이월결손금 공제한도가 도입되기 전에 발생한 이월결손금에 대하여 공제한도를 적용하는 것은 부당하다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2005.5.1. 설립한 법인으로 AAA(모바일 및 온라인 게임개발업체) 등 7개의 자법인을 보유하고 있는 연결법인의 모법인으로, 2018사업연도부터 ㈜BBB를 연결법인의 자법인으로 편입하여 법인세를 신고하였는데, ㈜BBB는 2009사업연도부터 2014사업연도까지 매년 결손(이하 “쟁점이월결손금”이라 한다)이 발생하였다. 청구법인은 2015.12.15. 법률 제13555호로 개정된 법인세법(이하 “개정법인세법”이라 하고, 2017.12.19. 법률 제15222호로 개정된 것을 “추가개정법인세법”이라 하며, 2015.12.15. 법률 제13555호로 개정되기 전의 것을 “구법인세법”이라 한다)에서 이월결손금을 각 사업연도 소득의 100%에서 80%만 공제하도록 개정되었으며 추가개정 법인세법에서 70∼60%만 공제하도록 함에 따라, 2018·2019사업연도 법인세 신고시 추가개정법인세법을 적용하여 이월결손금을 70∼60%만 공제하였다가, 2022.7.11. 구법인세법시행 당시 발생한 이월결손금은 구 법인세법제13조에 따라 이월결손금 공제한도 없이 전액 공제되어야 한다며 처분청에 2018사업연도 법인세 OOO원 및 2019사업연도 법인세 OOO원 합계 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.
• 나. 처분청은 개정법인세법시행 후 개시한 사업연도 법인세 과세표준 계산시는 이월결손금 공제한도가 적용되는 것이라며 2022.9.1. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.9.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1) 2015.12.15. 개정된 개정법인세법제13조는 단서규정을 신설하여 중소기업과 회생법인 등 일부 법인을 제외하고는 결손금 공제를 각 사업연도 소득의 80%로 제한하면서 부칙에서 개정 법률의 적용시기에 관하여 명확한 규정을 두지 아니하였는바, 법 개정 부칙에 일반적 적용례 외에 구체적 적용례가 없는 경우에는 해석을 통해 그 의미를 이해할 수밖에 없고, 그 법률 개정의 입법취지, 관련 법률과의 유기적 해석 등을 고려하여 합목적적으로 해석하여야 한다. (2) 청구법인의 쟁점이월결손금은 2015사업연도 이전에 이미 발생하여 신고·확정된 금액으로 장차 일정기간 내의 소득에 대한 법인세를 덜 낼 수 있는 권리가 있는 청구법인의 자산에 해당되어 소급하여 박탈될 수 없으므로 구법인세법에 따라 쟁점이월결손금은 한도 없이 전액 공제되어야 한다. (3) 쟁점이월결손금이 개정 법인세법 이전에 발생했음에도 불구하고 확정된 권리에 대하여 개정 법인세법 이 적용되는 것으로 본다면, 이는 소급입법으로서 헌법에 위반될 뿐만 아니라 당초 발생한 결손금의 공제에 대한 납세자의 정당한 신뢰를 침해하는 결과가 된다. (4) 이와 같이 청구법인의 신뢰보호 및 예측가능성, 개정 법인세법 의 입법취지 및 부칙규정의 합리적 해석을 고려할 때 개정 법인세법 의 공제한도는 개정 법 시행 이후 발생하는 결손금부터 적용되는 것이며 개정 법인세법 시행 이전에 이미 발생하여 확정된 쟁점이월결손금에 대하여는 적용할 수 없다.
• 나. 처분청 의견 (1) 개정법인세법이전에 발생한 쟁점이월결손금에 대하여 개정법인세법에 따른 공제한도를 적용하는 것은 소급과세 금지 원칙 위배라는 주장과 관련하여, 조세의 부과는 기간단위 과세의 원칙상 납세의무 성립시 유효한 법령의 규정에 따르는 것인바, 개정법인세법은 청구대상 2018·2019사업연도 법인세 납세의무 성립일(2018.12.31. 및 2019.12.31.) 이전인 2016.1.1.에 시행되었으므로 2018·2019사업연도 법인세 계산시 쟁점이월결손금 공제한도를 적용한 것은 ‘소급과세 금지 원칙’에 위배되지 않는다(서울행정법원 2020.4.3. 선고 2019구합68978 판결 참조). (2) 개정법인세법적용은 헌법상 원칙인 ‘신뢰보호 원칙’에 위배되는 것이라는 청구주장과 관련하여, 개정법인세법적용으로 인해 공제한도에서 제외되는 비율이 각 사업연도 소득의 20%에 그칠 뿐만 아니라 해당 사업연도에서 공제받지 못한 이월결손금은 소멸하지 않고 다시 이월되어 잔여 공제기간 내에 추가로 공제받을 수 있어 기업의 실질적인 세부담이 크게 증가하지 않으며, 이월결손금 공제한도 규정은 안정된 세수 확보와 조세부담의 공평을 실현하고자 도입된 것으로서 법률 개정시 경과규정을 어떻게 규정할지는 입법자가 합리적 재량의 범위 내에서 정책적 판단에 따라 결정할 문제인 점, 조세 법규‧제도는 신축적으로 변할 수밖에 없으므로 납세자는 현재의 세법이 변함없이 유지되리라고 기대하거나 신뢰할 수 없는 점, 조세정책의 변화에 따라 입법자가 현재는 이월결손금 공제 한도에서 제외되는 비율을 40%까지 상향 조정하는 것으로 입법형성권을 행사한 점, 개정 전 조항의 존속에 대한 납세자의 신뢰가 쟁점규정 적용에 관한 공익상의 요구보다 더 보호가치가 있다고 할 수 없고 납세자의 신뢰가 중대하게 침해되었다고 보기 어려운 점 등으로 볼 때 개정법인세법적용은 ‘신뢰보호 원칙’에 위배되지 않는다(서울행정법원 2020.4.3. 선고 2019구합68978 판결 참조).

