2014.1.1. 개정된 「지방세법」 부칙 제15조에 따라 수도권 밖으로 이전하는 중소기업에 대한 법인세 세액감면을 2015∼2016 사업연도 법인지방소득세에 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

[참조결정] 조심2022지0374

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2011년 4월 본점 및 공장시설을 경기도 시흥시 OOO에서 경기도 파주시 OOO으로 이전하고 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제63조에 따른 세액감면규정(이하 “쟁점세액감면규정”이라 한다)을 적용하여 2011 사업연도부터 2017 사업연도 법인세를 신고․납부하였으나, 2015∼2016 사업연도(이하 “쟁점사업연도”라 한다) 법인지방소득세를 신고․납부하면서는 쟁점세액감면규정을 적용하지 아니하고 산출한 세액을 아래 ＜표1＞과 같이 이를 신고ㆍ납부하였다. ＜표1＞ 법인지방소득세 신고ㆍ납부 내역(2015∼2016 사업연도) (단위: 원)

○○○

• 나. 그 후, 청구법인은 쟁점사업연도에 대한 법인지방소득세에 대하여도 쟁점세액감면규정을 적용하여 달라는 취지로 2021.2.3. 경정청구를 하였으나, 처분청은 2021.3.25. 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.6.25. 이의신청을 거쳐 2021.12.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 지방세법은 2014.1.1. 법률 제12153호로 개정(이하 “쟁점개정지방세법”이라 한다)되기 전까지는 제85조 제4호에서 지방소득세의 과세표준을 “법인세법에 따라 납부하여야 하는 법인세액”으로 한다고 규정하여 지방소득세(법인세분)에 대해서는 법인세액을 과세표준으로 하는 부가세(10%) 방식을 취하고 있었으므로 청구법인은 2011년부터 2013 사업연도까지의 지방소득세 과세표준 산정 시 “세액감면”이 반영되어 결과적으로 지방소득세(법인세분) 또한 감면을 받았으나, 이후 2014년 이후 개정된 쟁점개정지방세법으로 인하여 종전의 법인세액을 과세표준으로 하는 부가세(10%) 방식이던 지방소득세(법인세분)가 법인세 과세표준을 과세표준으로 삼는 독립세 방식의 지방소득세로 전환됨에 따라, 청구법인은 쟁점사업연도의 ‘법인세 과세표준’을 과세표준으로 적용하여 산출한 지방소득세를 신고·납부하면서 쟁점세액감면규정을 적용하지 아니하여, 당초 공장시설 및 본점 이전 시 구 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)을 근거로 쟁점사업연도에 감면받을 것으로 예상 및 기대했던 법인지방소득세를 결국 감면받지 못하게 되었다.

(2) 2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 지방세법 부칙 제15조(이하 “쟁점경과규정”이라 한다)에서는 ‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.’는 경과규정을 두고 있는바, 쟁점경과규정과 같은 개정세법 부칙 상 일반적 경과조치 규정에 관한 법리에 따르면, ➀ 납세의무자에게 불리하게 세법이 개정되고, ➁ 개정세법 부칙에 일반적 경과조치 규정을 두었으며, ➂ 납세의무자가 개정 전 세법을 신뢰하여 과세요건과 밀접하게 관련된 원인행위에 이른 경우라면 그러한 신뢰는 보호되어야 하는 것이므로, 청구법인은 구 지방세법 및 쟁점세액감면규정을 신뢰하여 과세요건과 밀접하게 관련된 공장시설 및 본점을 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 데에 이른 이상, 그에 따른 쟁점사업연도에 대한 지방소득세 법인세분 공제에 대한 청구법인의 신뢰는 보호되어야 한다.

