조세심판원 심판청구 법인세

청구법인이 ‘종교단체가 종교행위를 목적으로 하는 사업에직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산’로 보아 취득세를 감면받은 당초부동산 중 일부인 쟁점부동산이 ‘정당한 사유 없이 취득일로부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것’으로 보아 그 취득세 등을 부과·고지한 처분의 당부

사건번호 조심 2022지0388 선고일 2022-07-13 조세심판원

[요지] 청구인이 제시한 증빙 등으로는 쟁점부동산이 그 취득일로부터 3년 내에 ○○○○○○의 본점소재지가 아니라 종교목적에 직접 사용하였다는 사실을 입증할 만큼 객관적으로 입증되었다고 보기 어렵다고 보이므로 지특법 제50조 제1항 제2호에 따라 쟁점부동산에 대하여 취득세 등을 부과한 처분청의 당초 처분에 달리 잘못이 없다고 판단됨.

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

  • 가. 청구인은 2017.4.12. OOO소재 대지 OOO㎡ 및 지층·지상 2층의 건물 연면적 OOO㎡(이하 토지분은 “당초토지”, 건물분은 “당초건물”이라 하고 이를 함께 “당초부동산”이라 한다)를 aaa으로부터 OOO원에 취득하면서 처분청에 위 부동산이 지방세특례제한법(이하 “지특법”이라 한다) 제50조 제1항에 따른 ‘종교단체가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산’에 해당하는 것으로 감면신청을 하여 취득세를 감면받았다.
  • 나. 처분청은 2019.9.13. 당초부동산에 대한 현장확인을 실시하여, 청구인이 위 부동산 중 지층을 그 취득일로부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 청구인에게 2021.10.18. 지특법 제50조 제1항 제2호에 따라 위 부동산의 토지 중 OOO㎡와 건물 중 OOO㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)에 대한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 부과·고지하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2021.10.26. 이의신청을 거쳐 2022.1.24 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구인 주장

(1) 당초부동산은 종헌개정, 대표자 변경, 여러 사정 등에 따라 비록 명의변경은 있었으나, 토지는 AAA 명의로 1977.12.31. 소유권이전등기를, 1984.4.12. 건물에 대한 소유권보존등기를 마친 후 30년 이상 증개축 없이 종교시설인 사찰로 사용하여 왔다. 2011년 1월경 종헌개정에 따라 청구인이 AAA에서 BBB로 변경하면서 OOO에 본사 사찰을 신축하기 위한 공사비를 마련하기 위하여 당초부동산을 담보로 금융기관으로부터 대출을 받고자 하였으나, 명의자가 종교단체인 경우 대출이 되지 않아 불가피하게 당시 청구인 OOO사찰의 주지로 있던 aaa의 명의로 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마친 후 대출을 받아 본사사찰을 건축하게 되었다. 이후 다시 당초부동산을 청구인 명의로 회복하고자 2017.4.12. 다시 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마치게 된바, 청구인은 당초부동산의 부동산등기부상 명의만을 일시적으로 변경되었을 뿐 오랜 기간 변함없이 종교시설로 사용되어 온 당초부동산에 대하여 취득세 등이 부과될 것이라고는 생각하지 못하였다.

