① 이 건 공동주택에 대하여「구 지특법」제74조 제3항 제2호를 적용하여 취득세를 면제하여야 한다는 청구주장의 당부 ② 쟁점토지에 대하여「구 지특법」제74조 제3항 제1호를 적용하여 취득세를 면제하여야 한다는 청구주장의 당부

[참조결정] 조심2020지0565

[주 문] OOO구청장이 2022.1.25. 청구법인에게 한 취득세 등 OOO원의 경정청구 거부 처분은 청구법인이 2019.2.28. OOO토지에 신축한 공동주택 140세대에 대하여 구 지방세특례제한법(2015.12.29. 법률 제13637호로 개정된 것) 제74조 제3항 제2호와 제177조의2를 적용하여 산출한 세액으로 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 OOO일대에서 주택재개발사업(이하 “이 건 정비사업”이라 한다)을 시행하기 위하여 설립한 재개발조합으로 2019.1.22. OOO토지에 임대용 공동주택 140세대(이하 “이 건 공동주택”이라 한다)를 신축하고, 이를지방세특례제한법(2018.12.24. 법률 제16041호로 개정된 것, 이하 같다) 제74조 제3항 제2호에서 규정하고 있는도시 및 주거환경정비법제8조에 따른 주택재개발사업의 시행자가 해당 사업의 관리처분계획에 따라 취득하는 주택으로 하여 취득세의 100분의 75를 감면받아 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 제1취득세 등”이라 한다)을 신고·납부하였다.
• 나. 또한, 청구법인은 이 건 정비사업이 2019.1.22. 준공됨에 따라 같은 날 OOO외 7필지 OOO㎡(용도폐지된 정비기반시설, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 무상양여 받은 후 쟁점토지를지방세특례제한법제74조 제3항 제1호에서 규정하고 있는 주택재개발사업자가 주택개발사업에 따른 대지조성을 위하여 취득하는 부동산으로 하여 취득세의 100분의 75를 감면받아 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 제2취득세 등”이라 하고, 이 건 제1취득세 등을 포함하여 이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 신고·납부하였다.
• 다. 청구법인은 2021.12.8. 이 건 공동주택은 2016.6.10. 착공신고를 하고, 신축공사를 진행하였으므로 이 건 공동주택과 쟁점토지에 대하여는지방세법특례제한법(2015.12.29. 법률 제13637호로 개정된 것, 이하 “구 지특법”이라 한다) 제74조 제3항 제2호, 제1호 및지방세특례제한법부칙 제15조의 일반적 경과조치규정을 적용하여 취득세를 면제하여야 한다는 취지로 이 건 취득세 등의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나 처분청은 2022.1.25. 이를 거부하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2022.2.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 이 건 공동주택의 신축공사를 착공한 2016.6.10. 현재 시행 중인 구 지특법제74조 제3항 제1호 및 제2호에서 주택재개발사업의 시행자가 주택재개발사업의 대지조성을 위하여 취득한 부동산과 관리처분계획에 따라 취득한 주택에 대하여는 취득세를 면제한다고 규정하고 있고,지방세특례제한법부칙 제15조에서 종전의 규정에 의해 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있으며, 조세심판원은 건축물의 착공시기를 취득의 원인행위로 보아 그 착공시기를 기준으로 착공시기 당시 시행중인 지방세특례제한법령을 적용하여 취득세 면제 여부를 판단하는 것이 타당하다고 결정하였다(조심 2020지565, 2021.9.15. 등 다수).

