쟁점부동산을 취득일부터 1년이 경과할 때까지 영농에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 기 면제한 취득세 등을 부과한 처분의 당부

[주 문] OOO시장이 2021.4.15. 청구법인에게 한 취득세 등 합계 OOO원의 부과처분은 OOO토지 OOO㎡ 및 건축물 OOO㎡의 1/3지분을 취득세 과세표준 및 세액에서 제외하여 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2019.1.10. OOO토지 OOO㎡ 및 건축물(동물 및 식물관련시설) OOO㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 취득(매매)하고,지방세특례제한법(2020.1.15., 법률 제16865호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제11조 제1항에 따라 농업법인이 영농에 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 처분청에 신고하여 취득세 등을 면제받았다.
• 나. 처분청은 2021.2.1. 쟁점부동산에 출장하여 사용현황을 확인한 결과, 건축물은 공실 상태이고, 토지는 수풀이 우거진 상태로 있어, 청구법인이 쟁점부동산을 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아, 2021.4.15. 기 면제한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 부과ㆍ고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.6.29. 이의신청을 거쳐 2021.11.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2019.12.30. 주식회사 AAA와 MOU(양해각서)를 체결하여 쟁점부동산에 스마트팜을 구축 후 AAA OOO지점 및 OOO지점 등에 유기농 야채를 납품하기로 하고, 이를 위하여 청구법인은 스마트팜 설치 업체인 주식회사 BBB으로부터 견적을 받아 스마트팜 설치 협의를 구체적으로 진행하고 있었다. CCC(청구법인의 대표이사), DDD, EEE은 2014년 12월경 쟁점부동산을 각각 1/3지분씩 매수하였다가, 2019년 1월 청구법인으로 소유권을 전부 이전하였으나, EEE은 청구법인을 상대로 자신의 매매대금을 돌려달라는 취지의 소송을 제기하였고 위 소송은 현재까지 진행중에 있다. EEE과의 소송이 끝나는 대로 스마트팜 신축공장이 도입될 것이고, 다른 토지를 이용하여 농작물을 재배함에 따라 2020년 기준 연매출 OOO원을 기록하는 등 농업경영에 힘쓰고 있고 쟁점부동산은 오로지 영농목적으로만 사용되고 있다. 청구법인은 쟁점부동산 취득으로 인한 금융비용의 가중으로 EEE과의 분쟁을 조속히 해결할 필요가 있었고, 이에 고육지책으로서 EEE에게 쟁점부동산의 토지를 분할해 가라고 제안까지 하였으나 EEE은 이를 거절하고 소송을 진행하였고, 다행히 제1심에서 승소하였으나 EEE이 항소하여 현재까지 다툼이 계속되고 있으며, 최근 2021.11.18. 비로소 항소심 판결이 있었으나 EEE이 대법원에 상고할 지 여부는 상고기간의 미도과로 아직 알 수 없다. 소송에 휘말리면서 청구법인의 정상적인 운영에 장애가 생겼고 쟁점부동산에 공장을 신축하는 것 역시 EEE과의 분쟁으로 투자진행에 어려움을 겪고 있다. 청구법인이 소송 진행 중인 상황이라 하여 쟁점부동산을 영농목적으로 직접 사용하지 아니하였다고 단정할 수 없고, 현재는 영농목적에 직접 사용되지 못하였다고 하더라도 그에 이르게 된 정당한 사유가 분명히 존재한다. 가사 백번을 양보하여 쟁점부동산 전체에 대하여 정당한 이유가 인정되지 아니한다고 가정하더라도, EEE 지분인 1/3에 대하여는, 민사재판 판결에 의거하여 청구법인 소유가 아닌 것이 명확하므로 해당부분(EEE 지분)에 한해서는 마땅히 취득세 등을 취소하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 쟁점부동산의 매매대금 반환 청구 소송 및 금융비용 가중 등의 사유를 정당한 사유로 주장하나, 이는 청구법인의 경제적인 내부사정에 불과한 것으로 법령 또는 행정관청의 사용 금지ㆍ제한 등 외부적인 사유에 해당하지 않아 취득세 등의 부과처분에 영향을 끼치지 않는다. 처분청이 쟁점부동산에 현지 출장하여 확인한 결과, 건축물이 모두 공실상태이고 토지 또한 수풀이 우거진 상태인 것이 확인되었으므로 쟁점부동산을 영농목적으로 직접 사용하였다는 청구법인의 주장은 이유가 없다 할 것이다. 또한, 청구법인은 민사재판 판결에 의거하여 쟁점부동산이 청구법인 소유가 아닌 것이 명확해진 이상 청구법인에게 부과된 취득세 등의 해당부분(EEE 지분)에 한해서는 취소되어야 한다고 주장하고 있으나, 취득세는 본래 재화의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 부과되는 유통세의 일종으로 취득자가 재화를 사용·수익·처분함으로써 얻을 수 있는 이익을 포착하여 부과하는 것이 아니어서 취득자가 실질적으로 완전한 내용의 소유권을 취득하는가의 여부에 관계없이 사실상의 취득행위 자체를 과세객체로 하는 것(대법원 2013. 11. 28. 선고 2011두27551판결 참조)인 바, 일단 적법하게 성립한 취득행위가 사후에 취소·변경된다 하여도 이미 성립된 조세채권에는 영향을 미치지 아니한다 할 것이므로 처분청이 청구법인에게 한 취득세 부과처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점부동산을 취득일부터 1년이 경과할 때까지 영농에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 기 면제한 취득세 등을 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2020.1.15., 법률 제16865호로 개정되기 전의 것) 제11조(농업법인에 대한 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농업법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2019년 12월 31일까지 면제한다. 1.농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률제16조에 따른 영농조합법인 2.농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률제19조에 따른 농업회사법인

