쟁점근로자들이 조특법 제30조의2에 따른 정규직근로자로의 전환에 따른 세액공제대상인지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인들(<별지> 기재)은 2011.8.25.부터 현재까지 OOO에서 ‘OOO’(이하 “쟁점사업장”이라 한다)를 운영 중인 공동사업자들이다.
• 나. 청구인들은 aaa 외 34명(이하 “쟁점근로자들”이라 한다)이 기간제 근로자로 입사한 후 각각 정규직 근로자로 전환되었다고 보아 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제30조의2에 따른 정규직 근로자로의 전환에 따른 세액공제 규정을 적용하여 <별지>와 같이 기 납부한 종합소득세 합계 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 2022.3.30. 제기하였으나, 처분청은 <별지>와 같이 이를 거부하였다.
• 다. 청구인들은 이에 불복하여 2022.9.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인들 주장 청구인들이 고용한 기간제근로자 중 근무기간이 2년을 초과한 자는 근무기간의 정함이 없는 정규직 근로계약을 체결한 근로자로 전환된 것으로 보아야 한다. 조특법 제30조의2 제1항에서 ‘정규직근로자’란 기간의 정함이 없는 근로계약을 체결한 근로자를, 기간제근로자란 기간제 및 단시간 근로자 보호 등에 관한 법률 제2조 제1호 에 따라 기간의 정함이 있는 근로계약을 체결한 근로자를 각각 의미한다. 기간제 및 단시간 근로자 보호 등에 관한 법률 제4조 제1항 및 제2항 본문 내용의 시행에 따라 사용자가 법에서 정하는 일정한 사유 없이 기간제근로자를 2년을 초과하여 사용하는 경우에는 해당 기간제근로자를 기간의 정함이 없는 근로계약을 체결한 근로자로 간주하게 된다. 다시 말해, 기간제근로자로서 2년을 초과하여 근무할 경우 2년을 초과한 시점부터 그 근로자는 더 이상 기간제근로자가 아닌 정규직근로자로 간주되어 정규직근로자로서의 지위를 인정받게 된다. 기간제근로자 등을 정규직근로자로 전환할 때 그 기업에 세제혜택을 주는 조특법 제30조의2 규정은 2008.9.26. 신설된 법조항으로 2007.12.31. 당시 고용하고 있는 기간제근로자 등을 2009.12.31.까지 정규직근로자로 전환할 경우 일정한 세액공제를 적용하는데 그 취지가 있다 할 것인바, 이는 당시 정부의 2007년 7월 기간제 및 단시간 근로자 보호 등에 관한 법률의 시행으로 사용자인 기업이 당시 고용 중이던 기간제근로자들의 근무기간이 2년을 초과하여 정규직근로자로 간주됨에 따른 고용부담을 일부 해소하기 위한 법개정으로 당시 정부의 정책적 방향성과 연계된 신설된 법조항이다. 따라서, 청구인들이 공동사업으로 운영하는 쟁점사업장에서 1년 단위 근로계약을 체결한 기간제근로자들이 해당 근무기간이 2년을 초과한 경우 해당 2년을 초과한 시점부터 기간의 정함이 없는 근로계약을 체결한 정규직근로자로 전환되게 된다. 이는 조특법 제30조의2 본문 내용에 따른 정규직근로자로의 전환에 해당하는바, 청구인들이 정규직근로자로의 전환에 따른 세액공제를 적용하여 기 납부한 종합소득세의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인들은 2011년도부터 현재까지 각 인력 채용 시 근로기간이 1년 단위로 정해져 있는 기간제 근로계약 체결을 원칙으로 하고 있다고 주장하나, 쟁점사업장의 2015년 이후의 채용공고문을 인터넷으로 확인한 결과, 각 모집분야(간호사, 행정업무, 시설관리요원, 수납원, 총무 등)에서 모두 정규직으로 채용공고를 하였다. 쟁점근로자들 중 내부사정을 잘 알고 있는 직원의 진술에 따르면, 쟁점사업장의 근로 형태는 모두 정규직이고, 개인병원은 특성상 대학병원의 일반 계약직보다 임금수준이 낮게 책정되어 정규직으로 채용하지 않으면 구인난을 겪을 수밖에 없는 구조여서 개원 이래로 기간제근로자로 채용해 왔다는 주장은 사실이 아니다. 청구인들은 근로자들과 근로계약을 체결한 후 고용보험 근로자 피보험 자격취득신고서를 제출하면서 계약직 여부에 ‘아니오’로 체크하여 계약직근로자로 신고한 사실이 없으므로 쟁점사업장에서 2011년 이후 현재까지 인력을 채용할 경우 기간제근무자로 채용해 왔다는 주장은 신빙성이 없다. 그리고, 제출된 근로계약서 사본을 검토한 결과, 쟁점근로자들 가운데 입사할 당시 근로계약서가 없는 근로자는 aaa 외 29명에 이르고, 계약기간은 일률적으로 매년 1.1.부터 12.31.까지로 작성되어 있으며, 계약서 제8조 계약갱신(차기 연봉계약은 병원에서 평정한 인사고과에 의해 계약을 갱신한다) 규정이 확인된다. 내부사정을 잘 알고 있는 직원의 진술에 따르면, 연도 중 입사자의 경우라도 연봉협상은 매년 한 번씩 연초에 이루어지고 있고, 이는 개인마다 연봉 협상 시 발생하는 번거로움을 피하기 위해 위와 같은 방식으로 연봉계약이 이뤄지고 있다고 진술하였다. 따라서, 위와 같은 이유로 청구인들이 제출한 근로계약서는 외관은 근로계약서이나 실질은 연봉계약서로 판단되는바, 처분청이 청구인들의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다.