(3) 특히, 최근 서울행정법원 및 서울고등법원 판결 등에 따르면, 쟁점개정지방세법은 지방세법에 대한 개정이지만 개정 전후의 지방소득세(법인세분)과 법인지방소득세는 그 실질이 동일하고, 지방소득세(법인세분)은 법인세법 내지 조세특례제한법 상 세액 공제·감면을 적용하여 산출한 법인세액을 과세표준으로 하였던바, 쟁점경과규정에서 말하는 “종전의 규정”을 판단함에 있어서는 지방세법만이 아닌 법인세법 내지 조세특례제한법의 제반 규정이 포함된다고 해석해야 하고, 최근 선고된 서울고등법원 판결에서도 “종전의 규정”에는 조세특례제한법의 제반 규정을 포함한다고 판단하여 피고인들의 항소가 기각되었으므로 쟁점세액감면규정에 따른 쟁점사업연도 지방소득세(법인세분) 공제에 대한 청구법인의 신뢰를 보호하여 경정(환급)하는 것이 타당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 쟁점개정지방세법의 쟁점경과규정에서 말하는 ‘종전의 규정’이란 지방세법 및 지방세특례제한법을 의미한다 할 것이므로 쟁점경과규정에 따라 ‘종전의 규정’을 적용한다고 하더라도 법인지방소득세에서의 조세특례제한법 적용은 불가하다 할 것이고, 당시의 정책목적에 따라 제·개정이 잦은 조세법의 특성으로 인해 특별히 공제·감면 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 이상 납세의무자가 갖는 종전 규정의 조세 감면에 대한 신뢰는 단순한 기대에 불과하다.

(2) 또한, 부과 주체나 절차 등을 감안했을 때 법인세와 법인지방소득세는 서로 다른 별개의 조세로서 구 법인세법 내지 조세특례제한법을 쟁점경과규정에 따른 ‘종전의 규정’이라고 볼 수도 없으므로 쟁점세액감면규정에 따라 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업에 대한 감면혜택을 적용해야 한다는 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다고 보아 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 2014.1.1. 개정된 지방세법 부칙 제15조에 따라 수도권 밖으로 이전하는 중소기업에 대한 법인세 세액감면을 2015～2016 사업연도 법인지방소득세에 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 등기사항전부증명서 및 청구법인이 제출한 자료 등에 의하면, 청구법인은 ‘핸드폰 부품 제조 및 판매’, ‘전자제품 무품 제조 및 판매’ 등을 목적으로 하여 2006.2.23. 설립되었으며, 2011년 4월 경 경기도 시흥시 OOO에서 ‘경기도 파주시 OOO’으로 본점과 공장시설을 이전하였다가 2020.8.10. ‘경기도 고양시 OOO’으로 본점을 이전한 것으로 나타난다. (나) 청구법인은 2011년 4월 본점 및 공장시설 이전 등에 따라 쟁점세액감면규정에 따른 ‘수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면’에 해당하여 2011 사업연도부터 2017 사업연도에 대한 법인세에 대하여 세액감면을 적용받았다고 주장한다. (다) 청구법인은 쟁점사업연도에 대한 법인지방소득세를 신고하면서 쟁점세액감면규정을 적용하지 아니하고 법인지방소득세를 신고ㆍ납부한 것으로 나타난다. (라) 2014.1.1. 시행된 쟁점개정지방세법의 개정이유에는 “소득세 및 법인세의 부가세 형태로 부과ㆍ징수하고 있는 지방소득세를 독립세 방식으로 전환함으로써 지방자치단체의 자주재원을 확충하고 지역경제의 발전을 지방세수의 신장과 연계”하기 위한 것으로 기재되어 있다. (마) 쟁점개정지방세법이 발의되었을 당시 국회 행정안전위원회 전문위원이 작성한 검토보고서에 의하면, “구 지방세법 하에서 법인세 세액공제 및 감면에 연동하여 부가적으로 법인지방소득세도 세액공제ㆍ감면을 받았으나, 지방세법의 개정으로 더 이상 이와 같은 혜택이 유지되지 않는다. 법률 개정안이 지방소득세를 부가세에서 독립세 방식으로 전환하였으므로, 지방소득세에 대한 특례조항을 별도로 규정할 필요가 있어 개정안은 개인지방소득세에 관한 세액공제 등에 대하여는 새로이 지방세특례제한법 등에 옮겨 규정하였던 반면, 법인지방소득세에 관한 특례조항은 배제함으로써 법인에 대한 지방소득세의 과세를 강화하였다”는 취지로 기재되어 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 2014.1.1. 지방세법이 개정으로 인하여 쟁점세액감면규정에 따라 지방소득세 감면을 적용받게 되지 못하였으므로 쟁점경과규정에 따라 납세자의 신뢰를 보호하여야 한다고 주장하나, 쟁점세액감면규정에서는 수도권과밀억제권역에서 2년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하는 중소기업이 수도권과밀억제권역 밖으로 그 공장시설을 전부 이전하여 2014년 12월 31일까지 사업을 개시한 경우에는 이전 후의 공장에서 발생하는 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도 개시일부터 6년 이내에 끝나는 과세연도에는 소득세 또는 법인세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다고 규정한 것인데, 2014.1.1. 개정 전 지방세법상 법인지방소득세의 산정방식이 법인세액을 법인지방소득세 과세표준으로 삼았던 결과 법인지방소득세 산출시 법인세 세액공제 및 감면 등에 따른 세액감소 효과를 간접적으로 보았던 것뿐이므로 쟁점세액감면규정이 법인지방소득세에 대여도 감면을 명시적으로 규정하고 있었다고 보기 어렵고, 지방세법령에서도 달리 세액 감면 등에 관하여 정한 바가 없어 법인세 세액 감면에 따른 지방소득세 감면을 쟁점경과규정에서 종전의 규정에 따르도록 정한 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세”라고 보기 어렵다 할 것이므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 있다고 보기는 어렵다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제7항과 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법 (2014.1.1 법률 제12173호로 개정되기 전의 것) 제63조(수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면) ① 수도권과밀억제권역에서 2년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하는 중소기업(내국인만 해당한다)이 대통령령으로 정하는 바에 따라 수도권과밀억제권역 밖으로 그 공장시설을 전부 이전(본점이나 주사무소가 수도권과밀억제권역에 있는 경우에는 해당 본점이나 주사무소도 함께 이전하는 경우만 해당한다)하여 2014년 12월 31일까지 사업을 개시한 경우에는 이전 후의 공장에서 발생하는 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도 개시일부터 6년(수도권정비계획법 제6조 제1항 제2호의 성장관리권역, 같은 항 제3호의 자연보전권역, 수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 4년) 이내에 끝나는 과세연도에는 소득세 또는 법인세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 그 다음 3년(수도권정비계획법 제6조 제1항 제2호의 성장관리권역, 같은 항 제3호의 자연보전권역, 수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 2년) 이내에 끝나는 과세연도에는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