이월결손금 공제한도가 도입되기 전에 발생한 이월결손금에 대해 공제한도를 적용함은 부당하다는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법률

(1) 법인세법(2015.12.15. 법률 제13555호로 개정되기 전의 것) 제13조【과세표준】내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다.

1. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액. 이 경우 결손금은 제14조 제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정·경정되거나, 국세기본법제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금만 해당한다.

(2) 법인세법(2015.12.15. 법률 제13555호로 개정된 것) 제13조【과세표준】내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만,조세특례제한법제5조 제1항에 따른 중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인을 제외한 내국법인의 경우 제1호의 금액에 대한 공제의 범위는 각 사업연도 소득의 100분의 80으로 한다.

1. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액. 이 경우 결손금은 제14조 제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정·경정되거나, 국세기본법제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금만 해당한다. 부칙(2015.12.15. 법률 제13555호로 개정) 제1조【시행일】이 법은 2016년 1월 1일부터 시행한다. 제2조【일반적 적용례】이 법은 이 법 시행 이후 개시하는 사업연도분부터 적용한다.

(3) 법인세법(2017.12.19. 법률 제15222호로 개정된 것) 제13조【과세표준】내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 조세특례제한법제5조 제1항에 따른 중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인을 제외한 내국법인의 경우 제1호의 금액에 대한 공제의 범위는 각 사업연도 소득의 100분의 60(2018년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지 개시하는 사업연도는 100분의 70을 말한다)으로 한다.

1. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액. 이 경우 결손금은 제14조 제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정·경정되거나, 국세기본법제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금만 해당한다. 부칙(2017.12.19. 법률 제15222호로 개정) 제1조【시행일】이 법은 2018년 1월 1일부터 시행한다. 제2조【일반적 적용례】이 법은 이 법 시행 이후 개시하는 사업연도분부터 적용한다. (4) 국세기본법 제18조 【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】① 세법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인의 자법인 ㈜BBB의 2016.1.1. 이전 사업연도에 발생(2009∼2014년 연속하여 결손)하여 공제되지 않고 2018사업연도로 이월된 결손금액인 쟁점이월결손금은 OOO원으로, 청구법인은 2018·2019사업연도 법인세 확정신고시 추가개정법인세법에 따라 각사업연도소득의 70∼60%를 적용하여 2018사업연도에는 이월결손금 OOO원을, 2019사업연도에는 OOO원을 공제하여 법인세를 신고‧납부하였다가 2016.1.1. 이전 사업연도에 발생한 쟁점이월결손금은 공제한도 없이 전액 공제해야 한다는 취지로 2022.7.11. 아래 ＜표1＞과 같이 경정청구를 제기하였다. ＜표1＞ 청구법인 경정청구 내역 ㅇㅇㅇ (2) 처분청은 추가개정법인세법에 따라 각사업연도의 소득에서 70∼60%만큼의 이월결손금만 공제를 하는 것이 타당하다고 판단하여 2022.9.1. 청구법인의 경정청구를 거부하였다. (3) 이월결손금과 관련한 법인세법개정 연혁은 아래 ＜표2＞와 같다. ＜표2＞ 법인세법개정 연혁 ㅇㅇㅇ (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 신뢰보호, 개정법인세법의 입법취지 및 부칙규정의 합리적 해석 등을 고려할 때 구법인세법에 따라 쟁점이월결손금은 한도 없이 전액 공제되어야 한다고 주장하나, 개정법인세법은 법인세 과세표준 계산 시 각 사업연도의 소득의 범위에서 이월결손금 등을 공제하는 것과 관련하여 이월결손금 공제한도를 각 사업연도 소득의 100분의 80으로 하여 새로이 규정하였고 이후 추가개정 법인세법에서 이월결손금 공제한도를 각 사업연도 소득의 100분의 60(2018.1.1.부터 2018.12.31.까지 개시하는 사업연도는 100분의 70)으로 개정하였으며 그 개정 법인세법 부칙 제2조에 일반적 적용례(이 법 시행 이후 개시하는 사업연도분부터 적용한다)만을 두었을 뿐 이월결손금 공제한도 도입규정에 대하여 별도의 적용례를 두고 있지 아니한바, 추가개정 법인세법 시행일(2018.1.1.) 이후에 청구대상 사업연도(2018·2019)의 법인세 납세의무가 2018.12.31. 및 2019.12.31. 각각 성립되었으므로 해당 사업연도에 대한 법인세 과세표준 계산 시에는 추가개정법인세법제13조를 적용하여야 하는 것이어서 쟁점이월결손금에 대한 이월결손금공제한도 적용이 소급과세 금지 원칙에 위배된다고 보기 어려운 점, 이월결손금 공제한도 규정을 도입하고 개정하면서 이러한 규정 시행 전에 발생한 결손금이 당해 규정 시행 후 성립한 법인세 과세표준과 세액을 결정함에 있어 이러한 규정의 한도 적용 없이 공제될 것이라는 기대와 신뢰를 모두 보호하는 방향으로 경과규정을 마련하지 아니하였다 하여 이를 신뢰보호에 반한다고 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 추가개정 법인세법 에 따라 이월결손금 공제한도를 적용하여야 한다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2020서8503, 2021.5.3., 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.