조세심판원 심판청구

쟁점보증수수료는 ① 건축물이 아니라 토지의 취득가액에 포함되어야 하고, ② 정산된 부분은 감액되어야 한다는 청구주장의 당부

사건번호 조심 2022지0456 선고일 2023-05-01 조세심판원

[요지] 쟁점노인복지시설의 설치·운영자인 청구인은 이 건 부동산의 소유자의 지위에서 쟁점부동산을 무료노인복지시설의 용도에 직접 사용하고 있다고 보는 것이 타당하다 할 것이므로 처분청이 정당한 사유 없이 쟁점부동산의 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하였다고 보아 청구인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.

[주 문] OOO시장이 2021.10.19. 청구법인에게 한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

  • 가. 청구법인은 2003.5.20. 설립되어 토목, 건축 등을 영위하는 법인으로서, OOO지구의 공동주택 및 상가 신축 및 분양사업(이하 “쟁점사업”이라 한다)을 수행하면서 이와 관련하여 (1) 2014.12.29. OOO(이하 “OOO”라 한다)와 OOO토지(OOO㎡, 이하 “쟁점토지”라 한다)에 대한 매매계약을 체결하여 2014.12.29.부터 2019.10.22.까지 연부로 취득(매매)한 후 각 연부취득 시 그 취득가액OOO을 과세표준으로 하고 지방세법제11조 제1항 제7호 나목에 따른 세율(1천분의 40)을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였고, (2) 2018.8.28. 쟁점토지 상에 공동주택(OOO㎡, 이하 “쟁점건물”이라 한다)을 취득(신축)한 후 2018.10.11. 그 취득가액OOO을 과세표준으로 하고 지방세법제11조 제1항 제제3호에 따른 세율(1천분의 28)을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였다. <표> 취득세 등 신고·납부 내역 (단위: 원)
  • 나. 청구법인은 쟁점사업과 관련하여 “OOO의 쟁점토지 매각에 따른 잔대금 지급보증”을 보증내용으로 하여 2016.7.15. OOO(이하 “공제조합”이라 한다)에게 토지대금 지급보증수수료(이하 “쟁점보증수수료”라 한다)로 OOO원을 지급한 후 2019.11.8. 정산받은 OOO원을 제외한 최종 지급액 OOO원을 쟁점토지의 취득가액에 포함하여 신고하였으나, 처분청은 청구법인에 대한 지방세 세무조사 결과, 쟁점보증수수료 금액은 최초 약정액 OOO원이고 이는 쟁점토지가 아니라 쟁점건물의 취득가액에 해당한다고 보아 해당 금액 전체를 쟁점건물의 과세표준으로 하여 2021.10.19. 청구법인에게 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 부과·고지하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.1.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 처분청은 쟁점보증수수료에 대하여 토지의 취득이 아니라 사용승낙을 위하여 토지대금지급보증을 받으면서 지급한 것이고, 그 지급 후 쟁점건물의 착공신고가 이루어졌으므로, 쟁점토지가 아닌 쟁점건물의 취득을 위한 비용이라는 의견이나, 이 건 토지대금지급보증은 그 명칭과 보증대상에서도 명확히 드러나듯이 쟁점토지의 “취득”을 위한 대금을 보증하는 것이고, 또한 쟁점토지 매매계약상으로 매매계약 당사자들 사이에서도 토지대금지급보증이 매매대금의 완납과 동일하게 쟁점토지의 소유권이전(취득)의 법률효과를 발생시키기 위한 요건인 것에 의사가 합치되었음이 자명하므로, 쟁점보증수수료는 쟁점건물이 아니라 쟁점토지의 취득을 위한 비용이다. 청구법인은 쟁점사업을 수행하기 위하여 2014.12.29. OOO로부터 쟁점토지를 매입하였는데, 해당 매매계약상 청구법인이 쟁점토지를 사용하려는 경우에는 매매대금을 완납하거나 보증서 등의 담보를 제공하고 OOO로부터 소유권 이전 또는 사용승낙을 받아야 하였다. 이에 따라 청구법인은 2016.6.24. 및 2016.7.6. 공제조합에 “OOO의 쟁점토지 매각에 따른 잔대금”을 보증내용으로 하는 토지대금지급보증을 신청하였고 공제조합은 그에 대한 토지대급지급보증서를 발행하였으며, 청구법인은 2016.7.15. 공제조합에 쟁점보증수수료를 지급하였다. 지방세법에 따르면, 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액(연부취득의 경우 연부금액)으로 하고, 구체적으로 법인장부 등에 따라 취득가격이 증명되는 취득은 “사실상의 취득가격 또는 연부금액”을 과세표준으로 하며, 그러한 취득가격 또는 연부금액은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 법정 간접비용의 합계액으로 하는바, “토지의 대금과 관련한 보증의 대가로 지급되는 수수료는 토지의 취득가격으로서 취득세 과세표준에 해당한다”는 것이 법원 판례와 조세심판원 결정례의 확립된 법리이다.

