쟁점법인이 소유한 취득세 과세대상 물건의 취득 이후에 발생한 이자비용 등을 착오로 자본화한 것이므로 이러한 금액은 과점주주 취득세 과세표준에서 제외되어야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구인들 중 aaa이 주식회사 AAA(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 총 발생주식 OOO주 중 OOO주를 소유하고 있던 상태에서, 2019.7.1. aaa의 배우자 및 자녀인 나머지 청구인들이 추가로 쟁점법인의 주식 OOO주를 취득하여 청구인들은 쟁점법인의 총 발행주식 OOO%를 소유한 과점주주가 되었다.
• 나. 처분청은 청구인들이 과점주주에 대한 취득세를 신고납부하지 아니한 사실을 확인하고 쟁점법인의 취득세 과세대상 물건의 장부가액 OOO원을 과세표준으로 하여 산정한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 2021.11.11. 청구인들에게 부과․고지하였다.
• 다. 청구인들은 이에 불복하여 2022.1.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인들 주장 쟁점법인은 2014.5.13. OOO필지 임야 OOO㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 경매로 취득한 후 2016.10.11.과 2019.7.5. 그 지상에 건축물(이하 “이 건 건축물”이라 한다)을 신축하여 일부는 보유하고 일부는 처분하였다. 쟁점법인은 이 건 토지와 건축물의 취득과 관련하여 발생한 이자비용 중 일부는 영업외 비용으로, 일부는 자본적 지출로 각각 회계처리하였는바, 자본적 지출로 처리한 이자비용 중 일부는 이 건 토지와 건축물의 취득 이후에 발생한 비용이고, 일부는 과점주주가 된 이후에 발생한 이자비용이므로 이러한 비용은 과점주주 취득세 과세표준에서 제외되어야 하는 비용에 해당된다 할 것이다. 또한, 쟁점법인은 이 건 토지 및 건축물과 관련하여 지출한 재산세 등의 비용을 착오로 수익적 지출이 아닌 자본적 지출로 회계처리하였는바, 이러한 비용도 과점주주 취득세 과세표준에서 제외되어야 할 것이다.
• 나. 처분청 의견 과점주주가 된 때에 법인의 자산을 취득한 것으로 의제됨에 따라 과세되는 과점주주 취득세의 과세표준은 취득 의제 당시의 해당 법인의 자산총액을 기준으로 산정하여야 하고, 이 경우 과세표준을 해당 법인의 결산서 기타 장부 등에 의한 자산총액을 기초로 산출하는 경우에는 취득의제 당시의 장부가액을 기준으로 과세표준액을 산출하여야 할 것이며, 과점주주 취득세 과세표준은 해당 주식을 취득한 당시의 법인장부를 기준으로 판단하는 것이므로, 법인이 부동산을 취득할 당시에 취득세가 비과세되었는지, 그 당시에 납부한 취득세 등이 자본화되면서 취득세의 과세표준을 구성하고 있다는 등의 사정을 고려할 이유는 없는 것이라 할 것이고, 통상적인 법인의 부동산 취득의 경우에는 청구인들의 주장과 같이 지방세법 시행령제18조 제1항에 다른 취득시기를 기준으로 그 후에 발생한 이자비용 및 제세공과금 등의 가액은 과세표준에서 제외하는 것이지만, 이러한 법인의 부동산 취득과는 달리 과점주주 취득의 경우에는 과점주주 취득 의제일을 기준으로 지방세법(2021.12.28. 법률 제18655호로 개정되기 전의 것) 제10조 제4항에 따라 법인의 결산서 등에 따른 취득세 과세대상 자산총액을 과세표준으로 산정하는 것이라 할 것인바, 쟁점법인의 취득세 과세대상 부동산의 취득 이후에 발생한 이자비용 및 제세공과금 등을 자본화한 경우에는 과점주주의 취득세 과세표준에 포함된다 할 것이므로, 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 적법하다 하겠다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 쟁점법인이 소유한 취득세 과세대상 물건의 취득 이후에 발생한 이자비용 등을 착오로 자본화한 것이므로 이러한 금액은 과점주주 취득세 과세표준에서 제외되어야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세기본법 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

34. “특수관계인”이란 본인과 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 이 법 및 지방세관계법을 적용할 때 본인도 그 특수관계인의 특수관계인으로 본다.

• 가. 혈족ㆍ인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계 제46조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(주식을 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에 상장한 법인은 제외한다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일(이에 관한 규정이 없는 세목의 경우에는 납기개시일) 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 소유주식수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

2. 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들(이하 “과점주주”라 한다)

(2) 지방세기본법 시행령 제2조(특수관계인의 범위) ① 지방세기본법(이하 “법”이라 한다) 제2조제1항제34호가목에서 “혈족ㆍ인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계(이하 “친족관계”라 한다)를 말한다.

