2014.1.1. 개정된 「지방세법」 부칙 제15조에 따라, 그 개정 이후 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세에도 「조세특례제한법」상 이월세액공제 규정을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

[참조결정] 조심2021지0939

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 1981년 12월 절삭공구 제조 및 판매를 주된 목적사업으로 하여 설립된 법인으로, 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것) 제103조의19에서 규정한 “법인세법 제13조에 따라 계산한 금액과 동일한 금액”을 법인지방소득세 과세표준으로 하고, 같은 법 제103조의20의 세율을 적용하여 산출한 2015사업연도 법인지방소득세를 신고․납부하였다
• 나. 그 후 청구법인은 2014.1.1. 개정된 지방세법 부칙 제15조(이하 “일반적 경과조치”라 한다)를 근거로 2015사업연도 법인세 신고 시 최저한세액 제한(조세특례제한법 제132조 제1항)에 따라 이월하여 공제받은 연구ㆍ인력개발비 세액공제(이하 “쟁점이월세액공제”라 한다)의 10％ 상당액을 2015사업연도 법인지방소득세 산출세액에서 차감하여 계산한 합계 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 ＜별지＞ 기재와 같이 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 ＜별지＞ 기재와 같이 각 이의신청을 거쳐 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 2014.1.1. 지방세법 개정 이전에 발생한 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)상 이월세액에 대하여 일반적 경과조치 등의 규정 및 신뢰보호의 원칙을 감안하여 2014사업연도 이후분 법인지방소득세 계산 시에도 쟁점이월세액공제를 인정하여야 한다. 법인지방소득세가 법인세의 부가세에서 독립세로 전환되면서 2014.1.1. 개정된 지방세법은 일반적 경과조치를 규정하였고, 이는 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 구법을 적용하기 위한 특별규정이므로 그 취지에 맞게 청구법인에게 쟁점이월세액공제가 적용되어야 한다. 2014.1.1. 법률 제12153호로 지방세법이 개정되기 전까지는 청구법인이 신고ㆍ납부한 법인세액을 법인지방소득세의 과세표준으로 하였는바, 청구법인과 같이 조세특례제한법에 따라 법인세를 감면받은 경우에는 감면받은 법인세만큼 법인지방소득세의 과세표준이 감소하게 되어, 이에 따른 법인지방소득세도 감면되는 효과를 누리고 있었다. 이와 같이 일반적 경과조치를 적용함에 있어 종전 규정에는 조세특례제한법 규정 등이 포함되고, 이러한 청구법인의 종전 규정에 대한 신뢰는 보호되어야 한다. 따라서, 2014.1.1. 개정된 지방세법 부칙 제15조(일반적 경과조치)에서 “종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다”고 규정하고 있고, 청구법인이 2015사업연도 법인세 신고 시 쟁점이월세액공제를 적용받았으므로, 개정된 지방세법의 일반적 경과조치와 종전 규정에 따라 2015사업연도에 신고ㆍ납부한 법인지방소득세 중 쟁점이월세액공제의 10％ 상당액을 법인지방소득세 산출세액에서 제외하여야 하는바, 처분청이 지방세법령에 관련 규정이 없다는 이유로 이 건 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 2014.1.1. 개정된 지방세법에 따라 법인지방소득세가 독립세 방식으로 변경되었으므로, 2014사업연도 이후분 법인지방소득세를 산정할 때에는 쟁점이월세액공제를 적용하지 아니하는 것이 타당하다. 2014.1.1. 개정된 지방세법 부칙 제2조(일반적 적용례)에서 개정 법률 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 해당 법률을 적용하도록 규정하고 있는바, 청구법인의 2015사업연도 법인지방소득세는 조세특례제한법이나 법인세법이 아닌 위 개정된 지방세법에 따라 산정되어야 한다. 특히, 2014.1.1.이전에는 지방세법상 법인지방소득세가 법인세액을 과세표준으로 하고 10％의 세율을 적용하여 산출되었기에, 법인지방소득세 산출시 쟁점이월세액공제가 적용된 법인세액을 과세표준으로 하여 법인지방소득세를 산출한 결과 쟁점이월세액공제액의 10%에 상당하는 반사적 효과를 보았으나, 이는 지방세법령상 법인지방소득세 세액공제 관련 규정에 따른 법률효과는 아니었다. 조세특례제한법 제144조 제1항 및 법인세법 제57조 제1항ㆍ제2항에서는 쟁점이월세액공제의 대상을 법인세로 규정하고 있는바, 위 규정을 종전 규정으로 보더라도 그 내용만으로는 법인지방소득세의 세액 산출 시 영향을 준다고 보기 어렵다. 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수 없다(대법원 2001.5.29. 선고, 98두13713 판결 참조). 따라서, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 2014.1.1. 개정된 지방세법 부칙 제15조에 따라, 그 개정 이후 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세에도 조세특례제한법상 이월세액공제 규정을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것) 제103조의19【과세표준】내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 법인세법 제13조에 따라 계산한 금액(조세특례제한법 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 법인세의 과세표준)과 동일한 금액으로 한다.(본조신설 2014.1.1.) 제103조의22(세액공제 및 세액감면) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정한다.(후문 생략, 본조신설 2014.1.1.) 부 칙 제2조【일반적 적용례】이 법은 이 법 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. 다만, 제8장 지방소득세(제103조의 29의 개정규정은 제외한다)에 대해서는 이 법 시행 후 최초로 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. 제15조【일반적 경과조치】이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