① 쟁점보증수수료는 쟁점토지에 대한 매매계약 상 청구법인이 쟁점토지에 대한 사용승낙을 받기 위해서 필수적으로 요구되는 담보(보증서) 제공 과정에서 지출한 것이고, ② 토지대금지급보증 상 보증기간(쟁점토지의 잔금지급일로부터 1년 후까지)과 보증내용(OOO의 쟁점토지 매각에 따른 잔대금 지급 보증) 모두 쟁점토지에 관한 것인바, 이는 쟁점토지를 취득하기 위하여 제3자인 공제조합에 지급한 비용으로서 법문 및 계약의 내용에 비추어 볼 때, 쟁점토지의 취득세 과세표준에 해당한다.

(2) 쟁점보증수수료의 지급원인은 쟁점토지 취득 전에 발생하여, 쟁점토지의 취득가격에 포함되는 것은 분명하나, 그 금액은 청구법인이 당초 지급한 약 OOO원으로 확정된 것이 아니고 해당 금액은 언제까지나 전체 보증기간(잔금지급일로부터 1년 후까지)을 가정하여 임의로 산출된 것이었다. 즉 공제조합은 쟁점보증수수료를 보증금액과 보증기간에 비례하게 책정하여 청구법인이 우선 전체 보증기간을 기준으로 산정한 가정적인 금액을 선급한 후, 향후 실제 대금지급일에 따라 보증기간이 변동되면, 그에 따라 수수료를 확정하여 정산받게 되었다. 그러므로 약정된 기일에 잔금이 지급됨에 따라 보증기간에 변동(단축)이 발생할 경우, 당연히 사후적인 쟁점보증수수료의 감액도 확정적으로 예정되어 있었고, 이는 당사자(보증인과 피보증인)간에 그 정산을 위해 어떤 법률적인 쟁송절차를 요하지도 않을 정도로 너무나 명확한 사안이라 할 것인바, 전체 보증기간보다 1년 먼저 보증내용인 ‘잔대금 지급’이 완료되어 지급보증거래 약정 및 보증주체인 공제조합의 방침에 따라 청구법인이 일부금액을 정산받음으로써 비로소 쟁점보증수수료의 금액이 확정된 이상 취득세의 과세표준으로서 청구법인이 쟁점토지를 취득하기 위해 지급한 쟁점보증수수료는 결국 정산액을 제외한 금액으로 보는 것이 타당하다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 쟁점보증수수료는 쟁점토지를 취득하기 위하여 제3자에게 지급한 비용으로서 쟁점토지의 취득세 과세표준에 해당한다고 주장하나, 청구법인이 매도인과 체결한 쟁점토지에 대한 매매계약서에 따르면, 제3조 제2항에서 “청구법인이 쟁점토지를 사용하려는 경우에는 매매대금을 완납하거나 매도인이 정하는 담보를 제공하고 소유권을 이전받아 사용하기로 한다. 다만, 지적 및 등기공부 정리가 완료되지 않아 소유권이전이 불가능한 때에는 매도인이 정하는 담보를 제공하고 매도인의 사용승낙을 받아 사용하기로 한다”고 정하였고, 특약사항 제4항에서 “계약서 제3조 제2항에 따른 담보를 보증서로 제출하는 경우 보증서상 보증금액은 미납 용지 매매대금전액의 110%로 하고, 보증기간은 최초 도급공사 계약서상 계약기간 만료일로부터 1년까지로 한다”고 하며, 특약사항 제17항에서는 “청구법인은 경계확인 및 건축착공 등 쟁점토지를 사용함에 있어서 사업시행자의 조성공사 시행에 지장을 초래하지 않도록 협의 및 승낙을 득한 후 사용하여야 한다”고 정하고 있는바, 청구법인의 경우, 매매대금을 완납하지 아니한 상태에서 쟁점토지의 ‘취득’이 아닌 ‘사용’을 위하여 상기 계약에 따라 담보를 보증서로 제출하는 과정에서 공제조합에 쟁점보증수수료를 지급한 사실이 확인되고, ‘토지의 사용’이라 함은 특약사항 제17항에서 건축착공 등을 포함하고 있으며, 실제 보증서를 발행받은 직후 쟁점건물의 착공신고를 한 사실이 확인되는 점 등에 비추어 볼 때 쟁점보증수수료는 ‘토지의 취득’이 아닌 ‘건축물의 취득(신축)’을 위하여 지급한 간접비용으로 보아 쟁점건물의 취득세 과세표준에 포함되어야 하는 것이 타당하다.

