조세심판원 심판청구 법인세

① (주위적 청구) 산업단지에 대한 준공인가가 있기 전에, 입주희망업체가 쟁점토지의 사용승낙을 받아 지상에 건축물을 신축한 후 사용승인을 받은 경우, 지목변경에 따른 취득시기를 토지의 사용승낙일로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분의 당부 ② (예비적 청구) 가산세를 면제할 정당한 사유가 있는지 여부

사건번호 조심 2022지0150 선고일 2024-04-18 조세심판원

[요지]

① 입주희망업체들은 쟁점토지 지상에 산업용 건축물 등을 신축하기 위하여 청구법인으로부터 쟁점토지에 대한 사용승낙을 받았고 이에 터잡아 입주희망업체들은 건축허가를 받아 착공신고 및 건축물의 사용승인을 받은 점 등에 비추어 쟁점토지는 쟁점위탁자가 입주희망업체에게 사용승낙한 시점에 그 지목이 사실상 해당 용도로 변경되어 산업단지에 공여될 수 있는 토지로 그 주된 용도가 변경된 것으로 보임.② 청구법인이 제시한 대법원 판례의 취지 등만으로는 청구법인이 쟁점토지의 지목변경에 따른 취득세를 과소(무)신고‧납부한 것에 그 의무해태를 탓할 수 없는 사정이 없어 보이는 점 등에 비추어 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다는 청구주장을 받아들이기 어려움.

[참조결정] 조심2011지0518

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

  • 가. AAA 주식회사(이하 “쟁점위탁자”라 한다)는 인천광역시 서구 OOO 일원 282,898.8㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)의 ㈜-CCC 산업단지 조성사업(이하 “쟁점조성사업”이라 한다)의 사업시행자이다.
  • 나. 청구법인은 쟁점위탁자로부터 이 사건 토지를 수탁받아 2021.3.12., 2021.3.24. 인천광역시 서구 OOO 등 토지(이하 “쟁점토지”라 한다)에 대하여 지방세법제7조 제4항 및 같은 법 시행령 제20조 제10항에 따라 쟁점토지의 사용승낙일을 취득일로 보아 지목변경에 따른 취득세 등을 아래 <표1>과 같이 신고·납부하였다. <표1> 취득세 등 신고 내역 ㅇㅇㅇ
  • 다. 청구법인은 2021.7.14. 처분청에 ‘쟁점토지의 지목변경에 따른 취득일은 ① 지상 건축물의 사용승인일(2020.6.12.〜2021.1.26.)과 ② 공부상 지목이 변경된 날인 쟁점조성사업의 준공인가일(2021.7.20.) 중 빠른 날(①)이므로 당초 신고한 취득세 중 가산세 OOO원을 환급하여야 한다’는 취지의 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2021.9.6. 이를 거부하였다.
  • 라. 청구법인은 이에 불복하여 2021.12.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) (주위적 청구) 쟁점토지의 사실상 지목변경일은 쟁점조성사업의 준공인가일이고, 준공인가일 이전에 쟁점토지 지상 건축물의 사용을 승인받은 경우 지상 건축물의 사용승인일이다. (가) 쟁점조성사업은 95%가 전·답·임야 등으로 이루어진 이 사건 토지 중 60.8.%를 산업시설용지(공장·창고시설 등)로 조성하는 개발사업으로, 쟁점위탁자와 입주기업이 체결한 산업시설용지에 대한 토지매매계약서에 따르면, 쟁점위탁자는 매매대금으로 쟁점조성사업의 추진비용으로 사용하여야 하고(매매계약서 제1조 제2항), 입주기업도 쟁점조성사업 준공 전 공급받은 토지의 사용시기가 지연되더라도 특별한 보상 없이 이를 수인하여야 하는 등(매매계약서 제5조 제1항) 쟁점위탁자의 ‘토지 사용승낙’과 입주기업의 ‘토지 사용(건축)’이 별개의 행위가 아닌 쟁점조성사업의 준공을 위한 공통의 목적이다. (나) 쟁점조성사업과 같은 대규모 토지개발사업에 따른 도시개발사업 토지의 지목변경 시기와 관련하여, 토지의 지목을 사실상 변경한다는 것은 토지의 주된 용도를 사실상 변경한다는 것을 의미(대법원 2018.3.29. 선고 2017두35844 판결)하고, 쟁점토지가 실질적으로 대지로서 기능하게 되었음을 객관적으로 확인할 수 있는 쟁점조성사업의 준공인가일을 지목변경에 따른 취득세 납세의무 성립시점이라 할 것(대법원 2021.4.1. 선고 2020두56155 판결)이며, 토지 조성공사와 건축 공사가 함께 진행되는 경우로서 건축물 사용승인일이 준공인가일보다 앞선다면 건축물 사용승인일이 사실상 지목변경일에 해당한다(대법원 2018.6.15. 선고 2018두38673 판결). (다) 쟁점토지에 대한 취득세 과세표준은 사용승낙한 각 토지에 소요된 공사비 등을 특정할 수 없어 쟁점토지의 각 사용승낙일을 기준으로 추청 총공사비에 공정률을 곱한 후 쟁점조성사업의 총 면적 대비 사용승낙한 토지의 면적 비율을 곱하여 산출하였는데, 쟁점토지의 각 사용승낙일 당시 쟁점조성사업의 공정률은 21.48%〜93.8%로 다양한 점을 고려하였을 때 산업단지인 쟁점토지를 의도대로 사용할 수 없는 상황이었으므로 위 각 사용승낙일 당시 쟁점토지가 산업단지 또는 건축물 부속토지로서 정상적으로 기능할 수 있을 정도로 지목이 사실상 변경되었다고 추단할 수 없다. (라) 만일 쟁점토지의 지목변경 취득일을 토지의 사용승낙일로 본다면 그 사용승낙일 이후 준공인가일까지 발생한 비용은 이미 취득세 납세의무가 성립된 이후에 발생한 비용으로 과세표준에 포함될 수 없게 되는데 이러할 경우 실제 지목변경에 소요된 공사비가 과세표준에 포함되지 않게 되는 불합리한 문제가 발생한다. (마) 따라서 위 대법원 판례와 같이 쟁점토지가 쟁점조성사업에 실질적으로 대지로 기능할 수 있는 ‘준공인가일’이 쟁점토지의 지목변경에 대한 납세의무가 성립한 날(취득일)이고, 쟁점토지 중 ‘준공인가를 받기 전에 건축물 사용승인을 받은 토지’는 그 건축물의 사용승인일을 지목변경에 대한 취득일로 보아야 한다.

