[요지]
① 이 건 법인의 장부상 기재되어 있는 취득세 과세대상물건의 총가액을 과세표준으로 하여 산출한 이 건 과점주주 취득세를 청구인들에게 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨. ② 과점주주로서 법인 소유의 취득세 과세대상 물건을 간주 취득한 것을 청구인들이 직접 여객자동차 운수사업법 제4조에 따라 여객자동차운송사업 면허를 받거나 등록을 한 자로서 사업에 사용하기 위하여 시내버스 등을 취득한 경우로 볼 수 없으므로 처분청이 청구인들을 지방세특례제한법 제70조에 따른 취득세 감면대상에 해당하지 아니한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨.
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구인들 주장 및 처분청 의견
(1) 청구인들은 시내버스운송업을 주요 사업으로 영위하는 이 건 법인의 발행주식 100%를 취득하여 지방세기본법 제46조 제2호에 따른 과점주주가 되었다. 지방세법 제10조 제4항에서 과점주주가 취득한 것으로 보는 해당 법인의 부동산 등에 대한 과세표준은 그 부동산 등의 총가액을 그 법인의 주식 또는 출자의 총수로 나눈 가액에 과점주주가 취득한 주식 또는 출자의 수를 곱한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 과세표준보다 적을 때에는 지방자치단체의 장이 해당 법인의 결산서 및 그 밖의 장부 등에 따른 취득세 과세대상 자산총액을 기초로 전단의 계산방법으로 산출한 금액을 과세표준으로 한다고 정하고 있다. 한편 일반기업회계기준 제17장의 자산 관련 보조금의 표시 규정에 따르면 보조금은 관련 자산을 취득하는 시점에 해당 자산의 차감계정으로 회계처리하도록 규정하고 있고, 법인세법제36조에서는 국고보조금으로 취득한 사업용 자산가액의 손금산입을 규정하면서 일시상각충당금 등을 설정하여 국고보조금을 과세 이연하는 형태로 국고보조금을 과세대상에서 제외하고 있다. 또한 국고보조금은 중앙정부나 지방자치단체의 시내버스 준공영제를 실시하는 과정에서 정책상 낙후된 노후 버스의 교체나 전기버스로의 대체를 위하여 지급하는 금액으로, 국고보조금을 간주취득세 과세표준에 포함하는 것은 그 지급 취지에도 부합하지 않는다. 따라서 이 건 법인이 노선버스 OOO대를 구입하면서 수취한 국고보조금인 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)은 이 건 취득세의 과세표준 산정시 장부가액에서 제외되어야 한다.
(2) 예비적으로, 이 건 법인은 시내버스 등을 취득하면서 지방세특례제한법제70조 따라 취득세를 감면받았으므로 청구인들에 대한 간주취득세 산정시에도 동일하게 감면 규정을 적용하여야 한다.
(1) 지방세법 제10조 제4항은 과점주주가 취득한 것으로 보는 해당 법인의 부동산 등에 대한 과세표준은 그 부동산 등의 총가액을 기준으로 산정한다고 규정하고 있고, 같은 법 제7조 제5항은 과점주주가 해당 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 본다고 규정하고 있으며, 지방세법 제10조 제4항에 따라 과점주주 취득세 과세표준은 과점주주가 된 날 현재의 법인장부에 기재되어 있는 취득세 과세대상물건의 장부가액이 되는 것이고, 과세대상물건의 취득가액에 부채가 포함되어 있다 하더라도 해당 부채를 과점주주의 취득세 과세표준에서 제외할 수는 없으므로 과점주주가 된 청구인들의 취득세 과세표준을 산정함에 있어 쟁점금액을 포함한 것은 정당하다.
(2) 특정 법인이 부동산 등을 취득하여 그에 따른 비과세, 감면 또는 중과세는 취득의 주체가 해당 목적사업에 사용여부 등 지방세관계법령에서 정하는 과세요건에 충족해야 하는데 과세대상 부동산 등을 취득한 법인이 아닌 그 과점주주에게는 이러한 과세요건이 적용된다고 볼 수 없고, 과점주주가 여객자동차운송사업 면허를 보유하고 있다 하더라도 과점주주가 직접 사용한다고 볼 수 없으며, 지방세특례제한법 제70조에 의하여 감면받은 법인의 주식을 취득하여 과점주주가 되어 취득세 납세의무자가 되는 경우 해당 과점주주는 지방세특례제한법 제70조에 따른 취득세 감면대상이 아니므로 이 건 법인이 지방세특례제한법 제70조에 따라 취득세를 감면받았다 하더라도 이 건 법인의 주식을 취득하여 과점주주가 된 청구인들이 해당 감면규정을 적용받을 수는 없다고 판단된다.
