[요지] 지방세법 시행령 제20조 제1항에서는 무상취득의 경우에는 그 계약일에 취득한 것으로 본다고 규정한바, 우리들교회는 2017.9.10. ‘청구인이 쟁점토지를 기부한 데에 대하여 이를 받아들인다’고 의결을 하였고, 이후 교회연혁상 2017년 10월 청구인이 쟁점토지를 교회에 기부하였다고 기재하였으며, 또한 청구인은 2018.1.14. 쟁점토지를 우리들교회에 기부(헌물)한다는 내용의 ‘기부(헌물)확인서’를 작성하는 등 청구인이 우리들교회에게 쟁점토지를 무상으로 이전하는 것에 대한 상호간 의사의 합치는 지목변경(2020.1.10.) 이전에 이미 이루어진 것으로 보이는 점, 쟁점토지 상의 개발행위와 관련한 보증보험의 가입, 재산세 납부 등을 우리들교회가 수행한 것으로 나타나 이 건 지목변경 이전에 우리들교회가 사실상 소유자로서의 관리행위를 수행하고 있었던 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점토지의 이 건 지목변경 당시 실제 소유자는 우리들교회라고 보임.
[참조결정] 조심2014지1191 / 조심2019지2286
[주 문] OOO시장이 2021.11.8. 청구인에게 한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
3. 심리 및 판단
(1) 부동산등기사항 전부증명서, ‘기부(헌물)확인서’ 등에 의하면, 청구인은 쟁점토지를 2005.9.29. 매매로 취득한 후 2018.1.14. OOO에 기부한다는 내용의 ‘기부(헌물)확인서’를 작성 및 날인하였고, 2020.1.21. OOO에게 소유권이전등기(등기원인은 2020.1.15.자 증여를 원인으로 함)를 한 것으로 나타난다.
(2) 쟁점토지는 2020.1.10. 답에서 종교용지로 사실상 지목이 변경되었다.
(3) 청구인은 2020.1.10.의 이 건 지목변경 당시 OOO가 실질적인 소유자였다고 주장하면서 다음과 같은 증빙을 제출하였다. (가) OOO임원회 회의록(2017.9.10.)에는 ‘청구인이 쟁점토지를 기부한 데에 대하여 이를 받아들인다’는 내용이 기재되어 있고, 당회보고서(2017.12.17.)상 연혁 내용에 ‘2017년 10월 BBB 목사님께서 쟁점토지를 교회에 기부함’이라고 기재되어 있으며, 청구인이 작성한 ‘기부(헌물)확인서’(2018.1.14.)는 청구인이 쟁점토지를 OOO에 기부(헌물)한다는 내용으로 나타난다. (나) 인허가보증보험 청약서(보험기간 2018.2.8.～2021.7.31. 쟁점토지 개발행위허가에 따른 예치금 보증) 및 이행보증보험증권(보험기간 2020.1.30.～2021.1.29.)상으로 보험계약자는 OOO로 나타난다. (다) 쟁점토지에 대한 2018～2019년도 재산세의 각 고지서 겸 영수증, OOO금전출납부 및 출금전표에 의하면 재산서 고지서에 기재된 금액이 OOO에서 출금된 것으로 나타난다.
(4) 청구인은 그 밖의 증빙으로서, 쟁점토지 지상의 교회 리모델링 공사에 대한 공사계약서(OOO담임목사 배정자와 OOO대표 CCC 사이에 체결), 처분청이 OOO를 수신으로 하여 발송한 ‘장기 미사용승인 건축물 사용승인 촉구통지’(건축과-55945, 2019.12.20.) 등을 제출하였다.
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점토지의 2020.1.10. 이 건 지목변경 당시 등기부상 소유자는 청구인이므로 취득세 납세의무자는 청구인이고, 청구인 개인은 종교단체에 대한 취득세 감면대상이 아니므로 이 건 경정청구 거부처분은 정당하다는 의견이나, 지방세법 시행령 제20조 제1항에서는 무상취득의 경우에는 그 계약일에 취득한 것으로 본다고 규정한바, OOO는 2017.9.10. ‘청구인이 쟁점토지를 기부한 데에 대하여 이를 받아들인다’고 의결을 하였고, 이후 교회연혁상 2017년 10월 청구인이 쟁점토지를 교회에 기부하였다고 기재하였으며, 또한 청구인은 2018.1.14. 쟁점토지를 OOO에 기부(헌물)한다는 내용의 ‘기부(헌물)확인서’를 작성하는 등 청구인이 OOO에게 쟁점토지를 무상으로 이전하는 것에 대한 상호간 의사의 합치는 지목변경(2020.1.10.) 이전에 이미 이루어진 것으로 보이는 점, 쟁점토지 상의 개발행위와 관련한 보증보험의 가입, 재산세 납부 등을 OOO가 수행한 것으로 나타나 이 건 지목변경 이전에 OOO가 사실상 소유자로서의 관리행위를 수행하고 있었던 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점토지의 이 건 지목변경 당시 실제 소유자는 OOO라고 보인다. 따라서 쟁점토지의 실제 소유자인 OOO가 쟁점토지를 종교용지로 사용하고 있는 이상 쟁점토지의 이 건 지목변경은지방세특례제한법제50조에 따라 취득세 면제대상으로 보는 것이 타당하다 하겠으므로 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 데에는 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제96조 제6항, 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령
(1) 지방세특례제한법(2021.10.21. 법률 제18128호로 개정되기 전의 것) 제50조(종교단체 또는 향교에 대한 면제) ① 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.
1. 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우
2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우
② 제1항의 종교단체 또는 향교가 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용(종교단체 또는 향교가 제3자의 부동산을 무상으로 해당 사업에 사용하는 경우를 포함한다)하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대해서는 재산세(지방세법 제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및 지방세법 제146조제3항에 따른 지역자원시설세를 각각 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 아니한다.
(2) 지방세법 제6조(정의) 취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.
1. “취득”이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수(改修), 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득(수용재결로 취득한 경우 등 과세대상이 이미 존재하는 상태에서 취득하는 경우는 제외한다), 승계취득 또는 유상ㆍ무상의 모든 취득을 말한다.
(3) 지방세법 시행령 제20조(취득의 시기 등) ① 무상취득의 경우에는 그 계약일(상속 또는 유증으로 인한 취득의 경우에는 상속 또는 유증 개시일을 말한다)에 취득한 것으로 본다. 다만, 해당 취득물건을 등기ㆍ등록하지 않고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 서류로 계약이 해제된 사실이 입증되는 경우에는 취득한 것으로 보지 않는다.
1. 화해조서ㆍ인낙조서(해당 조서에서 취득일부터 60일 이내에 계약이 해제된 사실이 입증되는 경우만 해당한다)
2. 공정증서(공증인이 인증한 사서증서를 포함하되, 취득일부터 60일 이내에 공증받은 것만 해당한다)
3. 행정안전부령으로 정하는 계약해제신고서(취득일부터 60일 이내에 제출된 것만 해당한다)