쟁점지상권을 쟁점건물의 취득세 과세표준에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

[참조결정] 조심2019지1780 / 조심2019지2180

[주 문] 서울특별시 영등포구청장이 2021.12.29. 청구법인에게 한 취득세 등 합계 OOO원의 경정청구 거부처분은 서울특별시 영등포구 여의도동 OOO 건물의 취득세 과세표준액 OOO원에서 그 지상권가액 OOO원을 제외하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. OOO프로젝트금융투자 주식회사(이하 “OOOPFV”라 한다)는 2005.5.6. 서울특별시 영등포구 OOO 토지 46,465㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)의 소유자인 재단법인 OOO재단으로부터 이 건 토지에 대한 지상권(존속기간: 2005.5.6.부터 만 99년)을 받아 지상권설정등기를 하였다.
• 나. OOOPFV는 2020.3.26. OOO투자증권 주식회사(이하 “OOO투자증권”이라 한다)와 이 건 토지상에 건축할 집합건물 4동(OOO) 중 OOO(업무시설, 이하 “쟁점건물”이라 한다)와 이 건 토지에 설정된 지상권 중 쟁점건물에 상응하는 지분(46,465분의 11,982.58184, 이하 “쟁점지상권”이라 한다)을 합하여 OOO원에 매도하기로 하는 계약(이하 “쟁점매매계약”이라 한다)을 체결하였다.
• 다. 청구법인은 2020.6.25. OOOPFV와 OOO투자증권이 체결한 쟁점매매계약에서 OOO투자증권의 매수인 지위를 이전받기로 하는 계약(이하 “쟁점계약”이라 한다)을 체결하였고, OOOPFV는 2020.9.7. 쟁점건물의 사용승인을 처분청으로부터 받고 소유권보존등기를 하였으며, 같은 날 이 건 토지에 대한 지상권설정등기를 하였다.
• 라. 청구법인은 2020.11.10. OOOPFV로부터 쟁점건물을 취득하면서 그 취득세 과세표준을 OOO원(쟁점매매계약금액 OOO원과 부대비용 OOO원)으로 하여 취득세 등 합계 OOO원과 쟁점지상권에 대한 등록면허세 과세표준을 OOO원으로 하여 등록면허세 등 합계 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.
• 마. 청구법인은 쟁점매매계약은 쟁점건물과 쟁점지상권을 별개의 매매목적물로 표시하여 각 매수하는 계약이므로 쟁점건물의 취득세 과세표준에 포함되어 있는 쟁점지상권 OOO원을 취득세 과세표준에서 제외하여야 한다고 주장하면서, 2021.11.10. 처분청에 취득세 등 합계 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2021.12.29. 이를 거부하였다.
• 바. 청구법인은 이에 불복하여 2022.2.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 처분청은 쟁점지상권의 취득대가를지방세법 시행령제18조 제1항제4호에서 규정한 취득에 필요한 용역을 제공받은 대가로 지급하는 용역비·수수료 내지는 제10호에서 규정한 제1호부터 제9호까지의 비용에 준하는 비용에 해당한다고 보았으나, 취득세 과세표준인 취득가격에 포함되는 부대비용은 어디까지나 당해 과세대상물건을 취득하기 위하여 지출되었거나 지출하여야 할 비용을 말하는 것이지, 당해 과세대상물건과 별개의 권리 객체를 취득하기 위하여 지출된 비용까지 포함되는 것은 아니다. 청구법인은 쟁점매매계약과 쟁점계약을 통해 쟁점건물 이외에 쟁점지상권까지 취득하였고, 쟁점매매계약의 내용을 살펴보더라도 쟁점건물과 쟁점지상권은 엄연하게 별개의 매매목적물로 구분되어 있고, 쟁점건물은 건물의 소유권을 취득하는 것이며, 쟁점지상권은 토지의 지상권을 취득하는 것이어서 쟁점지상권이 쟁점건물의 소유권과는 구분되는 별개의 매매목적물임은 명확하다. 또한, 청구법인이 OOOPFV에게 쟁점매매계약에 따라 지급한 매매대금에는 당연히 쟁점건물의 대가 이외에 쟁점지상권의 대가 역시 명확하게 구분되어 포함되어 있어 쟁점건물과 쟁점지상권은 엄연히 별개의 구분된 매매목적물이므로 쟁점지상권의 대가는 쟁점건물의 대가에서 제외하여야 한다. 지방세법제7조 제1항에서 부동산, 차량, 기계장비, 항공기, 선박, 입목, 광업권, 어업권, 양식업권, 골프회원권, 승마회원권, 콘도미니엄 회원권, 종합체육시설 이용회원권 또는 요트회원권을 취득세 과세대상물건으로 열거하고 있고, 제6조 제2호에서 부동산이란 토지 및 건축물을 말한다고 규정하고 있어, 기본적으로 ‘지상권’은지방세법에 열거된 취득세 과세대상물건 또는 권리에 해당하지 않으므로, 지상권을 독립적인 과세대상물건 또는 권리로 하여 취득세를 과세하는 것은 불가능하다. 지방세법제23조 제1호, 제24조 제1호에서 재산권과 그 밖의 권리의 설정ㆍ변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기하거나 등록하는 자는 등록면허세를 납부하도록 규정하고 있고, 제28조 제1항 제1호 다목에서 지상권에 대하여 과세되는 등록면허세의 세율을 부동산 가액의 1천분의 2로 규정하고 있어 지상권의 설정 또는 변경을 등기하는 자는 등록면허세를 납부하여야 한다. 