(2) (예비적 청구) 설령 지목변경에 따른 취득일이 쟁점토지의 사용승낙일이라 하더라도 대법원에서 ‘사실상 지목변경일’ 또는 ‘공부상 지목변경일’ 이전에 사실상 사용한 경우에도 준공인가일로 판단(대법원 2021.4.1. 선고 2020두56155 판결)한 사실이 있고, 쟁점토지의 지목변경에 따른 취득일(사용승낙일)이 준공인가일보다 먼저 도래하여 지목변경에 소요된 총 비용 중 사용승낙일까지의 기성고에 상당하는 금액이 과세표준에 포함됨에도 청구법인은 추정 총공사비의 공정률에 해당하는 부분을 과세표준으로 하여 쟁점토지에 대한 취득세 신고·납부의무를 충실히 이행하였음에도 이 건 가산세를 부담하게 되었는데, 청구법인에게는 취득세 신고·납부의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있다.

  • 나. 처분청 의견

(1) (주위적 청구) 지방세법제7조 제4항은 토지의 지목을 사실상 변경함으로써 그 가액이 증가한 경우에는 취득으로 본다고 규정하면서 같은 법 시행령 제20조 제10항은 ‘토지의 지목이 사실상 변경된 날’과 ‘공부상 변경된 날’ 중 빠른 날을 취득일로 보되, 토지의 지목변경일 이전에 사용하는 부분에 대해서는 ‘그 사실상의 사용일’을 취득일로 본다고 규정하고 있다. (가) 지목이 사실상 변경되어 취득세의 과세대상으로 보기 위해서는 그 토지의 주된 사용목적 또는 용도에 따라 구분되는 지목이 사실상 변경되었을 뿐만 아니라 그로 인해 가액이 증가되어야 하는바, 지목이 사실상 변경되었다 함은 토지의 지목을 변경하는 자가 그 사용하고자 하는 의도대로 지목을 변경하여 사용하였음을 의미한다고 봄이 타당하다(행정안전부 지방세운영과-2527, 2014.8.1., 조심 2011지518, 2011.12.19.). (나) 쟁점조성사업의 경우 산업시설에 대한 건축공사 뿐만 아니라 공원 등의 시설공사도 포함되는 산업단지 개발사업으로 쟁점위탁자는 쟁점토지에 건축물을 건축하여 분양할 목적이 아닌 해당토지를 개발하여 용도별로 분양할 목적이었고, 쟁점위탁자가 입주업체에게 쟁점토지를 산업시설용지로 공급한 것은 쟁점토지가 그 의도대로 지목변경이 완료된 것으로 볼 수 있으며, ‘쟁점위탁자의 토지조성공사’와 ‘입주업체의 산업시설 건축공사’는 그 비용이 구분되는 별개의 사업이다. (다) 쟁점위탁자는 쟁점조성사업의 사업시행자로서 2021.7.30. 쟁점조성사업의 준공인가를 받기 이전에 쟁점토지에 건축물을 신축하여 산업단지에 입주하고자 하는 업체와 토지 매매계약을 체결하고 2018.11.12.〜2020.12.30. ㈜BBB 등 54개 업체에 쟁점토지에 대한 토지의 사용승낙을 하였으며, 위 업체 중 27개 업체는 이후 건축물 사용승인을 완료하였다. (라) 따라서 쟁점토지의 사용승낙일에 사용하고자 하는 의도대로 지목을 변경하여 사용하였음이 명백하다 할 것이므로 지목이 사실상 변경된 날은 ① 쟁점토지의 사용승낙일, ② 그 지상 건축물의 사용승인일 및 ③ 쟁점조성사업의 준공인가일 중 빠른 날인 쟁점토지의 사용승낙일로 보는 것이 타당(행정안전부 부동산세제과-561, 2020.3.12.)하다.