3. 심리 및 판단
① 과점주주 취득세 과세표준 계산시 취득세 과세대상물건의 장부가액을 산정함에 있어 국고보조금을 차감하여야 한다는 청구주장의 당부
② 지방세특례제한법 제70조에 따른 감면대상에 해당하는지 여부
(1) 청구인들 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 청구인들은 2020.6.3. 주식회사AAA과 BBB주식회사와 이 건 법인의 주식과 경영권을 OOO원에 인수하는 양수도계약을 체결하였다. (나) 이 건 법인의 2020사업연도의 주식 등 변동상황명세서를 살펴보면 청구인들은 2020.6.19. 이 건 법인의 발행주식총수 OOO주(100%)를 취득한 것으로 나타난다. ＜표1＞ 이 건 법인의 주식 등 변동내역 OOO (다) 처분청은 2021년 3월 세무조사시 청구인들이 이 건 법인의 주식을 취득하여 과점주주가 되었으나 취득세 등을 신고하지 아니한 것으로 보아, 법인장부에 기재된 차량운반구의 장부가액 OOO원을 과세표준으로 하여 취득세 등을 산정하고 2021.12.8. 청구인들에게 취득세 등을 부과‧고지하였다. ＜표2＞ 청구인들이 제시한 의제취득일(2020.6.19.) 현재 장부가액 OOO
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. 청구인들은 이 건 과점주주 취득세 과세표준 산정시 쟁점금액인 국고보조금을 차감하여야 한다고 주장하나, 지방세법 제10조 제4항에서 과점주주가 취득한 것으로 보는 해당 법인의 부동산등에 대한 과세표준은 그 부동산등의 총가액을 그 법인의 주식 또는 출자의 총수로 나눈 가액에 과점주주가 취득한 주식 또는 출자의 수를 곱한 금액으로 한다고 규정하면서 이 경우 과점주주는 조례로 정하는 바에 따라 과세표준 및 그 밖에 필요한 사항을 신고하여야 하되, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 과세표준보다 적을 때에는 지방자치단체의 장이 해당 법인의 결산서 및 그 밖의 장부 등에 따른 취득세 과세대상 자산총액을 기초로 전단의 계산방법으로 산출한 금액을 과세표준으로 한다고 규정하고 있고, 과세대상 자산총액에서 국고보조금을 차감하도록 하는 규정은 별도로 두지 아니한 점, 청구인들의 과점주주 취득세 납세의무성립일 당시 이 건 법인의 장부에는 취득세 과세대상물건의 장부가액으로 OOO원이 기재되어 있었던 점, 취득세 등의 과세표준은 거래과세의 특성상 취득물건의 총가액을 기준으로 산정하는 것이 원칙이고, 부채 등이 있다하여 이를 제외하는 경우 동일한 가액의 물건을 취득하더라도 취득세가 달라지게 되어 이를 타당한 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 이 건 법인의 장부상 기재되어 있는 취득세 과세대상물건의 총가액을 과세표준으로 하여 산출한 이 건 과점주주 취득세를 청구인들에게 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
(3) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 지방세특례제한법 제70조는 여객자동차 운수사업법 제4조에 따라 여객자동차운송사업 면허를 받거나 등록을 한 자가 사업에 사용하기 위하여 취득한 자동차등에 대하여 취득세 등을 감면하는 것으로, 청구인들이 과점주주로서 법인 소유의 취득세 과세대상 물건을 간주 취득한 것을 청구인들이 직접 여객자동차 운수사업법 제4조에 따라 여객자동차운송사업 면허를 받거나 등록을 한 자로서 사업에 사용하기 위하여 시내버스 등을 취득한 경우로 볼 수 없으므로 처분청이 청구인들을 지방세특례제한법 제70조에 따른 취득세 감면대상에 해당하지 아니한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제7항, 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령
(1) 지방세기본법 제46조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(주식을 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에 상장한 법인은 제외한다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일(이에 관한 규정이 없는 세목의 경우에는 납기개시일) 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 소유주식수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다
2. 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들(이하“과점주주”라 한다)
(2) 지방세법(2020.1.1. 법률 제16855호로 개정된 것) 제7조(납세의무자 등) ⑤ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 지방세기본법 제46조 제2호에 따른 과점주주(이하 “과점주주”라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산 등(법인이 신탁법에 따라 신탁한 재산으로서 수탁자 명의로 등기ㆍ등록이 되어 있는 부동산 등을 포함한다)을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다. 이 경우 과점주주의 연대납세의무에 관하여는 지방세기본법 제44조를 준용한다. 제10조(과세표준) ④ 제7조 제5항 본문에 따라 과점주주가 취득한 것으로 보는 해당 법인의 부동산등에 대한 과세표준은 그 부동산등의 총가액을 그 법인의 주식 또는 출자의 총수로 나눈 가액에 과점주주가 취득한 주식 또는 출자의 수를 곱한 금액으로 한다. 이 경우 과점주주는 조례로 정하는 바에 따라 과세표준 및 그 밖에 필요한 사항을 신고하여야 하되, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 과세표준보다 적을 때에는 지방자치단체의 장이 해당 법인의 결산서 및 그 밖의 장부 등에 따른 취득세 과세대상 자산총액을 기초로 전단의 계산방법으로 산출한 금액을 과세표준으로 한다. 제15조(세율의 특례) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 취득에 대한 취득세는 중과기준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.