• 가. 쟁점 쟁점근로자들이 조특법 제30조의2에 따른 정규직근로자로의 전환에 따른 세액공제대상인지 여부
• 나. 관련 법률 등

(1) 조세특례제한법 제30조의2(정규직 근로자로의 전환에 따른 세액공제) ① 중소기업 또는 대통령령으로 정하는 중견기업이 2017년 6월 30일 당시 고용하고 있는 기간제 및 단시간근로자 보호 등에 관한 법률에 따른 기간제근로자 및 단시간근로자(이하 이 조에서 “기간제근로자 및 단시간근로자”라 한다), 파견근로자보호 등에 관한 법률에 따른 파견근로자, 하도급거래 공정화에 관한 법률에 따른 수급사업자에게 고용된 기간제근로자 및 단시간근로자를 2018년 12월 31일까지 기간의 정함이 없는 근로계약을 체결한 근로자로 전환하거나 파견근로자보호 등에 관한 법률에 따라 사용사업주가 직접 고용하거나 하도급거래 공정화에 관한 법률 제2조 제2항 제2호 에 따른 원사업자가 기간의 정함이 없는 근로계약을 체결하여 직접 고용하는 경우(이하 이 조에서 “정규직 근로자로의 전환”이라 한다)에는 정규직 근로자로의 전환에 해당하는 인원에 1천만원(대통령령으로 정하는 중견기업의 경우에는 700만원)을 곱한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

② 제1항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 자가 정규직 근로자로의 전환을 한 날부터 2년이 지나기 전에 해당 정규직 근로자와의 근로관계를 끝내는 경우에는 근로관계가 끝나는 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 공제받은 세액상당액에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산하여 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 해당 과세연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액공제신청서를 제출하여야 한다.

(2) 국세기본법 제81조의3(납세자의 성실성 추정) 세무공무원은 납세자가 제81조의6제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 납세자가 성실하며 납세자가 제출한 신고서 등이 진실한 것으로 추정하여야 한다.

(3) 기간제 및 단시간근로자 보호 등에 관한 법률 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. “기간제근로자”라 함은 기간의 정함이 있는 근로계약(이하 “기간제 근로계약”이라 한다)을 체결한 근로자를 말한다. 제4조(기간제근로자의 사용) ① 사용자는 2년을 초과하지 아니하는 범위 안에서(기간제 근로계약의 반복갱신 등의 경우에는 그 계속 근로한 총기간이 2년을 초과하지 아니하는 범위 안에서) 기간제근로자를 사용할 수 있다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 2년을 초과하여 기간제근로자로 사용할 수 있다.

