2014.1.1. 이후 법인지방소득세 산출 시 조특법상 법인세 세액공제 이월액을 공제하여야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2015〜2018사업연도 법인지방소득세 신고 시 2010〜2013사업연도에 발생한 연구·인력개발비에 대한 법인세 세액공제의 이월공제를 적용하지 아니하고 산출한 세액을 신고·납부하였다.
• 나. 청구법인은 2021.4.27.지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것, 이하 “개정 지방세법”이라 한다) 부칙 제15조의 일반적 경과규정에 따라지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것) 제89조 제1항에 의해 산출한 법인지방소득세에서 법인세 세액공제의 이월공제를 적용하여 2010〜2013사업연도 귀속분 법인지방소득세 중 OOO원을 환급하여 달라는 취지로 경정청구를 하였으나, 처분청은 2021.5.3. 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.7.23. 이의신청을 거쳐 2022.1.4. 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2010〜2013사업연도에 연구·인력개발비를 지출하였고, 이는조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것, 이하 “조특법”이라 한다) 제10조의 세액공제대상에 해당하였다. 그러나 최저한세액 제한 등으로 이월되어 청구법인은 2014사업연도 이후 법인세 신고 시에는 이를 적용하였으나, 법인지방소득세의 경우 개정 지방세법 시행 시 독립세로 전환되며 별도의 세액공제 및 감면 규정을 두지 않았기에 공제를 적용하지 아니하고 신고·납부하였다. 청구법인은 개정 지방세법의 시행 이전 연구·인력개발비를 지출함으로써 원인행위를 완료하여 법적 지위 또는 법률관계를 형성하였으므로, 그 원인행위 당시 시행 중이던 개정 지방세법 이전 규정이 적용되어야 한다. 또한 조특법 제132조 및 제144조에 의하여 최저한세액의 제한에 의하여 당해 과세연도에 공제를 받을 수 없으나, 해당 과세연도의 다음 과세연도 다음 개시일까지 5년 이내에 끝나는 과세연도까지 한정된 기간 동안 이월하여 공제받을 수 있을 것이라는 청구법인의 신뢰는 법적으로 보호받아야 한다. 따라서 개정 지방세법 부칙 제15조에 따라 법인세뿐만 아니라 부가되는 법인지방소득세에 대해서도 2014사업연도 이전 세액공제의 이월공제에 대한 신뢰는 보호받아야 하는 점에서, 경과규정상의 “종전의 규정”이라는 문언은지방세법만이 아니라법인세법내지 조특법의 제반 규정이 포함된다고 해석하는 것이 타당하다. 결국 청구법인의 2015〜2018사업연도 법인지방소득세 계산 시 산출세액에서 2014사업연도 이전에 발생하여 이월된 법인세 세액공제의 이월공제를 적용하여야 할 것이므로, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 주장하는 법인지방소득세의 과세기간은 2015〜2018사업연도로, 개정 지방세법 부칙 제2조 단서에서 “제8장 지방소득세에 대해서는 이 법 시행 후 최초로 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다”고 특정하여 적용시기를 규정하고 있으므로, 개정 지방세법이 적용되어야 한다. 그런데, 개정 지방세법 제103조22에서 법인지방소득세의 세액공제 및 감면에 관한 규정은지방세특례제한법에서는 정하도록 하였으나, 동법에서는 법인지방소득세에 대한 세액공제 및 감면에 대한 규정이 없다. 한편 조특법 제144조 및법인세법제57조 등에서는 세액공제액의 이월공제 대상으로 ‘소득세’ 또는 ‘법인세’만을 규정하고 있어 지방소득세는 같은 법 규정에 의한 이월공제 대상이 아니고, 개정 지방세법 이전의 법인지방소득세는 조특법과법인세법에 따라 산출된 법인세액을 과세표준으로 규정하였으므로 법인세를 대상으로 하는 조특법 및법인세법의 공제 혜택을 간접적으로 받았던 체계였을 뿐, 동 법률을 직접적으로 적용받음으로써 공제를 받았다고 보기는 어렵다. 또한 법인지방소득세의 과세표준이 향후 5년 동안 그대로 유지되어 법인세에 대한 이월공제의 혜택을 법인지방소득세에 대하여도 계속해서 누릴 수 있다는 점에 대한 납세의무자의 신뢰는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 2014.1.1. 이후 법인지방소득세 산출 시 조특법상 법인세 세액공제 이월액을 공제하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법률: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2010〜2013사업연도에 지출한 연구·인력개발비를 최저한세액의 제한 등으로 해당 사업연도에 세액공제를 받지 못하였다가, 조특법 제144조 제1항에 따라 2015〜2018사업연도 법인세 신고 시 세액공제의 이월공제를 적용하였으나, 같은 과세기간 법인지방소득세 신고 시에는 동 공제를 적용하지 아니하였다. (나) 청구법인은 위 2014.1.1. 이전 발생한 법인세 세액공제 이월액 중 2015〜2018사업연도에 공제가능금액의 10%를 법인지방소득세 산출세액에서 차감하여 납부세액을 계산한 다음 그 차액 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 2014.1.1. 이후 법인지방소득세에서도 개정 지방세법 부칙 제15조에 따라 2014.1.1. 이전에 발생한 법인세 세액공제의 이월공제를 적용하여야 한다고 주장하나, 법인세 세액공제 및 이월공제를 규정한 조특법은 연구·인력개발비 등 각종 세액공제대상을 법인세에서 공제하되, 해당 사업연도에 공제받지 못한 금액은 이월하여 공제한다고 규정하고 있는바, 개정 지방세법 이전 법인지방소득세의 산정방식이 법인세액을 법인지방소득세 과세표준으로 삼았던 결과 법인지방소득세 산출 시 법인세 세액공제 및 이월공제에 따른 세액감소 효과를 간접적으로 보았던 것뿐이므로, 위 법령에서 법인지방소득세에 대하여비과세 내지 감면을 명시적으로 규정하고 있었다고 보기 어려운 점, 법인세 세액공제 이월공제에 따른 지방소득세 경감액을 개정 지방세법 부칙 제15조에서 종전의 규정에 따르도록 정한 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세”라고 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 법인지방소득세 산출 시 법인세 세액공제의 이월공제를 적용하기는 어렵다고 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로지방세기본법제96조 제6항과국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법률

