조세심판원 심판청구 취득세

① 2010.1.1. 이전에 설립한 프로젝트금융투자회사(PFV)가 2017.1.1. 이후 취득한 부동산에 대하여 「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 부칙 제23조에 따라 취득세를 감면하여야 한다는 청구주장의 당부 ② 일반적 경과조치를 적용하여 착공 당시의「조세특례제한법」제120조 제4항 제3호에 따라 취득세를 감면(50%)해야 한다는 청구주장의 당부

사건번호 조심 2022지0698 선고일 2023-12-22 조세심판원

[요지]

① 2010.1.1. 이전인 2009.10.21. 설립ㆍ등기한 PFV인 청구법인이 2019.11.29. 취득한 이 건 건축물은 납세의무 성립 당시 감면규정이 없는 등 감면근거가 없어 취득세 경감대상으로 보기 어려우므로 처분청이 이 건 취득세 등에 대한 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단됨.② 청구법인이 이 건 건축물을 신축할 당시에 시행 중인 지방특례제한법상의 일반적 경과조치 규정을 근거로 2007년에 시행 중인조세특례제한법상의 감면규정을 적용해 달라는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단됨.

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

  • 가. 청구법인은 2020.7.14. 서울특별시 영등포구 OOO에 건축물 4개동(이하 “이 건 건축물”이라 한다)을 신축하고, 2020.9.4. OOO원을 과세표준으로 하고지방세법제11조 제1항 제3호에 따른 원시취득의 세율(2.8%)을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO원을 신고‧납부하였다.
  • 나. 이후, 청구법인은 2021.1.29. 이 건 건축물의 취득이지방특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 부칙 제23조(이하 “쟁점부칙”이라 한다)에 따른 취득세 감면대상에 해당한다는 취지로 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2021.8.23. 이를 거부하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2022.2.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 쟁점부칙은 2010.1.1. 개정된 조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정된 것을 말한다)의 부칙 제76조(이하 “개정전 조특법 부칙”이라 한다)만을 전제하고 있으므로 2010년 이전에 설립된 프로젝트금융투자회사(이하 “PFV”라 한다)는 계속하여 취득세의 50%를 감면받을 수 있다. (가) PFV가 취득하는 부동산에 대하여 취득세의 50%를 감면하는 규정은 당초 조세특례제한법(2004.7.26. 법률 제7216호로 개정된 것을 말한다) 제120조 제4항 제3호로 신설되어 별도의 일몰기한을 두지 않다가 이후 2010.1.1. 법률 제9921호로 개정된 조세특례제한법에서 최초로 일몰을 도입하였는바, 그 부칙 제76조(개정전 조특법 부칙)에 별도의 경과규정을 두어, ‘이 법 시행 전에 설립・등기한 프로젝트금융회사가 취득하는 부동산에 대한 취득세의 감면에 대해서는 제120조 제4항 제3호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.’라고 정하였다. 즉, ① 2010.1.1. 이후 설립・등기한 PFV의 경우에는 취득세 감면규정의 일몰기한이 적용되지만, ② 개정전 조특법 부칙에 따라, 2010.1.1. 이전에 설립・등기한 PFV가 취득하는 부동산에 대해서는(일몰기한의 적용을 받지 않고) 취득시기의 제한 없이 종전 조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제120조 제4항 제3호(이하 “종전 감면규정”)에 따라 취득세 50% 감면이 계속 적용되는 것이었다. 