[요지] 청구법인이 쟁점토지를 취득한 2021.7.8. 현재 적용되는 법령을 기준으로 보면, 청구법인은 설립등기일부터 90일 이내에 농업경영정보를 등록하지 않은 법인이라서 지방세특례제한법제11조 제1항 및 같은 법 시행령 제5조의2 제1항에서 정하는 감면의 주체요건(농업법인)을 충족하지 못한 것으로 판단됨.
[요지] 청구법인이 쟁점토지를 취득한 2021.7.8. 현재 적용되는 법령을 기준으로 보면, 청구법인은 설립등기일부터 90일 이내에 농업경영정보를 등록하지 않은 법인이라서 지방세특례제한법제11조 제1항 및 같은 법 시행령 제5조의2 제1항에서 정하는 감면의 주체요건(농업법인)을 충족하지 못한 것으로 판단됨.
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
3. 심리 및 판단
(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 청구법인은 2021.7.8. 전 소유자 AAA‧BBB와 쟁점토지를 OOO원에 취득하는 매매계약을 체결하고 이를 취득하였고, 2021.7.20. 쟁점토지에 대한 취득세 등을 신고‧납부한 후 쟁점토지에 대한 소유권이전등기를 경료하였다. (나) 청구법인은 기업적 농업경영과 농산물 생산 및 제조와 가공 사업, 농산물의 유통‧가공‧판매업 등을 영위할 목적으로 2021.6.4. 설립된 법인으로, 처분청이 OOO에게 확인한 바에 따르면 심리일 현재까지 청구법인은 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률제4조 제1항에 따른 농업경영정보를 등록한 사실이 없는 것으로 나타나며, 청구법인도 이에 대하여 이견을 제시하지 아니하였다. (다) 처분청이 제시한 ‘취득세 감면 안내문’을 보면, 2021.7.20. 이 건 감면적용시 처분청이 청구법인에게 교부한 것으로서, OOO과 같은 내용으로 감면사유 및 의무위반시 추징 등을 안내한 것으로 나타난다. (라) 이 건에서 쟁점이 되는 지방세특례제한법 시행령제5조의2 규정은 2020.1.15. 신설된 조문으로, 그 이전까지는 농업경영정보의 등록 여부를 감면요건으로 규정하고 있지 않았으나, 2020.1.15. 개정에 따라 그 등록 여부를 추가하여 감면요건을 강화하였다. (마) 처분청이 제시한 자료를 보면, 상기 개정사항과 관련하여 행정안전부OOO는 OOO과 같은 실무‧운영 적용 지침을 각 지방자치단체에 시달한 것으로 나타난다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 청구법인은 당초 쟁점토지에 대한 감면시 담당공무원의 안내에 따라 감면받은 것일 뿐이고, 설령 청구법인의 농업경영정보 등록이 누락되었다 하더라도 사후적으로 이를 등록하여 보완하면 되는 것임에도, 처분청이 지방세특례제한법제11조 제3항에서 정하는 감면추징사유에도 해당하지 않는 사유를 들어 쟁점토지에 대한 당초 취득세 감면분을 추징하는 것은 부당하다고 주장한다. 그러나, 지방세특례제한법제11조 제1항 및 같은 법 시행령 제5조의2 제1항에 따른 ‘농업경영정보 등록’ 요건은 2020.1.15. 신설된 조문으로서, 그 이전의 법령과는 달리 농업법인이 그 설립등기일부터 90일 이내에 농업경영정보를 등록할 것을 감면요건의 하나로 추가한 것이므로 그 요건을 충족하여야만 감면이 적용될 수 있다고 보아야 할 것인 점, 지방세특례제한법(2020.1.15. 법률 제16865호로 일부 개정된 것) 부칙 제11조 등에서 종전 농업법인에 대한 경과규정을 두고 있기는 하지만, 청구법인은 2021.6.4. 설립된 법인으로서 2020.1.1. 전에 설립등기된 종전의 농업법인이 아니라서 상기 경과규정의 적용대상이 된다고 볼 수 없는 점, 청구법인이 쟁점토지를 취득한 2021.7.8. 현재 적용되는 법령을 기준으로 보면, 청구법인은 설립등기일부터 90일 이내에 농업경영정보를 등록하지 않은 법인이라서 지방세특례제한법제11조 제1항 및 같은 법 시행령 제5조의2 제1항에서 정하는 감면의 주체요건(농업법인)을 충족하지 못한 것으로 보이는 점, 처분청의 감면안내 등은 취득세 등의 신고‧납부 과정에서 행정서비스의 일환으로 제공되는 것일 뿐이라서 이를 근거로 이 건 취득세 부과처분이 취소되어야 한다고 보기도 어려운 점 등에 비추어 2021.6.4. 설립된 청구법인이 그 설립등기일부터 90일 이내에 농업경영정보를 등록하지 아니하여 애초부터 지방세특례제한법제11조 제1항 등에서 정하는 감면요건을 충족하지 못한 것으로 보아 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제6항, 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 등
(1) 지방세특례제한법
2. 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제19조에 따른 농업회사법인
② 농업법인이 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 각각 2023년 12월 31일까지 경감한다.
