과밀억제권역에서 본점 사업용으로 신축한 쟁점건축물 및 그 부속토지를 취득세 중과세율 적용 제외 업종인 유통산업에 사용하고 있는 경우, 「지방세법」 제13조 제1항에 따라 취득세 중과세율을 적용할 수 있는지 여부

[참조결정] 조심2020지1694 / 조심2018지1173

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2019.1.23. OOO외 7필지 토지 및 건축물(주택 및 창고)을 매매를 원인으로 취득한 후, 그 매매대금 OOO원을 과세표준으로 하고, 지방세법(2018.12.31. 법률 제16113호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제11조 제1항 제7호 나목(1천분의 40) 등의 세율을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고․납부하였다.
• 나. 처분청은 청구법인에 대한 세무조사를 하여, 청구법인이 2019.3.28. 위 토지 중 OOO전 OOO㎡에 신축한 가설건축물 OOO㎡의 일부인 OOO㎡(가설건축물의 70.77%로, 이하 “쟁점건축물”이라 한다)에 대하여 수도권정비계획법 제6조에 따른 과밀억제권역에서 본점의 사업용 부동산을 신축한 경우로 보고, 또한 쟁점건축물의 부속토지 OOO㎡를 사실상 지목변경(전→대)한 것으로 보아, 2021.10.26. 지방세법 제13조 제1항에 따른 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(가산세 포함)을 청구법인에게 부과․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.11.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 지방세법 제13조 제2항 단서에서 규정한 “대도시 중과 제외 업종”의 하나인 유통산업에 직접 사용할 목적으로 쟁점건축물을 취득한 것이므로 지방세법 제13조 제1항을 적용하여 취득세를 중과할 수 없고, 같은 법 제13조 제2항 단서를 적용하여 일반세율을 적용하여야 한다. 조세심판원은 “유통산업발전법은 유통산업의 발전과 더불어 대규모 유통사업자와 중소유통사업자의 상생 및 균형발전을 도모하고자 제정된 것이어서, 국산품의 소비를 장려하려는 데에 그 목적을 두고 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어 유통산업발전법상의 유통산업 범위에 수입품 유통이 제외된다고 보기 어려우므로 수입품을 판매한다는 이유만으로 해당 부동산을 취득세 중과대상으로 볼 수는 없다”고 결정(조심 2020지1694, 2020.12.11.)한 사실이 있고, 대법원도 “지방세법 제13조 제2항 제1호 등은 대도시에서 법인 설립 이후 5년 이내에 취득하는 모든 부동산에 대하여 취득세를 중과하되 다만, 제13조 제2항 단서는 대도시에서 설치가 불가능하다고 인정되는 업종으로서 대도시 중과 제외 업종에 직접 사용할 목적으로 취득하는 부동산을 취득세 중과의 예외로 정하고, 그 위임에 따른 지방세법 시행령 제26조 제1항 제6호는 유통산업발전법에 따른 유통산업을 대도시 중과 제외 업종의 하나”로 판시(대법원 2019.9.10. 선고 2019두39918 판결)하고 있는바, 처분청이 세무조사 미진에 따른 사실관계를 왜곡하여 쟁점건축물 및 그 부속토지의 취득세율을 적용함에 있어 지방세법 제13조 제2항 단서 규정을 하등의 이유 없이 배제하고, 같은 법 제13조 제1항을 적용하여 중과세 대상으로 보아 취득세 등을 부과한 것은 위법․부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 쟁점건축물 및 그 부속토지를 “대도시 중과 제외 업종”인 유통산업을 영위하기 위한 본점으로 사용하고 있으므로 취득세 중과세율을 적용한 것이 위법․부당하다고 주장하나, 대도시 중과 제외 업종에 대한 조항은 지방세법 제13조 제2항이고, 이 건은 지방세법 제13조 제1항을 적용하여 과세한 건으로서, 그 적용대상이 다르다. 지방세법 제13조 제1항은 과밀억제권역 안에서 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산을 취득하는 경우에 있어 인구유입과 산업집중 등의 유발효과가 뚜렷한 신축 또는 증축에 의한 취득만을 적용대상으로 명확하게 규정하고 있고, 그 밖의 승계취득 등은 적용대상에서 배제하고 있으며, 과밀억제권역 안에서 본점 또는 주사무소용 건축물을 신축 또는 증축하여 취득하는 경우에는 동일한 과밀억제권역 안에 있던 기존의 본점 또는 주사무소를 이전해 오는 것이라 하더라도 지방세법 제13조 제1항에서 정한 취득세 중과세 대상에 해당한다고 봄이 타당하다 할 것(조심 2018지1173, 2018.11.29.)인 점, 처분청의 현지확인 및 세무조사 결과, 청구법인이 OOO에 소재한 종전 본점 건축물을 타인에게 임대한 후, 가설건축물을 신축하여 그 중 일부인 쟁점건축물 및 그 부속토지를 본점의 사업용 부동산으로 사용하고 있으므로, 처분청이 지방세법 제13조 제1항에 따라 쟁점부동산을 본점 신축에 따른 취득세 중과세 적용대상으로 보아 취득세 등을 부과한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 과밀억제권역에서 본점 사업용으로 신축한 쟁점건축물 및 그 부속토지를 취득세 중과세율 적용 제외 업종인 유통산업에 사용하고 있는 경우, 지방세법 제13조 제1항에 따라 취득세 중과세율을 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세법(2018.12.31. 법률 제16113호로 개정되기 전의 것) 제6조(정의) 취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.

