쟁점토지가「지방세특례제한법」제11조 제2항에 따른 “농업법인이 영농에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산”에 해당하는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2020.3.4. OOO필지 토지 합계 OOO㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득(매매)한 후, 취득세 신고 시 그 취득가액을 과세표준으로 하고지방세특례제한법(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정된 것) 제11조 제1항 및 부칙 제8조에 따라 “농업법인이 영농에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산”으로 하여 취득세 등 합계 OOO원을 감면받았다.
• 나. 처분청은 청구법인이 쟁점토지 취득일부터 1년이 경과할 때까지 정당한 사유 없이 영농에 직접 사용하지 아니하였고, 쟁점토지를 취득할 당시 농업경영정보 등록을 하지 아니한 것으로 보아 2021.12.20. 청구법인에게 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(가산세 포함, 이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과‧고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.1.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 AAA(주)와의 협업으로 다수의 개를 사육·연구하고 견사를 짓기 위한 목적으로, 이와 관련된 인허가를 신청하고 쟁점토지를 취득하였는바, 청구법인은 쟁점토지를 농업용으로 사용하였다고 보아야 한다. 또한 청구법인은 기업부설연구소 인정을 받고, 쟁점토지 취득 후 1년이 되지 않은 시점부터 이를 사용하고 견사를 관리하였으므로 농업회사 본래의 목적으로 농업용으로 사용하고 있다고 봄이 타당하다. 설령 제3자인 AAA(주) 명의의 건축물로 인해 농업용으로 인정되지 않는다고 하더라도, 쟁점토지의 OOO평 부지 중에서 해당 건물이 차지하는 면적 OOO평만에 대한 취득세를 추징하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 납세의무 성립일인 쟁점토지 취득일(2020.3.4.) 이전부터 농업경영정보를 현재까지 등록하지 않았기 때문에 감면율을 당초 신고(감면율 100%)와 달리 감면율 50%로 적용하여야 한다. 또한 쟁점토지 지상에는 청구법인의 소유가 아니라 제3자 소유의건축법등 위반 건축물이 있는 점에서 이를 직접 사용하였다고 볼 수도 없다. 한편 AAA(주)가 소유하는 불법건축물의 대지면적이 OOO평에 이르는 점에서 청구주장을 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점토지가지방세특례제한법제11조 제2항에 따른 “농업법인이 영농에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산”에 해당하는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정된 것) 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다. 제11조(농업법인에 대한 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농업법인 중 경영상황을 고려하여 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)이 대통령령으로 정하는 기준에 따라 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내(대통령령으로 정하는 청년농업법인의 경우에는 4년 이내)에 취득하는 농지, 관계 법령에 따라 농지를 조성하기 위하여 취득하는 임야 및 제6조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설에 대해서는 취득세의 100분의 75를 2020년 12월 31일까지 경감한다. 2.농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률제19조에 따른 농업회사법인

② 농업법인이 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 각각 2020년 12월 31일까지 경감한다.

③ 제1항 및 제2항에 대한 감면을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 부칙＜제16865호, 2020.1.15.＞ 제8조(종전 농업법인에 대한 감면에 관한 특례) 2020년 1월 1일 전에 법인설립등기를 한 농업법인이 영농에 사용하기 위하여 그 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 농지, 관계 법령에 따라 농지를 조성하기 위하여 취득하는 임야 및 제6조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설에 대해서는 제11조 제1항 각 호 외의 부분의 개정규정에도 불구하고 취득세를 면제한다. 이 경우 면제된 취득세의 추징에 관하여는 제11조 제3항을 적용한다. 제11조(종전 농업법인에 대한 감면에 관한 경과조치) ① 제11조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인이 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산과 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 제11조 제1항 각 호 외의 부분의 개정 규정에도 불구하고 같은 조 제2항에 따라 취득세 및 재산세의 100분의 50을 각각 2020년 12월 31일까지 경감한다. (이하 생략)

(2) 지방세특례제한법 시행령(2020.1.15. 대통령령 제30355호로 개정된 것) 제5조의2(농업법인의 기준 등) ① 법 제11조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 법인”이란농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률제4조 제1항에 따라 농업경영정보를 등록(이하 이 조에서 “농업경영정보등록”이라 한다)한 농업법인(설립등기일부터 90일 이내에 농업경영정보 등록을 한 농업법인을 포함한다)을 말한다.

(3) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제4조(농어업경영정보의 등록) ① 농어업ㆍ농어촌에 관련된 융자ㆍ보조금 등을 지원받으려는 농어업경영체는 다음 각 호의 사항(이하 “농어업경영정보”라 한다)을 등록하여야 한다. 등록한 사항 중 대통령령으로 정하는 중요한 사항이 변경된 경우에도 또한 같다.