(1) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것) 85조(정의) 지방소득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

4. “법인세분”이란 법인세법에 따라 납부하여야 하는 법인세액을 과세표준으로 하는 지방소득세를 말한다. 제89조(세율) ① 소득분의 표준세율은 다음과 같다. 구분 세율 소득세분 법인세분 소득세액의 100분의 10 법인세액의 100분의 10

(2) 지방세법 (2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것) 제103조의19(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 법인세법제13조에 따라 계산한 금액(조세특례제한법및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 법인세의 과세표준)과 동일한 금액으로 한다. 제103조의22(세액공제 및 세액감면) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정한다. 이 경우 공제 및 감면되는 세액은 법인지방소득세 산출세액(제103조의31에 따른 토지 등 양도소득에 대한 법인지방소득세 세액을 제외한 법인지방소득세 산출세액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 공제한다. 부칙 ＜법률 제12153호, 2014.1.1.＞ 제1조(시행일) 이 법은 2014년 1월 1일부터 시행한다. (단서 생략) 제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. 다만, 제8장 지방소득세(제103조의29 개정규정은 제외한다)에 대해서는 이 법 시행 후 최초로 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. 제15조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

(3) 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것) 제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2015년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다. (각 호 생략) 제144조(세액공제액의 이월공제) ①제5조, 제7조의2, 제8조의3, 제10조, 제11조, 제12조 제2항, 제12조의3, 제12조의4, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제29조의2, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의22, 제104조의25, 제126조의6, 제126조의7 제8항 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년(제5조에 따라 공제할 세액으로서 중소기업이 설립일로부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 7년) 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세[사업소득(제126조의6을 적용하는 경우에는 소득세법 제45조제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다)에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다.