(2) (예비적 청구) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납부 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 원칙적으로 의무위반 사실의 발생이라는 과세요건만으로 충족되면 부과하는 것이고 납세자의 고의·과실은 고려되지 않는바, 청구법인이 쟁점토지의 지목변경에 따른 취득일을 쟁점조성사업의 준공인가일로 보아 신고·납부의무를 충실히 이행하였다는 사정은 가산세를 면제할 만한 정당한 사유로 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁점

① (주위적 청구) 산업단지에 대한 준공인가가 있기 전에, 입주희망업체가 쟁점토지의 사용승낙을 받아 지상에 건축물을 신축한 후 사용승인을 받은 경우, 지목변경에 따른 취득시기를 토지의 사용승낙일로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분의 당부

② (예비적 청구) 가산세를 면제할 정당한 사유가 있는지 여부

  • 나. 관련법령: <별지> 기재
  • 다. 사실관계

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 인천광역시장이 2021.6.29. 고시한 ‘산업단지계획(변경) 승인 및 지형도면 고시(제2021-211호)’에 따르면 쟁점조성사업의 총 면적은 282,989.8㎡이고 사업기간은 2017.6.5.〜2021.6.30.이며, 인천광역시장은 2021.7.30. ‘㈜-CCC 조성사업(1단계, 쟁점조성사업) 준공인가 공고(제2021-2076호,)’를 하였다. (나) 청구법인은 쟁점토지와 관련하여 그 입주를 희망하는 업체와 쟁점조성사업의 준공인가일 전에 매매계약을 체결하고 그 사용을 승낙하였으며, 위 사용승낙에 따라 위 입주희망업체는 아래 <표2>와 같이 지상 건축물의 건축허가를 받고 신축한 건축물의 사용승인을 받았다. <표2> 쟁점토지 입주희망업체의 ‘토지 사용승낙일 등’ 내역 ㅇㅇㅇ (다) 청구법인은 2021.3.12., 2021.3.24. 처분청에 쟁점토지의 지목변경에 대한 취득세 등을 아래 <표3>과 같이 신고하였는데, 그 과세표준은 쟁점토지의 각 사용승낙일을 기준으로 쟁점조성사업의 ① 추정 공사비에 ② 공정률을 곱한 후 ③ 쟁점조성사업 총 면적 대비 각 사용승인한 토지의 면적 비율을 곱하여 산정한 것이다. <표3> 쟁점토지 취득세 신고 상세내역 ㅇㅇㅇ (라) 쟁점위탁자와 입주희망업체 중 ㈜BBB가 계약한 토지매매계약서는 아래와 같다. ㅇㅇㅇ (마) 청구법인은 쟁점조성사업과 관련하여 ‘㈜CCC 건설사업관리단’이 2018년 6월부터 2021년 1월까지 작성한 공정확인서와 쟁점산업단지의 공사비용 내역을 제출하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지의 사실상 지목변경일은 쟁점조성사업의 준공인가일이고, 준공인가일보다 지상 건축물의 사용승인일이 빠른 경우 건축물의 사용승인일이라고 주장한다. 그러나 쟁점조성사업은 쟁점위탁자가 산업단지용 토지를 조성하여 당해 산업단지에 입주하고자 하는 업체와 토지 매매계약을 체결하고 입주희망업체들이 쟁점토지의 지상에 산업용 건축물을 건축하여 산업단지를 조성하는 것을 목적으로 하는 점, 입주희망업체들은 쟁점토지 지상에 산업용 건축물 등을 신축하기 위하여 청구법인으로부터 쟁점토지에 대한 사용승낙을 받았고 이에 터잡아 입주희망업체들은 건축허가를 받아 착공신고 및 건축물의 사용승인을 받은 점 등에 비추어 쟁점토지는 쟁점위탁자가 입주희망업체에게 사용승낙한 시점에 그 지목이 사실상 해당 용도로 변경되어 산업단지에 공여될 수 있는 토지로 그 주된 용도가 변경된 것으로 보이는 점, 또한 통상의 분양되는 산업단지의 공장용지 등은 상하수도‧전기‧전기통신 등의 기반시설이 갖추어진 일단의 토지를 말하므로 이 건의 경우 입주희망업체가 분양받은 토지에 공장신축 등을 한 것으로 볼 때 그 시점에 사실상 지목변경이 이루어졌다고 보는 것이 합리적인 점, 청구법인이 제시한 사정만으로 입주희망업체들이 쟁점토지에 사용승낙을 받았음에도 쟁점토지를 공장용지로서 사용할 수 없는 장애 등이 있었던 것으로 보이지 아니한 점 등에 비추어 쟁점토지의 지목변경일이 준공인가일 또는 건축물의 사용승인일이라는 청구주장은 받아들이기 어렵다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지의 지목변경에 대한 취득세 신고‧납부와 관련하여 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다고 주장한다. 그러나 취득세는 신고‧납부방식의 조세로서 그 신고‧납부의 책임은 근본적으로 납세자에게 있고, 법령의 부지 또는 오인은 가산세를 감면할 정당한 사유에 해당하지 아니한 점, 쟁점조성사업의 준공인가일 이전에 쟁점위탁자가 입주희망업체들에게 쟁점토지의 사용을 승낙하여 입주희망업체들이 쟁점토지를 산업단지의 용도로 사용한 것으로 보이는 점, 청구법인이 제시한 대법원 판례의 취지 등만으로는 청구법인이 쟁점토지의 지목변경에 따른 취득세를 과소(무)신고‧납부한 것에 그 의무해태를 탓할 수 없는 사정이 없어 보이는 점 등에 비추어 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다는 청구주장을 받아들이기 어렵다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제7항과 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련법령