1. 농업경영체:농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법제40조 에 따른 농지ㆍ축사ㆍ임야ㆍ원예시설 등 생산수단, 생산농산물, 생산방법 및 가축사육 마릿수 등 농업경영 관련 정보 및 융자ㆍ보조금 등의 수령정보로서 대통령령으로 정하는 것(이하 “농업경영정보”라 한다) 제19조(농업회사법인 및 어업회사법인의 설립신고 등) ① 농업의 경영이나 농산물의 유통ㆍ가공ㆍ판매를 기업적으로 하려는 자나 농업인의 농작업을 대행하거나 농어촌 관광휴양사업을 하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농업회사법인을 설립할 수 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 농산물의 생산‧유통‧가공‧판매업 등을 목적사업으로 하여 2019.9.30. 설립된 농업회사 법인으로, 2020.3.4. 쟁점토지를 취득(매매)한 후, 취득세 신고 시 쟁점토지를 ‘농업법인이 영농에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산’으로 하여 해당 취득세 등을 감면받았다. (나) 처분청은 ① 쟁점토지에 청구법인의 소유가 아니라 제3자 소유의건축법등 위반 건축물이 있고, ② 청구법인은 쟁점토지 취득 당시 농업경영정보를 현재까지 등록하지 아니하였다는 사유로 이 건 취득세 등을 부과·고지하였다. ＜표＞ 이 건 취득세 고지내역 OOO (다) 청구법인은 농업경영정보를 쟁점토지 취득일 이전부터 심판청구일 현재까지 등록하지 아니한 것으로 확인된다. (라) 쟁점①토지 지상에는 AAA(주)가 소유하는 불법건축물들(건축법제14조, 제20조 위반)이 있는 것으로 확인되고, 동 건축물대장에서 그 대지면적은 OOO㎡로 기재되어 있다. (마) 청구법인이 제출한 기업부설연구소 인정서에 따르면, 신고일은 2021.5.4.로, 최초인정일은 2020.10.12.로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다. (가)지방세특례제한법(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정된 것)제11조 제1항, 부칙 제8조 및 같은 법 시행령 제5조의2 제1항에서 2020.1.1. 전에 법인설립등기를 한 농업법인이 영농에 사용하기 위하여 그 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 농지에 대해서는 취득세를 면제하도록 규정하고 있고, 여기서 “농업법인”이란농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률제4조 제1항에 따라 농업경영정보를 등록한 농업법인을 말한다고 규정하고 있으며,지방세특례제한법제11조 제2항 및 부칙 제11조에서 종전 농업법인에 대한 경과조치로서 이러한 농업경영정보를 등록하지 않은 농업법인이 영농에 직접 사용하기 위하여 2020.12.31.까지 취득하는 부동산에 대하여는 종전의 규정에 따라 취득세의 100분의 50을 감면한다고 규정하고 있다. 또한, 같은 법 제11조 제3항 제1호에서 제1항 및 제2항에 따른 감면을 적용할 때 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우에는 감면받은 취득세를 추징하도록 규정하고 있는데, 여기서 당해 부동산을 고유 업무에 “직접 사용”한다 함은 부동산을 취득·등기한 자가 시설의 사용자로서 그 부동산을 직접 사용하는 경우만을 의미하고 임차인 또는 제3자가 해당 용도에 사용하는 경우에는 ‘직접 사용’에 포함되지 않는다고 할 것이다). (나) 청구법인은 2019.9.30. 설립된 농업회사 법인으로, 2020.3.4. 쟁점토지를 취득하였으므로, 당시 관련 법령에 따라 농업경영정보를 등록하였다면 취득세를 면제받았을 수 있었으나, 청구법인은 농업경영정보를 쟁점토지 취득일 이전부터 심판청구일 현재까지 등록하지 아니한 것으로 확인되는 점, 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 특히 조세의 감면과 같은 특혜 규정은 더욱 엄격하게 해석하는 것이 조세형평의 원칙에 부합하는바, 청구법인이 제출한 “기업부설연구소 인정서”를 농업경영정보의 등록과 같은 감면요건으로 보기는 어려운 점, 청구법인의 취득일부터 1년이 경과할 때까지 쟁점①토지 지상에는 AAA(주)가 소유하는 불법건축물이 존재하고 있는바, 이는지방세특례제한법제11조 제3항 제1호에서 규정하는 추징사유에 해당하는 한편, 청구법인이 이를 직접 사용하지 못하였다는 사실에 대한 정당한 사유는 제시되지 아니한 점 등에 비추어 처분청이 쟁점①토지의 취득에 대하여지방세특례제한법제11조 제3항 제1호를 적용하고(100% 추징), 쟁점②토지의 취득에 대하여같은 법 제11조 제2항 및 부칙 제11조를 적용하여(50% 추징), 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로지방세기본법제96조 제6항과국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.