개정 「지방세특례제한법」등 부칙의 일반적 경과조치 규정에 따라 이 건 재개발사업 시행인가일 당시 종전 조례의 쟁점규정을 적용하여 취득세 등을 면제하여야 한다는 청구주장의 당부

[참조결정] 조심2019지2191

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 OOO일원(이하 “이 건 사업부지”라 한다)에서 OOO(이하 “이 건 재개발사업”이라 한다)을 시행하는 법인으로서, 2018.4.19. OOO외 125필지 및 그 지상 건축물 중 일부(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 매매로 취득한 후, 처분청으로부터 지방세특례제한법(2015.12.29. 법률 제13637호로 개정된 것, 이하 “개정 지방세특례제한법”이라 한다) 제74조 제3항(이하 “쟁점규정”이라 한다)에 따른 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업의 시행에 따라 취득하는 부동산으로 하여 취득세의 100분의 75를 경감받고, 나머지 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라고 한다)을 처분청에 신고하고 2018.4.27. 이를 납부하였다.
• 나. 청구법인은 2021.10.25. 청구법인의 쟁점부동산 취득에 대하여 인천광역시세 감면 조례(2011.1.10. 인천광역시조례 제4880호로 개정되기 전의 것, 이하 “종전 조례”라고 한다) 상의 쟁점규정을 적용하여 취득세 등이 면제되어야 한다는 사유로 하여 기 납부한 취득세 등의 환급을 구하는 경정청구를 하였고, 처분청은 2021.12.24. 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.3.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2009.2.9. 이 건 사업부지에서 이 건 재개발사업을 시행하는 법인으로 2010.6.1. 처분청으로부터 이 건 재개발사업 시행인가를 받고 주택재개발사업에 다른 대지를 조성하기 위하여 2018.4.19. 매매로 쟁점부동산을 취득하였다. 처분청으로부터 이 건 재개발사업의 시행인가를 받을 당시(2010. 6.1.)에는 종전 조례 쟁점규정에서 주택재개발사업시행자가 도시 및 주거환경정비법 제2조 제2호 나목에 따른 주택재개발사업의 대지조성을 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 면제하도록 규정하고 있었고, 2011년 인천광역시세 부과·징수 및 감면 조례를 제정·시행하면서 그 조례에서 “종전의 인천광역시세 감면 조례에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 시세에 대해서는 종전의 규정에 따른다”라는 경과규정(이하 “일반적 경과조치 규정”이라 한다)을 두고 있어 주택재개발사업의 시행인가를 받은 경우에는 계속하여 종전 조례 쟁점규정을 적용받아야 할 것이며, 2011년부터 제정·시행된 지방세특례제한법(이하 “제정 지방세특례제한법이라 한다) 부칙 제3조에서도 “이 법 시행 전에 종전의 지방세법의 규정(종전의 지방세법 제9조에 따른 조례를 포함한다)에 따라 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다”라고 규정하고 있어, 종전 조례를 적용하여 감면이 적용될 수 있도록, 부칙 제3조의2(다른 법률의 개정)에서는 “이 법 시행 당시 종전의 지방세법 제9조에 따라 과세면제·불균일과세 및 일부과세에 대하여 행정안전부장관의 허가를 받아 조례로 정한 경우에는 제4조의 개정규정에도 불구하고 해당 조례의 효력이 종료될 때까지 그 조례에 따라 과세면제·불균일과세 및 일부과세를 적용한다”라는 경과규정을 두고 있었고, 이후 재개발사업의 부지 조성용 부동산에 대한 취득세 감면율이 축소(100%→75%)될 때 까지 쟁점규정의 일몰 시마다 개정 그 개정 법률 부칙 등에 일반적 경과조치 규정을 두고 있었으므로 청구법인이 비록 쟁점부동산을 취득할 당시의 개정지방세특례제한법쟁점규정에는 그 감면율이 축소(100%→75%)되었다고 하더라도 일반적 경과조치 규정을 적용하여 이 건 재개발사업 시행 인가를 받을 당시 시행되었던 종전 조례 쟁점규정의 취득세 감면율을 적용하여야 하므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 주장 청구법인이 일반적 경과조치 규정의 적용을 위한 근거로 “조례가 불리하게 개정된 경우에 있어서 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 특별히 경과규정을 두어 납세의무자에게 유리한 종전 조례를 적용하도록 하고 있는 경우에는 마땅히 종전 조례를 적용하여야 한다”는 1997년도 선고 판례를 제시하였으나, 2001년 선고된 대법원 98두13713 판결에서는 일반적 경과조치의 적용에 의하여 종전의 구법이 적용되기 위하여는 구법에서 “장래 일정한 기간 동안 감면한다는 내용을 명시”하고 있었어야 한다는 것이고 구법의 법문이 그러하지 못했다면 납세자의 유·불리 등은 고려되지 아니한다는 것으로 과거 판례의 판시사항을 새롭게 정리·변경하였고, 이후 모든 관계 판례는 당해 판시를 일관되게 따르고 있다. 따라서 이 건의 쟁점과 관련하여 대법원 98두13713 판례를 적용해보면, 종전 조례 어디에도 “장래 한정된 기간 간의 면제”가 명시된바 없으므로, 이 건에 대하여 일반적 경과조치 규정은 적용될 수 없으며, 청구법인이 종전 조례 시행 당시 사업시행인가를 득한 사실을 소위 “원인행위”라 하며 관련 근거로 대법원 1997.4.25. 