2014.1.1. 개정된 「지방세법」의 일반적 경과조치 및 신뢰보호의 원칙에 따라 종전 법률을 적용하여 2015사업연도 법인지방소득세 산출시 「조세특례제한법」상 이월세액공제 상당액을 공제하여야 한다는 청구주장의 당부

[참조결정] 조심2021지0986

[주 문] 심판청구를 기각한다

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2015사업연도에 대하여 법인세 과세표준과 동일한 금액을 과세표준으로 하여 법인지방소득세를 신고․납부하였다.
• 나. 이후 청구법인은 2021.4.29.ㆍ2021.4.30. 아래 ＜표＞와 같이 경정청구(이하 “이 건 경정청구”라 한다)를 하여, 2015사업연도 법인세 과세표준에서 2014.1.1. 이전인 2010 ~ 2013사업연도에 지출한 연구ㆍ인력개발비 등(이하 “이 건 연구개발비 등”이라 한다) 중 법인세 최저한세 제한 등으로 법인세에서 세액공제 받지 못하여 이월된 금액인 OOO원(이하 “쟁점세액공제”이라 한다)을 법인지방소득세에서도 법인세와 마찬가지로 이월공제를 적용하여 기납부한 법인지방소득세 합계 OOO원(이하 “이 건 법인지방소득세”라 한다)을 환급하여야 한다고 하였으나, 처분청은 2021.6.2. ~ 2021.6.21. 기간 동안 이를 거부하였다. ＜표＞ 경정청구 내역
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 위 ＜표＞와 같이 2021.8.30.ㆍ2021.9.1. 이의신청을 각각 거쳐 2021.12.21.ㆍ2022.2.12. 심판청구를 각 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 일부 개정된 것, 이하 “개정 후 법률”이라 하고, 2014.1.1. 개정 전 법률을 이하 “종전 법률”이라 한다)이 2014.1.1. 개정되기 전에 이 건 연구개발비 등을 지출함으로써 그 원인행위를 완료하여 법적 지위 또는 법률관계를 형성하였는바, 그 원인행위의 시점에 시행 중이던 종전 법률이 적용되어야 한다. 2014.1.1. 법률 제12173호로 일부 개정되기 전의 조세특례제한법 제132조 및 제144조에 의하면, 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 다음 개시일로부터 5년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 공제받을 수 있을 것인데, 이에 대한 청구법인의 신뢰는 법적으로 보호받을 수 있는 신뢰이고, 종전 법률에서 법인지방소득세는 법인세액을 과세표준으로 하여 계산하였으므로 청구법인이 조세특례제한법에 따른 세액공제 적용에 따라 법인지방소득세 또한 공제될 것이라는 기대가 이미 형성된 상태였을 뿐만 아니라, 쟁점세액공제는 연구 활동의 투자 등 국가 정책목적상 장려하기 위해 마련된 것으로서 그 혜택에 대한 납세자의 신뢰는 보호되어야 마땅하다. 또한 2014.1.1. 일부 개정된 지방세법 부칙 제15조(이하 “쟁점경과규정”이라 한다)의 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다”라는 규정은 납세의무자의 기득권이나 신뢰를 보호하기 위한 것인바, 쟁점경과규정에서의 종전 법률은 지방세법만이 아닌 법인세법 내지 조세특례제한법의 제반 규정이 포함된다고 해석되므로 2014년 이전 법인세법 및 조세특례제한법에 의해 적법하게 발생된 쟁점세액공제액은 그 이후의 법인 지방소득세 신고 시에도 공제되어야 한다. 따라서 이 건 법인지방소득세에서 쟁점세액공제를 이월 적용하여야 하므로 처분청이 청구법인에게 이 건 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 조세의 부과는 납세의무의 성립 시에 유효한 법령에 따라야 하고, 세법의 개정이 있을 경우에도 특별한 사정이 없는 한 개정 전후의 법령 중 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용하여야 하는바(대법원 2009.6.11. 선고 2007두7727 판결, 대법원 1997.10.14. 선고 97누9253 판결 등 참조), 2014.1.1. 개정된 지방세법제103조의22에서 법인지방소득세의 세액공제 및 감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정하도록 하였으나, 현행 지방세특례제한법에서는 이월납부세액과 관련한 법인지방소득세에 대한 세액공제 및 감면에 대한 규정이 없다. 또한, 2014.1.1. 개정 전 지방세법상 법인지방소득세의 산정방식이 법인세액을 법인지방소득세 과세표준으로 삼았던 결과 법인지방소득세 산출 시 법인세 이월공제에 따른 세액감소 효과를 보았던 것으로 이는 일종의 반사이익에 불과하고, 쟁점경과규정의 일반적 경과조치는 지방세법령에 명시적으로 규정한 내용에 한하여 그 효력이 미치는 것이므로 2014.1.1. 