조세심판원 심판청구

① 농업생산기반 정비사업 지역 내 쟁점토지가 실질적으로 국가소유의 토지로서 재산세가 비과세되는지 여부 ② 공유수면 매립으로 취득한 농지에 해당하는지 여부 ③ 농업생산기반시설용 토지에 해당하는지 여부

사건번호 조심 2022지0297 선고일 2022-12-29 조세심판원

[요지]

① 청구법인이 정부투자기관으로서 쟁점토지의 조성과 관련된 사업비용 전액을 농지관리기금으로부터 지원받아 시행하였고, 이러한 자금지원에 따라 그 관리 처분에 있어서 국가의 감독을 받으며 그 수익금을 청구법인의 회계와 구분된 농지관리기금에 납입하여 관리한다 하더라도 이러한 취득자금의 원천이나 관련 규정에 따라 소유권의 행사에 대한 관리감독을 받아야 한다는 사유만으로 쟁점토지의 사실상 취득자를 국가로 보아야 한다는 청구주장인 인정하기 어렵다 할 것임(조심 2019지545, 2020.3.20. 참조).② 실제 축산용으로 사용되는 축사와 그 부대시설로 이용되는 토지로 보기는 어렵다 하겠으므로 공유수면의 매립으로 취득하는 농지에 해당하는 취득세율을 적용하여야 한다는 청구주장은 인정하기 어렵다고 판단됨.③ ○○도지사는 4-2공구에 ○○○랜드 반려동물 테마파크를 조성하는 사업을 추진 중이고, 이러한 시설의 농수산물의 생산ㆍ가공ㆍ저장ㆍ유통시설 등 영농시설에 해당된다고 보기 어렵고, 4-12공구의 경우에도 영농시설에 사용하고 있다고 볼 아무런 자료를 제출하고 있지 못하므로 이에 대한 청구주장도 인정하기 어렵다고 판단됨.

[참조결정] 조심2019지0545

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

  • 가. 청구법인은 2019.6.28. OOO개발사업에 따른 공유수면매립공사(이하 “OOO개발사업”이라 한다)가 준공됨에 따라 OOO필지 토지 OOO㎡’(이하 “쟁점①토지”라 한다)를 원시취득한 후 2021.5.28. 쟁점①토지에 대하여 지방세법제9조 제1항 규정에 의거 국가 등이 취득하는 부동산에 해당된다는 사유로 비과세․감면신청을 하였다.
  • 나. 그러나 처분청은 쟁점①토지가 국가 등이 취득한 토지로서 지방세법제9조 제1항에 따른 취득세 비과세(감면)대상에 해당되지 아니하는 것으로 보아 감면불가 통보를 하고, 2021.9.13. 청구법인에게 이 건 토지에 대한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 부과․고지하였다.
  • 다. 청구법인은 OOO필지 OOO㎡(이하 “쟁점②토지”라 하며, 쟁점①토지와 합쳐 “쟁점토지”라 한다)의 원시취득에 대하여 2021.9.24. 쟁점②토지도 지방세법제9조 제1항에 규정한 국가 등이 취득하는 부동산에 해당된다는 사유로 비과세(감면)신청을 하였고, 처분청은 쟁점①토지와 동일한 사유로 비과세(감면) 불가 통보를 한 후, 2021.10.14. 쟁점②토지에 대한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 부과․고지하였다.
  • 라. 청구법인은 이에 불복하여 2021.12.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 쟁점토지는 비록 청구법인 명의로 소유권등기가 이루어졌지만 그 등기 명의에도 불구하고 국고로 조성되어 그 지배‧관리‧처분 권한은 모두 국가에게 있으므로, 실질과세원칙에 따라 사실상 국가 소유의 토지에 해당하여 지방세법제9조 제1항에 따라 취득세 비과세 대상에 해당한다. (가) 청구법인은 국가로부터 농지관리기금의 관리․처분업무를 위임받은 농지관리기금 수탁관리자의 지위에서 쟁점토지의 소유권을 취득한 것이다. 농지관리기금의 관리ž운용 주체는 OOO 장관으로 대표되는 국가이고, 청구법인은 OOO 장관으로부터 그 관리ž운용에 관한 업무의 일부만을 위탁받아 수행하는 수탁관리인의 지위에 있으며, 기금관리 주체인 국가의 승인이 없이 스스로 수입, 지출을 할 수 있는 권한이 없다. 쟁점토지가 속한 각 지구의 사업비는 전액 또는 일부가 농지관리기금에서 지급되었으며, 그 나머지 사업비는 직접 국고에서 지급되었다. 따라서 쟁점토지는 농지관리기금이 투입되어 조성된 매립지로서 매립지등의 관리ㆍ처분에 관한 규정제6조에 따라 소유권 등기가 이루어져야 하고, 매각․임대․일시사용 등ž직접 사용할 토지(전,ž답,ž목장,ž임야,ž대지,ž잡종지 등)는 농지관리기금의 수탁관리자인 청구법인 명의로 등기하도록 규정되어 있기 때문에 청구법인 명의로 소유권 등기가 이루어진 것이다. 이처럼 농지관리기금 수탁관리자인 청구법인 명의로 등기한 것은 모두 국가의 이익을 위하여 청구법인 명의로 형식적으로 된 것이지, 청구법인이 쟁점토지에 대하여 실질적인 소유권을 갖기 때문이 아니다. 청구법인 명의로 소유권보존등기가 경료된 것은 국가 명의(소관청: OOO)로 등기가 경료될 경우 토지 활용에 있어 관리가 어려운 측면이 있고, 농지관리기금의 수탁관리자 명의로 등기가 이루어지면 임대, 매각 및 직접사용 대상 토지에서 발생하는 수익을 더 효율적으로 농지관리기금에 편입‧관리하는 것이 가능하기 때문이다. 또한 농지관리기금이 투입된 사업으로 조성된 매립지의 임대, 매각 및 직접사용으로 인해 발생하는 수익은 관련 법령상 농지관리기금에 반드시 납부되도록 규정되어 있고, 농지관리기금 수탁관리자인 청구법인 명의로 등기하면 그 토지의 임대, 처분, 사용으로 인해 발생하는 수익금을 더 효율적으로 농지관리기금에 편입‧관리할 수 있다. 대법원 판결에서도 농지관리기금을 재원으로 한 OOO사업으로 조성된 토지에 대하여 청구법인에게 사용‧수익‧처분할 권한이 없으므로 재산세의 납부의무가 없다고 해석한 바 있다. 쟁점토지 역시 전액 국고로 조성되어, 청구법인 앞으로 소유권 보존등기가 경료되었으나 이는 국가의 효율적인 관리‧수익을 위한 것일 뿐이고, 청구법인에게는 쟁점토지의 사용‧수익 권한이 없으며, 국가(OOO)의 승인을 받아 관리하고 그 비용 및 수익은 전부 국고에 귀속되었는바, 이 건 역시 위 대법원 판결의 사안과 동일하여 달리 판단될 이유가 없다.

