수용재결로 취득한 쟁점토지에 대하여「지방세법」제11조 제1항 제3호의 원시취득 세율을 적용할 수 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 OOO보금자리주택지구조성사업의 사업시행자로, 2015.12.24.부터 2018.5.31.까지 OOO필지 총 OOOm²(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득하여 OOO원을 과세표준으로 하고지방세법제11조 제1항 제7호 나목의 세율(1천분의 40)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.
• 나. 청구법인은 2020.11.27. 이 건 토지 중 수용재결의 방식으로 취득한 토지 OOOm²(이하 “쟁점토지”라 한다)는 원시취득에 해당하므로지방세법제11조 제1항 제3호의 세율(1천분의 28)을 적용하여 기 납부한 취득세 등에서 그 차액을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2021.1.22. 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.4.20. 이의신청을 거쳐 2021.11.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 이 건 이의신청 결정에서 “쟁점토지 중지방세법(2016.12.27. 법률 제14475호로 개정된 것, 이하 ”개정 지방세법“이라 한다)의 시행 이전 취득에 대해서는 원시취득 세율(2.8%)을 적용하라”고 하였다. 그런데,지방세법에서는 수용재결로 인해 취득한 토지의 취득시기를 명확하게 규정하고 있지 않기 때문에, 타법상 규정된 수용토지의 취득시기를 종합적으로 고려하여 ‘사실상의 취득시기’를 판단하여야 한다. 처분청 의견과 같이 쟁점토지의 취득시기를 단순히 ‘수용개시일’로 보는 것은공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률(이하 “공익사업법”이라 한다) 제45조에서 사업시행자는 수용개시일 토지의 권리를 취득한다는 규정 외에는 다른 어떠한 법상 규정도 고려하지 않은 자의적인 해석에 불과하다. 반면, 대법원은 “공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 수용재결의 효과로서 수용에 의한 사업시행자의 소유권 취득은 토지 등 소유자와 사업시행자와의 법률행위에 의한 승계취득이 아니라 법률의 규정에 의한 원시취득에 해당하는 점,지방세법은 이 사건 조항의 원시취득에서 수용재결에 의한 부동산의 취득을 제외하는 규정을 따로 두고 있지 않은 점 등을 종합하면, 이 사건 각 부동산의 취득은 이 사건 조항에서 정한 원시취득에 해당하므로 ‘1천분의 28’의 표준세율이 적용되어야 하고, 수용에 따른 등기가 소유권보존등기가 아닌 소유권이전등기의 형식으로 경료된다거나 종전 소유자가 양도소득세를 부담한다는 사정만으로는 달리 볼 수 없다”고 판시하였다. 결국 수용재결로 인한 토지 ‘양도’의 시기와 ‘취득’의 시기를 다르게 볼 명문의 규정이 존재하지 않는 이상,지방세법에서 규정하는 ‘사실상의 취득’이 일어난 시기는소득세법상 양도의 시기와 같아야 할 것이므로, 보상금을 지급한 날과 수용개시일 중 빠른 날을 쟁점토지의 취득일로 보아야 한다. 따라서 개정 지방세법 시행일(2017.1.1.) 이전에 보상금 지급이 완료된 쟁점토지에 대하여는지방세법제11조 제1항 제3호에서 규정하는 원시취득 세율(2.8%)이 적용되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 쟁점토지의 경우 이의신청에서 원시취득에 해당한다고 보았으므로, 유상승계 취득의 경우와 같이 잔금지급일을 취득시기로 볼 수 없고,관련 법령에 따른 소유권 이전일을 취득시기로 보아야 할 것이다. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률제45조 제1항에서 “사업시행자는 수용의 개시일에 토지나 물건의 소유권을 취득하며, 그 토지나 물건에 관한 다른 권리는 이와 동시에 소멸한다”고 규정하고 있는바, 토지수용으로 취득하는 쟁점토지의 경우 ‘수용개시일’에 사업시행자가 그 소유권을 취득하는 것이다. 따라서 쟁점토지가 개정 지방세법 시행일(2017.1.1.) 이후 수용개시된 사실이 확인되는 이상 청구주장을 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 수용재결로 취득한 쟁점토지에 대하여지방세법제11조 제1항 제3호의 원시취득 세율을 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법률

(1) 지방세법(2016.12.27. 법률 제14475호로 개정되기 전의 것) 제6조(정의) 취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.