개정 전 지방세법령에서 법인세 이월세액공제에 따라 지방소득세가 경감되었다 하더라도 이를 일반적 경과조치의 적용대상이라고 볼 수 없다. 따라서 처분청이 쟁점세액공제를 이 건 법인지방소득세에서 이월공제를 적용하지 아니하는 것으로 보아 청구법인에게 이 건 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 2014.1.1. 개정된 지방세법의 일반적 경과조치 및 신뢰보호의 원칙에 따라 종전 법률을 적용하여 2015사업연도 법인지방소득세 산출시 조세특례제한법상 이월세액공제 상당액을 공제하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: ＜별지2＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 2010 ~ 2013사업연도에 조세특례제한법제10조에 따른 이 건 연구개발비 등을 지출하였고, 해당 사업연도에 법인세 최저한세 제한 등으로 공제받지 못한 쟁점세액공제를 같은 법 제144조 제1항의 이월공제 규정에 따라 2015사업연도 법인세 신고 시 세액공제를 적용하여 법인세를 신고․납부하였으나, 2015사업연도 법인지방소득세는 쟁점세액공제에 대한 이월공제를 적용하지 아니하고 이를 신고․납부하였다. (나) 청구법인은 2021.4.29.ㆍ2021.4.30. 2015사업연도 법인지방소득세 계산 시 쟁점세액공제를 산출세액에서 차감하여야 한다는 취지로 경정청구를 하였으나, 처분청은 2021.6.2. ~ 2021.6.21. 기간 동안 이를 거부하였다. (다) 처분청의 경정청구 결과통지서에는 “2014.1.1. 개정된 지방세법 제103조의22에 따라 현행 지방세특례제한법에는 법인지방소득세에 관한 세액공제 및 이월공제 규정이 없다”는 이유로 경정청구를 거부통지한 사유가 기재되어 있다. (라) 2014.1.1. 지방세법이 개정되기 전까지의 법인 지방소득세는 법인세 산출세액을 과세표준으로 하였으므로 법인세 산출세액에서 이월세액공제를 받았다면, 과세표준이 그 만큼 감소하게 되어 법인지방소득세도 감소하게 된다. (마) 법인지방소득세 과세표준에 대한 관련 규정(지방세법제103조의19)이 2014.1.1. 개정되면서, 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은법인세법제13조에 따라 계산한 금액으로 한다고 되어 있다. (바) 지방세특례제한법이 2014.1.1. 개정되면서, 부칙 제6조에 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다”고 규정하고 있다. (사) 청구법인은 쟁점세액공제를 2015사업연도 법인지방소득세 계산 시 공제하여야 한다는 주장과 관련하여 서울고등법원의 판결(2020.9.11. 선고 2019누67823 판결)을 제시하였다. 위 판결에 의하면, “2014.1.1. 지방세법이 개정되기 전 2013사업연도까지 연구인력개발비를 지출하고도 최저한 세액의 제한 등으로 이월 공제받지 못한 금액에 대하여 2014.1.1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 조세특례제한법 제132조 및 제144조에 의하여 이월 공제받을 수 있을 것이라는 원고의 신뢰는 법적으로 보호받을 수 있는 신뢰라고 보기 충분하므로 종전 법률에 따라 해당 연구인력개발비를 이월 공제 적용하여야 한다”는 판단내용이 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 2014.1.1. 지방세법 개정 이전에 발생한 조세특례제한법상 이월세액에 대하여 개정지방세법 부칙 제15조(일반적 경과조치) 등의 규정 및 신뢰보호의 원칙을 감안하여 2014년도 이후분 법인지방소득세 계산 시에도 쟁점이월세액공제가 인정되어야 한다고 주장하나, 2014.1.1. 종전 지방소득세 법인세분을 법인지방소득세로 개정한 취지가 법인세에 대한 세액공제를 배제하여 법인소득에 대한 지방세 과세를 강화하고자 하는데 있고, 2014.1.1. 개정 전지방세법상 법인지방소득세의 산정방식이 법인세액을 법인지방소득세 과세표준으로 삼았던 결과 지방소득세 법인세분 산출 시 법인세 이월공제에 따른 세액감소 효과를 보았던 것으로 이는 일종의 반사이익에 불과하며, 개정지방세법 부칙 제15조의 일반적 경과조치는 지방세법령에 명시적으로 규정한 내용에 한하여 그 효력이 미치는 것인데, 2014.1.1. 개정 전 지방세법령에서 법인세 이월공제에 관하여 별도로 규정한 바가 없으므로 법인세 이월공제에 따라 지방소득세가 경감되었다 하더라도 이를 일반적 경과조치의 적용대상이라고 볼 수는 없는 점 등에 비추어 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다(조심 2021지986, 2021.12.23. 외 다수, 같은 뜻임).