그런데,지방세법제23조 제1호 단서에서 “제2장에 따른 취득을 원인으로 이루어지는 등기 또는 등록”은 등록면허세 과세대상인 ‘등록’의 범위에서 제외하고 있다. 즉, 취득세 과세대상물건을 취득함으로써 취득세를 납부하는 자는 그 과세대상물건의 등기 또는 등록에 대해 등록면허세를 납부할 의무를 부담하지 않는 것이고, 이를 바꾸어 말하면 등록면허세 납세의무를 부담하는 자로 하여금 취득세 납세의무까지 이중으로 부담하게 할 수는 없는 것이다. 따라서, 지상권의 취득을 이유로 그 등기에 관하여 등록면허세를 납부한 자에 대하여 동일한 이유로 취득세까지 부담하게 하는 것은 그 자체로 이중과세에 해당할 뿐 아니라, 취득세의 과세대상물건이 아닌 권리에 대하여 취득세를 부과하는 것이 되므로 허용될 수 없다 할 것이고, 청구법인은 쟁점지상권 가액을 OOO원으로 하여 등록면허세를 신고하였으므로 이에 대하여 취득세 과세표준에서 제외하여야 하나, 최소한 2020년 6월경 담보목적으로 감정평가를 받은 감정평가서에 의하면 쟁점지상권을 OOO원으로 평가하였으므로 이를 취득세 과세표준에서 제외하여야 한다. 지방세법이 2010년 전면 개정되어 취득을 원인으로 하는 등록세는 취득세로, 취득을 원인으로 하지 않는 등록세는 등록면허세로 각 통합되었으나, 2010년 전면 개정되기 이전에도, 토지의 지상권과 그 지상의 건물을 한꺼번에 취득하는 경우 지상권에 대한 대가와 건물에 대한 대가를 구분하여, 지상권에 대해서는 등록세(등록면허세)만을, 건물에 대해서는 취득세와 등록세를 모두 납부해야 했고, 대법원(대법원 2007두15643, 2010.3.25. 선고, 대법원 2013두3641, 2013.6.27. 선고)은 과세대상물건이 아닌 다른 물건이나 권리에 관하여 지급된 비용은 과세대상물건의 취득가격에 포함되지 않고, 이에 따라 당연히 과세대상물건 관련 취득세의 과세표준에도 포함될 수 없다는 점을 명확히 밝히고 있고, 조세심판원(조심 2020지0719, 2020.9.24. 결정, 조심 2019지1780, 2020.7.21. 결정)과 감사원(감심 2014-0442, 2016.3.3. 결정)에서도 과세대상물건이 아닌 다른 물건이나 권리에 관하여 지급된 비용은 과세대상물건의 취득가격에 포함된다고 볼 수 없다고 결정하였으므로, 처분청이 쟁점지상권을 쟁점건물의 취득세 과세표준에서 포함하는 것으로 하여 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 지상권이란 타인의 토지에 건물 기타 공작물이나 수목을 소유하기 위하여 그 토지를 사용하는 권리로, 타인 소유의 토지 위에 건물을 소유하려고 하는 자는 건물의 존립을 위한 토지사용권을 확보하지 못한다면 건물소유자로서 토지소유자의 건물철거 및 대지 인도 청구에 대항할 수 없게 되므로, 건물소유자로서는 건물의 소유를 위하여 토지소유자에 대항할 수 있는 토지사용권인 지상권을 설정할 필요가 있다. 즉, 건물을 취득하는데 있어서 지상권을 따로 분리할 수 없는 부분으로서 건물과 지상권을 일괄로 취득한 것으로 이는지방세법 시행령제18조에서 규정하고 있는 직접비용에 해당한다. 또한 청구법인은 쟁점건물과 쟁점지상권에 대해서 별도의 매매계약서가 아닌 하나의 쟁점매매계약을 체결하여 일괄로 취득하였고, 그 내용을 보면, 매매가액이 OOO원이고 여기에 건물과 지상권으로 안분한 것이 아닌 총 매매가액이 있는 것을 확인할 수 있다. 또한, 쟁점지상권 가액을 OOO원으로 하여 신고하였는데 지상권 가액 또한 어떠한 방식으로 나누었는지 확인 할 수 없고, 만약 자의적으로 나누었다라고 한다면 지상권 가액을 높게 하고 건물가액을 낮게 잡아서 얼마든지 취득세 과세표준을 낮게 할 수 있다. 청구법인의 법인장부상에 의하면, 쟁점지상권이 건물과는 다른 비용이라면 대차대조표에 기타 운용자산 또는 기타자산에 지상권 가액이 들어가 있어야 되나 지상권의 경우 부동산 및 실물자산 중 건물 계정에 포함되어 있어 지상권은 건물과 함께 일괄로 취득한 것이고 이는지방세법제18조에서 규정하는 직접비용에 해당한다. 청구법인이 인용한 판례는 명도비용의 경우 지급수수료 계정에 사업권 양수비의 경우 무형자산(영업권) 계정에 작성된 것을 보았을 때 해당 지상권은 다른 물건이나 권리에 관하여 지급된 비용이 아니고, 등록면허세 과세대상 또한 취득세 과세대상이 될 수 있는데, 예를 들어 근저당설정에 대한 등록면허세가 취득세 과세대상이 되는 경우가 있고, 대출계약에 따라 근저당설정비는 부동산을 취득함에 있어 취득시기를 기준으로 그 지급원인이 확정된 것으로서 부동산을 취득하기 위하여 필수적으로 지출하는 간접비용에 해당하여 취득세 과세표준에 포함된다고 봄이 타당(조심 2019지2180, 2020.4.14.)하다고 본 심판사례를 보았을 때 등록면허세의 경우 취득물건과의 연관관계에 따라서 취득세 과세대상의 직접비용이나 간접비용에 해당하게 되는 경우가 있으므로 처분청이 쟁점지상권을 쟁점건물의 취득세 과세표준에서 포함하는 것으로 하여 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점지상권가액을 쟁점건물의 취득세 과세표준에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세법 제6조(정의) 취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다

