청구법인이 쟁점토지를 취득하고 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각한 것으로 보아 기 면제한 취득세 등을 부과한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2017.1.9. 농작물의 유통·가공·판매업 등을 영위하기 위해 설립한 법인으로, 2017.2.16. OOO외 3필지OOO토지 OOO㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득하고지방세특례제한법제11조 제1항에 따라 농업법인이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 해당한다고 신고하여 취득세 등을 면제받았다.
• 나. 처분청은 청구법인이 이 건 토지를 취득하고 3년 미만인 2019.6.5. 이 건 토지 중 OOO외1필지 토지 OOO㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 국가(국토교통부)로 소유권을 이전(원인: 수용)한 사실을 확인하고, 2021.9.1. 청구법인에게 기 면제한 취득세 등 합계 OOO원을 부과ㆍ고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.11.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 쟁점토지를지방세특례제한법제11조 제1항에 따라 영농에 사용하기 위하여 취득하였고, 해당 용도로 직접 사용을 하던 중 OOO와 관련하여 도로구역으로 수용되었으므로지방세특례제한법제11조 제3항 제2호와 관련하여 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우로 보아 감면된 취득세를 추징하는 것은 부당하다. 처분청과 OOO는 쟁점토지에 대한 사실관계에 근거하지 않고 가정과 추측으로 판단하는 것은 재량권의 일탈 및 남용을 한 위법한 것이고, 처분청이 2018.2.28. 쟁점토지에 현장 확인을 하여 사실상 영농이 이루어지고 있어 취득세 과세대상에서 제외함이 타당하다고 하였음에도 상당한 기간 경과 후 감면된 취득세를 추징하는 것은 신뢰보호 원칙의 위반에 해당하므로 취소되어야 한다. 나.처분청 의견 청구법인이 2017.2.16. 쟁점토지를 취득한 후 약 2년 4개월만인 2019.6.5. 토지수용에 따라 소유권이 이전되었고 일반적인 조세처분에서 국가 등에 의한 수용도 매각에 포함되므로 수용예정 사실의 인지 여부와 관계없이 청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 3년 이내에 매각한 것으로 보아야 한다. OOO건설공사와 관련한 고시(2015-484호)로 일반인이 지형도면고시를 열람할 수 있었고, 토지이용계획원에 쟁점토지가 도로구역으로 나타나므로 청구법인이 수용예정인 사실을 전혀 모르고 취득했다는 주장은 설득력이 없다. 처분청이 2018.2.28. 쟁점토지를 현장 확인할 당시에는 농지로 사용중으로지방세특례제한법제11조 제3항의 추징사유에 해당하지 않았으나, 그 후 추징사유가 발생하여 처분청이 감면된 취득세를 추징하는 것은 신뢰보호의 원칙에 위반된다고 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 청구법인이 쟁점토지를 취득하고 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각한 것으로 보아 기 면제한 취득세 등을 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법률 지방세특례제한법(2017. 1. 7. 법률 제13729호로 개정·시행된 것) 제11조(농업법인에 대한 감면) ①농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률제16조에 따른 영농조합법인과 같은 법 제19조에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 농업법인의 설립등기에 대해서는 등록면허세를 각각 2017년 12월 31일까지 면제한다.

③ 제1항 및 제2항에 대한 감면을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) OOO이 2015.11.24. 고시한 고시문(제2015-484호)에 의하면, 쟁점토지가 OOO및 접도구역에 포함되어 있는 것으로 나타난다. (나) 청구법인은 2017.1.9. 농작물의 유통·가공·판매업 등을 영위하기 위해 설립되었다. (다) 청구법인은 2017.2.16. 이 건 토지를 취득하고지방세특례제한법제11조 제1항에 따라 농업법인이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 해당한다고 신고하여 처분청으로부터 취득세 등을 면제받았고, 토지이용계획원에 쟁점토지가 도로구역으로 나타난다. (라) 처분청이 2018.2.28. 쟁점토지에 현지출장한 후 작성한 출장복명서에 의하면, 쟁점토지에 과실수가 식재되어 있어 영농이 이루어지고 있어 취득세 과세대상에서 제외함이 타당하다고 나타난다. (마) 청구법인은 2019.6.5. 쟁점토지에 대한 소유권을 국가(국토교통부)로 이전(원인: 수용)하였고, 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 취득하고 3년 미만인 상태에서 매각한 것으로 보아 이 건 취득세를 부과하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지를 영농에 사용하고자 취득하였으나 도로구역으로 편입되어 유예기간내에 매각할 수 밖에 없었다고 주장하나,지방세특례제한법제11조 제3항 제2호에서 농업법인이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제하나, 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각하는 경우에는 감면한 취득세를 추징하도록 규정하고 있을 뿐 정당한 사유가 존재하는지 여부에 대하여는 별도로 규정하고 있지 아니한 점, 청구법인이 쟁점토지를 취득할 당시 쟁점토지는 도로구역으로 이미 고시가 되어 있어 수용될 가능성이 충분히 있음을 인지할 수 있다고 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점토지를 취득하고 3년 미만인 상태에서 매각한 것으로 보아 처분청이 기 면제한 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로지방세기본법제96조 제6항,국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.