부칙의 일반적 경과조치를 근거로 개정 전「지방세법」의 적용을 전제로 하여「조세특례제한법」상 이월세액공제를 적용할 수 있는지 여부

[참조결정] 조심2021지0411

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2015 및 2016사업년도 법인세를 신고하면서 조세특례제한법 제121조의9(OOO투자진흥지구 또는 OOO자유무역입주기업에 대한 법인세 등 감면, 이하 “쟁점감면규정”이라 한다) 규정에 따라 2015 및 2016사업연도 법인세 산출세액에서 2015년 OOO원, 2016년 OOO원을 각 감면받았으나, 처분청에 2015 및 2016사업연도 법인지방소득세 신고시 쟁점감면규정에 따른 감면을 적용하지 아니한 채 이를 신고․납부하였다.
• 나. 청구법인은 2021.4.27. 2015사업연도 법인지방소득세 OOO원 및 2016사업연도 법인지방소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2020.6.14. 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.8.27. 이의신청을 거쳐 2021.12.16. 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 2014.1.1. 개정된 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것, 이하 “개정 지방세법”이라 한다) 부칙에서는 “종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.”고 규정하고 있는바, 해당 경과규정의 문언과 취지 및 납세자의 신뢰보호를 고려할 때 2014.1.1. 전에 원인행위를 완료하여 법적 지위 또는 법률관계를 형성한 경우에는 개정 지방세법 시행 이후에도 종전 규정을 적용하여 법인지방소득세가 감면되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 지방세 부과는 납세의무 성립당시에 유효한 법령의 규정에 따라 이루어져야 하므로 2015사업연도 법인지방소득세에 적용되는 법령은 2015.12.31. 현재 시행중인 개정 지방세법이고 2016사업연도 법인지방소득세에 적용되는 법령은 2016.21.31. 시행중인 개정 지방세법이다. 청구법인은 개정 지방세법이 시행되기 전인 2012년 7월 OOO시로부터 OOO투자진흥지구로 지정받았으며 동 지정으로 인하여 법인세법에 따른 법인세액 이외에도 법인지방소득세도 5년간 감면받을 수 있다고 신뢰하였으므로 그러한 신뢰를 보호하여야 한다고 주장하나, 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 있어서 위와 같은 부칙조항을 근거로 하여 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용할 경우가 있다고 하더라도, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않은 한 설사 납세의무자가 종전규정에 의한 조세감면을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수 없다. 2014.1.1. 개정전 지방세법상 법인지방소득세의 산정방식이 법인세액을 법인지방소득세 과세표준으로 삼았던 결과 법인지방소득세 산출시 법인세 감면에 따른 세액감소 효과를 간접적으로 보았던 것뿐이므로, 위 법령에서 법인지방소득세에 대하여도 비과세 내지 감면을 명시적으로 규정하고 있었다고 보기 어려우므로, 이 건 부과처분에 달리 잘못이 없는 것으로 보인다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 2014.1.1. 개정된 지방세법부칙 제15조 또는 신뢰보호원칙에 따라 조세특례제한법상 법인세 감면규정을 법인지방소득세 계산시 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 2012년 7월 OOO시로부터 OOO투자진흥지구로 지정받고 OOO일대에서 OOO조성사업을 시행하였다. (나) 청구법인은 2015 및 2016사업년도 법인세를 신고하면서 쟁점감면규정에 따라 2015 및 2016사업연도 법인세 산출세액에서 2015년 OOO원, 2016년 OOO원을 각 감면받았으나, 처분청에 2015 및 2016사업연도 법인지방소득세 신고시 쟁점감면규정에 따른 감면을 적용하지 아니한 채 2015 및 2016사업연도 법인지방소득세를 신고․납부하였다. (다) 청구법인은 2021.4.27. 2015사업연도 법인지방소득세 OOO원 및 2016사업연도 법인지방소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2020.6.14. 이를 거부하였다. (라) 청구법인은 이에 불복하여 2021.8.27. 이의신청을 거쳐 2021.12.16. 심판청구를 하였다. (마) 개정 지방세법 제103조의19는 2014.1.1. 지방소득세를 독립세 방식으로 전환함에 따라 신설된 조문으로, 이에 대한 제정·개정이유는 다음과 같이 나타난다.

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 청구법인은 이 건 경정청구 거부처분이 부당하다고 주장하나, 법인세 세액공제를 규정한 조세특례제한법에서는 OOO투자진흥지구 내의 입주기업 등 각종 세액공제대상을 법인세에서 공제한다고 규정한 것인데 2014.1.1. 개정전 지방세법상 법인지방소득세의 산정방식이 법인세액을 법인지방소득세 과세표준으로 삼았던 결과 법인지방소득세 산출시 법인세 세액공제에 따른 세액감소 효과를 간접적으로 보았던 것뿐이므로, 위 법령에서 법인지방소득세에 대하여도 비과세 내지 감면을 명시적으로 규정하고 있었다고 보기 어렵고, 지방세법령에서도 달리 세액공제에 관하여 정한 바가 없어 법인세 세액공제에 따른 지방소득세 경감액을 개정된 지방세법부칙 제15조에서 규정한 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세”에 해당한다고 보기 어려우므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제6항, 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것) 제103조의19(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 법인세법제13조에 따라 계산한 금액(조세특례제한법 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 금액)으로 한다. 제103조의20(세율) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 표준세율은 다음 표와 같다.(표 생략) 제103조의22(세액공제 및 세액감면) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정한다. 이 경우 공제 및 감면되는 세액은 법인지방소득세 산출세액(제103조의31에 따른 토지 등 양도소득, 조세특례제한법 제100조의32 제2항에 따른 미환류소득에 대한 법인지방소득세 세액을 제외한 법인지방소득세 산출세액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 공제한다. 부 칙 제15조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

(2) 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것) 제121조의9(OOO투자진흥지구 또는 OOO자유무역지역 입주기업에 대한 법인세 등의 감면)

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업(이하 이 조, 제121조의11 및 제121조의12에서 "감면대상사업"이라 한다)을 하기 위한 투자로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 투자의 경우에 대해서는 제2항부터 제7항까지의 규정에 따라 법인세, 소득세, 취득세 및 재산세를 각각 감면한다.

1. OOO특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제217조에 따라 지정되는 OOO투자진흥지구(이하 이 장에서 "OOO투자진흥지구"라 한다)에 2015년 12월 31일까지 입주하는 기업이 해당 구역의 사업장에서 하는 사업

2. 자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률 제4조에 따라 OOO특별자치도에 지정되는 자유무역지역(이하 이 장에서 "OOO자유무역지역"이라 한다)에 2015년 12월 31일까지 입주하는 기업이 해당 구역의 사업장에서 하는 사업

3. OOO투자진흥지구의 개발사업시행자가 OOO투자진흥지구를 개발하기 위하여 기획, 금융, 설계, 건축, 마케팅, 임대, 분양 등을 일괄적으로 수행하는 개발사업

② 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 감면대상사업에서 발생한 소득에 대해서는 사업개시일 이후 그 감면대상사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 그 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도에 있어서 제1항 제1호 및 제2호의 경우에는 법인세 또는 소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을, 제1항 제3호의 경우에는 법인세 또는 소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 각각 감면하고, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에 있어서 제1항 제1호 및 제2호의 경우에는 법인세 또는 소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을, 제1항 제3호의 경우에는 법인세 또는 소득세의 100분의 25에 상당하는 세액을 각각 감면한다.