이 건 부동산의 취득세 과세표준에 이 건 건축물 내에 매도법인이 증축 예정인 건축물의 공사비용(쟁점금액)이 포함되었으나 이를 건축하지 아니하였으므로 이를 취득세 과세표준에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] OOO도 OOO시장이 2021.9.29. 청구법인에게 한 취득세 등의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2019.3.15. OOO 외 OOO필지 토지 OOO㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)와 건축물(공장) OOO㎡(이하 “이 건 건축물”이라 하고, 이 건 토지와 합하여 “이 건 부동산”이라 한다)를 주식회사 경인기술공사(이하 “매도법인”이라 한다)로부터 취득(매매)하고, 같은 날 그 취득가액을 OOO원으로 하여지방세특례제한법(2019.1.1. 법률 제16041호로 일부 개정된 것, 이하 같다) 제46조 제3항에 따라 중소기업이 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 처분청에 신고하여 취득세의 100분의 60을 감면받았으며, 2021.3.5. 이 건 건축물 옆에 건축물(공장 제2동) OOO㎡를 취득(증축)하고, 2021.4.6. 그 취득가액을 OOO원으로 하여지방세특례제한법제46조 제3항에 따라 중소기업이 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 처분청에 신고하여 취득세의 100분의 60을 감면받았다.
• 나. 청구법인은 이 건 건축물 내부에 증축할 예정인 건축물(면적 OOO㎡, 이하 “증축예정 건축물”이라 한다)의 가액을 포함하여 취득세를 신고하였으나 매도법인이 이를 건축하지 않고, 청구법인이 이 건 건축물 옆에 직접 건축물을 축조하고 별도로 취득신고를 하였으므로, 이 건 부동산의 과세표준 OOO원 중 증축예정 건축물에 대한 대금 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 이 건 부동산 취득세 과세표준에서 제외하여야 한다고 주장하면서, 2021.9.1. 경정청구를 제기하였으나 처분청은 2021.9.29. 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.10.15. 이의신청을 거쳐 2022.2.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 매매계약서 및 취득세 신고자료 등에서도 확인되듯이 처음부터 이 건 부동산의 취득가액에 증축예정 건축물의 공사비인 쟁점금액이 포함되어 있었고, 처분청에 증축되지 않은 상황을 충분히 고지하여 취득가액을 조작하거나 조작할 의도가 전혀 없음을 알렸으므로 처분청에서 최초의 취득가액 신고가 잘못된 것을 알면서도 취득세 등의 세액을 결정한 것은지방세법제10조 제1항에서 규정한 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다는 법 취지를 위배한 것이다. 설령, 청구법인이 잘못 신고하였더라도 세금을 고의로 조작하거나 누락시키고자 하지 않았다는 점이 분명하고 처분청에서는지방세법취지와는 다르게 취득하지도 않은 부분(증축예정 건축물)에 대하여 취득세를 과세하여 법 집행의 절차적 하자를 초래한 것으로 판단되어 경정청구를 제기한 것이므로 당초에 신고한 이 건 부동산에 대한 과세표준 OOO원에서 쟁점금액을 제외한 OOO원으로 과세표준을 경정하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 2019.3.15. 이 건 부동산을 취득하고 매도법인에게 매매대금 OOO원을 지급한 것이 청구법인의 법인장부(계정별원장)에서 확인되고, 청구법인도 이에 따라 취득신고를 하였다. 청구법인은 이 건 부동산에 대한 매매계약 당시 매매대금에 증축예정인 부분까지 포함된 것이라며 2021.9.1. 경정청구를 제기하면서 토지 및 건축물에 대한 세부 내역서를 제출하였으나, 매도법인이 아닌 청구법인이 증축 건축물의 건축허가 및 착공, 사용승인을 득하고 증축 관련 금액(OOO원, 건축설비‧공사비 등)을 과세표준으로 하여 2021.4.6. 증축 건축물에 대한 취득신고를 하였는바, 이 건 부동산의 과세표준 OOO원에서 증축대금인 쟁점금액을 제외하여야 한다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어려우므로 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건 부동산의 취득세 과세표준에 이 건 건축물 내에 매도법인이 증축 예정인 건축물의 공사비용(쟁점금액)이 포함되었으나 이를 건축하지 아니하였으므로 이를 취득세 과세표준에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세법 제10조(과세표준) ⑤ 다음 각 호의 취득(증여ㆍ기부, 그 밖의 무상취득 및 소득세법제101조 제1항 또는법인세법제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.

1. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합으로부터의 취득

2. 외국으로부터의 수입에 의한 취득

3. 판결문ㆍ법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득

4. 공매방법에 의한 취득 5.부동산 거래신고 등에 관한 법률제3조에 따른 신고서를 제출하여 같은 법 제5조에 따라 검증이 이루어진 취득

(2) 지방세법 시행령 제18조(취득가격의 범위 등) ③ 법 제10조 제5항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.

