①주택재개발사업의 시행자가 해당 사업의 관리처분계획에 따라 취득하는 주거용 부동산에 대하여 일반적 경과조치를 적용하여 종전 규정에 따라 취득세를 감면하여야 한다는 청구주장의 당부와 ②원인행위 당시 최저납부세액규정이 없었으므로 종전 규정을 적용할 경우 취득 당시의 최저납부세액규정도 적용할 수 없다는 청구주장의 당부

[주 문] OOO구청장이 2021.11.25. 청구법인에게 한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 OOO일대(이하 “OOO”이라 한다)에 OOO(이하 “이 건 아파트”라 한다)를 신축하여 2017.12.22. 임시사용승인을 받은 후, 2018.2.19. 임대주택 OOO세대(이하 “쟁점주택”이라 한다)에 대하여 지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정된 것, 이하 “개정후 지특법”이라 한다) 제74조 제3항 제2호(이하 “개정후 규정”이라 한다)에 따라 75%의 취득세 감면율을 적용하여 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 신고‧납부하였다.
• 나. 이후 청구법인은 쟁점주택에 대하여 착공 등의 원인행위 당시 시행되던 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것, 이하 “개정전 지특법”이라 한다) 제74조 제3항(이하 “종전 규정”이라 한다) 및 개정후 지특법 부칙 제15조(이하 “이 건 부칙”라 한다)를 적용하여 취득세가 면제되어야 한다는 취지로 2021.10.14. 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2021.11.25. 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.12.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 이 건 부칙에서 일반적 경과조치를 규정하고 있고, 개정후 규정이 개정되기 이전에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위가 있었으므로 종전 규정이 적용되어야 한다. (가) 쟁점주택 착공 당시 시행된 종전 규정은 주택 재개발시행자가 “해당 사업의 관리처분계획에 따라 취득하는 주거용 부동산”에 대하여 2015.12.31.까지 취득세를 면제하는 것으로 규정하다가, 2015.12.29. 법률 제13637호로 개정되면서 일몰기한이 2016.12.31.로 연장하였다. 이후 개정후 지특법으로 개정되면서 감면율이 100분의 75로 축소되었으며, 이 건 부칙에서 일반적 경과조치가 규정되었다. (나) 일반적 경과조치의 의미 및 대법원 판례의 입장을 종합해 보면, 종전 규정의 일몰기한인 2015.12.31. 이전에 부동산 및 주택의 취득과 밀접하게 관련된 원인행위, 예를 들어 관리처분 계획의 인가, 또는 착공 등이 있었다면, 설사 해당 부동산 및 주택의 취득이 2015.12.31. 이후에 이뤄지더라도, 종전 규정에 따라 취득세는 면제되어야 한다. (다) 청구법인은 2015.12.31. 이전에 관리처분 계획 인가를 받았고, 쟁점주택을 비롯한 주택 신축공사에 착공하는 등 쟁점주택의 취득과 밀접하게 관련된 원인행위를 하였으며, 원인행위 시점 이전에 이미 20년 이상 유지된 취득세 면제가 향후에도 계속하여 이어질 것이라는 청구법인의 신뢰는 정당하며 그 신뢰는 마땅히 보호되어야 한다.

(2) 개정후 지특법 제177조의2(이하 “최소납부세액규정”이라 한다)은 쟁점주택 신축의 원인행위 당시에는 신설되지 아니하였으므로 적용될 수 없다. (가) 청구법인은 2014.6.18. 쟁점주택의 취득과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아갔으며, 종전 규정의 감면을 적용받을 수 있을 것이라는 정당한 신뢰가 충분하게 형성되어 있었으며 이러한 경우 대법원 및 조세심판원은 원인행위 당시의 감면 규정을 적용하도록 하였다. (나) 취득세 감면에 대해서는 대법원 판례 및 조세심판원의 선결정례에 따라 원인행위(착공) 당시 규정을 적용하고, 이와 달리 최소납부세액규정은 취득일(납세의무가 성립일) 당시의 규정이 적용되어, 만약 관련 규정들이 각각 시점을 달리하여 적용된다면 청구법인의 신뢰는 보호되지 못하고 심각하게 훼손될 것이므로 최소납부세액규정 또한 감면규정과 동일하게 원인행위(착공) 시점의 규정이 적용되어 신고 납부한 취득세 등 OOO원을 모두 환급하는 것이 타당하다.