그러나, 2014.12.23. 법률 제12853호로 조세특례제한법이 개정되면서 PFV에 대한 취득세 감면규정이 삭제되고, 그 부칙 제72조에 ‘2014.12.31. 이전에 설립・등기한 프로젝트금융회사가 2015.12.31.까지 취득하는 부동산에 대해서는 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.’라는 규정을 두는 한편, 개정전 조특법 부칙을 ‘이 법 시행 전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융회사가 2016.12.31.까지 취득하는 부동산에 대한 취득세의 감면에 대해서는 제120조 제4항 제3호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다’라고 개정(부칙 제76조, 이하 “개정후 조특법 부칙”이라 한다)하였다. 한편, 개정후 지특법은 조세특례제한법(2014.12.23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제120조에 규정되어 있었던 기업구조조정회사 등에 대한 감면규정을 지방세특례제한법으로 이관하면서, 동조에 규정되어 있었던 PFV 취득세 감면규정에 대해서는 본법(즉, 지방세특례제한법)에 별도 규정을 두지 않았는데, 다만, 개정후 조특법 부칙에 조세특례제한법상 PFV 취득세 감면규정에 대한 경과조치인 조세특례제한법 부칙 규정은 이관하였다. 쟁점부칙에 따르면, “법률 제9921호 조세특례제한법 일부 개정법률 부칙 제76조에 따라 법인세법제51조의2 제1항 제9호에 해당하는 회사가 2010년 1월 1일 이전에 설립・등기한 경우, 해당 회사가 취득하는 부동산에 대한 취득세의 감면에 대해서는 종전의 규정에 따른다.”라고 규정하였는바, 이 때, 쟁점부칙에서 말하는 ‘종전의 규정’이 어느 규정을 지칭하는지에 따라 2010년 이전에 설립한 PFV가 2017년 이후 취득하는 부동산에 대해 취득세 감면이 적용되는지 여부가 달라진다 할 것이다. 쟁점부칙이 개정후 조특법 부칙을 인용할 것을 의도하였다면, 개정전 조특법 부칙이 언제, 법률 몇 호로 개정되었는지 명시하여 “법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조(2014.12.23. 법률 제12853호로 개정된 것)”라고 규정하였어야 하지만, 쟁점부칙은 “법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조”라고만 적시하고 있을 뿐임을 고려할 때, 쟁점부칙은 법률 제9921호의 개정전 조특법 부칙만을 전제하고 있다고 보는 것이 타당하다. 따라서, 쟁점부칙의 법문을 문언 그대로 해석할 때, 쟁점부칙은 개정전 조특법 부칙에 따를 것을 명시적으로 규정하고 있으므로 2010.1.1. 이전에 설립・등기한 PFV가 2017.1.1. 이후 취득한 부동산에 대해서는 개정전 조특법 부칙 및 2010.1.1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 조세특례제한법제120조 제4항 제3호(이하 “종전감면규정”이라 한다)에 따라 취득기한의 제한 없이 취득세 50% 감면을 적용함이 타당하다. 실제, 쟁점부칙은 취득세 감면을 적용받을 수 있는 주체를‘2010.1.1. 이전에 설립・등기한 프로젝트금융투자회사’로, 취득세 감면이 되는 취득 대상을 “해당 회사가 취득하는 부동산”으로 규정하고 있을 뿐, 그 취득기한에 관하여 명시적으로 규정하고 있지 않으므로 행정관청이 자의적으로 취득기한을 제한하여 해석하는 것은 엄격해석 원칙에 반한다. 또한, 쟁점부칙의 문언을 체계적으로 해석하여 볼 때 쟁점부칙과 개정전 조특법 부칙에서는 취득세 감면대상을 “회사가 취득하는 부동산”이라고 동일하게 규정하고 있는 반면, 개정후 조특법 부칙에서는 “2016년 12월 31일까지 취득하는 부동산”이라고 취득기한을 명시하여 상이하게 규정하고 있으므로, 쟁점부칙에 따른 취득세 감면대상은 동일한 문언으로 규정되어 있는 개정전 조특법 부칙과 같이 취득기한의 제한이 없는 것으로 보는 것이 타당하다. (나) 쟁점부칙은 취득세 감면제도의 새로운 운영자인 행정안전부가 2010.1.1. 