(2) 지방세특례제한법(2014.1.1. 법률 제122175호 개정된 것) 제174조【세액공제액의 이월공제】① 제99조, 제102조, 제103조, 제104조 제2항, 제109조부터 제115조까지, 제117조, 제118조, 제137조, 제150조, 제151조, 제162조, 제165조 및 제166조에 따라 지방소득세 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제172조에 따른 개인지방소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년(제99조에 따라 공제할 세액으로서 중소기업이 설립일로부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 7년) 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 개인지방소득세[사업소득(조세특례제한법 제126조의6을 적용하는 경우에는 소득세법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다)에 대한 개인지방소득세만 해당한다] 에서 공제한다.

(3) 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것) 제10조【연구·인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2015년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.(각 호 이하 생략) 제132조【최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제】① 내국법인(제72조 제1항을 적용받는 조합법인 등은 제외한다)의 각 사업연도의 소득과 법인세법 제91조 제1항을 적용받는 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득에 대한 법인세(괄호 생략)를 계산할 때 다음 각 호의 어느 하나에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제1호 및 제2호에 따른 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 과세표준(제1호에 따른 준비금을 관계 규정에 따라 익금에 산입한 금액을 포함하며, 이하 이 조에서 “과세표준”이라 한다)에 100분의 17[과세표준이 100억원 초과 1천억원 이하 부분은 100분의 12, 과세표준이 100억원 이하 부분은 100분의 10, 중소기업의 경우에는 100분의 7(중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도에는 100분의 8, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 100분의 9로 한다)]을 곱하여 계산한 세액(이하 “법인세 최저한세액”이라 한다)에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대해서는 감면 등을 하지 아니한다.