(2) 사정이 이러함에도 일시적인 소유권이전등기에 따른 명의변경에 대하여 지특법 제50조 제1항에 따른 취득세 감면에 대하여 정당한 사유 없이 쟁점부동산을 종교행위를 목적으로 하는 사업을 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 사용하지 않았다고 보아 이 건 취득세 등을 부과처분한 것은 아래와 같이 위법·부당하다. (가) 위와 같이 당초부동산은 당초 종교시설로 건축되어 30년 이상 계속 종교시설로 사용하여 오면서 당초건물 1층은 신도들이 공양할 수 있는 식당과 스님들이 기거하는 공간으로 2층은 법당으로 사용하여 온바, 처분청이 문제 삼은 당초건물 지하층은 원래 사찰을 찾는 신도들이 기도를 한 후 잠시 쉬거나, 때때로 사찰을 찾아오는 신도 내지 학생들의 공부방 내지 기타 지역 어르신들의 모임장소로 사용하였고, 무엇보다 부처님 오신 날 행사시 1층 식당 공간이 부족할 때 식당과 행시준비를 위한 물품보관 장소 등으로 사용하여 왔다. (나) 당초건물의 노후로 인한 균열과 누수가 발생하여 지하층 천정과 벽면에도 누수가 발생하여 천정 벽지가 처져 떨어지고 벽면에 곰팡이가 발생하는 등 대대적인 하자수리를 위하여 잠시 비워두게 되었으나, 2020년 1월경부터 코로나19에 따른 사회적 거리두기 등으로 사찰을 찾아오는 신도들이 없어 하자보수공사를 하지 못한 상태에서 방치하게 되었다. 이후 코로나19와 사회적 거리두기가 완화되면 지하층 등에 대한 전면적인 보수공사를 하여 예전과 같이 신도들이 공양을 하면서 잠시나마 쉴 수 있는 공간으로 제공하고자 준비 중이었고, 처분청도 2021.9.13. 당초부동산에 대한 현지확인을 하여 누수 등으로 당초건물 지하층을 사용할 수 없었음을 담당공무원이 직접 확인한 바 있다. (다) 처분청은 쟁점부동산이 2016년∼2021년 초경 종교행위 목적이 아닌 주식회사 CCC(이하 “CCC”라 한다)이 사무실로 사용하면서 인터넷을 통해 식품판매를 하였다는 의견이나, CCC는 당초 OOO에서 보이차 수입판매 쇼핑몰을 운영하였으나 2011.12.29. OOO에서 별도의 지점을 사업자등록하고 사업을 운영하였고, 2013년 3월경 위 본점 일대가 주택재개발에 들어가게 되자 당시 청구인의 오랜 신도였던 CCC의 대표가 CCC의 본점 소재지를 옮길 마땅한 장소가 없다하여 쟁점부동산 소재지로 변경하도록 허락하여 CCC는 쟁점부동산 소재지로 본점 소재지를 옮기게 되었다. 그러나 CCC 본점에서는 매출이 없이 실제 영업은 OOO지점과 OOO지점에서 이루어진 것으로 실제 쟁점부동산 소재지에서 영업을 한 사실은 없고 OOO본점에서 매입이 발생한 것은 CCC에 등록된 차량이 있기 때문으로 매출이 없었으며, 처분청의 현장확인 당시에도 당초건물 지하층은 누수와 곰팡이가 심하여 몇 년간 사용할 수 없는 상태로 그러한 곳을 CCC가 사무실이나 농산물 가공으로 사용할 수 없으며 처분청 역시 당초건물 지하가 그러한 사용한 흔적이 없다는 것을 확인하였을 것이며 더욱이 청구인이 이를 종교시설 외 다른 목적으로 수익을 올린 사실도 없다.

(3) 지특법 제50조 제2항 제2호에 따른 정당한 사유와 관련하여 위와 같이 당초부동산은 하나의 건물로 형성된 사찰로 30년 이상 형상변경 없이 종교시설로 사용되어 왔고 무엇보다 2020년 1월경 코로나19 발생 이전에는 신도들이 스스로 당초건물 지하층을 관리하면서 공부방 또는 무료급식장소 등으로 사용하여 오다가 사회적 거리두기 규제에 따라 사용하지 못하게 되었으며 건물 노후와 누수에 따라 어쩔 수 없이 사용하지 못한 것인바, 일시적으로 당초건물 지하층을 사용하지 못하였다고 하더라도 불가피한 사유로 사용하지 못한 것으로 정당한 사유에 해당함에도 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 위법·부당하다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구인은 당초부동산에 대하여 지특법 제50조 제1항에 따른 취득세 면제를 받은바, 당초부동산을 취득한 날로부터 3년 후인 2020년 4월경까지 당초부동산 전체를 종교용도로 사용하였어야 할 것이다. CCC는 법인등기부상 2020.12.21.까지 쟁점부동산 소재지에 본점이 등록되어 있다가 이후 OOO으로 본점을 이전하였고, 사업자등록 역시 2021.1.5.까지 쟁점부동산 소재지에 사업자등록 되어 있다가 OOO으로 이전하였으며, 2017∼2020사업연도에 대한 법인세 역시 쟁점부동산 관할세무서장에게 신고·납부하였고 2017∼2020년 쟁점부동산 소재지로 부과된 법인균등분 주민세 역시 납부하였다. 수입식품등 수입·판매업과 통신판매업 등록에 따른 2017∼2021년분 등록면허세 역시 쟁점부동산 소재지에 부과된 것을 납부하였고 식품의약품안전처의 누리집(식품안전나라)에서도 CCC는 쟁점부동산 소재지가 그 소재지로 나타나며 지도 누리집(카카오맵)에서도 쟁점부동산 소재지를 검색하면 CCC가 표시된다.