이전에 설립한 PFV가 취득한 부동산에 대해 취득기한의 제한 없이 취득세 감면 혜택을 유지할 목적에서 규정한 것이라 보아야 한다. 쟁점부칙의 입법배경과 조세특례제한법부칙(제12955호, 2014. 12. 31.) 제14조의 일반적 경과규정 등의 관계를 볼 때, 쟁점부칙은 취득세 감면제도의 새로운 운영자인 행정안전부가 2010.1.1. 이전에 설립・등기한 PFV가 취득한 부동산에 대해 취득기한에 제한 없이 취득세 감면 혜택을 유지할 목적에서 규정된 것으로 봄이 합목적적 해석에 부합하고, 특히, 행정안전부는 당초 2010.1.1. 이전에 설립ㆍ등기한 PFV가 2020년에 취득한 건축물에 대해 쟁점부칙에 따라 취득세 50% 감면을 적용할 수 있다(지방세특례제도과-1605, 2021.7.10.)고 해석하였는바, 쟁점부칙에 대한 행정안전부의 입장은 명확하였다고 할 수 있다. (다) 조세법규의 부칙이 서로 상충되는 내용을 담고 있을 때 특별법적 지위에 있거나 상대적으로 신법인 법규, 납세자 신뢰를 보호하는 법규의 부칙을 우선 적용하는 것이 타당하다. 법 적용의 순서에 있어 일반법과 특별법이 경합하는 경우에는 특별법이 우선 적용되며 일반법은 특별법에 보충적으로 적용된다(대법원 2016.11.25. 선고 2014도14166 판결, 같은 뜻임) 할 것인바, 쟁점부칙과 개정후 조특법 부칙의 내용이 상충되는 경우 특별법 우선의 원칙에 따라 쟁점부칙이 우선하여 적용된다고 해석하는 것이 타당하다. 이러한 관점에서 쟁점부칙과 개정후 조특법 부칙의 선후 관계를 살펴보면, 비록 두 규정의 시행일은 동일하나 제ㆍ개정일 측면에서 쟁점부칙은 법률 제12955호로 제정되었고, 개정후 조특법 부칙은 법률 제9921호에 규정된 후 제12853호로 개정되었으므로 쟁점부칙이 신법에 해당하므로 개정후 조특법 부칙에 우선 적용되어야 한다. PFV 취득세 감면규정은 대규모 투자사업의 활성화를 지원하기 위하여 2004.7.26. 신설되었고, 당해 목적을 성취하기 위하여 PFV가 취득하는 부동산에 대해서는 취득기한의 제한 없이 취득세 50%를 감면을 적용하는 특례를 제공하여 오다가 2010.1.1. 이후에 비로소 일몰기한을 도입하였으나, 2010.1.1. 이전에 설립ㆍ등기한 PFV의 경우에는 경과규정을 통하여 취득기한의 제한 없이 계속하여 취득세 50% 감면을 적용하여 왔는데 이는 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위한 것이었으므로 PFV 취득세 감면규정의 목적과 결부된 납세의무자의 신뢰보호 및 납세의무자 간 과세형평의 도모할 수 있는 쟁점부칙이 우선하여 적용됨이 타당하다. (2)조세특례제한법에 있던 감면규정을지방특례제한법으로 이관하면서 부칙 제14조는 “종전 규정에 따라 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정을 적용”하도록 하는 일반적 경과조치(이하 “일반적 경과조치”라 한다)를 두고 있는데, 이 규정은 납세의무자의 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용하도록 한 특별규정에 해당하므로, 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하여 종전 규정의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 직접적인 원인행위를 한 경우에는 당시의 법령이 적용되는 것이다(대법원 2015.9.24. 선고 2015두42152 판결, 참조). 청구법인은 2005.4.28. 설립등기를 하고, 이 건 건축물을 취득하기 위하여 2007년 4월경 건축공사에 착공하였고, 이러한 착공행위는 건축물의 신축이라는 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 직접적인 원인행위에 해당하므로 이 건 건축물의 취득에 대하여 일반적 경과조치를 적용하여 착공 당시의조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제120조 제4항 제3호에 따라 취득세를 감면(50%)하는 것이 타당하다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 2014.12.23. 