1. 사업의 완료 또는 특정한 업무의 완성에 필요한 기간을 정한 경우

2. 휴직ㆍ파견 등으로 결원이 발생하여 해당 근로자가 복귀할 때까지 그 업무를 대신할 필요가 있는 경우

3. 근로자가 학업, 직업훈련 등을 이수함에 따라 그 이수에 필요한 기간을 정한 경우

4. 고령자고용촉진법 제2조 제1호의 고령자와 근로계약을 체결하는 경우

5. 전문적 지식ㆍ기술의 활용이 필요한 경우와 정부의 복지정책ㆍ실업대책 등에 따라 일자리를 제공하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

② 사용자가 제1항 단서의 사유가 없거나 소멸되었음에도 불구하고 2년을 초과하여 기간제근로자로 사용하는 경우에는 그 기간제근로자는 기간의 정함이 없는 근로계약을 체결한 근로자로 본다.

(4) 고용보험법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “피보험자”란 다음 각 목에 해당하는 사람을 말한다.

• 가. 고용보험 및 산업재해보상보험의 보험료징수 등에 관한 법률(이하 “고용산재보험료징수법”이라 한다) 제5조 제1항ㆍ제2항, 제6조 제1항, 제8조 제1항ㆍ제2항, 제48조의2 제1항 및 제48조의3 제1항에 따라 보험에 가입되거나 가입된 것으로 보는 근로자, 예술인 또는 노무제공자
• 나. 고용산재보험료징수법 제49조의2 제1항 ㆍ제2항에 따라 고용보험에 가입하거나 가입된 것으로 보는 자영업자(이하 “자영업자인 피보험자”라 한다) 제9조(보험관계의 성립ㆍ소멸) 이 법에 따른 보험관계의 성립 및 소멸에 대하여는 고용산재보험료징수법으로 정하는 바에 따른다. 제15조(피보험자격에 관한 신고 등) ① 사업주는 그 사업에 고용된 근로자의 피보험자격의 취득 및 상실 등에 관한 사항을 대통령령으로 정하는 바에 따라 고용노동부장관에게 신고하여야 한다. (중략)

③ 사업주가 제1항에 따른 피보험자격에 관한 사항을 신고하지 아니하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 근로자가 신고할 수 있다.

④ 고용노동부장관은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 신고된 피보험자격의 취득 및 상실 등에 관한 사항을 고용노동부령으로 정하는 바에 따라 피보험자 및 원수급인 등 관계인에게 알려야 한다.

⑤ 제1항이나 제2항에 따른 사업주, 원수급인 또는 하수급인은 같은 항의 신고를 고용노동부령으로 정하는 전자적 방법으로 할 수 있다. (5) 고용보험 및 산업재해보상보험의 보험료징수 등에 관한 법률 제5조(보험가입자) ① 고용보험법을 적용받는 사업의 사업주와 근로자(고용보험법 제10조 및 제10조의2에 따른 적용 제외 근로자는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)는 당연히 고용보험법에 따른 고용보험(이하 “고용보험”이라 한다)의 보험가입자가 된다. 제7조(보험관계의 성립일) 보험관계는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 날에 성립한다.

1. 제5조 제1항에 따라 사업주 및 근로자가 고용보험의 당연가입자가 되는 사업의 경우에는 그 사업이 시작된 날(고용보험법 제8조 단서에 따른 사업이 제5조 제1항에 따라 사업주 및 근로자가 고용보험의 당연가입자가 되는 사업에 해당하게 된 경우에는 그 해당하게 된 날) 제11조(보험관계의 신고) ① 사업주는 제5조 제1항 또는 제3항에 따라 당연히 보험가입자가 된 경우에는 그 보험관계가 성립한 날부터 14일 이내에, 사업의 폐업ㆍ종료 등으로 인하여 보험관계가 소멸한 경우에는 그 보험관계가 소멸한 날부터 14일 이내에 공단에 보험관계의 성립 또는 소멸 신고를 하여야 한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 사업의 경우에는 그 구분에 따라 보험관계 성립신고를 하여야 한다. (6) 고용보험법 시행규칙 제5조(피보험자격의 취득ㆍ상실신고 등) ① 영 제7조 제1항 전단 및 같은 조 제2항에 따라 사업주나 하수급인이 근로자의 피보험자격의 취득 또는 상실에 관한 사항을 신고하려면 다음 각 호의 구분에 따른 신고서를 근로복지공단에 제출해야 한다.

