2014.1.1. 개정된 「지방세법」의 부칙 제15조(일반적 경과규정)를 적용하여 개정 전 「지방세법」의 규정에 따라 「조세특례제한법」상 법인세 세액감면을 2014.1.1. 이후 법인지방소득세에도 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

[참조결정] 조심2021지1324

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 1996년 설립되어 수도권과밀억제권역인 OOO등에서 인쇄회로기판 제조업 등을 영위하다가 2013년 10월경 수도권과밀억제권역 밖인 OOO로 공장시설을 전부 이전한 후, 2016.5.2. 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것, 이하 “2014.1.1. 개정된 지방세법”이라 한다) 제103조의19 및 제103조의22에 따라, 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것, 이하 “구조세특례제한법” 이라 한다) 제63조의 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면 규정 적용을 배제하여 2015사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세 OOO원을 신고․납부하였다.
• 나. 그 후 2021.4.30. 청구법인은 2014.1.1. 개정된 지방세법 부칙 제15조(일반적 경과조치)를 근거로, 구조세특례제한법 제63조의 세액감면 적용대상으로 보아 과다납부한 2015사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2021.6.15. 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.9.3. 이의신청을 거쳐 2022.1.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 2014.1.1. 개정된 지방세법 제103조의22 제1항은 “내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정한다. 이 경우 공제 및 감면되는 세액은 법인지방소득세 산출세액에서 공제한다”고 규정하고, 부칙 제1조 본문은 “이 법은 2014.1.1.부터 시행한다”고 규정하며, 제15조는 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다”고 규정하고 있다. 구조세특례제한법 제63조 본문은 “수도권과밀억제권역에서 2년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하는 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 수도권과밀억제권역 밖으로 그 공장시설을 전부 이전하여 2014.12.31.까지 사업을 개시한 경우에는 이전 후의 공장에서 발생하는 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도 개시일부터 6년 이내에 끝나는 과세연도에는 소득세 또는 법인세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 그 다음 3년 이내에 끝나는 과세연도에는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다”고 규정하고 있다. 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 개정된 법령의 부칙에서 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 조세에 대하여는 종전의 예에 의한다”는 취지의 규정을 두고 있다면, 이는 납세의무자의 기득권이나 신뢰를 보호하기 위한 것이므로, 여기서 “종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 조세”에 해당하여 개정 전 법령이 적용되기 위해서는 개정 전 법령의 시행 당시 과세요건이 모두 충족되어 납세의무가 성립하였거나, 비록 과세요건이 모두 충족되지는 않았더라도 납세의무자가 개정 전 법령에 의한 조세 감면 등을 신뢰하여 개정 전 법령의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 보호하여야 할 정도에 이른 경우여야 하고, 이러한 정도에 이르지 않은 경우에는 개정 전 법령이 아니라 납세의무성립 당시의 법령이 적용된다고 할 것이다(대법원 2015.10.15. 선고 2015두36652 판결). 청구법인은 2014.1.1. 개정된 지방세법이 시행되기 이전인 2013.12.31. 