법률 제12853호로 일부 개정된 조세특례제한법에서는 2014년 12월 31일에 일몰기한이 도래하는 프로젝트금융투자회사의 부동산 취득세 감면규정을 삭제하면서, 개정후 조특법 부칙을 통해 2010년 1월 1일 전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사가 2016년 12월 31일까지 취득하는 부동산에 대해서는 종전의 규정에 따라 취득세를 감면할 수 있도록 하였으며, 개정후 지특법에는조세특례제한법에서 규정하던 지방세 감면에 대한 사항을 개정지방세특례제한법에서 규정하도록 일원화하면서, “프로젝트금융투자회사 등에 대한 부동산 취득세”의 경우 프로젝트금융투자회사의 안정적 정착 등과 같은 정책적 목적이 상당부분 달성되었다는 점을 고려하여 그 감면 혜택을 원칙적으로 종료하되, 개정 부칙규정에서 종전의 규정에 따라 2010년 1월 1일 전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사에 대하여는 일정 기간 동안 예외 규정을 적용하도록 한 것이고, 이러한 개정 취지 외에 개정 지방특례제한법이 2010년 1월 1일 전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사의 부동산 취득세 감면제도에 대해 개정 조세특례제한법과 다르게 운용하려는 취지가 있었다고 볼 만한 사정은 없고, “2010년 이전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사가 2016년 12월 31일까지 취득하는 부동산에 대해서는 개정후 조특법 부칙에 따라 종전의 규정을 계속 적용”할 것을 각 시ㆍ도에 통보한 당시 법령 소관부처의 방침에 비추어 쟁점부칙에 따른 “종전의 규정”은 당초 프로젝트금융투자회사에 대한 부동산 취득세 감면 근거를 둔 조세특례제한법의 감면규정과 연계하여 해석해야 할 것이다. 더욱이, 개정 조세특례제한법에 대한 국회 논의 과정을 살펴보면, 2010년 1월 1일 전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사의 경우 “2016년 12월 31일까지 취득한 부동산”에 대해서만 취득세를 감면하도록 한 것은 2010년 1월 1일 전에 설립ㆍ등기하였다는 이유로 부동산 취득기한의 제한 없이 부동산 취득세를 계속 감면할 경우 2010년 1월 1일 이후에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사와의 형평성 문제 등이 발생할 수 있다는 점을 고려하여 개정후 조특법 부칙에서 감면 시한을 둔 것인데, 만약 같은 법의 개정 취지 및 부칙의 경과조치를 고려하지 않고 개정 부칙규정에 따라 2010년 1월 1일 전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사에 대해 부동산 취득기한의 제한 없이 계속 취득세를 감면할 수 있다고 본다면, 결국 2010년 1월 1일 전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사는 부동산을 취득하는 경우 영구적으로 취득세 감면 혜택을 받게 되는바, 이는 위와 같은 개정 취지 및 개정조세특례제한법부칙에서 경과조치를 둔 것과 배치되는 결과를 초래하므로 타당하지 않다. 개정후 지특법 부칙에서는 “법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조에 따라”라고 규정하고 있으므로, 개정후 조특법 부칙 내용 중 “이 법 시행 전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산”이라는 문언과 부동산 취득기한에 관한 규정인 “2016년 12월 31일까지 취득하는 부동산”이라는 문언은 모두 적용되어야 한다는 점도 이 사안을 해석할 때 고려해야 하는 점(쟁점 법제처 법령해석, 같은 뜻임) 등에 비추어 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 적법하다.