1. 피보험자격의 취득의 경우: 별지 제5호 서식의 고용보험 근로자 피보험자격취득 신고서

2. 피보험자격의 상실의 경우: 별지 제6호 서식의 고용보험 근로자 피보험자격상실 신고서

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인들은 쟁점사업장의 공동사업자들(각 지분 1/4)로서 쟁점사업장에 쟁점근로자들을 고용하여 병원업무를 진행해 온 것으로 나타난다.

(2) 청구인들이 제출한 증빙 등과 처분청 심리자료는 아래와 같다. (가) 청구인들은 2016년부터 2020년까지 귀속분 종합소득세 확정신고 시 쟁점근로자들에 대해 조특법 제30조의2 제1항에 따른 정규직 근로자로의 전환에 따른 세액공제 누락을 이유로 2022.3.30. 이 건 경정청구를 제기하였다. (나) 청구인들이 제출한 쟁점사업장의 정규직 전환인원 명세와 청구세액은 아래 <표>와 같다. <표> 쟁점사업장의 정규직 전환인원 명세표 ◯◯◯ (다) 쟁점근로자들 관련 근로계약서는 아래와 같다. ◯◯◯ (라) 청구인들이 제출한 쟁점근로자들 근로계약서의 주요 내용은 아래와 같다. ◯◯◯ (마) 청구인들이 제출한 쟁점사업장 연도별 정규직 전환 인원수 정리내역을 보면 2016년 12명, 2017년 6명, 2018년 3명, 2019년 5명, 2020년 9명 합계 35명이 정규직으로 전환된 것으로 나타난다. (바) 처분청이 제출한 이 건 종합소득세 경정청구 검토서를 보면, 처분청의 이 건 경정청구 거부 사유는 아래와 같다. ◯◯◯ (사) OOO지사의 처분청 요청에 대한 회신내역(쟁점근로자들 중 최초 입사 당시 계약직 체크여부)에 따르면, 해당 자료가 2017.1.1. OOO에서 OOO으로 이관됨에 따라 쟁점근로자들 가운데 2017.1.1. 이전 입사자들은 자료의 확인이 불가하고, 2017.1.1. 이후 입사자들은 “계약직 미해당”으로 나타난다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하며(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결, 같은 뜻임), 과세처분 취소소송에서 비과세요건이나 공제요건 등에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에게 있다 할 것(대법원 2009.7.9. 선고 2007두4049 판결, 같은 뜻임)인바, 조특법 제30조의2에 따르면 중소기업이 고용하고 있는 기간제근로자 등을 기간의 정함이 없는 근로계약을 체결한 근로자로 전환한 경우 정규직 근로자로의 전환에 해당하는 인원에 일정 금액(OOO원)을 곱한 금액을 해당 과세연도의 소득세 및 법인세에서 공제하도록 규정하고 있는바, 청구인들은 쟁점근로자들이 조특법 제30조의2에 따른 정규직 근로자로의 전환에 따른 세액공제 대상이라 주장하나, 청구인들이 쟁점근로자들과 계약직 근로계약을 체결한 후 OOO에 제출한 고용․산재보험 피보험자격 취득신고서를 살펴보면, 쟁점근로자들을 계약직 또는 기간제근로자로 신고하지 않았고, 처분청이 OOO에 쟁점사업장의 피보험고용정보내역 정정신청 신고내용을 확인한 결과 정정신청내역도 없었던 것으로 나타나는 점, 처분청의 심리자료에 따르면, 쟁점사업장은 정규직으로 하여 직원채용공고를 해왔고, 처분청의 쟁점사업장 직원과의 면담 결과 쟁점사업장의 직원들의 근로형태는 정규직인 것으로 나타나는 반면, 청구인들이 제출한 증빙(근로계약서 등)을 가지고 쟁점근로자들이 실제 기간제(계약직)근로자로서 2년 이상 근무하여 정규직으로 전환되었다는 청구주장이 입증되었다고 보기는 어려운 점 등에 비추어 청구주장은 받아들이기 어렵다고 할 것이다. 따라서, 처분청이 청구인들의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 청구인들 및 이 건 경정청구 거부처분 내역 ◯◯◯