• 나. 처분청 의견 개정후 지특법에서 주택재개발시행자가 관리처분계획에 따라 취득하는 주택에 대하여 취득세의 100분의 75를 경감한다고 개정하면서, 부칙 제2조에서 이 법 시행 후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다고 규정하고 있다. 즉, 세금의 부과는 납세의무가 성립되는 과세요건 완성 당시에 유효한 법령의 규정에 의하여야 하며 세법의 개정이 있을 경우 특별한 사정이 없는 한 개정 전후의 법령 중에서 납세의무가 성립할 당시의 법령을 적용하여야 한다. 조세법령상 납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정되어 있지 않는 한 설사 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다 할 것이다. 종전 규정 및 개정후 규정 모두 그 유예사항을 명시적으로 규정하지 않았고, 착공신고 완료시 취득세를 면제하겠다는 규정도 없는 한 청구법인의 취득일 당시의 규정인 개정후 규정에 따라 취득세의 100분의 75를 경감하는 것이 타당하다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점

① 주택재개발사업의 시행자가 해당 사업의 관리처분계획에 따라 취득하는 주거용 부동산에 대하여 일반적 경과조치를 적용하여 종전 규정에 따라 취득세를 감면하여야 한다는 청구주장의 당부

② 원인행위 당시 최저납부세액규정이 없었으므로 종전 규정을 적용할 경우 취득 당시의 최저납부세액규정도 적용할 수 없다는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 자료에 따르면 아래와 같은 사실이 확인된다. (가) OOO은 OOO시 고시 제OOO호에 의하여 2009.8.12. OOO 주택재개발 정비구역으로 지정고시되었고, OOO구 고시 제OOO호에 의하여 2012.5.7. 사업시행인가 되었으며, 같은 구 고시 제OOO호에 의하여 2013.6.28. 관리처분인가 되었다. (나) 착공신고필증에 의하면, 이 건 아파트는 2014.6.18. 착공신고되었고, 실제 착공일이 2014.12.31. 이전이라는 사실에 대하여는 다툼이 없다. (다) 청구법인은 2017.12.22. 이 건 아파트에 대하여 준공인가 전 사용허가를 받았고, 2019.11.29. 준공인가를 받았다. (라) 도시개발사업에 대한 지방세 감면 규정과 관련한 법령 개정연혁을 보면, 주택재개발사업 등을 시행하여 취득하는 부동산에 대한 지방세 감면 규정은 1995.1.1. OOO시세감면조례 제18조에 신설되어 취득세를 면제하는 것으로 규정되어 오다가, 2010.3.31. 지방세특례제한법 제74조 제3항으로 이관되면서 일몰기한이 계속하여 연장되었고, 2016.12.27. 개정후 규정으로 개정되면서 감면율이 75%로 축소되었는바, 관련 법령의 일자별 개정연혁은 아래 ＜표＞와 같다. ＜표＞ 관련 법령 개정연혁 일자 근거 내용 1995.1.1. 조례 제18조 신설 ․감면 신설 ․감면율: 면제 ․일몰: 없음 2010.3.31. 법 제74조 제3항 신설 ․감면율: 면제 ․일몰: 2012.12.31. 2013.1.1. 법 제74조 제3항 개정 ․감면율: 면제 ․일몰: 2015.12.31. 2015.12.29. 법 제74조 제3항 개정 ․감면율: 면제 ․일몰: 2016.12.31. 2016.12.27. 법 제74조 제3항 개정 ․감면율: 75% ․일몰: 2019.12.31. 2020.1.15. 법 제74조 제5항 개정 ․감면율: 50% ․일몰: 2022.12.31. (마) 최소납부세액규정은 지방세특례제한법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제되는 경우 85%로 그 감면율을 제한하도록 한 규정으로 2014.12.31. 신설되었는바, 제정‧개정 이유서에는 “지방세법에 따라 납부하여야 하는 취득세가 200만원을 초과하거나 재산세가 50만원을 초과하는 등의 경우에는 이 법에 따른 취득세 또는 재산세 면제 규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율을 적용함으로써 수익자가 최소한의 비용을 지불하는 조세부담의 형평성을 증진하려는 것임”으로 그 입법취지가 기재되어 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다. (가) 일반적으로 국민이 어떤 법률이나 제도가 장래에도 그대로 존속될 것이라는 합리적인 신뢰를 바탕으로 일정한 법적 지위를 형성한 경우, 국가는 그와 같은 법적 지위와 관련된 법규나 제도의 개폐에 있어서 법치국가의 원칙에 따라 국민의 신뢰를 최대한 보호하여 법적 안정성을 도모하여야 한다. 그런데 사회환경이나 경제여건의 변화에 따른 필요성에 의하여 법률은 신축적으로 변할 수밖에 없고, 변경된 새로운 법질서와 기존의 법질서 사이에는 이해관계의 상충이 불가피하다. 따라서 국민이 가지는 모든 기대 내지 신뢰가 헌법상 권리로서 보호될 것은 아니고, 개정된 법규․제도의 존속에 대한 개인의 신뢰가 합리적이어서 권리로서 보호할 필요성이 인정되어야 한다. (나) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

1. 개정전 지특법 제74조 제3항에서 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업과 주거환경개선사업을 시행하여 취득하는 대통령령으로 정하는 부동산에 대하여는 2015년 12월 31일까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있고, 이 건 부칙 제15조에서 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 지방세를 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있다.

2. 이 건 부칙 규정에 따른 ‘종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 조세’에 해당하여 개정 전 법령이 적용되기 위해서는 개정 전 법령의 시행 당시 과세요건이 모두 충족되어 납세의무가 성립하였거나, 비록 과세요건이 모두 충족되지는 않았더라도 납세의무자가 개정 전 법령에 의한 조세 감면 등을 신뢰하여 개정 전 법령의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우여야 하고, 이러한 정도에 이르지 않은 경우에는 개정 전 법령이 아니라 납세의무성립 당시의 법령이 적용되어야 할 것이다.