이전 수도권과밀억제권역에서 성장관리지역OOO으로 그 공장시설을 전부 이전하여 법인세를 감면받았고, 법인세법에 따른 법인세액 이외에도 그에 부가되는 지방소득세 법인세분에 대해서도 이전 후의 공장에서 발생하는 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도 개시일부터 6년간 감면받을 수 있다는 신뢰 하에 이루어진 것으로 그와 같은 신뢰는 보호되어야 한다. 따라서, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 2014.1.1. 개정된 지방세법 부칙 제15조에는 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따르도록 규정하고 있고, 2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 지방세법 하의 법인지방소득세는 법인세액을 과세표준으로 하였으나 법인지방소득세는 국세인 법인세와는 그 부과주체, 과세요건, 부과절차 등이 서로 다른 별개의 조세이다(대법원 2000.10.27. 선고 2000다255590 판결). 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면을 규정한 구조세특례제한법 제63조는 소득세 또는 법인세에 관한 세액감면 규정일 뿐, 법인지방소득세에 관한 감면규정으로 볼 수는 없으며, 구지방세법하에서 법인지방소득세에 관하여 세액감면의 효과가 발생하는 것은 구지방세법이 법인세액을 법인지방소득세 과세표준으로 하는 산정방식을 채택하였기 때문에 발생한 반사적 이익에 불과할 뿐, 이를 넘어 법인지방소득세가 조세특례제한법에서 정한 세액감면 규정의 직접 적용을 받음으로써 조세를 감면받았다고 볼 수는 없으므로, 2014.1.1. 개정된 지방세법부칙 제15조에서 규정하고 있는 “감면하였거나 감면하여야 할 지방세”에 해당한다고 볼 수 없으며, 나아가 세액감면 규정은 구지방세법이 아닌 별개의 법률인 조세특례제한법에 각 규정되어 있는데, 위와 같이 구지방세법과 구별되는 조세특례제한법의 규정이 2014.1.1. 개정된 지방세법 부칙 제15조에서 정한 “종전의 규정”에 해당한다고 볼 수 없다. 2014.1.1. 개정된 지방세법 제103조의22 제1항은 법인지방소득세의 세액감면에 관한 사항을 지방세특례제한법에서 정하도록 하였으며, 이에 따라 2014.1.1. 법률 제12175호에 의해 개정된 지방세특례제한법에는 개인지방소득세에 관한 세액공제 및 감면 규정을 두고 있을 뿐, 법인지방소득세에 관한 세액공제 및 감면에 대하여는 전혀 규정하고 있지 않다. 또한, 구지방세법하에서 법인지방소득세에 관하여 세액감면 혜택이 있었던 것은 법인지방소득세가 법인세의 세액감면의 적용을 받는 법인세액을 과세표준으로 하였기 때문에 받은 반사적 이익에 불과할 뿐이고, 이에 대해 청구법인이 향후에도 이러한 반사적 이익이 지속될 것이라는 신뢰를 가졌다고 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없으며, 2014.1.1. 개정된 지방세법에 의하여 청구법인이 법인지방소득세와 관련하여 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면의 이익을 누릴 수 없게 되었다고 하더라도 이를 불합리한 차별이라고 볼 수 없다. 따라서, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 2014.1.1. 개정된 지방세법의 부칙 제15조(일반적 경과규정)를 적용하여 개정 전 지방세법의 규정에 따라 조세특례제한법상 법인세 세액감면을 2014.1.1. 이후 법인지방소득세에도 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것) 제103조의19(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 법인세법 제13조에 따라 계산한 금액(조세특례제한법및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 법인세의 과세표준)과 동일한 금액으로 한다. 제103조의22(세액공제 및 세액감면) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정한다. 이 경우 공제 및 감면되는 세액은 법인지방소득세 산출세액(제103조의31에 따른 토지 등 양도소득에 대한 법인지방소득세 세액을 제외한 법인지방소득세 산출세액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 공제한다. ＜부 칙＞ 제1조(시행일) 이 법은 2014년 1월 1일부터 시행한다. (단서 생략) 제15조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

