주택재개발사업의 시행자가 해당 사업의 관리처분계획에 따라 취득하는 주거용 부동산에 대하여 일반적 경과조치를 적용하여 종전 규정에 따라 취득세를 감면하여야 한다는 청구주장의 당부

[참조결정] 조심2020지0565

[주 문] OOO구청장이 2022.1.29. 청구법인에게 한 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 OOO일대에 OOO재개발정비사업(이하 “이 건 재개발사업”이라 한다)을 시행하여 2018.2.27. 공동주택 OOO세대 및 부대복리시설(이하 “이 건 아파트”라 한다)을 취득한 후, 이 중 임대주택 OOO세대(이하 “쟁점주택”이라 한다)에 대하여 2018.4.24. 지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정된 것, 이하 “개정후 지특법”이라 한다) 제74조 제3항 제2호(이하 “개정후 규정”이라 한다)에 따라 OOO%의 취득세 감면율을 적용하여 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였다.
• 나. 이후 청구인은 쟁점주택에 대하여 착공 등의 원인행위 당시 시행되던 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제74조 제3항(이하 “종전규정”이라 한다) 및 개정후 지특법 부칙 제15조를 적용하여 취득세가 면제되어야 한다는 취지로 2021.12.20. 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2022.1.19. 이를 거부하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2022.2.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 종전규정에 따라 이 건 취득세 등이 면제될 것을 기대하여 종전규정이 시행되던 2007.8.16. 쟁점주택을 포함한 이 건 재개발사업의 시행인가, 2014.10.16. 관리처분계획의 인가를 받은 후, 2014.11.5. 착공 등을 하였다. 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 조세에는 개정 전 법령의 시행 당시 이미 과세요건이 모두 충족되어 납세의무가 성립한 조세뿐만 아니라 비록 과세요건이 모두 충족되지는 않았더라도, 납세의무자가 개정 전 법령에 의한 조세 감면 등을 신뢰하여 개정 전 법령의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로서 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에도 이를 적용하여야 할 것이라고 대법원 판례에서도 판시하고 있고, 종전규정은 1995.1.1. OOO시세감면조례 제18조 제1호에 신설되어 2016.12.31. 지방세특례제한법상 감면율이 100분의 75로 축소될 때까지 약 20년간 계속하여 취득세가 면제되는 것으로 규정되어 있었으므로 청구법인이 쟁점주택의 사용승인을 받을 때까지 같은 규정이 유지될 것이라고 기대한 것은 무리가 아닌 것으로 처분청의 이 건 거부처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 개정후 지특법에서 주택재개발시행자가 관리처분계획에 따라 취득하는 주택에 대하여 취득세의 100분의 75를 경감한다고 개정하면서, 부칙 제2조에서 이 법 시행 후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다고 규정하고 있다. 즉, 세금의 부과는 납세의무가 성립되는 과세요건 완성 당시에 유효한 법령의 규정에 의하여야 하며 세법의 개정이 있을 경우 특별한 사정이 없는 한 개정 전후의 법령 중에서 납세의무가 성립할 당시의 법령을 적용하여야 한다. 조세법령상 납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정되어 있지 않는 한 설사 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다 할 것이다. 종전규정 및 개정후 규정 모두 그 유예사항을 명시적으로 규정하지 않았고, 착공신고 완료시 취득세를 면제하겠다는 규정도 없는 한 청구법인의 취득일(2018.2.27.) 당시의 규정인 개정후 규정에 따라 취득세의 100분의 75를 경감하는 것이 타당하다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 주택재개발사업의 시행자가 해당 사업의 관리처분계획에 따라 취득하는 주거용 부동산에 대하여 일반적 경과조치를 적용하여 종전 규정에 따라 취득세를 감면하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 2005.11.16. 설립인가되었고, 이 건 재개발사업은 2007.8.16. 시행인가되었으며, 2010.5.10. 관리처분계획이 인가되었다. (나) 착공신고필증에 의하면, 이 건 아파트는 2014.11.5. 착공신고되었고, 감리보고서에 의하면, 2014년 11월부터 공사가 시작된 것으로 나타난다. (다) 청구법인은 2018.2.27. 이 건 아파트에 대하여 준공인가를 받았다. (라) 도시개발사업에 대한 지방세 감면 규정과 관련한 법령 개정연혁을 보면, 주택재개발사업 등을 시행하여 취득하는 부동산에 대한 지방세 감면 규정은 1995.1.1. 부산광역시세감면조례 제18조에 신설되어 취득세를 면제하는 것으로 규정되어 오다가, 2010.3.31. 지방세특례제한법 제74조 제3항으로 이관되면서 일몰기한이 계속하여 연장되었고, 2016.12.27. 개정후 규정으로 개정되면서 감면율이 75%로 축소되었는바, 관련 법령의 일자별 개정연혁은 아래 ＜표＞와 같다. ＜표＞ 관련 법령 개정연혁 OOO