1. 판결문: 민사소송 및 행정소송에 의하여 확정된 판결문(화해ㆍ포기ㆍ인낙 또는 자백간주에 의한 것은 제외한다)

2. 법인장부: 금융회사의 금융거래 내역 또는감정평가 및 감정평가사에 관한 법률제6조에 따른 감정평가서 등 객관적 증거서류에 의하여 법인이 작성한 원장ㆍ보조장ㆍ출납전표ㆍ결산서. 다만, 법인장부의 기재사항 중 중고자동차 또는 중고기계장비의 취득가액이 법 제4조제2항에서 정하는 시가표준액보다 낮은 경우에는 그 취득 가액 부분(중고자동차 또는 중고기계장비가 천재지변, 화재, 교통사고 등으로 그 가액이 시가표준액보다 하락한 것으로 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 인정한 경우는 제외한다)은 객관적 증거서류에 의하여 취득가액이 증명되는 법인장부에서 제외한다. 제20조(취득의 시기 등) ② 유상승계취득의 경우에는 다음 각 호에서 정하는 날에 취득한 것으로 본다.

1. 법 제10조 제5항 제1호부터 제4호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일

⑬ 제1항, 제2항 및 제5항에 따른 취득일 전에 등기 또는 등록을 한 경우에는 그 등기일 또는 등록일에 취득한 것으로 본다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 매도법인은 2017.11.21. 이 건 토지상에 건축물 건축허가를 처분청으로부터 받은 후, 2018.6.12. 건축공사에 착공하였고, 2019.1.8. 공장 건축물 OOO㎡를 준공하였다. (나) 청구법인은 2019.2.14. 매도법인과 이 건 부동산에 대하여 아래와 같이 매매계약을 체결하였다. ＜이 건 부동산 매매계약 내용＞ OOO (다) 위 매매계약서에 의하면, 이 건 부동산의 총 매매대금에 매도법인이 이 건 건축물 내부에 증축 예정인 건축물(OOO㎡)에 대한 공사금액 OOO원(쟁점금액)이 포함되어 있으나, 매도법인이 증축하지 아니하고 청구법인이 직접 이 건 건축물 외부에 건축물(증축)을 축조하였으며, 2020.1.6. 체결한 이 건 부동산에 대한 정산합의서에 의하면, 총 매매대금 OOO원에서 증축예정인 건축물의 가액 OOO원을 정산하기로 합의한 것으로 나타난다. (라) 청구법인은 2019.3.15. 이 건 부동산에 대하여 취득신고를 하면서 매매대금으로 OOO원을 지급한 사실이 계정별원장에서 확인된다. (마) 이 건 부동산의 등기사항전부증명서와 부동산거래계약신고필증(2019.3.15.)에 의하면, 다음과 같이 확인된다. ＜등기사항전부증명서＞ OOO ＜부동산거래계약신고필증＞ OOO (바) 일반건축물대장(갑) 등에 의하면, 청구법인은 증축 건축물[총 OOO㎡, OOO층: 공장(사무실) OOO㎡, OOO층: 공장(사무실) OOO㎡]에 대하여 2020.2.7. 건축허가를 득하고, 2020.3.4. 착공신고를 한 후, 2021.3.5. 사용승인을 받았으며, 이 건 건축물을 1동으로 기재하고, 증축건축물을 2동으로 기재한 것으로 나타난다. (사) 청구법인은 2021.4.6. 증축 건축물에 대하여 취득신고를 하면서 청구법인의 계정별원장 및 전자세금계산서를 제출하였고, 증축 관련 금액(OOO원)을 아래와 같이 지급한 사실이 확인된다. ＜증축 공사비 내역＞ OOO (아) 청구법인은 2021.9.1. 경정청구를 제기하면서, 이 건 부동산의 과세표준(OOO원)의 항목별 세부 내역서를 아래와 같이 제출하였다. ＜항목별 단가기준＞ OOO

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 이 건 부동산의 취득가액에 포함되어 있는 증축예정 건축물의 공사예정 가액인 쟁점금액을 취득세 과세표준에 포함하여야 한다는 의견이나, 청구법인은 2019.2.14. 매도법인과 이 건 부동산에 대하여 매매계약을 체결하면서 향후 매도법인이 이 건 건축물 내부에 건축물을 축조하기로 하고 쟁점금액(증축 예정인 건축물의 취득가액 OOO원)을 매매가액에 포함하였으나, 매도법인은 당초 계약대로 이 건 건축물 내부에 건축물을 증축하지 아니하였고, 청구법인이 이 건 건축물 외부에 증축 건축물을 축조한 후 별도로 취득신고를 하였으며 청구법인과 매도법인이 당초 이 건 부동산의 매매금액에서 쟁점금액을 정산하기로 협의한 점 등에 비추어 당초 매매대금에 포함되어 있던 증축 예정 건축물에 대한 공사비에 해당하는 쟁점금액은 이 건 부동산의 취득가액에서 제외하는 것이 타당하다 할 것이다. 따라서, 처분청이 이 건 부동산의 취득세 과세표준에 쟁점금액을 포함하는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로지방세기본법제96조 제7항과국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.