(2) 청구법인은 쟁점보증수수료 중 일부를 정산받았으므로 정산액은 과세표준에서 제외되어야 한다고 주장하나, 특약사항 제4항에서 담보를 보증서로 제출하려는 경우 보증서상 보증금액(미납 용지 매매대금전액의 110%)과 보증기간(최초 도급공사 계약서상 계약기간 만료일부터 1년까지)의 조건을 정하고 있는바, 청구법인이 해당 계약 조건을 충족하는 보증서를 발급받기 위한 쟁점보증수수료 전액을 일시에 지급하지 않았더라면, 보증서를 통한 쟁점토지의 사용, 즉 쟁점건물의 착공과 취득은 이루어질 수 없었을 것인 점, 아울러, 취득가격은 취득시기를 기준으로 판단하여야 하고, 취득일 이후 발생한 사유(지급 또는 반환)는 취득시점에 적법하게 성립되어 확정된 취득가격에 대해 영향을 미치지 못한다고 할 것이므로, 취득세 납세의무 성립 이후 사후적으로 쟁점보증수수료의 일부를 반환받았다고 하더라도 이미 적법하게 성립한 취득가격에는 영향이 없다고 할 것(행정안전부 지방세운영과-1562, 2018.7.9. 참조)인 점 등을 종합하여 볼 때 처분청에서 쟁점보증수수료 전액이 쟁점건물의 취득세 과세표준에 포함되는 것으로 보아 한 이 건 부과처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁점 쟁점보증수수료는 ① 건축물이 아니라 토지의 취득가액에 포함되어야 하고, ② 정산된 부분은 감액되어야 한다는 청구주장의 당부
  • 나. 관련 법령: <별지>에 기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2003.5.20. 설립된 내국법인으로 토목, 건축 등을 주요 사업으로 영위하고 있다. (나) 매매계약서에 따르면, 청구법인은 2014.12.29. OOO와 쟁점토지에 대한 매수계약을 체결하였고, 계약의 일부 내용은 다음과 같다. (다) 토지대금지급보증신청서 등에 따르면, 청구법인은 2016.6.24. 공제조합에 ‘토지대금지급보증 신청서’를 제출하여 아래 <표>와 같은 내용으로 토지대금지급보증서를 발행받았고, 2016.7.15. 쟁점보증수수료 OOO원 전액을 일시에 지급한 것으로 나타난다. <표> 토지대금지급보증서 내용 (라) 청구법인은 최초 쟁점보증수수료 OOO원의 근거에 대하여 아래 <표>와 같이 보증금액과 보증기간에 비례하게 산정되었다고 주장하고, 이에 대하여 처분청이 다투는 바는 없다. <표> 쟁점보증수수료 최초 산정 내역 (마) 착공신고필증에 따르면, 청구법인은 2016.7.4. 처분청으로부터 쟁점건물에 대한 착공신고필증(착공예정일: 2016.6.29.)을 교부받았고, 이후 2018.8.28. 쟁점건물의 사용승인을 받아 2018.10.11. 쟁점건물에 대한 취득세 등 합계 OOO원을 신고납부하였다. (바) 청구법인은 2014.12.29.부터 2019.10.22.까지 쟁점토지를 연부로 취득하였고, 계정별원장에 의하면 청구법인은 2019.11.8. 공제조합으로부터 기지급한 쟁점보증수수료 OOO원 중 OOO원을 정산(환입 후 최종 지급잔액은 OOO원)받은 것으로 나타나는바, 청구법인은 당초 이 건 토지대금지급보증은 쟁점토지에 대한 매매계약에 따른 잔금지급일인 2019.10.19.로부터 1년 후인 2020.10.18.까지를 보증기간으로 하여 청구법인의 잔금지급을 보증하였는데, 실제로 청구법인은 예정된 위 잔금지급일(보증기간만료보다 1년 먼저)에 잔금을 완납함에 따라 지급보증거래 약정 및 내부방침에 의하여 정산하게 되었다고 주장한다. (사) 청구법인은 쟁점보증수수료의 정산 후 지급잔액을 쟁점토지의 취득가액에 포함한바, 처분청이 제시한 각 연부취득 시 청구법인의 취득세 과세표준의 신고내역은 아래 <표>와 같다. <표> 취득세 과세표준 (단위: 원)

