쟁점부동산의 매각에 정당한 사유가 있으므로 감면분 취득세를 추징한 것은 부당하다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2020.9.24. OOO대 OOO㎡ 및 OOO대 OOO㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO원에 매매를 원인으로 취득하고, 지방세특례제한법 제50조(종교단체 또는 향교에 대한 면제) 제1항을 적용하여 취득세 등 합계 OOO원을 면제받았다.
• 나. 처분청은 세무조사를 실시한 결과, 청구법인이 2021.8.5. 쟁점토지를 종교용으로 직접 사용하지 아니한 상태에서 매각한 것에 대하여 당초 감면받은 취득세 추징분을 신고할 것을 안내하였고, 이에 따라 청구법인은 2021.8.17. 당초 감면받은 세액에 이자상당액 OOO원을 더한 OOO원을 자진신고한 후 2021.8.24. 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2021.8.30. 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.9.7. 이의신청을 거쳐 2022.1.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2020.9.3. 중도금을 지급한 후 2020.9.5.부터 교회 신축에 대한 주민들의 반대에 부딪혔고, 2020.9.24. 잔금을 지급하였으나 처분청에서 민원이 해결되지 아니하면 건축허가를 내줄 수 없다는 입장이었다. 이러한 상황이 지속되자 청구법인은 당초 매입가격보다 OOO원이 적은 OOO원에 불가피하게 매도할 수밖에 없었으며, 은행이자 및 등기비용 등을 포함하여 총 OOO원의 손해를 보았다. 위와 같은 사정을 고려하면, 청구법인이 쟁점부동산을 매각한 것에 정당한 사유가 있다고 인정되어야 할 것이므로, 취득세 등을 추징한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 지방세특례제한법제50조 제1항 제3호에서 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각･증여하는 경우 면제된 취득세를 추징하도록 규정하고 있는바, 동 규정에서는 정당한 사유가 있는지는 따지지 아니한다. 따라서 청구법인이 종교용으로 직접 사용하지 아니한 상태에서 쟁점토지를 매각한 것으로 나타나는바, 이는 위 규정에 따른 추징대상에 해당한다고 봄이 타당하므로, 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점부동산의 매각에 정당한 사유가 있으므로 감면분 취득세를 추징한 것은 부당하다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세특례제한법 제50조(종교단체 또는 향교에 대한 면제) ① 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

1. 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우

2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(2) 지방세법 제20조(신고 및 납부) ③ 이 법 또는 다른 법령에 따라 취득세를 비과세, 과세면제 또는 경감받은 후에 해당 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징 대상이 되었을 때에는 제1항에도 불구하고 그 사유 발생일부터 60일 이내에 해당 과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세는 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 심리자료의 내용은 아래와 같다. (가) 매매계약서 및 등기사항전부증명서 등에 따르면, 청구법인은 쟁점토지를 2020.9.24. OOO원에 취득한 후 2021.6.24. 당초 취득가격보다 OOO원 낮은 OOO원에 제3자에게 매각하였고, 청구법인의 보유기간은 1년에 미달하는 것으로 나타난다. (나) 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 매각할 때까지 그 위에 지상건축물은 건축한 사실은 없는 것으로 나타난다. (다) 청구인이 제출한 사진 3매(촬영일자 미기재)를 보면, 교회설립을 반대하는 내용의 OOO명의의 현수막이 걸려있는 것으로 나타난다. (라) 처분청 의견서에 따르면, 2020년 9월부터 2021.11.18.까지의 기간 동안 처분청OOO에 쟁점토지에 대한 건축허가서류나 주민민원이 접수된 것은 없는 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다. (가) 청구인은 종교시설 건설에 반대하는 주민들의 민원으로 인하여 건물을 착공할 수 없었고, 이러한 사정에 따라 쟁점토지를 매각할 수밖에 없었던 정당한 사유가 있으므로, 이 건 처분은 부당하다고 주장한다. (나) 살피건대, 지방세특례제한법제50조 제3항 본문 및 제3호에서 종교단체가 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각하는 경우 면제한 취득세 등을 추징한다고 규정하고 있을 뿐, 정당한 사유가 있는 경우에 추징대상에서 제외한다고 별도로 규정하고 있지 아니한바, 설령, 청구인이 쟁점토지에 종교시설을 건축할 수 없게 된 것에 부득이한 사정이 있다고 하더라도 위 규정에 따른 추징대상에서 제외되지 아니한다 할 것이다. (다) 따라서 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분에 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.