(2) 쟁점①토지 중 OOO토지 OOO㎡는 지목이 목장용지이므로 지방세특례제한법(이하 “지특법”이라 한다) 제8조 제4항의 규정에 따라 공유수면의 매립 또는 간척으로 인하여 취득하는 농지이므로 이에 해당하는 취득세율이 적용되어야 할 것이다. OOO에서 OOO OOO사업에 대한 기본계획을 확정한 당시 조성되는 토지는 모두 농지로 사용할 계획이었으나 간척지의 활용도 제고를 위하여 OOO도의 AAA 조성방안을 수용하여 OOO도로 하여금 매립지관리처분규정에 따라 장기임대계획을 수립하여 승인을 받도록 하였고, 이는 농어촌정비법 시행령제19조 본문 및 제1호의 규정에 따라 “농수산물의 생산시설에 농수산물의 가공․저장․유통시설 등의 포함된 단지를 조성하는 사업에 농지를 임대하는 규정을 적용한 것이므로 OOO는 OOO토지를 농지를 인식하고 있는 점에 비추어 OOO토지는 공유수면의 매립으로 취득하는 농지에 해당된다 할 것이다.

(3) 끝으로, 쟁점①토지 중 OOO토지와 쟁점②토지는 지특법 제13조 제2항 제1호의2에서 규정하는 농업기반시설용 토지이므로 이에 대한 취득세 감면대상에 해당된다. 농어촌정비법제2조 제6호에서 농업생산기반시설로서 농수산물의 가공․저장․유통시설 등 영농시설을 규정하고 있고, 쟁점①토지는 OOO도의 AAA 조성을 목적으로 임대하는 토지이므로 농업생산기반시설용 토지로 보는 것이 타당하다 할 것이다.