(2) 국회 논의 과정에서 2010.1.1. 전에 설립·등기하였다는 이유로 취득기한의 제한 없이 취득세를 계속 감면할 경우 2010.1.1. 이후 설립·등기한 PFV와의 형평성 문제 등이 발생할 수 있다는 점에서 2010.1.1. 이전에 설립·등기한 PFV가 2016.12.31. 이전에 취득하는 부동산에 대해서만 취득세가 감면되도록 조세특례제한법부칙 제76조를 소급 개정하였다는 점을 고려하면, 2005.4.28. 설립 등기한 청구법인이 2020.7.14. 취득한 이 건 건축물에 대해 일반적인 신뢰보호원칙에 따라 조세특례제한법(법률 제9921호로 2010.1.1. 일부개정되기 전의 것) 제120조 제4항 제3호가 적용되어야 한다는 주장은 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁점

① 2010.1.1. 이전에 설립한 프로젝트금융투자회사(PFV)가 2017.1.1. 이후 취득한 부동산에 대하여 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 부칙 제23조에 따라 취득세를 감면하여야 한다는 청구주장의 당부

② 일반적 경과조치를 적용하여 착공 당시의조세특례제한법제120조 제4항 제3호에 따라 취득세를 감면(50%)해야 한다는 청구주장의 당부

  • 나. 관련 법령: <별지> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 청구법인은 판매시설, 호텔, 기타 부속시설의 건축 및 개발사업을 시행하고 임대‧분양 및 관리하여 그 수익을 주주에게 분배하는 것을 목적으로 2005.4.28. 설립‧등기한 프로젝트금융투자회사이다. (나) 청구법인은 2006.7.11. 이 건 건축물에 대한 건축허가를 받고 2007.7.2. 그 공사에 착공하였으나, 2010년 12월경부터 공사가 중단되었다가 2016년경 공사를 재개하여 2020.7.14. 이 건 건축물을 신축하여 취득하였다. (다) 청구법인이 쟁점부칙에서 규정한법인세법제51조의2 제1항 제9호에 따른 프로젝트금융투자회사에 해당한다는 데에는 청구법인과 처분청 사이에 이견이 없다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다. (가) 2013.1.1. 법률 제11614호로 개정된 조세특례제한법제120조 제4항에서는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(지방세법 제13조 제5항 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산은 제외한다)을 2014년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 취득세의 100분의 30(제3호의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하면서 그 제3호에서 PFV가 취득하는 부동산을 규정하고 있다. 그 후, 2014.12.23. 법률 제12853호로 조세특례제한법을 개정하면서 2014.12.31. 일몰이 종료되는 PFV가 취득하는 부동산에 대한 감면 규정을 삭제한 후, 개정후 조특법 부칙(제76조)을 개정하여 2010.1.1. 이전에 설립ㆍ등기한 PFV가 2016.12.31.까지 취득하는 부동산에 대하여는 종전의 규정에 따라 취득세 등을 감면하도록 하였다. 또한 기존의 조세특례제한법에서 규정하고 있던 지방세 감면 등 특례에 관한 규정을 지방세특례제한법으로 일원화하는 과정에서 개정후 지특법에서는 PFV가 취득하는 부동산에 대한 별도의 감면규정을 두지 아니하고, 쟁점부칙(제23조)을 두어 “법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조에 따라 법인세법 제51조의2 제1항 제9호에 해당하는 회사가 2010년 1월 1일 이전에 설립ㆍ등기한 경우, 해당 회사가 취득하는 부동산에 대한 취득세의 감면에 대해서는 종전의 규정에 따른다”고 규정하였다. (나) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 2020.7.14. 취득한 이 건 건축물에 대하여 PFV가 취득하는 부동산으로서 취득세의 50% 감면 대상이라고 주장한다. 그러나, 취득세 등이 감면대상이 되는지 여부는 원칙적으로 납세의무성립 당시의 법률을 적용하여 판단하여야 하고, PFV에 대한 취득세 감면규정은 2014.12.31. 