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점보증수수료가 토지대금의 완납 이전 토지의 사용을 위한 것이었고 지급 후 건물 공사를 착공하였으므로 쟁점건물의 취득비용이라는 의견이나, 지방세법 시행령 제18조 제1항에서는 취득가격에 대하여 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 규정한바, 이 건 토지대금지급보증은 그 명칭과 보증대상 자체로 ‘OOO의 동 부동산 매각에 따른 잔대금 지급보증’으로서 청구법인의 쟁점토지 취득을 위한 대금을 보증하는 것으로 나타나는 점, 쟁점토지상에서 건물을 건축하기 위해 이 건 토지대금지급보증이 이루어졌다고 하더라도, 지상에서의 건축을 포함한 토지의 조속한 사용은 토지 소유권의 내용에 포함되므로 쟁점보증수수료는 쟁점토지의 사용․수익을 위한 취득 비용일 뿐 특별히 쟁점건물의 취득을 위한 비용이라고 하기는 어려워 보이는 점, 이 건 토지대금지급보증은 쟁점토지 취득일(2019.10.22.) 이전인 2016.6.24.에 약정이 이루어지고 쟁점보증수수료도 쟁점토지 취득일 이전인 2016.7.15. 완납된 점 등에 비추어 쟁점보증수수료는 쟁점건물의 취득비용이라기 보다 쟁점토지의 취득비용으로 보는 것이 타당하다고 판단된다.

(3) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점보증수수료의 금액이 최초 약정 시 지급금액 OOO원이라는 의견이나, 이 건 토지대금지급보증서상 보증기간은 2016.6.27.∼2020.10.18.까지이었지만, 청구법인은 보증기간 만료 이전인 2019.10.22. 쟁점토지의 대금을 완납하였고 이후 2019.11.8. 공제조합으로부터 특별한 다툼 없이 잔여기간에 대한 보증료를 환급받은 이상, 쟁점토지의 취득시점을 기준으로 한 취득가액은 정산 후 금액인 OOO원으로 확정되었다고 보는 것이 타당하다고 하겠다. 결국 쟁점보증수수료는 쟁점토지의 취득가액으로 OOO원을 산입함이 타당한 것으로 보이므로, 처분청이 쟁점건물의 취득가액으로 OOO원을 산입하여 이 건 취득세 등을 부과한 데에는 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제96조 제7항, 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 지방세법(2018.12.31. 법률 제16113호로 일부개정되기 전의 것) 제10조(과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부(年賦)로 취득하는 경우에는 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며, 취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다. 이하 이 절에서 같다)으로 한다.

② 제1항에 따른 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 제4조에서 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.

⑤ 다음 각 호의 취득(증여ㆍ기부, 그 밖의 무상취득 및 소득세법 제101조제1항 또는 법인세법 제52조제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.

1. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합으로부터의 취득

2. 외국으로부터의 수입에 의한 취득

3. 판결문ㆍ법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득

4. 공매방법에 의한 취득

5. 부동산 거래신고 등에 관한 법률 제3조에 따른 신고서를 제출하여 같은 법 제5조에 따라 검증이 이루어진 취득

(2) 지방세법 시행령(2018.12.31. 대통령령 제29437호로 일부개정되기 전의 것) 제18조(취득가격의 범위 등) ① 법 제10조제5항 각 호에 따른 취득가격 또는 연부금액은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다. 다만, 취득대금을 일시급 등으로 지급하여 일정액을 할인받은 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.

1. 건설자금에 충당한 차입금의 이자 또는 이와 유사한 금융비용

2. 할부 또는 연부(年賦) 계약에 따른 이자 상당액 및 연체료. 다만, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우는 취득가격에서 제외한다.

3. 농지법에 따른 농지보전부담금, 산지관리법에 따른 대체산림자원조성비 등 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용

4. 취득에 필요한 용역을 제공받은 대가로 지급하는 용역비ㆍ수수료

5. 취득대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자 조건 부담액과 채무인수액

6. 부동산을 취득하는 경우 주택도시기금법 제8조에 따라 매입한 국민주택채권을 해당 부동산의 취득 이전에 양도함으로써 발생하는 매각차손. 이 경우 행정안전부령으로 정하는 금융회사 등(이하 이 조에서 “금융회사등”이라 한다) 외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융회사등에 양도하였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다.

7. 제1호부터 제6호까지의 비용에 준하는 비용

원본 출처 (국세법령정보시스템)