  • 나. 처분청 의견 (1). 청구법인은 쟁점토지의 사실상 소유자는 국가이고, 실질과세의 원칙에 따라 국가 귀속을 조건으로 취득하는 부동산에 해당되므로 취득세 비과세대상에 해당한다는 주장하나 다음과 같은 사유로 이를 받아들일 수 없다. (가) 지방세법제9조 제1항에서 규정하고 있는 국가의 취득이란 국가가 취득의 주체가 되어 취득세 과세대상 물건을 취득하는 경우만을 의미하는 것으로 한정적으로 해석하여야 할 것으로, 국가의 재원으로 국가 외의 자가 취득세 과세대상 물건을 취득하는 경우까지 확장하여 적용할 수는 없다 할 것이고, 지방세법에서 부동산의 취득자가 국가가 아니라 하더라도 취득자금을 국가가 부담하였을 경우 당해 부동산에 대한 취득세 등을 비과세한다는 명문 규정이 없으므로, 쟁점토지의 취득자금을 국가가 부담한다고 하더라도 청구법인에 대하여 성립한 취득세 납세의무에 달리 영향을 미칠 수는 없다. 따라서 쟁점토지와 같이 국가로부터 독립한 법인격을 가지고 법률행위 및 경제행위의 독립한 주체가 되는 공법인인 청구법인이 국가로부터 공유수면매립사업을 인가받아 시행하고 사업시행자로 매립지의 소유권을 취득한 경우, 비록 청구법인이 국가가 설치한 정부 투자기관으로서 그 사업비용 전액을 국고로부터 지원받아 시행하였고 그 관리 처분에 있어서 국가의 감독을 받으며 그 수익금을 청구법인의 회계와 구분된 농지관리기금에 납입하여 관리한다고 하더라도 청구법인 명의로 준공 후 등기하거나 할 예정인 쟁점토지를 국가가 취득하는 부동산으로 비과세 할 수 없다 할 것이다. 또한, 지방세기본법제17조 제1항이 규정하고 있는 실질과세의 원칙은 헌법상의 기본이념인 평등의 원칙을 조세법률관계에 구현하기 위한 실천적 원리로서, 조세의 부담을 회피할 목적으로 과세요건 사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하는 경우에 그 형식이나 외관에도 불구하고 실질에 따라 담세력이 있는 곳에 과세함으로써 부당한 조세회피행위를 규제하고 과세의 형평을 제고하여 조세정의를 실현하고자 하는 데 주된 목적이 있는 것으로, 소득이나 수익, 재산, 거래 등의 과세대상에 관하여 귀속 명의와 달리 실질적으로 귀속되는 자가 따로 있는 경우에는 형식이나 외관을 이유로 귀속 명의자를 납세의무자로 삼을 것이 아니라 실질적으로 귀속되는 자를 납세의무자로 삼아야 한다는 것이다. 그러므로 실질과세 원칙을 적용하여 형식이나 외관에도 불구하고 실질에 따라 과세하기 위해서는 “귀속 명의자는 이를 지배․관리할 능력이 없고 그 명의자에 대한 지배권 등을 통하여 실질적으로 이를 지배․관리하는 자가 따로 있으며, 그와 같은 명의와 실질의 괴리가 위 규정의 적용을 회피할 목적에서 비롯된 경우”에 해당하여야 한다고 명시하고 있다. 청구법인은 한국농어촌공사 및 농지기금관리법 제10조의 사업에 따른 농업생산기반정비사업 등의 사업을 하는 법인이며, 농어촌정비법제10조에 따라 농업생산기반 정비사업은 국가, 지방자치단체, 한국농어촌공사 또는 토지 소유자가 시행할 수 있으나, OOO개발사업의 사업시행자는 청구법인이다. 매립지등의 관리·처분에 관한 규정 제4조 제2항은 사업시행자는 제1항에 따른 지적공부 정리와 소유권보존등기를 할 경우 명의방법은 다음 각 호와 같다고 하면서 제1호에 임대차, 매각, 일시사용 및 직접사용 대상 매립지등은 한국농어촌공사(기금수탁관리자) 명의로 등기, 제2호에는 제1호 외의 매립지등은 OOO를 관리청으로 추가 기재하여 국가 명의로 등기라고 규정하고 있는데, 국가의 소유라면 한국농어촌공사 및 농지기금관리법제41조에 따라 국가 명의로 촉탁등기를 하였어야 할 것이나, 청구법인(기금수탁관리자)으로 소유권 이전 등기 및 보존등기를 하였거나 할 예정으로 청구법인이 소유자임이 명백하며, 조세의 부담을 회피할 목적으로 실질과 다르게 비합리적인 형식이나 외관을 취하였다고 볼 수 없고, 농어촌정비법제14조에 따라 농업생산기반 정비사업 시행으로 조성된 재산을 임대․매각․직접사용․일시사용 등 관리․처분 하는 사업시행 당사자로서 청구법인이 사실상 소유자임을 부정할 수 없다. 또한, 지방세법제9조 제2항의 입법 취지는 국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 이 건 개발사업 토지를 국가 등에 귀속시키거나 기부채납하기 위한 잠정적이고 일시적인 조치에 불과하므로 국가등이 직접 부동산을 취득하는 경우와 동일하게 평가할 수 있다고 보아 그 경우 취득세를 비과세 하는 데에 있으므로, 위 규정에 의하여 취득세가 비과세되기 위해서는 부동산을 취득할 당시에 그 취득자가 당해 부동산을 국가 등에 귀속시키는 것이 사실상 확정되어 있어야 할 것인바, 청구법인의 경우 2019.6.28.과 2020.11.23. 쟁점토지를 원시취득 하였으며, 취득하기 이전이나 취득할 당시 청구법인과 국가 사이에 이 건 개발사업 토지를 국가에 귀속하는 등의 조건을 확정하지 않았던 것으로 보이는 점, 농림수산식품부장관의 준공검사 확인증 등에 의할 때 쟁점토지가 개발사업 종료 후에 국가에 귀속될 수도 있으나, 사업종료 후에 국가에 귀속되지 아니하고 농어촌정비법제14조의 규정 등에 따라 농림수산식품부장관의 승인을 받아 관리․처분될 가능성도 있는 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점토지가 지방세법제9조 제2항 소정의 ‘국가에 귀속을 조건으로 하는 부동산’에 해당한다고 보기는 어려워 보인다.