삭제되어 청구법인이 2020.7.14. 이 건 건축물을 취득할 당시에는 PFV가 취득하는 부동산에 대한 취득세의 감면규정이 존재하지 않았던 점, 개정후 조특법 부칙(제76조)에서 2010.1.1. 이전에 설립ㆍ등기한 PFV의 경우 2016.12.31.까지 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 감면하도록 규정한 취지는 2010.1.1. 이전에 설립ㆍ등기하였다는 이유로 그 취득시기에 관계없이 취득세 등을 계속하여 감면할 경우 2010.1.1. 이후에 설립된 PFV와의 과세 형평 등을 고려하여 그 감면의 시한을 둔 것으로 보이는 점, 개정전 조특법 부칙(제76조)은 2014.12.23. 개정후 조특법 부칙(제76조)으로 개정되어 2010.1.1. 이전에 설립ㆍ등기한 PFV가 2016.12.31.까지 취득하는 부동산에 대하여는 종전의 규정에 따라 취득세 등을 감면하도록 감면시한을 두었고, 그 후, 쟁점부칙(제23조)에서 PFV에 관한 경과조치로 ‘법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조에 따라 법인세법 제51조의2 제1항 제9호에 해당하는 회사가 2010년 1월 1일 이전에 설립ㆍ등기한 경우, 해당 회사가 취득하는 부동산에 대한 취득세의 감면에 대해서는 종전의 규정에 따른다.’는 규정을 두었는바, 쟁점부칙(제23조)에서 말하는 ‘법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조’는 2014.12.23. 법률 제12853호로 개정된 개정후 조특법 부칙(제76조)을 말한다고 보는 것이 합리적인 해석으로 보이는 점, 청구법인의 이 건 건축물의 취득에 대하여 종전의 규정을 적용한다 하더라도 종전의 규정 등에서 PFV가 2016.12.31.까지 취득하는 부동산에 대하여만 취득세를 감면하도록 규정하고 있어 청구법인의 이 건 건축물의 취득은 취득세 감면 요건을 충족한다고 보기 어려운 점 등에 비추어 2010.1.1. 이전인 2005.4.28. 설립ㆍ등기한 PFV인 청구법인이 2020.7.14. 취득한 이 건 건축물은 납세의무 성립 당시 감면규정이 없는 등 감면근거가 없어 취득세 경감대상으로 보기 어려우므로 처분청이 이 건 취득세 등에 대한 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다. (다) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 이 건 건축물의 취득세 납세의무 성립 당시의지방특례제한법부칙 제14조에서 규정한 일반적 경과조치 규정을 적용하여 이 건 건축물의 건축공사 착공 당시의조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제120조 제4항 제3호 내지 개정전 조특법 부칙(제76조)을 적용하여 취득세를 감면해 달라고 주장한다. 그러나, 일반적 경과조치는 “이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다”고 규정되어 있고, 여기서의 종전의 규정은 개정 직전의 지방특례제한법을 의미한다 할 것(대법원 2023.11.30. 선고, 2020두41696 판결, 같은 뜻임)이며, 청구법인이 이 건 건축물을 착공할 당시에 시행 중인조세특례제한법상의 규정은 위 부칙에 규정된 종전의 규정에 해당하지 아니하여 일반적 경과조치 규정의 적용대상에 해당하지 않는다 할 것인 점, 프로젝트금융투자회사에 대한 취득세 감면규정은 2004년에 신설되어 2014년까지 시행되었고, 청구법인이 이 건 건축물을 취득한 2020년까지 계속 시행될 것이라는 청구법인의 기대는 단순한 기대에 불과할 뿐 보호해야 할 신뢰에 해당한다고 보기 어려운 점 등에 비추어 청구법인이 이 건 건축물을 신축할 당시에 시행 중인 지방특례제한법상의 일반적 경과조치 규정을 근거로 2007년에 시행 중인조세특례제한법상의 감면규정을 적용해 달라는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제7항, 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2004.12.31. 법률 제7322호로 개정된 것) 제120조(취득세의 면제 등) ④ 다음 각호의 1에 해당하는 부동산에 대하여는 취득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