선고 97누1396 판결을 비롯한 총 5개의 판결을 들었으나, 해당 판결에서 사업시행인가의 시점을 일반적 경과조치 적용에 있어서의 원인행위라 한 적이 없고 심지어 그 판결 어디에도 “원인행위”라는 단어조차 언급된 사실이 없으므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 개정지방세특례제한법등 부칙의 일반적 경과조치 규정에 따라 이 건 재개발사업 시행인가일 당시 종전 조례의 쟁점규정을 적용하여 취득세 등을 면제하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령 등: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 도시 및 주거환경정비법과 정관이 정하는 바에 따라 이 건 사업부지 안의 건축물을 철거하고 그 대지 위에 새로운 건축물을 건설하여 도시 및 주거환경을 개선하고 조합원의 주거안정 및 주거생활의 질적 향상에 이바지함을 목적으로 하고, OOO를 주사무소로 하여 2009.4.8. 설립되었다. (나) OOO은 2009.2.9. 이 건 사업부지에서 이 건 재개발사업을 시행하기 위하여 아래와 같이 정비계획수립 및 정비구역지정결정과 지형도면고시를 하였다. (다) 처분청은 2010.6.1. 이 건 사업부지에 이 건 재개발사업에 대한 사업시행인가를 아래와 같이 하였다. (라) 처분청은 2017.3.28. 이 건 사업부지에 이 건 재개발사업에 대하여 도시 및 주거환경정비법제49조 제2항 규정에 따라 관리처분계획인가를 하였고, 2019.5.1. 이 건 사업부지에 공동주택의 신축공사에 대한 착공신고필증을 발급하였으며, 2021.8.13. 이 건 사업부지에 공동주택의 신축에 따른 준공인가를 아래와 같이 하였다. (마) 청구법인은 OOO주택재개발사업의 대지조성을 위하여 2018. 4.19. 쟁점부동산을 매매로 취득한 후, 처분청으로부터 지방세특례제한법 제74조 제3항에 따른 취득세 감면 100분의 75를 경감받고, 나머지 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 처분청에 신고하고, 2018.4.27. 이를 납부하였다. (바) 쟁점규정에 대한 주요 입법연혁 등은 아래와 같다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점사항에 대하여 살펴본다. 개정지방세특례제한법제74조 제3항에서 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업과 주거환경개선사업의 시행에 따라 취득하는 제1호부터 제3호까지의 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 2019년 12월 31일까지 경감하고, 제4호 및 제5호의 부동산에 대해서는 취득세를 2018년 12월 31일까지 면제한다고 규정하면서 그 제1호에서 도시 및 주거환경정비법 제8조에 따른 주택재개발사업의 시행자가 같은 법 제2조 제2호 나목에 따른 주택재개발사업의 대지 조성을 위하여 취득하는 부동산을 규정하고 있고, 쟁점부칙 규정인 같은 법 부칙 제15조(일반적 경과조치)에서 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 지방세를 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있다. 청구법인은 쟁점부동산의 취득에 대하여 쟁점부칙 규정인 일반적 경과조치를 적용하여 종전조례의 쟁점규정에 따라 취득세를 면제하여야 한다고 주장하나, 일반적 경과조치를 두는 취지는 기득의 권리 내지 지위를 존중하고 이를 보호하기 위한 것으로 그 침해된 권리상태, 종류, 침해의 강도 등의 보호가치를 고려하여 그 적용대상을 정하는 것이 타당한 것(조심 2019지2191, 2020.5.20. 같은 뜻임)이고, 쟁점부동산의 취득과 같은 부동산의 매매행위는 건축물의 착공이나 건설 등과 같이 물리적 현황변경이 수반되지 아니하므로 청구법인이 비록 쟁점부동산의 취득전에 사업계획의 승인을 받았다고 하더라도, 건축물의 신축 등과 같이 회복하기 힘든 손해가 발생한 것으로 단정하기 어렵고 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도로 이르렀다고도 보기 어려운 점, 조세법령의 개정이 있는 경우 개정 전·후의 법령 중에서 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용하는 것이 원칙이고, 청구법인의 쟁점부동산을 취득할 당시 이미 쟁점규정의 취득세 감면율이 100%에서 75%로 축소된 점 등에 비추어 볼 때 쟁점부동산의 취득에 대하여 일반적 경과조치를 적용하여 종전 조례의 쟁점규정을 적용할 수 없으므로 처분청이 이 건 취득세 등을 청구법인에게 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로지방세기본법제96조 제7항과 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 인천직할시세감면조례(1995.1.1. 인천광역시조례 제2884호로 제정된 것) 제16조(주택개량재개발사업에 대한 감면) 도시재개발법에 의한 주택개량재개발사업으로 인하여 취득하는 부동산으로서 다음 각 호의 1에 해당하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다.다만, 부동산의 취득일부터 5년 이내에 지방세법 제112조 제2항의 규정에 의한 사치성 재산 또는 법인의 비업무용토지가 되거나 관계법령을 위반하여 건축한 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.