(2) 쟁점①토지 중 OOO는 지특법 제8조 제4항에 따른 1천분의 8의 취득세율 적용대상이 아니다. 지특법 제8조 제4항에서 공유수면 관리 및 매립에 관한 법률에 따른 공유수면의 매립 또는 간척으로 인하여 취득하는 농지는 지방세법제11조 제1항 제3호의 세율에도 불구하고 1천분의 8의 취득세율을 적용하여 과세하도록 규정하고 있다. 위의 규정이 적용되기 위해서는 해당 토지가 준공인가 시점에 실제 농지로 사용되는 토지이어야 할 것인데, OOO토지의 경우 준공인가 당시 목장용지로 준공검사를 받았으며, 준공인가 후 2년이 지난 시점에서 OOO가 당초부터 축산용으로 사용되는 축사와 그 부대시설로 사용되는 토지와 초지 및 사료밭으로 이용되었는지 여부를 확인할 수 없으며, 2019년에 촬영된 위성지도는 보기에 따라서 잡종지로도 보이는 점을 고려하면 OOO토지가 1천분의 8의 취득세율 적용대상에 해당된다는 청구주장을 인정할 수 없다.

(3) 쟁점①토지 중 OOO토지와 쟁점②토지가 지특법 제13조 제2항 제1의2호에 따른 취득세 경감 대상에 해당하지 않는다. 지특법 제13조 제2항 제1의2호에 따르면 한국농어촌공사가 농어촌정비법에 따른 국가 또는 지방자치단체의 농업생산기반정비계획에 따라 취득하는 농업기반시설용 토지와 그 시설물에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감하도록 규정하고 있고, 농어촌정비법제2조 제6호에서는 “농업생산기반시설”이란 농업생산기반 정비사업으로 설치되거나 그 밖에 농지 보전이나 농업 생산에 이용되는 저수지, 양수장(揚水場), 관정(管井: 우물) 등 지하수 이용시설, 배수장, 취입보(取入洑), 용수로, 배수로, 유지(溜池: 웅덩이), 도로(농어촌도로 정비법 제4조에 따른 농도(農道) 등 농로를 포함한다. 이하 같다), 방조제, 제방(堤防: 둑) 등의 시설물 및 그 부대시설과 농수산물의 생산·가공·저장·유통시설 등 영농시설을 말한다고 규정하고 있다. 쟁점①토지는 2019년 4월 OOO실시계획 변경을 통하여 당초 OOO에서 OOO~OOO로 분할되었다. 청구법인이 제출한 OOO분할 및 토지이용계획에 따르면 OOO는 반려동물단지, OOO는 축산 R&D단지 및 승용마단지, OOO는 수산식품산업거점단지로 조성 예정인 것으로 보인다. 현재 세움터에서 출력한 건축․대수선․용도변경 허가서에는 OOO는 고양이 입양센터 및 반려견 교육관 등으로 허가가 이루어졌고, OOO는 축산 R&D단지와 승용마 생산 및 조련 단지로 허가가 이루어진 상태이다. 또한, OOO토지 중 OOO토지는 OOO이 공장을 신축하여 임시사용승인을 득한 후 본 사용승인을 받아 조미김 가공 공장으로 사용 예정으로 농수산물의 가공 등 영농시설로 이용될 것으로 보인다. 쟁점①토지 중 OOO와 쟁점②토지의 경우 준공 당시 마땅히 농업 생산에 이용되는 저수지, 양수장, 관정 등 지하수 이용시설이 아니고, 배수장, 취입보, 용수로, 배수로, 유지, 도로, 방조제, 제방(堤防: 둑) 등의 시설물 및 그 부대시설이 아님에도 불구하고 장래에 농수산물의 생산·가공·저장·유통시설 등 영농시설로 이용될 가능성이 있는 토지까지 농업기반시설용 토지로 확장해석하여 100분의 50을 감면하는 것은 무리라고 할 것이다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁 점