3. 청구법인은 OOO 주택재개발정비사업 사업시행자로서 개정후 지특법이 개정된 2016.12.27. 이전에 쟁점주택 신축공사를 착공한 것으로 보이는바, 종전 규정이 개정되기 이전에 해당 규정을 신뢰하여 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위(착공)로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성한 것으로 볼 수 있는 점, 도시개발사업에 대한 지방세 감면 규정은 시ㆍ도세 감면조례 및 지방세특례제한법에 규정된 이래 2016.12.27.까지 계속하여 감면율 100%로 그 일몰기한이 연장되어 왔으므로 종전의 규정이 계속하여 연장될 것으로 예상·신뢰하고 쟁점주택을 신축ㆍ취득하였다는 청구주장이 수긍이 가는 면이 있는 점 등에 비추어 쟁점주택은 이 건 부칙에 따라 종전 규정을 적용하여 취득세를 면제함이 타당한 것으로 판단된다. (다) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 쟁점①에서 최소납부세액규정이 시행(2015.1.1.)되기 전의 종전 규정을 적용하여 취득세 등을 면제하게 된 이상, 쟁점주택에 취득 당시(2017.12.22.)의 규정인 최소납부세액규정을 적용할 수는 없다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제74조(도시개발사업 등에 대한 감면) ③ 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업과 주거환경개선사업을 시행하여 취득하는 대통령령으로 정하는 부동산에 대하여는 2015년 12월 31일까지 취득세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 5년 이내에 지방세법 제13조 제5항에 따른 과세대상이 되거나 관계 법령을 위반하여 건축한 경우에는 면제된 취득세를 추징한다.

(2) 지방세특례제한법 시행령(2015.12.31. 대통령령 제26837호로 개정되기 전의 것) 제35조(환지계획 등에 따른 취득부동산의 초과액 산정기준 등) ③ 법 제74조 제3항 본문에서 "대통령령으로 정하는 부동산"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. 1.도시 및 주거환경정비법 제8조에 따른 주택재개발사업의 시행자가 같은 법 제2조 제2호 나목에 따른 주택재개발사업의 대지 조성을 위하여 취득하는 부동산 2.제1호에 따른 주택재개발사업의 시행자가 해당 사업의 관리처분계획에 따라 취득하는 주거용 부동산 (이하 각 호 생략)

(3) 지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정되기 전의 것) 제74조(도시개발사업 등에 대한 감면) ③ 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업과 주거환경개선사업의 시행에 따라 취득하는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산에 대해서는 취득세를 2016년 12월 31일(제4호 및 제5호의 경우에는 각각 2018년 12월 31일)까지 각각 면제한다. 다만, 그 취득일부터 5년 이내에 지방세법 제13조 제5항에 따른 과세대상이 되거나 관계 법령을 위반하여 건축한 경우에는 면제된 취득세를 추징한다. 1.도시 및 주거환경정비법 제8조에 따른 주택재개발사업의 시행자가 같은 법 제2조 제2호 나목에 따른 주택재개발사업의 대지 조성을 위하여 취득하는 부동산 2.도시 및 주거환경정비법 제8조에 따른 주택재개발사업의 시행자가 같은 법 제48조에 따른 해당 사업의 관리처분계획에 따라 취득하는 주택

(4) 지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정된 것) 제74조(도시개발사업 등에 대한 감면) ③ 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업과 주거환경개선사업의 시행에 따라 취득하는 제1호부터 제3호까지의 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 2019년 12월 31일까지 경감하고, 제4호 및 제5호의 부동산에 대해서는 취득세를 2018년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 그 취득일부터 5년 이내에 지방세법 제13조 제5항에 따른 과세대상이 되거나 관계 법령을 위반하여 건축한 경우에는 감면된 취득세를 추징한다. 1.도시 및 주거환경정비법 제8조에 따른 주택재개발사업의 시행자가 같은 법 제2조 제2호 나목에 따른 주택재개발사업의 대지 조성을 위하여 취득하는 부동산 2.도시 및 주거환경정비법 제8조에 따른 주택재개발사업의 시행자가 같은 법 제48조에 따른 해당 사업의 관리처분계획에 따라 취득하는 주택 (이하 각 호 생략) 제177조의2(지방세 감면 특례의 제한) ① 이 법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제(지방세 특례 중에서 세액감면율이 100분의 100인 경우와 세율경감률이 지방세법에 따른 해당 과세대상에 대한 세율 전부를 감면하는 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다)되는 경우에는 이 법에 따른 취득세 또는 재산세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율(지방세법 제13조 제1항부터 제4항까지의 세율은 적용하지 아니한 감면율을 말한다)을 적용한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. [2014.12.31. 신설] (각 호 생략) 부 칙 ＜법률 제14477호, 2016.12.27＞ 제1조(시행일) 이 법은 2017년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 법률 제12955호 지방세특례제한법 일부개정법률 부칙 제2조의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. 제15조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 지방세를 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.