1. “취득”이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수(改修), 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득(수용재결로 취득한 경우 등 과세대상이 이미 존재하는 상태에서 취득하는 경우는 제외한다), 승계취득 또는 유상·무상의 모든 취득을 말한다.

2. “부동산”이란 토지 및 건축물을 말한다. 제7조(납세의무자 등) ① 취득세는 부동산, 차량, 기계장비, 항공기, 선박, 입목, 광업권, 어업권, 양식업권, 골프회원권, 승마회원권, 콘도미니엄 회원권, 종합체육시설 이용회원권 또는 요트회원권(이하 이 장에서 “부동산등”이라 한다)을 취득한 자에게 부과한다. 제23조(정의) 등록면허세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "등록"이란 재산권과 그 밖의 권리의 설정·변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기하거나 등록하는 것을 말한다. 다만, 제2장에 따른 취득을 원인으로 이루어지는 등기 또는 등록은 제외하되, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 등기나 등록은 포함한다.

• 가. 광업권ㆍ어업권 및 양식업권의 취득에 따른 등록
• 나. 제15조 제2항 제4호에 따른 외국인 소유의 취득세 과세대상 물건(차량, 기계장비, 항공기 및 선박만 해당한다)의 연부 취득에 따른 등기 또는 등록 다.지방세기본법제38조에 따른 취득세 부과제척기간이 경과한 물건의 등기 또는 등록
• 라. 제17조에 해당하는 물건의 등기 또는 등록 제28조(세율) ① 등록면허세는 등록에 대하여 제27조의 과세표준에 다음 각 호에서 정하는 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 제1호부터 제5호까지 및 제5호의2의 규정에 따라 산출한 세액이 해당 각 호의 그 밖의 등기 또는 등록 세율보다 적을 때에는 그 밖의 등기 또는 등록 세율을 적용한다.