① 농업생산기반 정비사업 지역 내 쟁점토지가 실질적으로 국가소유의 토지로서 재산세가 비과세되는지 여부

② 공유수면 매립으로 취득한 농지에 해당하는지 여부

③ 농업생산기반시설용 토지에 해당하는지 여부

  • 나. 관련 법령 등: <별지> 참조
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점① 관련 심리자료는 다음과 같다. (가) 청구법인은 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 근거하여 대한민국이 자본금 전부를 출자하여 설립된 공법인이다. (나) OOO 공문에 따르면, OOO개발사업은 다음과 같이 진행하였다. OOO (다) 공유수면매립공사 준공검사확인증에 따르면, OOO개발사업의 준공면적은 다음과 같다. OOO (라) OOO고시 OOO에 따르면 준공면적은 다음과 같다. OOO (마) 토지대장에 따르면, 쟁점①토지는 2021.3.31. 청구법인이 소유자로 신규등록되어 있다. (바) 위 사업으로 조성된 매립지는 매립지등의 관리ㆍ처분에 관한 규정(OOO 훈령 등에 따라 농업기반시설(도로‧구거‧제방‧유지 등)은 국유로, 농업기반시설 외 용지는 청구법인 명의로 소유권보존등기하되, 청구법인 명의로 등기하는 토지는 그 사용‧처분시 농림수산식품부 장관의 승인을 받고, 그 수익금은 농지관리기금에 납입하도록 하였다.

(2) 쟁점②․③ 관련 심리자료는 다음과 같다. (가) 쟁점①토지 중 OOO토지는 지목이 목장용지로, OOO토지는 공장용지인 것으로 확인된다. (나) OOO도지사가 2018.10.31. OOO시장으로부터 받은 쟁점②토지의 건축․대수선․용도변경 허가서의 내용 OOO (다) OOO도지사가 2018.11.22. OOO시장으로부터 받은 쟁점토지 중 OOO의 건축․대수선․용도변경 허가서의 내용 OOO (라) 쟁점①토지 중 OOO토지는 2021.8.30. 같은 리 OOO번지, OOO번지로 분할되어 각 토지 면적은 OOO번지 OOO㎡, OOO번지 OOO㎡, OOO번지 OOO㎡이다. (마) 쟁점①토지 중 OOO토지 상에는 OOO이 2019.8.29. 건축허가를 받아 2021.12.29. 조미김 가공 공장을 신축하였으며, 처분청 관련부서에서는 2021.7.14. OOO소재지에 수산식물가공 및 저장처리업으로 공장 부분 등록을 수리한 후, 2022.1.24. 공장설립 완료신고 수리하였다.

(3) 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 쟁점토지의 취득자를 사실상 국가로 보아야 하므로 취득세가 비과세되어야 한다고 주장하나, 독립한 법인격을 가지고 법률행위 및 경제행위의 독립한 주체가 되는 공법인인 청구법인이 국가로부터 공유수면매립 사업을 위탁받아 청구법인 명의로 공유수면 매립허가를 받고 공유수면매립공사를 시행하여 매립공사를 완료한 후 청구법인 명의로 소유권 보존등기를 하였으므로 쟁점토지의 소유권은 법률상으로나 사실상으로나 청구법인에게 있는 것이라 할 것이고, 청구법인이 정부투자기관으로서 쟁점토지의 조성과 관련된 사업비용 전액을 농지관리기금으로부터 지원받아 시행하였고, 이러한 자금지원에 따라 그 관리 처분에 있어서 국가의 감독을 받으며 그 수익금을 청구법인의 회계와 구분된 농지관리기금에 납입하여 관리한다 하더라도 이러한 취득자금의 원천이나 관련 규정에 따라 소유권의 행사에 대한 관리감독을 받아야 한다는 사유만으로 쟁점토지의 사실상 취득자를 국가로 보아야 한다는 청구주장인 인정하기 어렵다 할 것이다. (나) 또한, 쟁점토지는 관련 규정에 따라 청구법인이 소유하고 있는 토지로서 이를 국가 등에 귀속될 토지로 보기 어렵고, 기부채납 약정을 체결한 사실도 없으므로 이를 귀속 또는 기부채납을 목적으로 취득한 토지로 보기도 어렵다 할 것이다.

(4) 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 지특법 제8조 제4항에서 공유수면 관리 및 매립에 관한 법률에 따른 공유수면의 매립 또는 간척으로 인하여 취득하는 농지에 대한 취득세는 1천분의 8의 취득세율을 적용하도록 규정하고 있으며, 위 규정에서의 농지란 지방세법 시행령제21조 제1호 및 제2호에서 취득 당시 공부상 지목이 논, 밭 또는 과수원인 토지로서 실제 농작물의 경작이나 다년생식물의 재배지로 이용되는 토지이거나 취득 당시 공부상 지목이 논, 밭, 과수원 또는 목장용지인 토지로서 실제 축산용으로 사용되는 축사와 그 부대시설로 사용되는 토지, 초지 및 사료밭이라고 규정하고 있다. (나) 쟁점①토지의 경우 OOO토지는 공부상 지목이 공장용지이므로 위 규정의 농지에 해당되지 아니하며, OOO토지는 공부상 지목이 목장용지이지만 OOO도지사가 AAA 승용마단지 및 축산R&D단지 조성사업을 위한 건축부지로 사용되고 있고, 일부는 OOO이 조미김 공장을 신축하여 사용하고 있는 점 등에 비추어 실제 축산용으로 사용되는 축사와 그 부대시설로 이용되는 토지로 보기는 어렵다 하겠으므로 공유수면의 매립으로 취득하는 농지에 해당하는 취득세율을 적용하여야 한다는 청구주장은 인정하기 어렵다고 판단된다.