② 농업법인이 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 각각 2020년 12월 31일까지 경감한다

③ 제1항 및 제2항에 대한 감면을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 5년 미만인 상태에서 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제20조의3에 따라 해산명령을 받은 경우

(2) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. “농업법인”이란 제16조에 따른 영농조합법인과 제19조에 따른 농업회사법인을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2018.12.17. OOO을 본점으로 하고, 농산물 및 곤충의 유통, 가공 및 도(소)매업 등을 목적 사업으로 하여 설립되었다. (나) 청구법인은 2019.1.10. 쟁점부동산을 CCC(청구법인 대표이사), DDD, EEE으로부터 OOO원에 취득하고, 농업법인이 영농에 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 처분청에 신고하여 취득세 등을 면제받았다. (다) 청구법인은 2019.12.30. AAA와 스마트팜 구축과 관련하여 양해각서을 체결하였고, 그 내용은 청구법인은 스마트팜을 완공한 후 AAA에 원하는 농작물을 인도하는 것으로 확인된다. (라) 청구법인이 제출한 판결문에 의하면, EEE은 2019.5.20. 청구법인을 상대로 쟁점부동산에 대한 자신의 매매대금을 돌려달라는 취지의 소송을 제기했고, 청구법인은 1심에서 승소(2020.8.20.)하였고, EEE이 2020.9.15. 항소하여, 항소심은 2021.11.18. 원고의 주위적 청구(매매대금 반환)를 기각하고, 예비적 청구는 인용(EEE이 2019.1.18. 청구법인에게 매매계약을 원인으로 쟁점부동산 중 1/3지분에 관하여 마친 각 지분이전등기는 원인무효의 등기라고 판단)되었으며, 이는 이 건 심판청구 이후 EEE의 상고포기로 최종 확정되었다. (바) 처분청이 2021.2.1. 쟁점부동산에 현지 출장한 후 작성한 출장보고서에 의하면, 쟁점부동산 중 건축물은 공실상태이고, 토지는 수풀이 우거진 상태로서 영농에 사용된 것으로 보기 어렵다고 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점부동산을 취득하고 유예기간에 사용하지 못한 정당한 사유로 청구법인은 쟁점부동산의 전소유자인 EEE과 쟁점부동산에 대한 매매대금 반환 청구 소송 등을 주장하나, 이는 청구법인의 내부적인 사정에 불과한 것으로 법령 또는 행정관청의 사용 금지ㆍ제한 등 외부적인 사유에 해당하지 아니한 점, 처분청이 쟁점부동산에 현지 출장하여 확인한 결과, 건축물이 공실상태였고 토지에 수풀이 우거진 상태인 것으로 확인되며, 쟁점부동산을 영농에 사용하였다고 볼 만한 사정이 나타나지 아니한 점 등에 비추어 청구법인은 쟁점부동산을 취득하고 정당한 사유 없이 1년이내에 영농에 직접 사용하지 아니한 것으로 보는 것이 타당하다. 다만, 쟁점부동산의 전소유자인 EEE은 청구법인을 상대로 쟁점부동산에 대한 자신의 매매대금을 돌려달라는 취지의 소송을 제기했고, 청구법인이 1심에서 승소하였으나, EEE이 항소하여 항소심에서 매매대금 반환청구에 대하여는 기각하였으나, EEE이 청구법인에게 매매계약을 원인으로 쟁점부동산 중 1/3지분에 대하여 마친 지분이전등기를 원인무효의 등기라고 판결하여 확정된 점 등에 비추어 청구법인이 EEE으로부터 취득한 지분에 대하여는 취득세 등을 환급하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로지방세기본법제96조 제6항과국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.