(2) 처분청 담당공무원은 2021.9.13. 16:30경 당초부동산을 현지확인한 바, 당시 당초부동산 1층에 거주하는 비구니 스님의 진술에 의하면 ‘지하층은 2021년초까지 CCC가 사무실로 사용하면서 인터넷으로 식품 등을 판매하다가 2021년 초에 OOO으로 사무실을 옮겼다’고 진술하였고 이러한 진술은 CCC가 2017년∼2020년말(또는 2021년 초)까지 당초건물 지하층을 사업장으로 사용하였음을 보여주는 다른 증거와도 정확하게 일치한다.

(3) 처분청 담당공무원이 위 비구니 스님의 안내에 따라 당초건물 지하층을 현장확인할 당시 지하층은 전체가 공실상태로 벽지가 뜯어져 있고 곰팡이가 피어있었던 바, 쟁점건물의 노후와 누수 등으로 지하층을 공실상태로 비워두었다가 2020년 1월경부터 코로나19에 따른 사회적 거리두기 등으로 찾아오는 신도들이 없어 하자수리를 하지 못한 상태로 두었다는 청구인의 주장을 인정하더라도 이는 결국 청구인이 쟁점부동산을 취득한 날로부터 3년 후인 2020년 4월경까지 종교용도로 직접 사용하지 않았음을 자인하는 것에 불과하다. 코로나19에 따른 사회적 거리두기는 2020.3.22. 최초 실시되었다가 2020.4.4. 2주 연장되었는데, 종교시설의 경우 방역수칙(출입구에서 발열·호흡기 증상 확인, 종교행사 참여자 간 간격 1∼2m 유지, 단체 식사 제공 금지 등)을 준수하도록 하는 내용은 있지만 종교시설 자체에 대한 사용금지나 제한은 없는 것을 확인할 수 있으므로, 그러한 사유가 CCC가 쟁점부동산을 사업장으로 사용하다가 이후에는 공실로 방치한 것에 종교용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다. 청구인은 쟁점부동산을 취득일로부터 3년 내에 종교목적에 직접 사용하였다는 사실을 입증할 만한 객관적인 증빙을 제출하지 못하는 이상 쟁점부동산에 대하여 지특법 제50조 제1항 제2호에 따라 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁점 청구법인이 ‘종교단체가 종교행위를 목적으로 하는 사업에직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산’로 보아 취득세를 감면받은 당초부동산 중 일부인 쟁점부동산이 ‘정당한 사유 없이 취득일로부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것’으로 보아 그 취득세 등을 부과·고지한 처분의 당부
  • 나. 관련 법률 지방세특례제한법 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “고유업무”란 법령에서 개별적으로 규정한 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다.

2. “수익사업”이란 법인세법제3조 제3항에 따른 수익사업을 말한다.

8. "직접 사용"이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다. 제50조(종교단체 또는 향교에 대한 면제) ① 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

1. 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우

2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 제시한 자신의 고유번호증에는 2010.12.30. ‘OOO’을 단체명으로, ‘당초부동산 소재지’를 소재지로, 대표자는 ‘bbb’로, 교부사유는 ‘대표자변경’으로 기재되어 있다. 당초토지의 부동산등기부에는 1977.12.30. 매매를 원인으로 AAA으로 소유권이전등기가 마쳐졌다가, 2011.2.22. 그 대표자가 ccc에서 현 대표자인 bbb로 변경되었고, 2011.4.29. aaa에게 매매를 원인으로 소유권이전등기가 마쳐진 후 2017.4.12. 다시 청구인(BBB, 대표자 bbb)으로 소유권이전등기가 마쳐졌다. 당초건물은 1984.4.12. AAA이 소유권보존등기하였다가 이후 쟁점토지와 동일하게 대표자 변경에 대한 기재되었고, aaa에게 소유권이전등기된 후 다시 청구인에게 소유권이전등기가 이루어졌다. 당초부동산에는 2011.5.13. aaa을 채무자로 하고 근저당권자를 OOO을 근저당권자로 하여 채권최고액 OOO원의 근저당권설정등기가 이루어진 후 현재는 채무자를 bbb로 하고 채권자를 OOO로 하는 OOO원의 근저당권 설정등기가 이루어져 있다.