1. 6촌 이내의 혈족

2. 4촌 이내의 인척

3. 배우자(사실상의 혼인관계에 있는 사람을 포함한다)

4. 친생자로서 다른 사람에게 친양자로 입양된 사람 및 그 배우자ㆍ직계비속

(3) 지방세법 제7조(납세의무자 등) ⑤ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 지방세기본법제46조 제2호에 따른 과점주주(이하 “과점주주”라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등(법인이 신탁법에 따라 신탁한 재산으로서 수탁자 명의로 등기ㆍ등록이 되어 있는 부동산등을 포함한다)을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다. 이 경우 과점주주의 연대납세의무에 관하여는 지방세기본법 제44조를 준용한다. 제10조(과세표준) ④ 제7조 제5항 본문에 따라 과점주주가 취득한 것으로 보는 해당 법인의 부동산등에 대한 과세표준은 그 부동산등의 총가액을 그 법인의 주식 또는 출자의 총수로 나눈 가액에 과점주주가 취득한 주식 또는 출자의 수를 곱한 금액으로 한다. 이 경우 과점주주는 조례로 정하는 바에 따라 과세표준 및 그 밖에 필요한 사항을 신고하여야 하되, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 과세표준보다 적을 때에는 지방자치단체의 장이 해당 법인의 결산서 및 그 밖의 장부 등에 따른 취득세 과세대상 자산총액을 기초로 전단의 계산방법으로 산출한 금액을 과세표준으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구인들이 제출한 심리자료는 다음과 같다. (가) 주식양도계약서 3매와 주식등변동상황명서서에서 아래 ＜표1＞과 같이 주식양수도가 이루어진 것으로 확인된다. ＜표1＞ 주식양도계약서상 주식양도내역 OOO (나) 청구인들이 취득세 과세표준에서 제외되어야 한다고 주장하는 내역은 아래 ＜표2＞, ＜표3＞과 같다. ＜표2＞ 신축건물 취득가액으로 계상한 이자비용 OOO ＜표3＞ 건축물에 자본화한 제세공과금 OOO (다) 쟁점법인이 이 건 토지 및 건축물의 취득과 관련하여 OOO지점에서 대출받은 내역은 아래 ＜표4＞와 같다. ＜표4＞ 대출내역(2019.7.1. 현재) OOO (라) 쟁점법인은 이 건 토지 중 OOO필지 토지상에 2015.8.10. 건축공사에 착공하여 2016.10.11. 2개동의 건축물을 신축하였고, 다른 2필지 토지상에 2018.5.29. 건축공사에 착공하여 2019.7.5. 1개동의 건축물을 신축한 것으로 나타난다. (마) 쟁점법인은 이 건 토지의 가액과 건축물 신축가액을 모두 완성건물의 장부가액으로 계상하여 결산서상 재고자산으로 구분하고 있으며, 2018년도 결산서상 완성건물의 장부상 가액은 OOO원이고, 처분청은 이러한 장부상 가액 중 쟁점법인이 2019.7.5. 신축한 건축물과 관련된 이자비용과 그 지목변경 비용 및 건축비용은 과점주주 취득세 과세표준에서 제외한 것으로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살펴본다 청구인들은 쟁점법인이 이자비용 및 제세공과금을 착오로 자본적지출로 장부상 계상한 것이므로 이러한 비용을 과세표준에서 제외하여야 한다고 주장하나, 지방세법제10조 제4항에서 제7조 제5항 본문에 따라 과점주주가 취득한 것으로 보는 해당 법인의 부동산등에 대한 과세표준은 그 부동산등의 총가액을 그 법인의 주식 또는 출자의 총수로 나눈 가액에 과점주주가 취득한 주식 또는 출자의 수를 곱한 금액으로 하며, 이 경우 과점주주는 조례로 정하는 바에 따라 과세표준 및 그 밖에 필요한 사항을 신고하여야 하되, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 과세표준보다 적을 때에는 해당 법인의 결산서 및 그 밖의 장부 등에 따른 취득세 과세대상 자산총액을 기초로 전단의 계산방법으로 산출한 금액을 과세표준으로 한다고 규정하고 있다. 위 규정에서의 자산총액이라 함은 취득 당시 취득원가 뿐만 아니라 취득 이후에 발생한 자본적 지출로 인한 비용도 모두 포함하는 법인장부상 자산총액을 의미한다고 보아야 할 것으로서, 쟁점법인이 토지와 건축물 취득 이후에도 이와 관련된 차입금의 이자비용 등을 자본화하여 장부가액으로 계상한 이상 이러한 법인장부상의 자산총액을 기준으로 과점주주의 취득세 과세표준을 산정하여야 하는 것이며, 과점주주가 되기 이전에 이자비용 등을 자본화한 것이 회계오류라고 한다면 이를 수정하는 등의 절차를 거쳐야 할 것인데 쟁점법인이 이러한 장부가액을 수정한 사실도 확인되지 아니하므로, 처분청이 쟁점법인이 취득세 과세대상 물건의 장부가액을 기준으로 과점주주 취득세 과세표준을 산정하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제80조2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.