③ 제1항 및 제2항에 대한 감면을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우
3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 5년 미만인 상태에서 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제20조의3에 따라 해산명령을 받은 경우
2. 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제19조에 따른 농업회사법인
② 농업법인이 영농·유통·가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 각각 2020년 12월 31일까지 경감한다. 부 칙 ＜법률 제16865호, 2020.1.15.＞ 제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. (단서 생략) 제2조(일반적 적용례) 이 법은 2020년 1월 1일 이후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. 제8조(종전 농업법인에 대한 감면에 관한 특례) 2020년 1월 1일 전에 법인설립등기를 한 농업법인이 영농에 사용하기 위하여 그 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 농지, 관계 법령에 따라 농지를 조성하기 위하여 취득하는 임야 및 제6조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설에 대해서는 제11조 제1항 각 호 외의 부분의 개정규정에도 불구하고 취득세를 면제한다. 이 경우 면제된 취득세의 추징에 관하여는 제11조 제3항을 적용한다. 제10조(일반적 경과조치) 2020년 1월 1일 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다. 제11조(종전 농업법인에 대한 감면에 관한 경과조치) ① 제11조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인이 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산과 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 제11조 제1항 각 호 외의 부분의 개정규정에도 불구하고 같은 조 제2항에 따라 취득세 및 재산세의 100분의 50을 각각 2020년 12월 31일까지 경감한다. 이 경우 경감된 취득세의 추징에 관하여는 제11조 제3항을 적용한다.
2. 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제19조에 따른 농업회사법인
② 농업법인이 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 각각 2020년 12월 31일까지 경감한다.
(2) 지방세특례제한법 시행령
② 법 제11조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기준”이란 농지, 임야 및 농업용 시설의 소재지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 도시지역(개발제한구역과 녹지지역은 제외한다) 외의 지역인 것을 말한다.
(3) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제4조(농어업경영정보의 등록) ① 농어업ㆍ농어촌에 관련된 융자ㆍ보조금 등을 지원받으려는 농어업경영체는 다음 각 호의 사항(이하 “농어업경영정보”라 한다)을 등록하여야 한다. 등록한 사항 중 대통령령으로 정하는 중요한 사항이 변경된 경우에도 또한 같다.
1. 농업경영체: 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 제40조에 따른 농지ㆍ축사ㆍ임야ㆍ원예시설 등 생산수단, 생산농산물, 생산방법 및 가축사육 마릿수 등 농업경영 관련 정보 및 융자ㆍ보조금 등의 수령정보로서 대통령령으로 정하는 것(이하 “농업경영정보”라 한다)
② 농어업경영정보의 등록 또는 변경등록의 유효기간은 등록 또는 변경한 날부터 3년으로 한다.
③ 제1항 및 제2항에 따른 농어업경영정보의 등록 및 변경 절차와 농어업경영정보 등록부의 작성ㆍ관리 등에 필요한 사항은 농림축산식품부령 또는 해양수산부령으로 정한다.
(4) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령 제2조(등록대상 농업경영정보 및 어업경영정보) ① 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률(이하 “법”이라 한다) 제4조 제1항 제1호 및 제2호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 각각 다음 각 호의 정보를 말한다.