(2) CCC의 법인등기부에 따르면, CCC는 2007.6.18. 주식회사 DDD로 설립(목적: 건강보조식품 제조 및 판매업 등)되어, 당초 본점소재지는 OOO이었다가 2013.10.15. 당초부동산 소재지로 변경된 후 2020.12.29. OOO으로 이전한 것으로 기재되어 있다. 위 법인등기부에 따르면 aaa은 2009년∼2011년경 대표이사와 2011년∼2020년경 감사에 취임하였고, 2014년∼2020년경에는 ddd이 사내이사였다가 현재 대표이사는 eee과 fff이다. CCC는 본점 이외에 OOO에 OOO공장이, OOO에 OOO지점이, OOO에 OOO지점이 있는 것으로 기재되어 있다. 처분청이 OOO세무서장로부터 회신받은 CCC의 법인세 신고·납부 및 부가가치세 신고·납부내역은 아래 <표1>·<표2>와 같고, 이외에도 처분청은 CCC가 처분청에 납부한 등록면허세, 주민세, 법인지방소득세 납부내역을 제출하였다. <표1> CCC의 법인세 신고·납부내역 OOO <표2> CCC의 부가가치세 신고·납부내역 OOO 처분청은 식품의약품안전처의 누리집(식품안전나라)에서 CCC를 조회한 내용에는 업종을 ‘수입식품등 수입·판매업’, 대표는 ‘OOO’, 소재지는 쟁점부동산 소재지가 기재되어 있고, 지도 누리집(카카오맵)에서 당초부동산 소재지를 검색하면 ‘OOO’, ‘OOO’과 함께 ‘CCC’가 검색된다고 제시하였다.

(3) 처분청은 2021.9.13. 16:30경 당초부동산에 대한 현장확인을 실시한바, 그 현장확인 사항은 아래 <표3>과 같고, 당시 촬영한 사진은 아래 <표4>와 같다. <표3> 처분청의 현장확인 내용 OOO <표4> 처분청이 촬영한 당초건물 지하층 사진 OOO

(4) 청구인이 제시한 당초건물 지하층 사진은 아래 <표5>와 같다. <표5> 청구인이 제시한 당초건물 지하층 사진 OOO

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 비영리사업자가 부동산을 그 사업에 사용하는지 여부는 사업 목적과 부동산의 취득 목적 등을 고려하여 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 하고, 이는 주된 용도가 비영리사업 자체에 직접적·연속적·영구적으로 사용되는 것을 뜻한다 할 것이며, 지특법 제50조의 “직접 사용”에 해당하는지 여부는 종교를 목적으로 하는 단체의 종교의식, 종교교육, 선교활동 등에 직접 사용되고 있는지 여부를 구체적·객관적으로 판단하여야 할 것이다. (나) CCC의 법인등기부에 따르면 CCC는 2013.10.15. 당초건물 지하층에 본점 소재지를 이전한 후 2020.12.29.까지 소재하였고 관할세무서장에 대한 사업자등록 역시 이와 동일하고 CCC는 당초건물 지하층을 본점 소재지로 하여 법인세와 본점의 부가가치세를 신고하였으며, 이외 면허등록세, 주민세 등에 대한 납세고지서 역시 당초건물 지하층으로 송달된 것을 납부한 것으로 보이고 다른 행정기관인 식품의약품안전처에도 당초부동산 지하층을 CCC의 소재지로 신고한 것으로 보이는 반면 달리 당초건물 지하층 이외에 CCC 본점이 실제 소재하였다고 볼만한 장소 등은 확인되지 아니한다. (다) 이에 청구인은 당시 CCC 대표자의 부탁으로 당초건물 지하층을 본점 소재지로 사용하도록 허락하였다고 주장하나, 청구인이 제시한 사정을 감안하더라도 위와 같이 7년 이상 기간에 CCC가 오로지 명목상으로만 사용할 목적으로 당초건물 지하층에 본점 소재지를 두었다는 것은 쉽게 납득하기 어려운 점, 처분청은 당초부동산을 현장확인할 당시 당초건물 1층에 거주하는 비구니 스님에게 당초건물 지하층에 대하여 문의하자 ‘2016년∼2021년 초까지 CCC가 사무실로 사용하다가 2021년 초 OOO으로 옮겼고 현재는 비어있다’는 취지로 진술하였다고 제시하고 있는바 이러한 진술내용은 위 법인등기부 등의 기재내용과 상당부분 일치하는 것으로 보이는 점, 처분청이 현장확인한 때는 CCC가 그 법인등기부상 본점소재지를 OOO으로 이전한 2020.12.29.로부터 약 8개월이 경과한 2021.9.13.인데, 위 현장확인 당시 촬영된 사진 등으로는 당초건물 지하층이 CCC가 사무실로 사용한 것이 아니라는 청구인의 주장이 입증되었다고 보기 어려운 점, 이외 청구인이 제시한 증빙 등으로는 쟁점부동산이 그 취득일로부터 3년 내에 CCC의 본점소재지가 아니라 종교목적에 직접 사용하였다는 사실을 입증할 만큼 객관적으로 입증되었다고 보기 어렵다고 보이므로 지특법 제50조 제1항 제2호에 따라 쟁점부동산에 대하여 취득세 등을 부과한 처분청의 당초 처분에 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)