(2) 따라서, 청구법인이 2016.6.10. 신축공사를 착공한 이 건 공동주택에 대하여는구 지특법제74조 제3항 제2호에 따라 취득세를 면제하여야 하고, 쟁점토지도 그 취득일 현재 공동주택의 부속토지로서 구 지특법제74조 제3항 제1호에 따라 취득세를 면제하여야 할 것임에도 처분청이 이 건 공동주택과 쟁점토지의 취득일이 2019.1.22.이라는 사실만으로구 지특법제74조 제3항 제1호 및 제2호를 적용할 수 없다고 보아 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 조세의 부과는 납세의무가 성립되는 과세요건 완성 당시에 유효한 법령의 규정에 의하여야 하며 세법의 개정이 있을 경우 특별한 사정이 없는 한 개정 전후의 법령 중에서 납세의무가 성립할 당시의 법령을 적용할 것(대법원 2009.3.12.선고, 2006두11781 판결)이고, 조세법령상 납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정되어 있지 않는 한 설사 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다 할 것이다(대법원 2001.5.29. 선고 98두13713 판결).

(2) 따라서 이 건 공동주택과 쟁점토지에 대하여는 그 취득일 당시 시행 중인지방세특례제한법제74조 제3항 제2호 및 같은 항 제1호를 적용하여 취득세의 100분의 75를 경감하는 것이 타당하다 할 것인바, 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점

① 이 건 공동주택에 대하여구 지특법제74조 제3항 제2호를 적용하여 취득세를 면제하여야 한다는 청구주장의 당부

② 쟁점토지에 대하여구 지특법제74조 제3항 제1호를 적용하여 취득세를 면제하여야 한다는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법률: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 처분청은 2014.4.14. 이 건 정비사업과 관련하여 관리처분계획인가를 고시하였으며, 관리처분계획 중 이 건 공동주택 등과 관련된 사항은 아래 ＜표1＞·＜표2＞와 같다. ＜표1＞ 관리처분계획상 건축물 및 건축시설(공동주택) (단위: 세대) ＜표2＞ 관리처분계획상 토지 소유권 변환 (단위: ㎡) (나) 청구법인은 2016.6.10. 이 건 공동주택 140세대를 포함한 공동주택 802세대(세대 수는 ＜표1＞과 동일)의 신축공사를 착공하였으며, 처분청은 2019.1.22. 공동주택 등 802세대에 대해 사용승인을 하였다. (다) 처분청은 청구법인이 신축한 이 건 공동주택(140세대)에 대해지방세특례제한법제74조 제3항 제2호에서 규정하고 있는 재개발사업의 시행자가 관리처분계획에 따라 취득하는 주택으로 보아 취득세의 100분의 75를 감면하였고, 조합원이 취득한 308세대와 청구법인이 일반분양하는 354세대에 대하여는지방세특례제한법제74조 제1항 및 제3항에 따라 취득세를 면제하였다. (라) 이 건 공동주택(140세대)은 청구법인이 OOO에게 매각(부속토지는 기부채납)하여 OOO이 그 소유자의 지위에서 실 수요자에게 임대하는 임대용 공동주택으로 대법원은 이 건 공동주택과 같은 임대용 공동주택은 정비사업의 시행자가 취득하는 체비지에 해당되지 않는다고 판결하였다(대법원 2020.1.16. 선고 2019두53914 판결). (마) 청구법인은 2019.1.22. 처분청으로부터 쟁점토지 OOO㎡를 무상취득한 후, 이를지방세특례제한법제74조 제3항 제1호에서 규정하고 있는 재개발사업의 시행자가 재개발사업의 대지 조성을 위하여 취득하는 부동산으로 하여 취득세의 100분의 75를 감면받았다. (바) 한편, 재개발사업시행자가 재개발사업의 대지 조성을 위하여 취득하는 부동산과 재개발사업시행자가 관리처분계획에 따라 취득하는 주택에 대하여는 1995.1.1.부터 2016.12.31.까지 취득세를 면제하다가 2017.1.1.부터 2019.12.31.까지는 100분의 75 감면으로, 2020.1.15.부터 현재까지는 100분의 50 감면으로, 그 감면율을 인하 조정하고 있다. (2)구 지특법제74조 제3항 제1호 및 제2호에서 주택재개발사업의 시행자가 주택재개발사업의 대지조성을 위하여 취득한 부동산과 관리처분계획에 따라 취득한 주택에 대하여는 취득세를 면제한다고 규정하고 있고,지방세특례제한법부칙 제15조에서 종전의 규정에 의해 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있다.