1. 농업경영 관련 정보: 별표 1에 따른 정보 [별표 1] 농업경영체의 등록대상 정보(제2조 제1항 제1호 관련)
1. 다음 각 목의 농업인에 관한 정보
2. 농업인과 같이 살고 있는 세대원에 관한 정보
3. 다음 각 목의 농업법인에 관한 정보
4. 다음 각 목의 농지에 관한 정보
5. 다음 각 목의 지불금 또는 보조금 신청에 관한 정보
6. 다음 각 목의 가축 및 곤충 사육시설에 관한 정보
7. 다음 각 목의 임야[산지관리법 제2조제1호에 따른 산지 중 임산물(林産物)의 생산에 이용되는 산지를 말한다]에 관한 정보
8. 직접 생산한 농산물을 유통하는 경우 농산물 유통에 관한 정보: 주요 품목별 생산량, 판매량, 판매액 및 주요 판매처. 다만, 농업인이 등록을 원하지 않는 경우에는 등록정보에서 제외할 수 있다.
9. 직접 생산한 농산물을 가공하는 경우 농산물 가공에 관한 정보: 가공 대상 품목 및 품목별 연간 판매액. 다만, 농업인이 등록을 원하지 않는 경우에는 등록정보에서 제외할 수 있다.
10. 그 밖에 농업경영체의 육성 및 지원을 위하여 필요한 사항으로 농림축산식품부령으로 정하는 정보
(5) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행규칙 제3조(농업경영정보의 등록) ① 농업경영체는 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률(이하 “법”이라 한다) 제4조 제1항 각 호 외의 부분 전단에 따라 농업경영 관련 정보(이하 “농업경영정보”라 한다)를 등록하려면 별지 제1호서식 또는 별지 제2호서식의 등록신청서를 다음 각 호의 구분에 따른 자에게 제출하여야 한다. 다만, 농업경영정보 중 임야와 관련된 정보를 등록하려면 별지 제1호의2서식 또는 별지 제2호의2서식의 등록신청서를 산림청장에게 제출하여야 한다.
1. 영 별표 1 제5호 각 목에 따른 보조금 등의 신청(이하 “보조금등의 신청”이라 한다)을 하지 아니하는 경우: 국립농산물품질관리원장
2. 보조금등의 신청을 하는 경우: 농지 소재지 관할 읍장ㆍ면장 또는 동장(이하 “읍장ㆍ면장ㆍ동장”이라 한다)이나 국립농산물품질관리원장
② 읍장ㆍ면장ㆍ동장은 제1항 제2호에 따라 등록신청서를 제출받으면 농림축산식품부장관이 정하는 기간 내에 등록신청서를 제5조에 따른 농어업경영정보시스템 등을 통하여 국립농산물품질관리원장에게 이송하여야 한다.
③ 국립농산물품질관리원장은 제1항 제2호에 따라 등록신청서를 제출받은 경우에는 등록신청서의 내용 중 보조금등의 신청에 관한 사항을 농림축산식품부장관이 정하는 기간 내에 제5조에 따른 농어업경영정보시스템 등을 통하여 읍장ㆍ면장ㆍ동장에게 알려야 한다.
④ 국립농산물품질관리원장 또는 산림청장(농업경영정보 중 임야와 관련된 정보의 경우만 해당한다. 이하 같다)은 제1항 또는 제2항에 따라 등록신청서를 받으면 등록신청 정보의 사실 여부를 확인하여 사실과 부합하면 농업경영정보 등록부를 작성해야 한다.
⑤ 국립농산물품질관리원장 또는 산림청장은 농업경영정보를 등록한 농업경영체가 별지 제2호의3서식의 신청서를 제출하면 별지 제2호의4서식의 농업경영체 등록확인서 또는 별지 제2호의5서식의 농업경영체 증명서를 발급해 주어야 한다. 제19조(농업회사법인 및 어업회사법인의 설립신고 등) ① 농업의 경영이나 농산물의 유통ㆍ가공ㆍ판매를 기업적으로 하려는 자나 농업인의 농작업을 대행하거나 농어촌 관광휴양사업을 하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농업회사법인(農業會社法人)을 설립할 수 있다.