(5) 쟁점③에 대하여 살펴본다. (가) 지특법 제13조 제2항 본문 및 제1의2호에서 한국농어촌공사가농어촌정비법에 따른 국가 또는 지방자치단체의 농업생산기반 정비계획에 따라 취득ㆍ소유하는 농업기반시설용 토지와 그 시설물에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감하도록 규정하고 있고, 농어촌정비법제2조 제6호에서는 “농업생산기반시설”이란 농업생산기반 정비사업으로 설치되거나 그 밖에 농지 보전이나 농업 생산에 이용되는 저수지, 양수장(揚水場), 관정(管井: 우물) 등 지하수 이용시설, 배수장, 취입보(取入洑: 하천에서 관개용수를 수로에 끌어 들이기 위하여 만든 저수시설), 용수로, 배수로, 유지(溜池: 웅덩이), 도로(농어촌도로 정비법 제4조에 따른 농도(農道) 등 농로를 포함한다. 이하 같다), 방조제, 제방(堤防: 둑) 등의 시설물 및 그 부대시설과 농수산물의 생산ㆍ가공ㆍ저장ㆍ유통시설 등 영농시설을 말한다고 규정하고 있다. (나) 청구법인은 쟁점토지 중 OOO및 OOO의 경우 OOO도지사가 AAA를 조성하기 위한 공사를 진행하고 있고, 이러한 시설이 농업생산기반시설에 해당된다고 주장하나, OOO도지사는 OOO에 AAA 반려동물 테마파크를 조성하는 사업을 추진 중이고, 이러한 시설의 농수산물의 생산ㆍ가공ㆍ저장ㆍ유통시설 등 영농시설에 해당된다고 보기 어렵고, OOO의 경우에도 영농시설에 사용하고 있다고 볼 아무런 자료를 제출하고 있지 못하므로 이에 대한 청구주장도 인정하기 어렵다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 등

(1) 쟁점① 관련 (가) 지방세기본법 제17조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래가 서류상 귀속되는 자는 명의(名義)만 있을 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 이 법 또는 지방세관계법을 적용한다.

② 이 법 또는 지방세관계법 중 과세표준 또는 세액의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질내용에 따라 적용한다. (나) 지방세법 제9조(비과세) ① 국가 또는 지방자치단체(다른 법률에서 국가 또는 지방자치단체로 의제되는 법인은 제외한다. 이하 같다), 지방자치법 제176조 제1항에 따른 지방자치단체조합(이하 “지방자치단체조합”이라 한다), 외국정부 및 주한국제기구의 취득에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대한민국 정부기관의 취득에 대하여 과세하는 외국정부의 취득에 대해서는 취득세를 부과한다.

② 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 항에서 “국가등”이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(사회기반시설에 대한 민간투자법 제4조제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다. 이하 이 항에서 “귀속등”이라 한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및 사회기반시설에 대한 민간투자법제2조 제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 취득세를 부과한다.

1. 국가등에 귀속등의 조건을 이행하지 아니하고 타인에게 매각ㆍ증여하거나 귀속등을 이행하지 아니하는 것으로 조건이 변경된 경우

2. 국가등에 귀속등의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여 받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우 (다) 농어촌정비법 제10조(농업생산기반 정비사업 시행자) 농업생산기반 정비사업은 국가, 지방자치단체, 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사(이하 “한국농어촌공사”라 한다) 또는 토지 소유자가 시행한다. 다만, 제2조 제5호 라목의 농업 주 생산단지의 조성과 영농시설 확충사업은 농업협동조합법제2조에 따른 조합도 시행할 수 있다. 제14조(농업생산기반 정비사업 시행으로 조성된 재산의 관리와 처분) ① 농업생산기반 정비사업 시행으로 조성된 재산 중 농업생산기반시설에 제공되지 아니하는 매립지ㆍ간척지ㆍ개간지ㆍ취토장(取土場: 쓸 흙을 파내는 곳) 등 토지와 그 밖의 물건 등(이하 “매립지등”이라 한다)은 대통령령으로 정하는 바에 따라 농업생산기반 정비사업 시행자가 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 관리ㆍ처분한다.