19. “중과기준세율”이란 제11조 및 제12조에 따른 세율에 가감하거나 제15조 제2항에 따른 세율의 특례 적용기준이 되는 세율로서 1천분의 20을 말한다. 제11조(부동산 취득의 세율) ① 부동산에 대한 취득세는 제10조의 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

3. 원시취득: 1천분의 28

7. 그 밖의 원인으로 인한 취득

• 가. 농지: 1천분의 30
• 나. 농지 외의 것: 1천분의 40 제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ① 수도권정비계획법 제6조에 따른 과밀억제권역에서 대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산(본점이나 주사무소용으로 신축하거나 증축하는 건축물과 그 부속토지만 해당하며, 신탁법에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산 중 위탁자가 신탁기간 중 또는 신탁종료 후 위탁자의 본점이나 주사무소의 사업용으로 사용하는 부동산을 포함한다)을 취득하는 경우와 같은 조에 따른 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률을 적용받는 산업단지ㆍ유치지역 및 국토의 계획 및 이용에 관한 법률을 적용받는 공업지역은 제외한다)에서 공장을 신설하거나 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제11조 및 제12조의 세율에 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율을 적용한다. 다만, 제11조 제1항 제8호에 해당하는 주택을 취득하는 경우의 취득세는 같은 조 제1항의 표준세율과 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용하고, 수도권정비계획법 제6조에 따른 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률을 적용받는 산업단지는 제외한다. 이하 이 조 및 제28조에서 “대도시”라 한다)에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 “대도시 중과 제외 업종”이라 한다)에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하거나, 법인이 사원에 대한 분양 또는 임대용으로 직접 사용할 목적으로 대통령령으로 정하는 주거용 부동산(이하 이 조에서 “사원주거용 목적 부동산”이라 한다)을 취득하는 경우의 취득세는 제11조에 따른 해당 세율을 적용한다.

1. 대도시에서 법인을 설립[대통령령으로 정하는 휴면법인(이하 “휴면법인”이라 한다)을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다]하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입(수도권정비계획법 제2조에 따른 수도권의 경우에는 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시로의 전입도 대도시로의 전입으로 본다. 이하 이 항 및 제28조 제2항에서 같다)함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우

(2) 지방세법 시행령(2018.3.27. 대통령령 제28714호로 개정되기 전의 것) 제25조(본점 또는 주사무소의 사업용 부동산) 법 제13조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산”이란 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산(기숙사, 합숙소, 사택, 연수시설, 체육시설 등 복지후생시설과 예비군 병기고 및 탄약고는 제외한다)을 말한다. 제26조(대도시 법인 중과세의 예외) ① 법 제13조 제2항 각 호 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 업종”이란 다음 각 호에 해당하는 업종을 말한다.

6. 유통산업발전법에 따른 유통산업, 농수산물유통 및 가격안정에 관한 법률에 따른 농수산물도매시장ㆍ농수산물공판장ㆍ농수산물종합유통센터ㆍ유통자회사 및 축산법에 따른 가축시장

(3) 유통산업발전법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “유통산업”이란 농산물ㆍ임산물ㆍ축산물ㆍ수산물(가공물 및 조리물을 포함한다) 및 공산품의 도매ㆍ소매 및 이를 경영하기 위한 보관ㆍ배송ㆍ포장과 이와 관련된 정보ㆍ용역의 제공 등을 목적으로 하는 산업을 말한다.