1. “취득”이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수(改修), 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상·무상의 모든 취득을 말한다.

(2) 지방세법(2016.12.27. 법률 제14475호로 개정된 것) 제6조(정의) 취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.

1. “취득”이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수(改修), 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득(수용재결로 취득한 경우 등 과세대상이 이미 존재하는 상태에서 취득하는 경우는 제외한다), 승계취득 또는 유상·무상의 모든 취득을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 1988.12.21. 설립되어지방공기업법등에 의하여 택지의 개발과 공급, 주택의 건설 등을 통하여 시민의 주거생활 안정과 복지향상에 기여함을 목적으로 사업을 수행하는 법인으로, 국토해양부 고시 제/2011-753/호(2011.12.8.)에 따라 OOO보금자리주택지구 조성사업의 시행자로 지정되었다. (나) 청구법인은 OOO보금자리주택지구조성사업을 시행함에 있어, 보상계획공고를 한 후 협의보상 및 수용의 재결 등의 절차로 사업부지를 취득하면서, 이 건 토지의 취득에 대하여 지방세법제11조 제1항 제7호 나목의 세율(1천분의 40)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다. (다) 청구법인은 이 건 토지 중 수용재결로 취득한 쟁점토지에 대하여 원시취득 세율(1천분의 28)을 적용하여야 하므로 과다 납부한 취득세 등을 환급하여야 한다는 취지의 경정청구를 하였으나, 처분청은 거부하였다. (라)지방세법이 2010.3.31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전·후의 ‘원시취득’ 용어를 조문화한 내용은 다음과 같다.

1. 지방세법이 전부개정되기 전의 취득세·등록세 세율과 종전 등록세가 취득세에 통합된 후의 세율 개정 내역 및 2017년 개정 지방세법 상의 원시취득 용어 정의를 요약하면 아래 ＜표＞와 같이 나타난다. ＜표＞ 종전 등록세와 취득세의 세율 개정 및 원시취득 용어 개정내역 2011년 전부 개정 전 (취득세, 등록세 구분) 2011년 전부 개정 후 (등록세 통합) 2016년말 개정 (원시취득 정의 마련) 취득세 (단일세율) 2% 취득세 (원시취득) ※ 세율에 ‘원시취득’ 용어를 처음으로 사용 2.8%

○원시취득: 수용재결 등 과세대상이 존재하는 상태의 취득을 제외함 (지방세법제6조 제1호) 등록세 (소유권보존) 0.8% 세율 합계 2.8% 취득세 (단일세율) 2% 취득세 (일반세율) 4% 등록세 (소유권이전) 2% 세율 합계 4%

2. 위 ＜표＞에서 확인되는 바와 같이 등록세가 1977년도에 지방세목에 편입된 이후 2011년도에 취득세로 통합되기 전까지 소유권보존등기를 경료하는 부동산의 취득·등기에 대하여 총 2.8%(취득세 2%, 소유권보존등기 등록세 0.8%)의 세율이, 재결수용 등 소유권이전등기를 경료하는 부동산의 취득·등기에 대하여는 총 4%(취득세 2%, 이전등기 등록세 2%)의 세율이 적용되었다가 2011년도에 취득을 원인으로 하는 등록에 대한 등록세 부분이 취득세로 단순 통합되는 과정에서지방세법제11조 제1항 제3호에 ‘원시취득’을 2.8%로, 위 같은 항 제7호 나목에 일반취득을 4%로 개정하였다.