(3) 위의 부칙 제15조에서 납세자의 신뢰보호를 위하여 개정 전 규정에 따라 감면하여야 할 취득세에 대하여는 종전의 규정에 따르도록 규정하고 있는바, 여기에서 “종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 조세”에는 개정 전 법령의 시행 당시 이미 과세요건이 충족되어 납세의무가 성립한 조세뿐만 아니라 비록 과세요건이 모두 충족되지는 않았더라도 납세의무자가 개정 전 법령에 의한 조세 감면 등을 신뢰하여 개정 전 법령의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에도 이를 적용하여야 할 것이나, 이러한 정도에 이르지 않은 경우에는 개정 전 법령이 아니라 납세의무 성립 당시의 법령이 적용된다 할 것이다(대법원 2015.10.15. 선고 2015두42763 판결, 같은 뜻임).

(4) 먼저 쟁점①에 대하여 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴보면,지방세특례제한법부칙 제15조의 일반적 경과 조치에 관한 규정은 종전 규정이 시행될 당시에는 납세의무가 성립되지는 아니하였으나 납세자가 종전규정을 신뢰하고 원인 행위를 한 경우 이를 보호하고자 하는데 그 취지가 있다고 보이는 점, 납세의무의 성립이 건축물의 사용승인에 있는 경우에는 건축물을 착공 하는 것이 그 원인 행위에 해당한다고 보이는 점, 재개발사업시행자가 관리처분계획에 따라 취득하는 주택에 대하여는 1995.1.1.부터 2016.12.31.까지 20년 이상 취득세를 면제하였으므로 청구법인이 이 건 공동주택의 사용승인일까지 종전규정이 유지될 것이라고 기대한 것은 무리가 아니라고 보이는 점 등에 비추어 이 건 공동주택에 대하여구 지특법제74조 제3항 제2호를 적용하여 취득세를 면제하여야 한다는 청구주장이 타당해 보이는 면이 있는바, 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

(5) 다만,구 지특법제177조의2에서 이 법에 따라 취득세가 면제되는 경우에는 이 법에 따른 취득세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율을 적용한다고 규정하고 있으므로 이 건 공동주택에 대하여는 산출한 취득세의 100분의 85를 감면하는 것이 타당하다고 하겠다.

(6) 다음으로 쟁점②에 대하여 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴보면,지방세기본법제34조 제1항 제1호에서 취득세 납세의무 성립일을 과세물건을 취득하는 때로 규정하고 있는바, 취득세를 부과하거나 감면하는 경우 과세물건을 취득하는 때에 시행 중인 지방세법령에 따라야 하는 점, 쟁점토지는 재개발사업 시행자가 재개발사업의 대지조성을 위하여 취득하는 부동산으로 그 취득일은 2019.1.22.이므로 여기에구 지특법제74조 제3항 제1호의 규정을 적용할 수는 없는 점, 이 건 공동주택의 신축과 청구법인의 쟁점토지 취득은 별도의 행위로서 사실상 관련이 없으므로 이 건 공동주택의 착공행위를 쟁점토지의 취득을 위한 원인행위로 볼 수는 없는 점 등에 비추어 쟁점토지에 대하여구 지특법제74조 제3항 제1호를 적용하여 취득세를 면제하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로지방세기본법제96조 제6항,국세기본법제81조, 제65조 제1항 제1호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법률

(1) 지방세기본법 제34조[납세의무의 성립시기] ① 지방세를 납부할 의무는 다음 각 호의 구분에 따른 시기에 성립한다.