6. “체인사업”이란 같은 업종의 여러 소매점포를 직영(자기가 소유하거나 임차한 매장에서 자기의 책임과 계산하에 직접 매장을 운영하는 것을 말한다. 이하 같다)하거나 같은 업종의 여러 소매점포에 대하여 계속적으로 경영을 지도하고 상품ㆍ원재료 또는 용역을 공급하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 1995.5.6. 생활필수품 식품의 알선 및 판매업, 연쇄점의 설치 및 운영 등 유통산업을 영위할 목적으로 설립된 법인으로, 2018.12.24. OOO로 본점을 이전하였다. (나) 청구법인은 유통산업발전법에 따라 2001.11.30. OOO세무서장으로부터 주류중개업면허(면허번호: OOO)를 교부받은 후, 여러 차례 변경을 거쳐 2019.2.18. OOO세무서장으로부터 주류중개업 면허(면허번호: OOO)를 재교부받았다. (다) 청구법인은 2019.1.23. 수도권정비계획법 제6조에 따른 과밀억제권역인 OOO등 8필지 토지 및 건축물(주택 및 창고)을 매매를 원인으로 취득한 후, 2019.3.28. 위 토지 중 OOO전 OOO㎡에 가설건축물(무허가)을 신축하였다. (라) 처분청은 2021.7.14. 및 2021.7.29. 청구법인의 본점으로 등록된 OOO등에 대하여 현지조사를 한 결과, 창고건물 전체 및 주택 1층을 제3자에게 임대하였으며, 같은 동 OOO에 신축된 가설건축물 중 일부인 쟁점건축물(가설건축물의 70.77%로, 면적이 OOO㎡이다) 및 그 부속토지 OOO㎡를 청구법인 본점의 사업용 부동산으로 사용하고, 나머지 면적(OOO㎡) 및 그 부속토지는 청구법인의 근로자 복지후생시설(기숙사, 식당)로 사용한 것으로 조사하였다. (마) 이에 따라 처분청은 가설건축물 중 청구법인의 근로자 복지후생시설(기숙사, 식당)로 사용한 면적을 제외한 쟁점건축물 및 그 부속토지에 대하여 수도권정비계획법 제6조에 따른 과밀억제권역에서 본점의 사업용 부동산으로 신축한 경우로 보고, 또한 쟁점건축물의 부속토지 OOO㎡를 사실상 지목변경(전→대)한 것으로 보아, 2021.10.26. 지방세법 제13조 제1항에 따른 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 등을 청구법인에게 부과․고지하였다. (바) 지방세법 제13조의 개정연혁을 보면, 지방세법 제13조 제1항은 취득세와 등록세가 취득세로 단순통합되기 전인 구지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 “구지방세법”이라 한다) 제112조 제3항에서 취득세 중과관련 조항으로 규정되어 있었고, 지방세법 제13조 제2항 단서는 구지방세법 제138조 제1항에서 등록세 중과관련 조항으로 규정되어 있다가, 2010.3.31. 법률 제10221호로 지방세법이 전부 개정되면서 종전 등록세 중 취득과 관련된 과세대상이 취득세로 통합되었다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 지방세법 제13조 제2항 단서에서 규정한 대도시 중과 제외 업종인 유통산업에 직접 사용할 목적으로 쟁점건축물을 취득한 것이므로 지방세법 제13조 제1항을 적용하여 취득세를 중과할 수 없고, 같은 법 제13조 제2항 단서를 적용하여 일반세율을 적용하여야 한다고 주장하나, 지방세법 제13조 제1항에서 수도권정비계획법 제6조에 따른 과밀억제권역에서 대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산(본점이나 주사무소용으로 신축하거나 증축하는 건축물과 그 부속토지만 해당)을 취득하는 경우의 취득세율은 제11조 및 제12조의 세율에 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다고 규정하고 있는데, 위 규정은 과밀억제권역 안에서 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산을 취득하는 경우 중 인구유입과 산업집중 등의 유발효과가 뚜렷한 신축 또는 증축에 의한 취득만을 적용대상으로 규정하고 그 밖의 승계취득 등은 적용대상에서 배제한 것으로서 구지방세법상 대도시 내 중과제외업종에 상관없이 취득세를 중과세하도록 한 것이며, 과밀억제권역 안에서 신축 또는 증축한 사업용 부동산으로 본점 또는 주사무소를 이전하면 동일한 과밀억제권역 안의 기존 사업용 부동산에서 이전해 오는 경우라 하더라도 전체적으로 보아 그 과밀억제권역 안으로의 인구유입이나 산업집중의 효과가 없다고 할 수 없는 점 등을 종합하면, 과밀억제권역 안에서 본점 또는 주사무소용 건축물을 신축 또는 증축하여 취득하는 경우에는 동일한 과밀억제권역 안에 있던 기존의 본점 또는 주사무소를 이전해오는 것이라 하더라도 지방세법 제13조 제1항에서 정한 취득세 중과세 대상에 해당한다고 봄이 타당하다(대법원 2012.7.12. 선고, 2012두6551 판결 ; 대법원 2014.5.29. 선고, 2014두1116 판결, 같은 뜻임) 할 것인바, 이 건의 경우, 청구법인이 과밀억제권역 안에서 쟁점건축물을 신축하여 본점 사업용으로 사용하는 사실이 처분청의 출장결과보고서 등에 의하여 확인되는 이상, 비록 청구법인이 대도시 중과 제외 업종인 유통산업에 직접 사용할 목적으로 쟁점건축물을 취득하였다 하더라도, 지방세법 제13조 제1항의 규정을 적용하지 않고, 바로 지방세법 제13조 제2항 단서 규정을 적용할 수는 없다 할 것이다. 따라서, 처분청이 지방세법 제13조 제1항을 적용하여 청구법인에게 취득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제6항과국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.