3. 한편, 2010.3.31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의지방세법제131조 제4항에서 건축물 면적이 증가되는 때에는 그 증가된 부분에 대하여 소유권보존의 등기(0.8%)로 보고 등록세를 부과하도록 규정하였고, 전부개정으로 등록세 세율이 취득세로 통합되면서지방세법제11조 제3항에서 건축(신축과 재축은 제외) 또는 개수로 인하여 건축물 면적이 증가할 때에는 그 증가된 부분에 대하여 원시취득으로 보아 제1항 제3호의 세율(2.8%)을 적용한다고 규정하였다. (마) 행정안전부에서 2016년 개정 지방세법과 관련하여 작성한 개정법률에 대한 개정사유 등을 보면, 과세실무(유권해석, 심판결정례)는 건축물의 신축, 공유수면 매립 등과 같이 과세물건이 새롭게 생성되는 경우만 원시취득으로 판단하여 2.8%의 세율을 적용하였으나, 최근 이 건 판결에서 수용재결에 의한 소유권 취득도 원시취득에 해당한다고 판단함에 따라 그 개념을 명확히 할 필요가 있으므로 원시취득의 개념에서 수용재결 등과 같이 과세물건이 존재하는 상태에서 법률규정에 의하여 취득하는 것은 제외하는 것으로 개정을 추진한 것이 확인된다. (바) 쟁점토지에 대한 등기사항전부증명서 등을 보면, 수용재결에 의한 취득에 대하여 각 수용을 원인으로 하여 청구법인에게 소유권이전 등기가 이루어진 것으로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여, 직권으로 수용재결로 취득한 쟁점토지에 대하여지방세법제11조 제1항 제3호의 원시취득 세율을 적용할 수 있는지 여부를 먼저 살펴본다. (가) 등록세가 지방세로 편입된 1977년부터 2011.1.1. 소유권 취득을 수반하는 등록세가 취득세로 단순 통합되기 전까지 소유권보존등기를 필요로 하는 부동산의 취득·등기에 대하여는 일관되게 취득세율 2%, 소유권보존등기의 등록세율 0.8%를 적용하여 왔고, 2011.1.1. 등록세가 취득세로 통합되면서 소유권보존등기대상이 되는 취득을 원시취득으로 규정하고 그 취득세율을 2.8%로 규정하였으며, 2011.1.1. 취득세로 통합되기 전의지방세법제131조 제4항에서 건축물 면적이 증가된 부분에 대하여 소유권보존등기 세율인 0.8%를 적용하도록 하였다가 취득세로 통합되면서지방세법제11조 제3항에서 ‘원시취득’으로 보아 2.8% 세율을 적용하도록 하였다. (나) 이러한 입법 연혁 내역을 살펴보면 원시취득의 세율 적용대상은 소유권보존등기의 대상이 되는 취득으로 한정하는 것이 타당한 점, 이에 따라 각 지방자치단체에서는 기존에 존재하던 토지 등을 취득하는 경우에는 취득의 방법에 관계없이 승계취득의 세율을 적용하여 취득세 등을 과세하여 왔던 점, 등록세가 취득세에 단순 통합되면서 그 이전에 소유권이전등기를 수반하는 수용재결 등의 취득에 대하여 4%의 취득ㆍ등록세율이 적용되던 것을 통합 후에 특별히 2.8%의 낮은 세율을 적용하여야 할 당위성이 있다거나 입법자의 정책적인 의도가 있었다고 보기 어려운 점, 2016.12.27. 법률 제14475호로 개정된 지방세법제6조 제1호가 수용재결로 취득한 경우 등 과세대상이 이미 존재하는 상태에서 취득하는 경우를 원시취득에서 제외하도록 개정되었으나, 동 개정 규정은 원시취득의 정의를 변경하는 창설적 규정이 아니라 입법연혁 및 그 간의 각 지방자치단체들의 과세관행을 반영한 확인적 규정으로 보는 것이 타당한 점 등에 비추어 수용재결로 취득한 경우를 원시취득 세율의 적용대상으로 보기는 어렵다 할 것이다. (다) 따라서 수용재결로 취득한 쟁점토지가 원시취득 세율의 적용대상이라는 전제에서, 취득시기만을 개정 지방세법 시행일(2017.1.1.) 이전으로 보아야 한다는 청구주장은 그 전제를 달리하는 점에서 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로지방세기본법제96조 제6항과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.