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 일반적 경과조치 규정은 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전의 규정을 적용하도록 한 특별규정에 해당하므로, 종전의 규정이 장래의 한정된 기간 동안 과세요건의 충족이 있는 경우에도 취득세를 면제하겠다고 명시적으로 규정하는 등 신뢰보호와 관련된 내용을 담고 있고, 납세자가 종전의 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하여 종전의 규정 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에는 예외적으로 종전의 규정이 적용된다고 할 것이다. (나) 청구법인은 종전규정에 따라 쟁점주택 신축에 따른 취득세가 면제될 것임을 신뢰하여 2007.8.16. 이 건 재개발사업의 사업시행자로서 사업시행인가를 받은 후, 2014년 11월부터 쟁점주택 신축을 위한 공사를 시작한 것으로 보이는 점, 종전규정은 1995년에 신설되어 2017년 감면율이 축소될 때까지 약 20년간 계속되었으므로 청구법인이 쟁점주택의 신축공사를 완료할 때까지 동 면제조항이 유지될 것이라고 기대하는 것이 무리가 아닌 것으로 보이는 점, 일반적 경과조치 규정은 종전규정이 시행될 당시에는 납세의무가 성립되지는 아니하였으나 납세자가 종전규정을 신뢰하고 원인행위를 한 경우 이를 보호하고자 하는데 그 취지가 있다고 보이는 점 등에 비추어 쟁점주택은 종전규정 및 쟁점부칙규정을 적용하여 취득세 등의 면제대상으로 보는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제74조(도시개발사업 등에 대한 감면) ③ 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업과 주거환경개선사업을 시행하여 취득하는 대통령령으로 정하는 부동산에 대하여는 2015년 12월 31일까지 취득세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 5년 이내에 지방세법 제13조 제5항에 따른 과세대상이 되거나 관계 법령을 위반하여 건축한 경우에는 면제된 취득세를 추징한다.

(2) 지방세특례제한법 시행령(2015.12.31. 대통령령 제26837호로 개정되기 전의 것) 제35조(환지계획 등에 따른 취득부동산의 초과액 산정기준 등) ③ 법 제74조 제3항 본문에서 "대통령령으로 정하는 부동산"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. 1.도시 및 주거환경정비법 제8조에 따른 주택재개발사업의 시행자가 같은 법 제2조 제2호 나목에 따른 주택재개발사업의 대지 조성을 위하여 취득하는 부동산 2.제1호에 따른 주택재개발사업의 시행자가 해당 사업의 관리처분계획에 따라 취득하는 주거용 부동산 (이하 각 호 생략)

(3) 지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정된 것) 제74조(도시개발사업 등에 대한 감면) ③ 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업과 주거환경개선사업의 시행에 따라 취득하는 제1호부터 제3호까지의 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 2019년 12월 31일까지 경감하고, 제4호 및 제5호의 부동산에 대해서는 취득세를 2018년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 그 취득일부터 5년 이내에 지방세법 제13조 제5항에 따른 과세대상이 되거나 관계 법령을 위반하여 건축한 경우에는 감면된 취득세를 추징한다. 1.도시 및 주거환경정비법 제8조에 따른 주택재개발사업의 시행자가 같은 법 제2조 제2호 나목에 따른 주택재개발사업의 대지 조성을 위하여 취득하는 부동산 2.도시 및 주거환경정비법 제8조에 따른 주택재개발사업의 시행자가 같은 법 제48조에 따른 해당 사업의 관리처분계획에 따라 취득하는 주택 (이하 각 호 생략) 부 칙 ＜법률 제14477호, 2016.12.27＞ 제1조(시행일) 이 법은 2017년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 법률 제12955호 지방세특례제한법 일부개정법률 부칙 제2조의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. 제15조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 지방세를 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.