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지1＞ 병합사건 목록 ＜별지2＞ 관련 법령

(1) 지방세기본법(2021.12.28. 법률 제18654호로 일부 개정되기 전의 것) 제50조(경정 등의 청구) ① 이 법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제51조 제1항에 따른 납기 후의 과세표준 신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내[지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정이 있음을 안 날(결정 또는 경정의 통지를 받았을 때에는 통지받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)를 말한다]에 최초신고와 수정신고를 한 지방세의 과세표준 및 세액(지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액 등을 말한다)의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다

1. 과세표준 신고서 또는 납기 후의 과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액(지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 지방세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준 신고서 또는 납기 후의 과세표준 신고서에 기재된 환급세액(지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 환급세액을 말한다)이 지방세법에 따라 신고하여야 할 환급세액보다 적을 때

③ 제1항 및 제2항에 따라 결정 또는 경정의 청구를 받은 지방자치단체의 장은 청구받은 날부터 2개월 이내에 그 청구를 한 자에게 과세표준 및 세액을 결정ㆍ경정하거나 결정ㆍ경정하여야 할 이유가 없다는 것을 통지하여야 한다. 다만, 청구를 한 자가 2개월 이내에 아무런 통지를 받지 못한 경우에는 통지를 받기 전이라도 그 2개월이 되는 날의 다음 날부터 제7장에 따른 이의신청, 심판청구 또는 감사원법에 따른 심사청구를 할 수 있다.

(2) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 일부 개정되기 전의 것) 제91조(신고납부) ① 법인세분의 납세의무자(연결집단의 경우에는 연결모법인을 말한다. 이하 같다)는 제89조에 따라 산출한 세액(이하 이 조에서 “산출세액”이라 한다)을 제87조 제2항 및 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 연결법인 또는 법인의 각 사업장 소재지 관할 지방자치단체별로 안분계산하여 해당 사업연도 종료일부터 4개월(연결법인의 경우에는 해당 연결사업연도 종료일부터 5개월,법인세법 또는국세기본법에 따라 세액이 결정되거나 경정되는 경우에는 그 고지서의 납부기한, 신고기한을 연장하는 경우에는 그 연장된 신고기간의 만료일, 수정신고를 하는 경우에는 그 신고일부터 각각 1개월) 내에 관할 지방자치단체의 장에게 신고하고 납부하여야 한다. (단서 생략) 제94조(소득분의 계산방법) ① 소득분은소득세법과법인세법에 따라 신고하거나 결정·경정된 소득세 및 법인세(원천징수된 소득세 및 법인세를 포함한다)로서 납세의무자가 납부하여야 할 세액의 총액에 제89조 제1항의 세율을 적용하여 계산한다. 다만, 제87조 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 부과된 세액은 공제한다.

(3) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 일부 개정된 것) 제103조의19(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법 인지방소득세의 과세표준은 법인세법 제13조에 따라 계산한 금액(조세특례제한법 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 금액)으로 한다. 제103조의22(세액공제 및 세액감면) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정한다. 이 경우 공제 및 감면되는 세액은 법인지방소득세 산출세액(제103조의31에 따른 토지등 양도소득, 조세특례제한법 제100조의32 제2항에 따른 미환류소득에 대한 법인지방소득세 세액을 제외한 법인지방소득세 산출세액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 공제한다.

② 제1항에 따른 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 공제세액 또는 감면세액이 법인지방소득세 산출세액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 한다. 제103조의23(과세표준 및 세액의 확정신고와 납부) ① 법인세법 제60조에 따른 신고의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 4개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 지방자치단체의 장에게 신고하여야 한다.

② 제1항에 따른 신고를 할 때에는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여야 한다. (각 호 생략)

③ 내국법인은 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세 산출세액에서 다음 각 호의 법인지방소득세 세액(가산세는 제외한다)을 공제한 금액을 각 사업연도에 대한 법인지방소득세로서 제1항에 따른 신고기한까지 납세지 관할 지방자치단체에 납부하여야 한다.