1. 임대

2. 매각

3. 직접 사용

4. 일시 사용

② 농업생산기반 정비사업 시행자가 제1항에 따라 매립지등을 관리ㆍ처분하려면 OOO장관의 승인을 받아야 하며, 이에 필요한 다음 각 호의 사항은 대통령령으로 정한다. 1.임대기간, 임대료 산정 기준, 임대 절차 및 방법, 임대료 감면 대상 2.매각 대상 자격자, 매각 절차, 매각방법 3.임대ㆍ매각 특례, 직접사용 및 일시사용 자격 등 그 밖에 필요한 사항

③ 제1항에 따라 매립지등을 처분한 경우에 그 매각 대금은 다음 각 호의 용도로 사용하여야 한다. 1.대통령령으로 정하는 채무 상환 및 농업생산기반시설의 유지관리사업 등을 위한 재원 조성 2.농어촌정비사업의 시행 3.다른 법령, 정관 또는 규약으로 정하는 용도 4.그 밖에 OOO령으로 정하는 용도

④ 국가가 시행한 농업생산기반 정비사업(한국농어촌공사 및 농지관리기금법 제34조에 따른 농지관리기금이 투입된 사업을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)으로 조성된 매립지등을 처분한 경우에는 제3항에도 불구하고 그 매각 대금을 한국농어촌공사 및 농지관리기금법 제31조에 따른 농지관리기금에 내야 한다. 제114조(준공검사 및 준공인가) ① 농어촌정비사업 시행자가 농어촌정비사업을 마친 경우에는 지체 없이 대통령령으로 정하는 바에 따라 농어촌정비사업의 시행ㆍ사업계획 승인권자에게 준공인가를 신청하여야 한다. 다만, 농어촌정비사업을 효율적으로 추진하기 위하여 필요한 경우에는 그 농어촌정비사업이 전부 끝나기 전이라도 완공된 부분만 준공인가를 신청할 수 있다.

② 제1항에 따라 준공인가 신청을 받은 농어촌정비사업의 시행ㆍ사업계획 승인권자는 지체 없이 준공검사를 하여야 한다. (라) 한국농어촌공사 및 농지관리기금법 제34조(기금의 용도) ① 기금은 다음 각 호에 해당하는 용도로 운용한다.

1. 제18조에 따른 농지매매사업 등에 필요한 자금의 융자

2. 제19조에 따른 농지의 장기임대차사업에 필요한 자금의 융자 및 장려금의 지급

3. 제22조에 따른 농지의 교환 또는 분리ㆍ합병사업과 농어촌정비법에 따른 농업생산기반정비사업 시행자가 시행ㆍ알선하는 농지의 교환 또는 분리ㆍ합병 및 집단환지사업의 청산금 융자 및 필요한 경비의 지출

4. 제24조 제1항에 따른 농지의 재개발사업에 필요한 자금의 융자 및 투자

5. 제24조의2에 따른 농지의 매입사업에 필요한 자금의 융자 5의2. 다음 각 목의 농지 및 농업기반시설의 관리, 보수 및 보강에 필요한 자금의 보조 및 투자

  • 가. 제24조의2 제2항에 따라 공사가 농업생산기반정비사업 시행자로부터 인수하여 임대한 간척농지
  • 나. 가목에 따른 간척농지의 농업생산에 이용되는 방조제, 양수장, 배수장 등 대통령령으로 정하는 농업기반시설

6. 제24조의3에 따른 경영회생 지원을 위한 농지매입사업에 필요한 자금의 융자

7. 제24조의5에 따른 농지를 담보로 한 농업인의 노후생활안정 지원사업에 필요한 자금의 보조 및 융자

8. 농어촌정비법에 따른 한계농지 등의 정비사업의 보조ㆍ융자 및 투자

9. 농지조성사업에 필요한 자금의 융자 및 투자 9의2. 대단위농업개발사업(농어촌정비법 제2조 제5호 가목부터 다목까지 및 마목의 사업을 종합적으로 시행하는 것을 말한다)에 필요한 자금의 보조 및 투자 제35조(기금의 운용ㆍ관리) ① 기금은 OOO장관이 운용ㆍ관리한다.

② OOO장관은 대통령령으로 정하는 바에 따라 기금의 운용ㆍ관리에 관한 업무의 일부를 공사에 위탁할 수 있다. 다만, 기금을 농업인에 대한 대출금으로 운용하려는 경우에는 농업협동조합법에 따른 조합 및 농협은행과 은행법에 따른 은행을 통하여 융자할 수 있다. (마) 공유수면 관리 및 매립에 관한 법률 제45조(준공검사) ① 매립면허취득자는 매립공사를 완료하였을 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 매립지의 위치와 지목(공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률 제67조에 따른 지목을 말한다)을 정하여 매립면허관청에 준공검사를 신청하여야 한다. 이 경우 매립면허취득자가 제38조 제2항에 따라 공구를 구분하여 매립실시계획의 승인을 받은 경우에는 공구별로 준공검사를 신청할 수 있다.

② 제1항에 따라 준공검사를 신청받은 매립면허관청은 대통령령으로 정하는 바에 따라 준공검사를 한 후 그 공사가 매립실시계획의 승인된 내용대로 시행되었다고 인정하면 해양수산부령으로 정하는 준공검사확인증을 내주고 그 사실을 고시하여야 하며, 매립실시계획의 승인된 내용대로 시행되지 아니한 경우에는 지체 없이 보완공사 등 필요한 조치를 명하여야 한다.