3. 제7조 제5항에 따른 과점주주의 취득. 이 경우 과세표준은 제10조제4항에 따른다.
(3) 지방세법 시행령(2020.5.1. 대통령령 제30640호로 개정된 것) 제11조(과점주주의 취득 등) ① 법인의 과점주주(지방세기본법 제47조 제2호에 따른 과점주주를 말한다. 이하 같다)가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분(이하 "주식등"이라 한다)을 취득하거나 증자 등으로 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 해당 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식등을 모두 취득한 것으로 보아 법 제7조 제5항에 따라 취득세를 부과한다. 제18조(취득가격의 범위 등) ① 법 제10조 제5항 각 호에 따른 취득가격 또는 연부금액은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다.
③ 법 제10조 제5항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.
1. 판결문: 민사소송 및 행정소송에 의하여 확정된 판결문(화해ㆍ포기ㆍ인낙 또는 자백간주에 의한 것은 제외한다)
2. 법인장부: 금융회사의 금융거래 내역 또는 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 제6조에 따른 감정평가서 등 객관적 증거서류에 의하여 법인이 작성한 원장ㆍ보조장ㆍ출납전표ㆍ결산서. 다만, 법인장부의 기재사항 중 중고자동차 또는 중고기계장비의 취득가액이 법 제4조 제2항에서 정하는 시가표준액보다 낮은 경우에는 그 취득가액 부분(중고자동차 또는 중고기계장비가 천재지변, 화재, 교통사고 등으로 그 가액이 시가표준액보다 하락한 것으로 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 인정한 경우는 제외한다)은 객관적 증거서류에 의하여 취득가액이 증명되는 법인장부에서 제외한다.
(4) 지방세특례제한법(2020.5.27. 법률 제16596호로 개정된 것) 제70조(운송사업 지원을 위한 감면) ① 여객자동차 운수사업법 제4조에 따라 여객자동차운송사업 면허를 받거나 등록을 한 자가 같은 법 제3조에 따른 여객자동차운송사업 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 자동차에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2021년 12월 31일까지 경감한다.
1. 시내버스운송사업ㆍ농어촌버스운송사업ㆍ마을버스운송사업 또는 시외버스운송사업
2. 일반택시운송사업 또는 개인택시운송사업
③ 여객자동차 운수사업법 제4조에 따라 여객자동차운송사업 면허를 받거나 등록을 한 자가 같은 법 제3조에 따른 여객자동차운송사업에 직접 사용하기 위하여 천연가스 버스를 취득하는 경우에는 2020년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 2021년 1월 1일부터 2021년 12월 31일까지 취득세의 100분의 75를 경감한다.
④ 여객자동차 운수사업법 제4조에 따라 여객자동차운송사업 면허를 받거나 등록을 한 자가 같은 법 제3조에 따른 여객자동차운송사업에 직접 사용하기 위하여 환경친화적 자동차의 개발 및 보급 촉진에 관한 법률 제2조 제3호에 따른 전기자동차 또는 같은 조 제6호에 따른 수소전기자동차로서 같은 조 제2호에 따라 고시된 전기버스 또는 수소전기버스를 취득하는 경우에는 2021년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.