1. 제103조의22에 따른 해당 사업연도의 공제ㆍ감면 세액

2. 제103조의26에 따른 해당 사업연도의 수시부과세액

3. 제103조의29에 따른 해당 사업연도의 특별징수세액

(4) 지방세법 부칙(2014.1.1. 법률 제12153호로 일부 개정된 것) 제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. 다만, 제8장 지방소득세(제103조의29의 개정규정은 제외한다)에 대해서는 이 법 시행 후 최초로 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. 제15조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

(5) 지방세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12175호로 개정된 것) 제3조(지방세 특례의 제한) ① 이 법, 지방세법 및 조세특례 제한법에 따르지 아니하고는 지방세법에서 정한 일반과세에 대한 지방세 특례를 정할 수 없다.

② 관계 행정기관의 장은 이 법에 따라 지방세 특례를 받고 있는 법인 등에 대한 특례 범위를 변경하려고 법률을 개정하려면 미리 안전행정부장관과 협의하여야 한다. 제102조(연구·인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 100분의 10을 해당 과세연도의 개인지방소득세(사업소득에 대한 개인지방소득세만 해당한다)에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2015년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다. (각 호 생략)

(6) 법인세법(2017.1.1. 법률 제14386호로 일부 개정된 것) 제13조(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 조세특례제한법 제5조제1항에 따른 중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인을 제외한 내국법인의 경우 제1호의 금액에 대한 공제의 범위는 각 사업연도 소득의 100분의 60(2018년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지 개시하는 사업연도는 100분의 70을 말한다)으로 한다.

1. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액. 이 경우 결손금은 제14조 제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정·경정되거나, 국세기본법 제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금만 해당한다.

2. 이 법 및 다른 법률에 따른 비과세소득

3. 이 법 및 다른 법률에 따른 소득공제액

(7) 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것) 제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2015년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다. (각 호 생략) 제132조(최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제) ① 내국법인(제72조 제1항을 적용받는 조합법인 등은 제외한다)의 각 사업연도의 소득과 법인세법 제91조 제1항을 적용받는 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득에 대한 법인세(법인세법 제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세와 같은 법 제96조에 따른 법인세에 추가하여 납부하는 세액, 가산세 및 대통령령으로 정하는 추징세액은 제외하며, 대통령령으로 정하는 세액공제 등을 하지 아니한 법인세를 말한다)를 계산할 때 다음 각 호의 어느 하나에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제1호 및 제2호에 따른 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 과세표준(제1호에 따른 준비금을 관계 규정에 따라 익금에 산입한 금액을 포함하며, 이하 이 조에서 "과세표준"이라 한다)에 100분의 16[과세표준이 100억원 초과 1천억원 이하 부분은 100분의 12, 과세표준이 100억원 이하 부분은 100분의 10, 중소기업 및 제85조의6에 따른 사회적기업의 경우에는 100분의 7(중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도에는 100분의 8, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 100분의 9로 한다)]을 곱하여 계산한 세액(이하 "법인세 최저한세액"이라 한다)에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대해서는 감면 등을 하지 아니한다.

1. 제9조에 따라 각 사업연도의 소득금액계산을 할 때 손금으로 산입하는 연구·인력개발준비금

2. 제8조, 제8조의2, 제10조의2, 제13조, 제14조, 제55조의2 제4항, 제60조 제2항, 제61조 제3항, 제62조 제1항, 제63조의2 제5항에 따른 소득공제금액, 손금산입금액, 익금불산입금액 및 비과세금액

3. 제5조, 제7조의2, 제8조의3, 제10조(중소기업이 아닌 자만 해당한다. 이하 이 조에서 같다), 제11조, 제12조 제2항, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제29조의2, 제30조의2, 제30조의4, 제31조 제6항, 제32조 제4항, 제94조, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의22 및 제104조의25에 따른 세액공제금액

4. 제6조, 제7조, 제12조의2, 제21조, 제31조 제4항·제5항, 제32조제4항, 제33조의2, 제62조 제4항, 제63조(수도권 밖으로 이전하는 경우는 제외한다), 제64조, 제68조(농업소득 외의 소득만 해당한다), 제85조의6, 제102조 및 제121조의22에 따른 법인세의 면제 및 감면 제144조(세액공제액의 이월공제) ① 제5조, 제7조의2, 제8조의3, 제10조, 제11조, 제12조 제2항, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제29조의2, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의5, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의22, 제104조의25, 제126조의6 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세[사업소득(제126조의6을 적용하는 경우에는 소득세법 제45조제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다)에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다.