1. 도시재개발법에 의하여 사업시행자로 지정받은 자가 동법 제2조 제2호의 규정에 의한 주택개량재개발사업을 시행하기 위하여 취득하는 부동산

2. 도시재개발법에 의한 재개발사업의 최초 시행인가일 현재 부동산을 소유한 자가 당해 사업과 관련하여 취득하는 전용면적 85제곱미터이하의 주거용 부동산(도시재개발법에 의하여 청산금을 부담하는 경우 그 청산금에 상당하는 부동산을 포함한다.)

(2) 인천광역시세 감면 조례(2009.12.28. 인천광역시조례 제4363호로 전부개정된 것) 제19조(주택재개발사업에 대한 감면) 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업의 시행으로 인하여 취득하는 부동산으로서 다음 각 호에서 정하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 5년 이내에 지방세법제112조 제2항에 따른 과세대상이 되거나 관계 법령을 위반하여 건축한 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.

1. 도시 및 주거환경정비법에 따라 사업시행자로 지정받은 자가 같은 법 제2조 제2호 나목에 따른 주택재개발사업의 대지조성을 위하여 취득하는 부동산

2. 제1호에 따른 사업시행자가 해당 사업의 관리처분계획에 따라 취득하는 주거용 건축물 및 그 부속토지

3. 도시 및 주거환경정비법에 따른 재개발사업의 정비구역지정 고시일 현재 부동산을 소유한 자가 제1호에 따른 사업시행자로부터 취득하는 전용면적 85제곱미터 이하의 주거용 건축물 및 그 부속토지 (도시 및 주거환경정비법에 따라 청산금을 부담하는 경우 그 청산금에 상당하는 부동산을 포함한다) 부 칙 제1조(시행일) 이 조례는 2010년 1월 1일부터 시행한다. 제2조(적용시한) 이 조례는 2010년 12월 31일까지 적용한다. 다만, 제17조 제4항의 규정은 2010년 6월 30일까지 적용한다. 제4조(일반적 경과조치) 이 조례 시행당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 시세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

(3) 인천광역시세 부과·징수 및 감면 조례(2011.1.10. 인천광역시조례 제4880호로 제정된 것) 부 칙 제3조(다른 조례의 폐지) 인천광역시세 조례 및 인천광역시세 감면 조례는 이를 폐지한다. 제5조(일반적 경과조치) 이 조례 시행 당시 종전의 인천광역시세 조례 및 인천광역시세 감면 조례에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 시세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.