(2) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것) 제85조(정의) 지방소득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

4. “법인세분”이란 법인세법에 따라 납부하여야 하는 법인세액을 과세표준으로 하는 지방소득세를 말한다. 제89조(세율) ① 소득분의 표준세율은 다음과 같다. 구분 세율 소득세분 법인세분 소득세액의 100분의 10 법인세액의 100분의 10

(3) 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것) 제63조(수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면) ① 수도권과밀억제권역에서 2년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하는 중소기업(내국인만 해당한다)이 대통령령으로 정하는 바에 따라 수도권과밀억제권역 밖으로 그 공장시설을 전부 이전(본점이나 주사무소가 수도권과밀억제권역에 있는 경우에는 해당 본점이나 주사무소도 함께 이전하는 경우만 해당한다)하여 2014년 12월 31일까지 사업을 개시한 경우에는 이전 후의 공장에서 발생하는 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도 개시일부터 6년(수도권정비계획법 제6조 제1항 제2호의 성장관리권역, 같은 항 제3호의 자연보전권역, 수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 4년) 이내에 끝나는 과세연도에는 소득세 또는 법인세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 그 다음 3년(수도권정비계획법 제6조 제1항 제2호의 성장관리권역, 같은 항 제3호의 자연보전권역, 수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 2년) 이내에 끝나는 과세연도에는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 1996년 설립되어 수도권과밀억제권역인 OOO에서 인쇄회로기판 제조업 등을 영위하던 중, 2013년 10월경 수도권과밀억제권역 밖으로서 성장관리지역OOO인 OOO공장시설을 전부 이전하고, 구조세특례제한법 제63조에 따라 법인세를 감면받았다. (나) 그 후 청구법인은 2016.4.28. 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면을 적용하지 아니하고, 2015사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세 OOO원을 신고․납부하였다가, 경정청구기한 내인 2021.4.30. 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면 적용대상으로 보아 2015사업연도 법인지방소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2021.6.15. 이를 거부하였다. (다) 지방세법이 2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 전에는 법인지방소득세가 법인세의 부가세목으로서 법인세액에 10%를 곱하여 산정됨에 따라 법인세 감면이 법인지방소득세액의 감소로 이어지는 구조였다가, 2014.1.1. 지방세법 개정으로 법인지방소득세가 별도의 독립세로 전환되었으며, 2014.1.1. 개정된 지방세법의 개정이유는 “소득세 및 법인세의 부가세 형태로 부과ㆍ징수하고 있는 지방소득세를 독립세 방식으로 전환함으로써 지방자치단체의 자주재원을 확충하고 지역경제의 발전을 지방세수의 신장과 연계하기 위한 취지”로 나타난다. (라) 2014.1.1. 개정된 지방세법에 대한 국회 행정안전위원회 전문위원의 검토보고서에는 “구지방세법 하에서 법인세 세액공제 및 감면에 연동하여 부가적으로 법인지방소득세도 세액공제․감면을 받았으나, 지방세법의 개정으로 더 이상 이와 같은 혜택이 유지되지 않는다. 법률 개정안이 지방소득세를 부가세에서 독립세 방식으로 전환하였으므로, 지방소득세에 대한 특례조항을 별도로 규정할 필요가 있어 개정안은 개인지방소득세에 관한 세액공제 등에 대하여는 새로이 지방세특례제한법 등에 옮겨 규정하였던 반면, 법인지방소득세에 관한 특례조항은 배제함으로써 법인에 대한 지방소득세의 과세를 강화하였다.”는 내용이 기재하고 있다. (마) 2014.1.1. 법률 제12175호로 개정된 지방세특례제한법에서는 개인지방소득세에 대한 감면 규정은 두고 있으나, 법인지방소득세에 대하여는 세액감면․세액공제 규정을 두고 있지 아니하다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살펴본다. 청구법인은 2014.1.1. 이후 법인지방소득세에서도 2014.1.1. 개정된 지방세법 부칙 제15조에 따라 2014.1.1. 이전에 발생한 법인세 세액감면을 적용하여야 한다는 취지로 주장하나, 2014.1.1. 개정되기 전의 지방세법 제85조 제4호에서는 법인세분이란 법인세법에 따라 납부하여야 할 법인세를 과세표준으로 하는 지방소득세를 말한다고 규정하고 있고, 종전 규정에서는 단순히 법인세법에 따라 산정된 납부세액을 지방소득세 과세표준으로 보아 법인세분 지방소득세를 산정하도록 하였을 뿐이고, 납부하여야 할 법인세액을 산정함에 있어서 구조세특례제한법의 세액감면으로 인하여 지방소득세의 과세표준에 영향을 미칠 수는 있다고 하더라도, 이는 조세특례제한법상 세액감면에 관한 특례규정을 두고 있는데 기인한다 할 것이다. 그러나, 2014.1.1. 지방세법이 개정되면서 내국법인에 대한 지방소득세 과세표준을 법인세법 제13조에 따라 계산한 법인세의 과세표준(조세특례제한법 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정과 관련된 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 법인세의 과세표준)과 동일한 금액으로 하도록 개정함에 따라 과세표준의 산정방식을 법인세 과세표준과 동일하게 산정하도록 규정하고 있으며, 이와 같이 과세표준의 산정방식을 납부하여야 할 법인세액에서 법인세 과세표준으로 개정하면서 법인세법상 세액감면과 관련된 규정은 모두 적용을 배제하는 형태를 갖추게 되었고, 이러한 지방소득세 과세표준 산정방식의 변경에 따라 개정된 이후의 사업연도에 발생한 세액감면의 경우에는 이를 지방소득세 과세표준에 적용되지 아니함에도, 그 이전에 발생한 세액감면을 그대로 적용하는 것은 개정 이후에 발생한 법인세 과세소득과 관련이 없는 세액감면액을 개정 이후의 사업연도에서 발생한 소득에 따른 지방소득세에서 차감하게 되는 결과를 초래하게 된다 할 것으로서, 이와 같이 납세의무 성립 시점과 관련이 없는 과거의 법인세 세액감면 규정을 2014.1.1. 개정된 지방세법의 부칙 규정에 따라 개정 이후에 적용하기 위해서는 지방세법 및 지방세특례제한법에 특례 규정이 있는 경우에 한정하여 적용할 수 있다 할 것인데, 지방세법령에서 달리 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면과 관련하여 정한 바가 없으므로, 법인세 세액감면에 따른 지방소득세 경감액을 2014.1.1. 개정된 지방세법 부칙 제15조에 따라 감면하여야 한다는 청구주장은 인정하기 어렵다 할 것이다. 따라서, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2021지1324, 2021.9.15. 외 다수, 같은 뜻임).

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.