3. 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산

(2) 조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정된 것) 제120조(취득세의 면제 등) ④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 30(제3호의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 세액을 감면한다.

3. 프로젝트금융투자회사가 2012년 12월 31일까지 취득하는 부동산 부칙 제76조(등록세 및 취득세의 면제 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융회사가 취득하는 부동산에 대한 등록세와 취득세의 감면에 대해서는 제119조 제6항 제3호 및 제120조 제4항 제3호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

(3) 조세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11614호로 개정된 것) 제120조(취득세의 면제 등) ④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(지방세법 제13조 제5항 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산은 제외한다)을 2014년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 취득세의 100분의 30(제3호의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 세액을 감면한다. 이 경우 지방세법 제13조 제2항 본문 및 제3항의 세율을 적용하지 아니한다

3. 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산 부칙 제45조(지방세 개정 관련 일반적 경과조치) 2013년 1월 1일 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.

(4) 조세특례제한법(2014.12.23. 법률 제12853호로 개정된 것) 제120조 삭제 부칙 제72조(프로젝트금융투자회사에 대한 취득세의 면제 등에 관한 경과조치) 2014년 12월 31일 이전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사가 2015년 12월 31일까지 취득하는 부동산에 대하여는 제120조 제4항 제3호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. 부칙 제76조(등록세 및 취득세의 면제 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융회사가 2016년 12월 31일까지 취득하는 부동산에 대한 등록세와 취득세의 감면에 대해서는 제119조 제6항 제3호 및 제120조 제4항 제3호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

(5) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 부칙 제14조(일반적 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다. 제23조(프로젝트금융회사에 관한 경과조치) 법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조에 따라 법인세법 제51조의2 제1항 제9호에 해당하는 회사가 2010년 1월 1일 이전에 설립ㆍ등기한 경우, 해당 회사가 취득하는 부동산에 대한 취득세의 감면에 대해서는 종전의 규정에 따른다.

(6) 농어촌특별세법(2015.2.27. 대통령령 제26125호로 개정된 것) 제4조(비과세)다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다.

12. 기술 및 인력개발, 저소득자의 재산형성, 공익사업 등 국가경쟁력의 확보 또는 국민경제의 효율적 운영을 위하여 농어촌특별세를 비과세할 필요가 있다고 인정되는 경우로서 대통령령으로 정하는 것

(7) 농어촌특별세법 시행령(2015.2.27. 대통령령 제26125호로 개정된 것) 부칙 제4조(프로젝트금융투자회사에 대한 취득세 감면분에 대한 농어촌특별세 비과세에 관한 경과조치) ① 법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조에 따라 2010년 1월 1일 전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사가 2016년 12월 31일까지 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면분에 대한 농어촌특별세 비과세에 대해서는 제4조 제6항 제1호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

② 법률 제12853호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제72조에 따라 2014년 12월 31일 이전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사가 2015년 12월 31일까지 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면분에 대한 농어촌특별세 비과세에 대해서는 제4조 제6항 제1호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

(8) 법인세법(2004.1.29. 법률 제7117호로 개정된 것) 제51조의2(유동화전문회사등에 대한 소득공제) ① 다음 각호의 1에 해당하는 내국법인이 대통령령이 정하는 배당가능이익의 100분의 90 이상을 배당한 경우 그 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 공제한다.

6. 제1호 내지 제5호와 유사한 투자회사로서 다음 각목의 요건을 갖춘 법인일 것

  • 가. 회사의 자산을 설비투자, 사회간접자본시설투자, 자원개발 그 밖에 상당한 기간과 자금이 소요되는 특정사업에 운용하고 그 수익을 주주에게 배분하는 회사일 것
  • 나. 본점외의 영업소를 설치하지 아니하고 직원과 상근인 임원을 두지 아니할 것
  • 다. 한시적으로 설립된 회사로서 존립기간이 2년 이상일 것
  • 라. 상법 그 밖의 법률의 규정에 의한 주식회사로서 발기설립의 방법으로 설립할 것
  • 마. 발기인이 기업구조조정투자회사법 제4조제2항 각호의 1에 해당하지 아니하고 대통령령이 정하는 요건을 충족할 것
  • 바. 이사가 기업구조조정투자회사법 제12조 각호의 1에 해당하지 아니할 것
  • 사. 감사는 기업구조조정투자회사법 제17조의 규정에 적합할 것. 이 경우 동조중 "기업구조조정투자회사"는 "회사"로 본다.
  • 아. 자본금 규모, 자산관리업무와 자금관리업무의 위탁 및 설립신고 등에 관하여 대통령령이 정하는 요건을 충족할 것
원본 출처 (국세법령정보시스템)