(1) 지방세법(2023.3.14. 법률 제19230호로 일부 개정되기 전의 것) 제7조(납세의무자 등) ④ 선박, 차량과 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경함으로써 그 가액이 증가한 경우에는 취득으로 본다.

공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률 제67조에 따른 대(垈) 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 등 관계 법령에 따른 택지공사가 준공된 토지에 정원 또는 부속시설물 등을 조성ㆍ설치하는 경우에는 그 정원 또는 부속시설물 등은 토지에 포함되는 것으로서 토지의 지목을 사실상 변경하는 것으로 보아 토지의 소유자가 취득한 것으로 본다. 다만, 건축물을 건축하면서 그 건축물에 부수되는 정원 또는 부속시설물 등을 조성ㆍ설치하는 경우에는 그 정원 또는 부속시설물 등은 건축물에 포함되는 것으로 보아 건축물을 취득하는 자가 취득한 것으로 본다. 제10조(과세표준) ③ 건축물을 건축(신축과 재축은 제외한다)하거나 개수한 경우와 대통령령으로 정하는 선박, 차량 및 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경한 경우에는 그로 인하여 증가한 가액을 각각 과세표준으로 한다. 이 경우 제2항의 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 대통령령으로 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.

⑤ 다음 각 호의 취득(증여ㆍ기부, 그 밖의 무상취득 및 소득세법 제101조 제1항 또는 법인세법 제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.

3. 판결문ㆍ법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득

(2) 지방세법 시행령 제20조(취득의 시기 등) ⑩ 토지의 지목변경에 따른 취득은 토지의 지목이 사실상 변경된 날과 공부상 변경된 날 중 빠른 날을 취득일로 본다. 다만, 토지의 지목변경일 이전에 사용하는 부분에 대해서는 그 사실상의 사용일을 취득일로 본다.

(3) 지방세기본법 제26조(천재지변 등으로 인한 기한의 연장) ① 지방자치단체의 장은 천재지변, 사변(事變), 화재(火災), 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 납세자가 이 법 또는 지방세관계법에서 규정하는 신고ㆍ신청ㆍ청구 또는 그 밖의 서류 제출ㆍ통지나 납부를 정해진 기한까지 할 수 없다고 인정되는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 직권 또는 납세자의 신청으로 그 기한을 연장할 수 있다. 제51조(기한 후 신고) ① 법정신고기한까지 과세표준 신고서를 제출하지 아니한 자는 지방자치단체의 장이 지방세법에 따라 그 지방세의 과세표준과 세액(이 법 및 지방세법에 따른 가산세를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 결정하여 통지하기 전에는 납기 후의 과세표준 신고서(이하 “기한후신고서”라 한다)를 제출할 수 있다.

② 제1항에 따라 기한후신고서를 제출한 자로서 지방세관계법에 따라 납부하여야 할 세액이 있는 자는 그 세액을 납부하여야 한다. 제57조(가산세의 감면 등) ① 지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세관계법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제26조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 해당 의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있을 때에는 가산세를 부과하지 아니한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)