(4) 지방세특례제한법(2010.3.31. 법률 제10220호로 제정된 것) 제74조(도시개발사업 등에 대한 감면) ① 도시개발법에 따른 도시개발사업과 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업(주택재개발사업 및 도시환경정비사업으로 한정한다)의 시행으로 해당 사업의 대상이 되는 부동산의 소유자(상속인을 포함한다)가 환지계획 및 토지상환채권에 따라 취득하는 토지, 관리처분계획에 따라 취득하는 토지 및 건축물(이하 이 항에서 “환지계획 등에 따른 취득부동산”이라 한다)과 사업시행자가 취득하는 체비지 또는 보류지에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 부동산에 대하여는 취득세를 부과한다.

1. 환지계획 등에 따른 취득부동산의 가액 합계액이 종전의 부동산 가액의 합계액을 초과하여 도시 및 주거환경정비법등 관계 법령에 따라 청산금을 부담하는 경우에는 그 청산금에 상당하는 부동산

2. 환지계획 등에 따른 취득부동산의 가액 합계액이 종전의 부동산 가액 합계액을 초과하는 경우에는 그 초과액에 상당하는 부동산. 이 경우 사업시행인가(승계취득일 현재 취득부동산 소재지가 소득세법 제104조의2 제1항에 따른 지정지역으로 지정된 경우에는 도시개발구역 지정 또는 정비구역 지정) 이후 환지 이전에 부동산을 승계취득한 자로 한정한다.

② 제1항 제2호의 초과액의 산정 기준과 방법 등은 대통령령으로 정한다.

③ 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업과 주거환경개선사업을 시행하여 취득하는 대통령령으로 정하는 부동산에 대하여는 2012년 12월 31일까지 취득세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 5년 이내에 지방세법 제13조 제3항에 따른 과세대상이 되거나 관계 법령을 위반하여 건축한 경우에는 면제된 취득세를 추징한다. 부 칙 제3조(일반적 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 지방세법의 규정(종전의 지방세법 제9조에 따른 조례를 포함한다)에 따라 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다. 제3조의2(종전의 감면 조례 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 지방세법 제9조에 따라 과세면제ㆍ불균일과세 및 일부과세에 대하여 행정안전부장관의 허가를 받아 조례로 정한 경우에는 제4조의 개정규정에도 불구하고 해당 조례의 효력이 종료될 때까지 그 조례에 따라 과세면제ㆍ불균일과세 및 일부과세를 적용한다.

(5) 지방세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11618호로 개정된 것) 제74조(도시개발사업 등에 대한 감면) ③ 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업과 주거환경개선사업을 시행하여 취득하는 대통령령으로 정하는 부동산에 대하여는 2015년 12월 31일까지 취득세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 5년 이내에 지방세법 제13조제5항에 따른 과세대상이 되거나 관계 법령을 위반하여 건축한 경우에는 면제된 취득세를 추징한다. 부 칙 제6조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.

(6) 지방세특례제한법(2015.12.29. 법률 제13637호로 개정된 것) 제74조(도시개발사업 등에 대한 감면) ③ 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업과 주거환경개선사업의 시행에 따라 취득하는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산에 대해서는 취득세를 2016년 12월 31일(제4호 및 제5호의 경우에는 각각 2018년 12월 31일)까지 각각 면제한다. 다만, 그 취득일부터 5년 이내에 지방세법 제13조 제5항에 따른 과세대상이 되거나 관계 법령을 위반하여 건축한 경우에는 면제된 취득세를 추징한다.

1. 도시 및 주거환경정비법 제8조에 따른 주택재개발사업의 시행자가 같은 법 제2조 제2호 나목에 따른 주택재개발사업의 대지 조성을 위하여 취득하는 부동산

(7) 지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정된 것) 제74조(도시개발사업 등에 대한 감면) ③ 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업과 주거환경개선사업의 시행에 따라 취득하는 제1호부터 제3호까지의 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 2019년 12월 31일까지 경감하고, 제4호 및 제5호의 부동산에 대해서는 취득세를 2018년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 그 취득일부터 5년 이내에 지방세법 제13조 제5항에 따른 과세대상이 되거나 관계 법령을 위반하여 건축한 경우에는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 도시 및 주거환경정비법 제8조에 따른 주택재개발사업의 시행자가 같은 법 제2조 제2호 나목에 따른 주택재개발사업의 대지 조성을 위하여 취득하는 부동산 부 칙 제1조(시행일) 이 법은 2017년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 법률 제12955호 지방세특례제한법 일부개정법률 부칙 제2조의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다. 제15조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 지방세를 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.