1. 부동산 등기

• 다. 소유권 외의 물권과 임차권의 설정 및 이전

1. 지상권: 부동산 가액의 1천분의 2. 다만, 구분지상권의 경우에는 해당 토지의 지하 또는 지상 공간의 사용에 따른 건축물의 이용저해율(利用沮害率), 지하 부분의 이용저해율 및 그 밖의 이용저해율 등을 고려하여 행정안전부장관이 정하는 기준에 따라 특별자치시장·특별자치도지사·시장·군수 또는 구청장이 산정한 해당 토지 가액의 1천분의 2로 한다.

(2) 지방세법 시행령 제18조(취득가격의 범위 등) ① 법 제10조 제5항 각 호에 따른 취득가격 또는 연부금액은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다. 다만, 취득대금을 일시급 등으로 지급하여 일정액을 할인받은 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.

1. 건설자금에 충당한 차입금의 이자 또는 이와 유사한 금융비용

2. 할부 또는 연부(年賦) 계약에 따른 이자 상당액 및 연체료. 다만, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우는 취득가격 또는 연부금액에서 제외한다. 3.농지법에 따른 농지보전부담금,문화예술진흥법제9조 제3항에 따른 미술작품의 설치 또는 문화예술진흥기금에 출연하는 금액,산지관리법에 따른 대체산림자원조성비 등 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용

4. 취득에 필요한 용역을 제공받은 대가로 지급하는 용역비·수수료

5. 취득대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자 조건 부담액과 채무인수액

6. 부동산을 취득하는 경우주택도시기금법제8조에 따라 매입한 국민주택채권을 해당 부동산의 취득 이전에 양도함으로써 발생하는 매각차손. 이 경우 행정안전부령으로 정하는 금융회사 등(이하 이 조에서 “금융회사등”이라 한다) 외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융회사등에 양도하였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다. 7.공인중개사법에 따른 공인중개사에게 지급한 중개보수. 다만, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우는 취득가격 또는 연부금액에서 제외한다.