1. 취득세: 과세물건을 취득하는 때

(2) 지방세법특례제한법(2015.12.29. 법률 제13637호로 개정된 것) 제74조[도시개발사업 등에 대한 감면] ③도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업과 주거환경개선사업의 시행에 따라 취득하는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산에 대해서는 취득세를 2016년 12월 31일(제4호 및 제5호의 경우에는 각각 2018년 12월 31일)까지 각각 면제한다. 다만, 그 취득일부터 5년 이내에지방세법제13조 제5항에 따른 과세대상이 되거나 관계 법령을 위반하여 건축한 경우에는 면제된 취득세를 추징한다. 1.도시 및 주거환경정비법제8조에 따른 주택재개발사업의 시행 자가 같은 법 제2조 제2호 나목에 따른 주택재개발사업의 대지 조성을 위하여 취득하는 부동산 2.도시 및 주거환경정비법 제8조 에 따른 주택재개발사업의 시행자가 같은 법 제48조에 따른 해당 사업의 관리처분계획에 따라 취득하는 주택 제177조의2[지방세 감면 특례의 제한] 이 법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제(지방세 특례 중에서 세액감면율이 100분의 100인 경우와 세율경감률이지방세법에 따른 해당 과세대상에 대한 세율 전부를 감면하는 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다)되는 경우에는 이 법에 따른 취득세 또는 재산세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율(지방세법제13조 제1항부터 제4항까지의 세율은 적용하지 아니한 감면율을 말한다)을 적용한다. (이하 생략)

(3) 지방세특례제한법(2018.12.24. 법률 제16041호로 개정된 것) 제74조[도시개발사업 등에 대한 감면] ③도시 및 주거환경정비법에 따른 재개발사업(같은 법 제2조 제2호 나목 중 정비기반시설이 열악하고 노후ㆍ불량건축물이 밀집한 지역에서 주거환경개선을 하는 경우로 한정한다. 이하 이 항에서 같다)과 주거환경개선사업(같은 법 제2조 제2호 가목 중 도시저소득 주민이 집단거주하는 지역으로서 정비기반시설이 극히 열악하고 노후ㆍ불량건축물이 과도하게 밀집한 지역의 주거환경을 개선하는 경우로 한정한다. 이하 이 항에서 같다)의 시행에 따라 취득하는 제1호부터 제3호까지의 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 2019년 12월 31일까지 경감하고, 제4호 및 제5호의 부동산에 대해서는 취득세를 2019년 12월 31일까지 면제한다. (단서 생략)

1. 재개발사업의 시행자가 재개발사업의 대지 조성을 위하여 취득하는 부동산

2. 재개발사업의 시행자가 같은 법 제74조에 따른 해당 사업의 관리처분계획에 따라 취득하는 주택

(4) 부칙(2018.12.24. 법률 제16041호로 개정된 것) 제15조[일반적 경과조치] 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 지방세를 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.

(5) 도시 및 주거환경정비법(2016.1.27. 법률 제13912호로 개정된 것) 제2조[정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “정비구역”이란 정비사업을 계획적으로 시행하기 위하여 제16조에 따라 지정ㆍ고시된 구역을 말한다.

2. “정비사업”이라 함은 이 법에서 정한 절차에 따라 도시기능을 회복하기 위하여 정비구역 또는 가로구역(가로구역: 정비구역이 아닌 대통령령으로 정하는 구역을 말하며, 바목의 사업으로 한정한다)에서 정비기반시설을 정비하거나 주택 등 건축물을 개량하거나 건설하는 다음 각목의 사업을 말한다. (이하 생략)

• 나. 주택재개발사업: 정비기반시설이 열악하고 노후ㆍ불량건축물이 밀집한 지역에서 주거환경을 개선하기 위하여 시행하는 사업 제8조[주택재개발사업 등의 시행자] ① 주택재개발사업은 조합이 이를 시행하거나 조합이 조합원 과반수의 동의를 얻어 시장ㆍ군수, 주택공사 등, 건설업자, 등록사업자 또는 대통령령이 정하는 요건을 갖춘 자와 공동으로 이를 시행할 수 있다.