세 과세물건을 취득한 자는 그 취득한 날(부동산 거래신고 등에 관한 법률 제10조제1항에 따른 토지거래계약에 관한 허가구역에 있는 토지를 취득하는 경우로서 같은 법 제11조에 따른 토지거래계약에 관한 허가를 받기 전에 거래대금을 완납한 경우에는 그 허가일이나 허가구역의 지정 해제일 또는 축소일을 말한다)부터 60일[상속으로 인한 경우는 상속개시일이 속하는 달의 말일부터, 실종으로 인한 경우는 실종선고일이 속하는 달의 말일부터 각각 6개월(외국에 주소를 둔 상속인이 있는 경우에는 각각 9개월)] 이내에 그 과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다.

(3) 지방세법 시행령(2018.3.27. 대통령령 제28714호로 일부개정된 것) 제11조(과점주주의 취득 등) ① 법인의 과점주주(지방세기본법 제46조제2호에 따른 과점주주를 말한다. 이하 같다)가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분(이하 “주식등”이라 한다)을 취득하거나 증자 등으로 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 해당 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식등을 모두 취득한 것으로 보아 법 제7조제5항에 따라 취득세를 부과한다.

② 이미 과점주주가 된 주주 또는 유한책임사원이 해당 법인의 주식등을 취득하여 해당 법인의 주식등의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식등의 비율(이하 이 조에서 "주식등의 비율"이라 한다)이 증가된 경우에는 그 증가분을 취득으로 보아 법 제7조제5항에 따라 취득세를 부과한다. 다만, 증가된 후의 주식등의 비율이 해당 과점주주가 이전에 가지고 있던 주식등의 최고비율보다 증가되지 아니한 경우에는 취득세를 부과하지 아니한다.

(4) 법인세법 제119조(주식등변동상황명세서의 제출) ① 사업연도 중에 주식등의 변동사항이 있는 법인(괄호 생략)은 제60조에 따른 신고기한까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 주식등변동상황명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

(5) 법인세법 시행령 제161조(주식등변동상황명세서의 제출) ⑥ 법 제119조의 규정에 의한 주식등변동상황명세서는 기획재정부령으로 정하며, 동 명세서에는 주식등의 실제소유자를 기준으로 다음 각 호의 내용을 적어야 한다.

1. 주주등의 성명 또는 법인명, 주민등록번호·사업자등록번호 또는 고유번호

2. 주주등별 주식등의 보유현황

3. 사업연도 중의 주식등의 변동사항

원본 출처 (국세법령정보시스템)