8. 붙박이 가구ㆍ가전제품 등 건축물에 부착되거나 일체를 이루면서 건축물의 효용을 유지 또는 증대시키기 위한 설비ㆍ시설 등의 설치비용

9. 정원 또는 부속시설물 등을 조성ㆍ설치하는 비용

10. 제1호부터 제9호까지의 비용에 준하는 비용

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) OOOPFV는 이 건 토지의 소유자인 재단법인 OOO재단으로부터 이 건 토지에 대한 지상권(존속기간: 2005.5.6.부터 만 99년)을 받아 지상권설정등기를 하였다. (나) OOOPFV는 쟁점지상권을 토대로 이 건 토지상에 집합건물 4동을 신축하는 개발 사업을 추진하였고, 2020.3.26. OOO투자증권에게 쟁점건물(OOO, 업무시설 및 근린생활시설)과 쟁점지상권(이 건 토지에 설정된 지상권 46,465분의 11,982.58184) 등을 매매목적물로 구분하고 전체 금액을 OOO원에 매도하기로 하는 쟁점매매계약을 체결하였다. (다) 청구법인은 2020.6.25. OOOPFV와 OOO투자증권이 체결한 쟁점매매계약에서 OOO투자증권의 매수인 지위를 그대로 이전받는 쟁점계약을 체결하였다. (라) 청구법인은 위 쟁점계약 체결과정(매수인 지위 이전)에서, 2020년 6월경 쟁점건물과 쟁점지상권의 가치산정을 위한 감정평가를 받았고, 그 감정평가서에 의하면, 감정평가의 목적을 담보목적이라고 한 것으로 나타나고, 쟁점건물과 쟁점지상권 가치의 비율은 81:19로 산정되어 쟁점매매계약금액 OOO원 중에서 감정평가비율에 따라 쟁점지상권의 가액을 산정할 경우 OOO원으로 나타난다. (마) OOOPFV는 2020.9.7. 쟁점건물의 사용승인을 처분청으로부터 받고 소유권보존등기를 하였으며, 같은 날 이 건 토지에 대한 지상권설정등기를 하였다. (바) 청구법인은 2020.11.10. OOOPFV로부터 쟁점건물을 취득하면서 그 취득세 과세표준을 OOO원(쟁점매매계약금액 OOO원과 부대비용 OOO원)으로 하여 취득세 등 합계 OOO원과 쟁점지상권에 대한 등록면허세 과세표준을 OOO원(2020년 개별공시지가를 적용하여 산정한 시가표준액)으로 하여 등록면허세 등 합계 OOO원을 각 신고ㆍ납부하였다. (사) 청구법인은 2020.11.10. OOOPFV로부터 쟁점건물에 대한 소유권이전등기를 하였다. (아) 청구법인은 쟁점매매계약은 쟁점건물과 쟁점지상권을 별개의 매매목적물로 표시하여 각 매수하는 계약이므로 쟁점건물의 취득세 과세표준에 포함되어 있는 쟁점지상권 OOO원(등록면허세 신고 과세표준액)을 취득세 과세표준에서 제외하여야 한다고 주장하면서, 2021.11.10. 처분청에 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2021.12.29. 이를 거부하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 처분청은 쟁점지상권가액이지방세법 시행령제18조 제1항 에서 규정한 쟁점건물의 직접비용 또는 간접비용에 해당한다는 의견이나, 취득가격에는 과세대상 물건의 취득시기 이전에 지급원인이 발생 또는 확정된 것이라면 당해 물건 자체의 가격은 물론 그 이외에 실제로 당해 물건 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나 그에 준하는 취득절차비용도 간접비용으로서 이에 포함된다 할 것이나, 다만 그것이 과세대상 물건이 아닌 다른 물건이나 권리에 관하여 지급된 것이라면 이는 취득가격에 포함되지 아니한다(대법원 1997.12.26. 선고 97누10178 판결, 같은 뜻임)할 것이다. (나) 지상권은지방세법제7조 제1항에서 열거된 취득세 과세대상물건 또는 권리에 해당하지 않으므로 지상권을 독립적인 과세대상물건 또는 권리로 하여 취득세를 과세할 근거가 없다 하겠고, 같은 법 제23조 제1호 및 제24조 제1호에서 재산권과 그 밖의 권리의 설정ㆍ변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기하거나 등록하는 자는 등록면허세를 납부하도록 규정하고 있으므로 지상권을 취득하여 등기하는 경우 등록면허세 납세의무가 발생하는 것으로 보아야 하며,지방세법제23조 제1호 단서에서 취득을 원인으로 이루어지는 등기 또는 등록은 등록면허세 과세대상인 등록의 범위에서 제외하고 있어 취득세 과세대상물건을 취득함으로써 취득세를 납부하는 자는 그 과세대상물건의 등기 또는 등록에 대해 등록면허세를 납부할 의무를 부담하지 않는 것으로, 이는 등록면허세 납세의무를 부담하는 자가 취득세 납세의무까지 이중으로 부담하게 할 수 없도록 규정한 것이라 하겠다. (다) 청구법인은 쟁점매매계약과 쟁점계약을 통해 쟁점건물 이외에 쟁점지상권까지 취득하였고, 그 계약내용에 쟁점건물과 쟁점지상권이 별개의 매매목적물로 구분되어 있는바, 쟁점건물은 건물의 소유권을 취득하는 것이고, 쟁점지상권은 토지를 이용할 수 있는 권리를 취득하는 것이어서 청구법인에게 쟁점건물에 대하여는 취득세 납세의무가 발생하고 쟁점지상권에 대하여는 등록면허세 납세의무가 발생하는 것으로 보는 것이 타당하다 하겠으며, 쟁점건물과 별개의 매매목적물에 해당하는 쟁점지상권은 취득세 과세대상 물건인 쟁점건물의 가액이 아닌 그 부속토지를 사용할 권리에 대하여 지급한 것으로서 쟁점건물의 취득가격에 포함하지 아니하는 것으로 보는 것이 타당하다 하겠다. 다만, 청구법인이 쟁점건물의 취득세 과세표준(쟁점지상권+쟁점건물+부대비용)으로 신고한 OOO원에서 시가표준액으로 산출된 쟁점지상권의 등록면허세 과세표준 OOO원을 모두 제외하게 된다면 실지거래가액(실제 청구법인이 지급한 금액)으로 신고한 쟁점건물의 취득가액이 달라지게 되어 취득세 과세표준 산정에 불합리한 점이 있으므로 등록면허세 과세표준을 쟁점지상권의 실제 취득가액으로 보기는 어렵고, 쟁점계약내용에서 쟁점지상권의 가액이 구분되어 있지는 아니하나, 청구법인이 쟁점계약체결과 관련하여 2020년 6월경 쟁점건물과 쟁점지상권의 가치산정을 위하여 감정평가를 받은 감정평가서에 의하면, 쟁점건물과 쟁점지상권 가치의 비율이 81:19로 되어 있으므로 쟁점지상권의 사실상 취득가액을 쟁점매매계약금액인 OOO원에서 위 감정평가비율에 따라 산정한 OOO원으로 보는 것이 보다 합리적이라 하겠다. 따라서, 쟁점건물의 취득세 과세표준액 OOO원에서 쟁점지상권가액인 OOO원을 제외하는 것으로 하여 그 취득세 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로지방세기본법제96조 제7항과국세기본법제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.