(2) 지방세법 (2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것) 제85조(정의) 지방소득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "소득분"이란 소득세분 및 법인세분을 총칭하는 것을 말한다.

3. "소득세분"이란 소득세법에 따라 납부하여야 하는 소득세액(소득세과세표준 예정신고자 또는 확정신고자로서 해당 신고세액의 전부 또는 일부를 납부하지 아니한 데 대한 납부불성실가산세는 제외한다)을 과세표준으로 하는 지방소득세를 말한다.

4. "법인세분"이란 법인세법에 따라 납부하여야 하는 법인세액을 과세표준으로 하는 지방소득세를 말한다. 제89조(세율)

① 소득분의 표준세율은 다음과 같다. 구분 세율 소득세분 법인세분 소득세액의 100분의 10 법인세액의 100분의 10

② 지방자치단체의 장은 조례로 정하는 바에 따라 소득분의 세율을 제1항의표준세율의 100분의 50의 범위에서 가감할 수 있다.

(3) 지방세법 (2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것) 제103조의19(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 법인세법 제13조에 따라 계산한 금액(조세특례제한법 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 금액)으로 한다. [본조신설 2014. 1. 1.] 제103조의20(세율) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 표준세율은 다음 표와 같다. 과세표준 세율 2억원 이하 과세표준의 1000분의 10 2억원 초과 200억원 이하 2백만원 + (2억원을 초과하는 금액의 1000분의 20) 200억원 초과 3억9천8백만원 + (200억원을 초과하는 금액의 1000분의 22)

② 지방자치단체의 장은 조례로 정하는 바에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세율을 제1항에 따른 표준세율의 100분의 50의 범위에서 가감할 수 있다. [본조신설 2014. 1. 1.] ＜ 부 칙 ＞ 제15조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

(4) 국세기본법 제15조(신의·성실) 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.

(5) 지방세기본법 제18조(신의·성실) 납세자와 세무공무원은 신의에 따라 성실하게 그 의무를 이행하거나 직무를 수행하여야 한다.