③ 제1항에 따라 준공검사를 신청한 자가 제2항에 따른 준공검사확인증을 받은 경우에는 제39조 제1항 각 호 및 같은 조 제2항의 인가ㆍ허가등에 따른 해당 사업의 준공검사 또는 준공인가를 받은 것으로 본다. 이 경우 매립면허관청은 그 준공검사에 관하여 미리 관계 행정기관의 장과 협의하여야 한다.

④ 제3항에 따라 준공검사ㆍ준공인가의 의제를 받으려는 자는 제1항에 따라 준공검사를 신청할 때 해당 법률에서 정하는 관련 서류를 함께 제출하여야 한다. (바) 매립지등의 관리․처분에 관한 규정 제4조(매립지등의 소유권 보존등기) ① 사업시행자가 농어촌정비법 제114조 및 공유수면 관리 및 매립에 관한 법률 제45조에 따라 준공(부분준공을 포함한다) 검사를 받은 경우에는 지체 없이 매립지등에 대하여 지적공부 정리와 소유권 보존등기를 하여야 한다.

② 사업시행자는 제1항에 따른 지적공부 정리와 소유권보존등기를 할 경우 명의방법은 다음 각 호와 같다.

1. 임대차, 매각, 일시사용 및 직접사용 대상 매립지등: 한국농어촌공사(기금수탁관리자) 명의로 등기

2. 제1호 이외의 매립지등: OOO를 관리청으로 추가 기재하여 국가 명의로 등기

(2) 쟁점② 관련 (가) 지방세특례제한법 제8조(농지확대개발을 위한 면제 등) ④ 공유수면 관리 및 매립에 관한 법률에 따른 공유수면의 매립 또는 간척으로 인하여 취득하는 농지에 대한 취득세는 지방세법제11조 제1항 제3호의 세율에도 불구하고 2021년 12월 31일까지 1천분의 8을 적용하여 과세한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 다른 용도에 사용하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다. (나) 지방세특례제한법 시행령 제3조(자경농민 및 직접 경작농지의 기준 등) ① 법 제6조 제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 농업을 주업으로 하는 사람으로서 2년 이상 영농에 종사한 사람"이란 본인 또는 배우자[주민등록법 제7조에 따른 세대별 주민등록표(이하 "세대별 주민등록표"라 한다)에 함께 기재되어 있는 경우로 한정한다. 이하 이 조에서 같다] 중 1명 이상이 취득일 현재 다음 각 호의 요건을 모두 갖추고 있는 사람을 말한다.

1. 농지(지방세법 시행령제21조에 따른 농지를 말한다. 이하 같다)를 소유하거나 임차하여 경작하는 방법으로 직접 2년 이상 계속하여 농업에 종사할 것 (다) 지방세법 시행령 제21조(농지의 범위) 법 제11조 제1항 제1호 각 목 및 같은 항 제7호 각 목에 따른 농지는 각각 다음 각 호의 토지로 한다.

1. 취득 당시 공부상 지목이 논, 밭 또는 과수원인 토지로서 실제 농작물의 경작이나 다년생식물의 재배지로 이용되는 토지. 이 경우 농지 경영에 직접 필요한 농막(農幕)ㆍ두엄간ㆍ양수장ㆍ못ㆍ늪ㆍ농도(農道)ㆍ수로 등이 차지하는 토지 부분을 포함한다.

2. 취득 당시 공부상 지목이 논, 밭, 과수원 또는 목장용지인 토지로서 실제 축산용으로 사용되는 축사와 그 부대시설로 사용되는 토지, 초지 및 사료밭

(3) 쟁점③ 관련 (가) 지방세특례제한법 제13조(한국농어촌공사의 농업 관련 사업에 대한 감면) ② 한국농어촌공사가 취득하는 부동산에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2022년 12월 31일까지 감면한다 1의2. 한국농어촌공사가 농어촌정비법에 따른 국가 또는 지방자치단체의 농업생산기반 정비계획에 따라 취득ㆍ소유하는 농업기반시설용 토지와 그 시설물에 대해서는 다음 각 목의 구분에 따라 지방세를 감면한다.

  • 가. 2021년 12월 31일까지는 취득세의 100분의 50을 경감하고, 재산세를 면제한다. (나) 농어촌정비법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

6. “농업생산기반시설”이란 농업생산기반 정비사업으로 설치되거나 그 밖에 농지 보전이나 농업 생산에 이용되는 저수지, 양수장(揚水場), 관정(管井: 우물) 등 지하수 이용시설, 배수장, 취입보(取入洑: 하천에서 관개용수를 수로에 끌어 들이기 위하여 만든 저수시설), 용수로, 배수로, 유지(溜池: 웅덩이), 도로(농어촌도로 정비법 제4조에 따른 농도(農道) 등 농로를 포함한다. 이하 같다), 방조제, 제방(堤防: 둑) 등의 시설물 및 그 부대시설과 농수산물의 생산ㆍ가공ㆍ저장ㆍ유통시설 등 영농시설을 말한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)