1. 제9조에 따라 각 사업연도의 소득금액계산을 할 때 손금으로 산입하는 연구ㆍ인력개발준비금

2. 제8조, 제8조의2, 제10조의2, 제13조, 제14조, 제55조의2 제4항, 제60조 제2항, 제61조 제3항, 제62조 제1항, 제63조의2 제5항에 따른 소득공제금액, 손금산입금액, 익금불산입금액 및 비과세금액 제144조【세액공제액의 이월공제】① 제5조, 제7조의 2, 제8조의 3, 제10조, 제11조, 제12조 제2항, 제24조, 제25조, 제25조의 2부터 제25조의 4까지, 제26조, 제29조의 2, 제30조의 2, 제30조의 4, 제94조, 제104조의 5, 제104조의 8, 제104조의 14, 제104조의 15, 제104조의 18, 제104조의 22, 제104조의 25, 제126조의 6 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세[사업소득(제126조의 6을 적용하는 경우에는 소득세법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다)에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2012사업연도 및 2013사업연도에 연구․인력개발비를 지출하였고, 이는 조세특례제한법 제10조 제1항에 따라 세액공제 대상이었으나, 당해 사업연도의 최저한세 적용으로 연구․인력개발비 세액공제를 받지 못하였다. (나) 이 후 청구법인은 위와 같이 최저한세 적용으로 공제받지 못한 연구․인력개발비에 대하여 조세특례제한법 제144조 제1항 세액공제액의 이월공제 규정에 따라 세액을 공제하여 2015사업연도 법인세를 신고․납부하였다. (다) 한편, 지방세법이 2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 전에는 법인지방소득세가 법인세의 부가세목으로서 법인세액에 10%를 곱하여 산정됨에 따라 법인세 감면이 법인지방소득세액의 감소로 이어지는 구조였다가, 2014.1.1. 지방세법 개정으로 법인지방소득세가 별도의 독립세로 전환되었으며, 이에 따라 청구법인은 2015사업연도 법인지방소득세 신고 시 연구․인력개발비 세액공제를 적용하지 아니하였고, 이에 따라 처분청에 조세특례제한법상 이월공제세액의 10%를 산출세액에서 차감하여 2015사업연도 법인지방소득세 합계 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다. (라) 이에 따라 처분청은 지방세관계법에서 법인지방소득세에 관한 세액공제를 규정하고 있지 않다는 등의 사유로 ＜별지＞기재와 같이 경정청구를 거부하였다. (마) 2014.1.1. 개정된 지방세법의 개정이유는 “소득세 및 법인세의 부가세 형태로 부과ㆍ징수하고 있는 지방소득세를 독립세 방식으로 전환함으로써 지방자치단체의 자주재원을 확충하고 지역경제의 발전을 지방세수의 신장과 연계하기 위한 취지”이다. (바) 개정 지방세법에 대한 국회 행정안전위원회 전문위원의 검토보고서에는 “구 지방세법 하에서 법인세 세액공제 및 감면에 연동하여 부가적으로 법인지방소득세도 세액공제․감면을 받았으나, 지방세법의 개정으로 더 이상 이와 같은 혜택이 유지되지 않는다. 법률 개정안이 지방소득세를 부가세에서 독립세 방식으로 전환하였으므로, 지방소득세에 대한 특례조항을 별도로 규정할 필요가 있어 개정안은 개인지방소득세에 관한 세액공제 등에 대하여는 새로이 지방세특례제한법 등에 옮겨 규정하였던 반면, 법인지방소득세에 관한 특례조항은 배제함으로써 법인에 대한 지방소득세의 과세를 강화하였다.”는 내용이 기재되어 있다. (사) 2014.1.1. 법률 제12175호로 개정된 지방세특례제한법에서는 개인지방소득세에 대한 감면 규정은 두고 있으나, 법인지방소득세에 대하여는 세액감면․세액공제 규정을 두고 있지 아니한 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 일반적 경과조치에 따라 법인지방소득세 산정 시에도 조세특례제한법상 연구․인력개발비 세액공제액의 이월세액공제가 적용되어야 한다고 주장하나, 2014.1.1. 지방세법이 개정되기 전에는 법인지방소득세가 법인세의 부가세목으로서 법인세액에 10%를 곱하여 산정됨에 따라 법인세 감면이 법인지방소득세액의 감소로 이어지는 구조였다가, 2014.1.1. 개정으로 법인지방소득세가 별도의 독립세로 전환되면서 법인세의 세액공제․감면이 더 이상 법인지방소득세에 영향을 미치지 못하게 되었는데, 과거에 청구법인이 법인세 세액공제․감면을 통해 누렸던 법인지방소득세의 감세효과는 결과적․반사적 이익에 불과하였고, 2014.1.1. 이후에 법인세 이월세액공제의 효과가 법인지방소득세 산정에 영향을 미치지 않게 된 것은 감면규정 그 자체와는 무관하게 법인지방소득세를 독립세로 전환한 데 따른 것인데, 법인지방소득세를 법인세의 부가세목으로 운영할 것인지 아니면 독립세로 전환할 것인지는 입법자의 선택에 따라 언제든지 바뀔 수 있는 입법정책의 문제일 뿐이므로, 법인지방소득세가 법인세의 부가세목으로 장래에 지속될 것이라는 청구법인의 믿음은 일반적 경과조치로 보호하여야 할 정도의 신뢰에 이르지 못한 단순한 기대에 불과해 보이며, 개정 지방세법 제103조의22에서 법인지방소득세의 세액공제 및 감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정하도록 하였으나, 지방세특례제한법에서는 개인지방소득세의 경우와 달리 법인지방소득세에 대한 세액공제 및 감면에 대한 규정을 별도로 두고 있지 아니하다. 따라서, 2015사업연도의 법인지방소득세는 종전의 규정이 아닌 납세의무 성립당시의 규정에 따라 산정함이 타당하다 할 것이고, 그러한 경우 법인지방소득세액 산정에 조세특례제한법상 이월세액공제는 적용되지 아니한다 할 것이므로, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다(조심 2021지939, 2021.10.15. 외 다수, 같은 뜻임).

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제6항과국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 청구법인의 2015사업연도 소득에 대한 법인지방소득세 심판청구 내역 (단위: 원)